Chapitre 5: Les grands groupes bactériens

Chapitre 5: Les grands groupes bactériens
Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Cours de bactériologie 3ème candidature Chapitre 5: Les grands groupes bactériens

Les grands groupes bactériens
Plan général du chapitre Taxonomie Nomenclature Systématique des bactéries d’intérêt médical

Taxonomie Critères historiques de classification morphologie: protozoaires, bactéries coloration: Gram, Ziehl-Neelsen, Giemsa, Köster biochimie: biotypage (= galerie biochimique) moléculaires: - chaînes métaboliques - enzymes respiratoires - membrane externe - paroi - génétique: ADN et ARNr

Taxonomie Critères actuels de classification espèce: ≥ 70 % d’homologie des chromosomes ΔTm entre les chromosomes homologues et hybrides ≤ 5°C ! critères phénotypiques simples ! (E.) coli et (S.) enterica genre, famille: membrane, paroi, enzymes,… Escherichia et Salmonella, Enterobacteriaceae ordre, classe: séquences des ARNr Enterobactériales, Gammaproteobactéries embranchement (= phylum), série, division, règne, domaine: critères supérieurs: morphologie, structure, … Protéobactéries, (série), Gracilicutes, (règne), (Eu)bactéries

Taxonomie Ne tirez pas sur le professeur « Ce n’est pas le bactériologiste qui s’amuse à rendre le monde bactérien complexe mais ce dernier qui, petit à petit, révèle sa complexité au bactériologiste »

Nomenclature Principes Binomiale en LATIN (en italique OU souligné) Origine: - homme « célèbre » - morphologie - culture - biochimie - géographie - pathologie

Nomenclature Exemple Famille M-aceae Enterobacteriaceae Genre M Salmonella Escherichia Espèce m subterranea coli bongori fergusonii enterica hermanii vulneris Sous-espèce subsp m enterica houtenae arizonae indica diarizonae salamae

Nomenclature Au-delà de l’espèce/sous-espèce Biotype (Biovar) - Brucella melitensis biovars Melitensis (3), Abortus (7), Suis (5), Ovis, Canis, Neotomae Sérotype (Sérovar) - Salmonella enterica sérovar Typhimurium - Leptospira interrogans sérovar Icterohaemorrhagiae - Escherichia coli sérovar O101: K30: H- - Streptococcus canis (séro)groupe G - Les biovars de Brucella melitensis sont subdivisées en sérovars A, M ou R Lysotype (Lysovar) - Brucella melitensis biovar Abortus sérovar A lysovar Tbilissi - Salmonella enterica sérovar Typhimurium lysovar DT104 Pathotype (Pathovar) - Escherichia coli sérovar O101:K30:H- pathovar entérotoxinogène ou ETEC (STa+ F5+) des diarrhées du veau nouveau-né - Escherichia coli sérovar O141:K85:H- pathovar vérotoxinogène ou VTEC (Stx2e+ F18+) de la maladie de l’œdème du porcelet sevré

Systématique des bactéries d’intérêt medical A. Définition forme/assemblage, coloration de Gram rapport avec l’oxygène (aérobie, anaérobie, microaérobie, …) catalase, oxydase, mobilité, sporulation métabolisme (R et/ou F), test O/F (F, O, -, non applicable) colorations de Ziehl-Neelsen, de Giemsa, de Köster B. Biologie habitat, résistance dans le milieu extérieur pouvoir pathogène: obligé, opportuniste, absent espèces pathogènes, syndromes cliniques et hôtes C. Importance médicale en denrées alimentaires d’origine animale (DAOA) - intoxications alimentaires chez l’homme D. Importance en technologie des DAOA détérioration des denrées alimentaires mauvaise fabrication

Les grands groupes bactériens Gram+
Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires

Coques Gram + Bâtonnets Catalase + Catalase - Oxydase -
Catalase faible ou nég. Staphylococcus aéroanaérobies O/F:F amas en grappes Micrococcus aérobies O/F:O ou nég., amas en grappes Coques Bâtonnets Oxydase - Streptococcus anaérobies facultatifs Enterococcus O/F:F Lactococcus chaînes (+ technologie DAOA) Peptococcus anaérobies stricts Peptostreptococcus O/F:NA chaînes Gram + Aerococcus aéro-(anaérobies) viridans O/F:F chaînes

Les grands groupes bactériens GRAM+
Streptococcus Enterococcus Staphylococcus A. Définition Coques (0,5 – 1,5 µm) aéroanaérobies anaérobies facultatifs catalase – catalase + métabolisme F métabolisme R&F Amas irréguliers (3 plans de division) Chaînettes (1 plan de division) mobilité - spores - test O/F: F Sérotypie: Groupes de Lancefield

