Développement de la carte génétique du chêne

Présentation au sujet: "Développement de la carte génétique du chêne"— Transcription de la présentation:

1 Développement de la carte génétique du chêne
Directeur de thèse: C. Plomion Co-directrice: C. Bodénès Jérôme Durand Université de Bordeaux 1

2 Sommaire Introduction Matériel et méthodes Résultats Conclusion
Le chêne La cartographie génétique Matériel et méthodes Les microsatellites Ressources disponibles Résultats Conclusion perspectives

3 Pourquoi étudier le chêne?
Importance économique Statut taxonomique: les Fagacées

4 Pourquoi étudier le chêne?
Valeur écologique Espèce modèle pour étudier l’adaptation

5 Question posée à la recherche
Savoir si les arbres plantés aujourd’hui seront adaptés aux conditions de demain Changements climatiques brutaux à l’échelle d’une ou plusieurs générations

6 Le chêne 12 chromosomes Diploïde Temps de génération long

7 Stratégie Sélectionner des caractères adaptatifs
Etude pour ces caractères: Physiologie Variabilité Héritabilité Corrélations Développement d’une carte génétique Support nécessaire à la compréhension du fonctionnement moléculaire de ces caractères

8 Qu’est ce que la cartographie génétique ?
En géographie: Des régions Des villes Des villages Des routes En génétique: Des espèces Des chromosomes Des marqueurs

9 Cartographie chez le chêne: un peu d’histoire
1998 2003 Composé de marqueurs dominants: Peu reproductibles Pas de transfert vers des espèces génétiquement proches Développement de quelques microsatellites Transférabilité de marqueurs vers le châtaigner Bonne conservation dans l’ordonnancement de ces marqueurs Première estimation de la taille du génome du chêne

10 Sommaire Introduction Matériel et méthodes Résultats Conclusion
Le chêne La cartographie génétique Matériel et méthodes Les microsatellites Ressources disponibles Résultats Conclusion perspectives

11 Pourquoi développer des microsatellites ?
Marqueurs développés a partir de séquence d’ADN Succession de ces bases Séquence d’ADN

12 Qu’est qu’un microsatellite ?
Individu A Individu B TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA PCR = répétition de motifs (ex: TA) A B Révélation par électrophorèse

13 Ressources disponibles
5 pédigrés séquences 3P x A4 Q. petraea 42,000 séquences Feuilles Q. robur 60,000 séquences Feuilles Bourgeons Bourgeons Racines Racines Xylem Xylem 304 descendants

14 Sommaire Introduction Matériel et méthodes Résultats
Le chêne La cartographie génétique Matériel et méthodes Les microsatellites Ressources disponibles Résultats Conclusion et perspectives

15 Recherche et développement des microsatellites
36% 37% 64% 63% Pas amplification Amplification Polymorphe Monomorphe 650 marqueurs testés 251 marqueurs génotypés Marqueur polymorphe Marqueur Monomorphe 3P A4 Descendants 3P A4 Descendants

16 Utilisation de logiciel de cartographie
Joinmap 4.0 Ordonne les marqueurs en fonction des bandes observées dans la descendance ll lm M2 M1 Microsatellite M3 3P A4 Descendants

17 251 microsatellites génotypés sur 46 descendants
Groupe 1 Groupe 2 Groupe 3 Groupe 4 Groupe 5 Groupe 6 ♀ ♀ ♀ ♀ ♀ ♀ ♂ ♂ ♂ ♂ ♂ ♂ 14 15 34 30 18 16 14 6 14 9 14 21 Groupe 7 Groupe 8 Groupe 9 Groupe 10 Groupe 11 Groupe 12 ♀ ♀ ♀ ♀ ♀ ♀ ♂ ♂ ♂ ♂ ♂ ♂ 14 11 17 20 9 13 12 8 13 10 10 19 En moyenne 15 SSR / chromosome

18 Screening en vue de la cartographie comparée
Taux de polymorphisme observé avec les même marqueurs polymorphisme observé chez le châtaigner polymorphisme observé chez le hêtre monomorphes polymorphes monomorphes polymorphes 42% 58% 66% 34%

19 Sommaire Introduction Matériel et méthodes Résultats
Le chêne La cartographie génétique Matériel et méthodes Les microsatellites Ressources disponibles Résultats Conclusion et perspectives

20 Conclusion 250 marqueurs microsatellites développés et cartographiés chez le chêne pédonculé 15 marqueurs en moyenne par chromosome Taux de polymorphisme chez le hêtre et le châtaigner intéressants

21 Perspectives Cartographie comparée chez des espèces génétiquement proches du chêne Genre: Quercus Famille: les Fagacées Chêne pédonculé hêtre châtaigner Chêne sessile chêne

22 Remerciements E Chancerel C Bodénès C Plomion JM Frigerio C Cabané
J Salse Partenaires Evoltree