Streptococcus Enterococcus Staphylococcus B. Biologie saprophytes: eau, air, sols, animaux peau, nasopharynx, génital, intestin (lait) + ou – résistant aux conditions extérieures pathogènes opportunistes suppuration et abcès superficiels et profonds, mammites, rhinites, … troubles digestifs (genre Enterococcus)

Streptococcus Enterococcus Staphylococcus Str. agalactiae, dysgalactiae subsp. dysgalactiae, uberis BB mammites Str. equi subsp zooepidemicus, equi subsp. equi, dysgalactiae subsp. equisimilis CV troubles respiratoires, génitaux & cutanés Str. equisimilis, porcinus, suis PC troubles respiratoires, abcès, endocardite Str. canis, groupe L CN Str. iniae, melleri, difficilis,… Poissons troubles cutanés et internes (abcès, ulcères) Ent. faecalis, faecium… Tous bactériémie, abcès Aerococcus viridans Tous bactériémie, endocardite, méningite (rare) Staph. aureus BB, CV, HO Stap. intermedius CN, CT, CV Staph. hyicus PC Staph. schleiferi CN troubles cutanés, otites, bactériémies, abcès, mammites, …

Streptococcus Enterococcus Staphylococcus C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Staphylococcus aureus, intermedius, hyicus, epidermidis intoxication alimentaire: vomissements, coliques, diarrhée évolution favorable en 24h (le + souvent) production d’une ou plusieurs entérotoxine(s) Enterococcus sp. = indicateur de contamination fécale des aliments

Streptococcus Enterococcus Staphylococcus D. Autres genres d’intérêt technologique Enterococcus sp., Lactococcus sp., Leuconostoc sp., Pediococcus sp., Streptococcus sp.,… = « famille Streptococcaceae » Importance technologique dans la fabrication de certaines denrées Lactococcus lactis production d’acide dans le cadre des fermentations du lait Enterococcus faecalis maturation des fromages/flaveur prononcée des fromages mûrs

Coques Gram + Bâtonnets petits, réguliers Listeria
longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulés petits, réguliers petits, irréguliers Listeria aéroanaérobie, catalase +, O/:F Erysipelothrix anaérobie facultative, catalase -, O/F:F Renibacterium aéroanaérobie, catalase +, O/F:F Lactobacillus, Carnobacterium (technologie DAOA) Bâtonnets

Erysipelothrix Renibacterium Listeria A. Définition petits bâtonnets réguliers mobilité - spores - en paires = _ _ / (0,5 x 1,0-2,0 µm) (0,2 x 1,0-2,0 µm) (0,3-1,0 x 1,0-1,5 µm) test O/F: F catalase - anaérobies facultatives métabolisme F amas intraleucocytaires filaments aéroanaérobies catalase + métabolisme R&F (mobilité + à 25°C)

Listeria Erysipelothrix Renibacterium B. Biologie saprophytes: sols, plantes, eaux, animaux tube digestif tube digestif (mammifères, organes internes (homme, ruminants) oiseaux, poissons) résistants dans le milieu extérieur pathogènes opportunistes pathogène obligé

Listeria Erysipelothrix Renibacterium Renibacterium salmoninarum Salmonidés Listeria monocytogenes BB, OV, HO, rongeurs Listeria ivanovii OV Erysipelothrix rhusiopathiae PC, OV, HO « Listériose » « Rouget » « Bacterial Kidney Disease » Troubles nerveux, Septicémie, arthrose, Néphrite avortements dermatite granulomateuse

Listeria Erysipelothrix Renibacterium C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Listeria monocytogenes Sources: lait non ou mal pasteurisé, fromage, plats semi-préparés, … femme enceinte: avortement, naissance prématurée d’un nouveau-né infecté méningo-encéphalite ou septicémie chez l’adulte (surtout immunodéprimés)

Listeria Erysipelothrix Renibacterium C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Erysipelothrix rhusiopathiae contamination par voie digestive exceptionnelle forme cutanée suite à des blessures lors de manipulation de carcasses, de poissons, de crustacés, d’abats… septicémie et endocardite rares (immunodéprimés)

Petits bâtonnets réguliers D. Autres genres d’intérêt technologique Carnobacterium spp Lactobacillus spp Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments, voire chez l’animal

Coques Gram + Bâtonnets petits, réguliers petits, irréguliers
Corynebacterium aéroanaérobie, catalase +, O/F:F Rhodococcus aérobie strict, catalase +, O/F:O Arcanobacterium anaérobie facultative, catalase -, O/F:F Actinobaculum anaérobie stricte, catalase -, O/F:NA Brevibacterium, Propionibacterium (technologie DAOA) Bâtonnets longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulés

Corynebacterium Actinobaculum Rhodococcus Arcanobacterium A. Définition petits bâtonnets irréguliers à coques (0,5 x 0,5-3,5 mm): CORYNEFORMES aéroanaérobies anaérobies facultatives aérobies stricts strictes catalase + catalase - mobilité - spores - métabolisme R&F métabolisme F métabolisme R O/F: F O/F: NA O/F: O associations en paires = _ _ /

Corynebacterium Actinobaculum Rhodococcus Arcanobacterium B. Biologie saprophytes: sols, plantes, animaux peau, tractus urogénital, tractus respiratoire supérieur, intestin parasites: animaux peau, tractus urogénital résistances moyennes résistance faible pathogènes opportunistes

Corynebacterium Actinobaculum Rhodococcus Arcanobacterium C. diphteriae HO diphtérie (croupe) C. pseudotuberculosis OV (ovis) CV lymphadénites (OV), lymphangites, abcès cutanés (CV) C. renale C. pilosum BB, OV C. cystitidis cystite, pyélonéphrite, posthite C. kutscheri rongeurs troubles respiratoires, généraux Rhodococus equi CV (PC) pneumonie, entérite (CV) lymphadénite (PC) Arc. pyogenes BB, PC abcès cutanés et internes, mammites, troubles respiratoires Act. suis PC (comprend les anciennes espèces Eubacterium suis et Actinomyces suis) cystite, pyélonéphrite, actinophytose de la mamelle

Petits bâtonnets irréguliers D. Autres genres d’intérêt technologique Propionibacterium spp Brevibacterium linens Exemples: P. freudenreichii formation des yeux dans les fromages (ex: emmental) via production de CO2 à partir d’acide lactique

longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulés petits, réguliers petits, irréguliers Gram + 3 GENRES anaérobies stricts à facultatifs, catalase -, O/F:NA Dermatophilus : bactéries coccoïdes Actinomyces: bactéries corynéformes (une espèce aérobie stricte, catalase +, O/F:O) - Bifidobacterium (technologie DAOA) 2 GENRES aérobies stricts, catalase +, O/F: O ou nég. - Mycobacterium: coccobacilles à bâtonnets, acido-résistance totale, non ramifié Nocardia: filaments, acido-résistance partielle, ramifié Bâtonnets

Dermatophilus Actinomyces A. Définition cocciforme streptoccociforme branchements séparation bâtonnets filaments branchements septation - petits bâtonnets corynéformes - bactéries coccoïdes (1 mm) - association en «streptocoques» branchés - longs filaments ramifiés (0,2 -1,0 x µm) (5 -20 µm de longueur) anaérobies strictes, facultatives (A. viscosus: aérobie stricte) (microaérophiles) catalase - (catalase +) mobilité + mobilité - spores - métabolisme F (métabolisme R) O/F: NA (O/F: O)

Actinomyces Dermatophilus B. Biologie pathogènes opportunistes résistance moyenne parasites des animaux muqueuses digestives (de la bouche à l’anus), peau résistance faible parasite obligé des animaux peau

Dermatophilus Actinomyces D. congolensis CV, OV, BB CN, CT, CP « Strawberry foot rot » « Lumpy wool » OV Dermatite mycotique Streptothricose BB Dermatite mycotique CV problèmes cutanés (Dermatite proliférative contagieuse) Act. bovis BB Act. viscosus CN Act. hordeovulneris Act. israeli HO « actinophytoses » ou granulomes inflammatoires avec problèmes cutanés, buccaux, osseux, digestifs, respiratoires, mammaires

Mycobacterium Nocardia A. Définition Bâtonnets (filaments) (0,2-0,6 x 1,0-10,0 mm) filaments (0,5-1,5 x > 10,0 mm) filaments non branchés sans fragmentation filaments branchés avec fragmentation acido-résistance totale (Ziehl-Neelsen) acido-résistance partielle (Ziehl-Neelsen modifié) aérobies catalase + mobilité - spores – métabolisme R (test O/F: O ou -)

Mycobacterium Nocardia B. Biologie Saprophytes des sols, de l’air, des eaux,… Parasites des animaux peau, muqueuses Forte résistance Pathogènes intracellulaires facultatifs pathogènes opportunistes à obligés

Mycobacterium Nocardia Myc. bovis BB (CN, CT, HO) tuberculosis HO (CN, CT, PC) caprae CP avium subsp. avium gallinacés avium subsp. sylvaticum pigeons (ramiers) avium subsp. hominisuis PC, HO genavense psittacidés tuberculoses: troubles variables, lésions dans de multiples organes Myc. avium subsp. paratuberculosis paratuberculose: diarrhée BB, OV (CP) Myc. leprae HO (CT) lèpre humaine et féline Mycobacterium sp. toutes tuberculoses atypiques Myc. marinum, fortuitum, chelonae, abscessus tuberculoses poissons Nocardia asteroides CN, BB, poissons nocardiose: troubles cutanés, respiratoires et mammaires

Mycobacterium Nocardia C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Mycobacterium bovis Sources: lait cru, non ou mal pasteurisé fromages à base de lait cru peut évoluer vers une tuberculose pulmonaire ou extra-pulmonaire primo-infection passe inaperçue et guérison des lésions

Bâtonnets ramifiés D. Autre genre d’intérêt technologique Bifidobacterium spp Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments

longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulants petits, réguliers petits, irréguliers Bâtonnets Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus aérobies, catalase +, O/F:O aéroanaérobies, catalase +, O/F:F Clostridium anaérobies strictes, catalase -, O/F:NA - Alicyclobacillus (technologie des DAOA)

Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium A. Définition grands bâtonnets réguliers (0,5 – 1,0 x 2,5 – 20 µm) aérobies strictes ou aéroanaérobies anaérobies strictes catalase + catalase - métabolisme R ou R&F métabolisme F test O/F: O ou F test O/F: NA mobilité + ou – spores + isolés, en paires, en chaînes de longueur variable bactéries sporulantes

Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium SPORES ellipsoïdes non déformantes ellipsoïdes déformantes sphériques déformantes O2 indispensable O2 inhibitrice chute en nutriments conditions hostiles (toxiques …) centrales, paracentrales, subterminales, terminales Coloration de Ziehl-Neelsen modifiée pour spores Résistances mécaniques, physiques, chimiques et biologiques

Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium B. Biologie saprophytes: air, eaux, sols, animaux peau, muqueuses, intestins résistance: faible de la forme végétative, forte de la spore très nombreuses espèces non pathogènes quelques espèces pathogènes obligés ou opportunistes Entérites/entérotoxémies/abomasite Hépatites Gangrène (gazeuse) Myosites (= charbons bactérien et parabactérien) Tétanos, botulisme Septicémie (= charbon bactéridien ou anthrax) Mammites Loques des abeilles (couvin)

Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Bacillus anthracis BB, HO, PC, charbon bactéridien CV, (autres) (septicémie hémorragique) Bacillus cereus BB mammites Paenibacillus larvae Abeilles maladies du couvin = loque américaine = « Powdery scale » Melissococcus plutonius Abeilles maladie du couvin = loque européenne

Clostridium Cl. chauvoei BB charbon bactérien (myosite) Cl. septicum Tous charbon parabactérien (myosite), gangrène gazeuse, abomasite (braxy), dermatite Cl. perfringens Tous entérites, entérotoxémies, gangrène Cl. novyi OV (BB) hépatite nécrosante, gangrène Cl. haemolyticum BB hépatite nécrosante Cl. sordellii Ruminants entérites, entérotoxémies Cl. spiroforme Lapins entérites, entérotoxémies Cl. piliforme CV, CN, CT, hépatite, entérite, myocardite rongeurs Cl. difficile HO (animaux) entérites Cl. colinum oiseaux entérites, hépatite Cl. tetani Tous paralysie spastique (tétanos) Cl. botulinum Tous paralysie flasque (botulisme) Cl. argentinense HO

Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Bac. cereus, subtilis (thurigiensis dans une moindre mesure) forme émétique et forme diarrhéique (souvent bénignes, parfois mortelle) Cl. perfringens affection intestinale bénigne de courte durée (toxinotype A entérotoxinogène) entérite nécrosante (toxinotype C) Cl. botulinum botulisme d’origine alimentaire (paralysie flasque) Sources: conserves,….

Bacillus, Alicyclobacillus Clostridium D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur, …) Bacillus spp Alicyclobacillus spp Cl. tyrobutyricum Cl. butyricum Cl. estertheticum Exemple #1: Al. acidoterrestris dégradation des produits (jus de fruits) goût médicamenteux, odeur désagréable Exemple #2: Cl. tyrobutyricum gonflement des fromages dû à la production de gaz (H2) + odeur et goût désagréables (acide butyrique)

Classe des Mollicutes: bactéries sans paroi (= les mycoplasmes) CLASSIFICATION 4 ordres: Mycoplasmatales, Entomoplasmatales, Acholeplasmatales, Anaeroplasmatales 5 familles: Mycoplasmataceae, Entomoplasmataceae, Spiroplasmataceae, Acholeplasmataceae, Anaeroplasmataceae 8 genres: Mycoplasma, Ureaplasma, Entomoplasma, Mesoplasma, Spiroplasma, Acholeplasma, Anaeroplasma, Asteroleplasma >200 espèces: certaines espèces des genres Mycoplasma (surtout), Ureaplasma et Acholeplasma peuvent être pathogènes pour les animaux ou l’homme

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma A. Définition coques, coccobacilles (très petits ~ 0,1 µm), filaments ramifiés Gram + (génétiquement) MAIS PAS de paroi coloration Gram - anaérobies facultatifs ou stricts (microaérobies) mobilité – métabolisme F O/F: F (ou -) coloration de Giemsa exigences nutritionnelles (par exemple cholestérol), paasent au travers des filtres (0,22 mm) car petitesse et forme malléables

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma B. Biologie Parasites obligés des organismes supérieurs (animaux, plantes) La plupart des espèces sont saprophytes Quelques espèces sont pathogènes opportunistes ou primaires Résistance faible à moyenne dans le milieu extérieur b-lactamesR, bacitracineR

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma BB mycoides subsp. mycoides SC*** pleuropneumonie contagieuse sp. bovine group 7 pneumonies, arthrites, mammites bovis***** dispar*** pneumonies californicum, canadense mammites alkalescens arthrites bovigenitalium troubles génitaux, mammites bovoculi conjonctivites

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma OV, CP capricolum subsp. capripneumoniae*** pleuropneumonie contagieuse (CP) capricolum subsp. capricolum mammites, arthrites, mycoides subsp. capri pneumonies, kératoconjonctivites, mycoides subsp. mycoides LC septicémies (CP) ovipneumoniae*** pneumonie (Agneau) conjonctivae*** kératoconjonctivite infectieuse (OV) agalactiae*** mammites, arthrites

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma PC hyopneumoniae***** pneumonie enzootique hyorhinis*** pneumonies, polysérosites hyosynoviae*** arthrites (haemo)suis* anémie (ex-Eperythrozoon suis) (troubles de la reproduction)

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma CN, CT, CV cynos/canis*** troubles respiratoires (CN) haemocanis anémie (CN) (ex-Haemobartonella canis) felis** troubles respiratoires, conjonctivite (CT) pleurésie (CV) haemofelis**** anémie infectieuse féline (CT) (ex-Haemobartonella felis)

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma Volaille gallisepticum*** troubles respiratoires (poulet) sinusite, aérosacculite (dindon) meleagridis*** aérosacculite, sinusite, arthrites (dindon) synoviae*** aérosacculite, arthrites, ténosynovites iowae légère aérosacculite anseris troubles respiratoires (oie)

Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma Mycoplasma Rongeurs arthritidis*** Arthrites (rats) pulmonis*** Troubles respiratoires et génitaux (rats et souris) Ureaplasma* diversum BB Avortements, troubles génitaux Acholeplasma* oculi Tous Conjonctivites equifetale CV Avortements (?) axanthum Oie Aérosacculite

Les grands groupes bactériens Gram-

Gassner + Gram - Gassner - E coli Klebsiella lactose + Enterobacter
Salmonella Proteus Yersinia Pseudomonas Pseudomonaceae Burkholderia aérobies strictes Stenotrophomonas oxydase +, O/F:O Vibrio Vibrionaceae Listonella aéro-anaéobies Aeromonas oxydase +, O/F:F Plesiomonas Bordetella Alcaligenaceae Alcaligenes aérobies strictes oxydase +, O/F:- Enterobacteriaceae aéro-anaérobies, oxydase -, O/F:F lactose + lactose - Gassner + coccobacilles ou bâtonnets, catalase + Gassner - Gram -

Enterobacteriaceae Vibrionaceae Pseudomonaceae Alcaligenaceae A. Définition coccobacilles bâtonnets droits bâtonnets droits coccobacilles ou incurvés à bacilles (0,3-1,0 x 1,0-6,0 mm) (0,5-1,0 x 1,5-3,5 mm) (0,5-1,0 x 1,5-5,0 mm) (0,2-0,8 x 0,5-2,5 mm) aéroanaérobies aérobies strictes oxydase oxydase + test O/F: F test O/F: O test O/F: - métabolisme R&F métabolisme R catalase + mobilité +/- spores -

Enterobacteriaceae B. Biologie saprophytes: air, sols, eaux, végétaux, animaux intestin, peau résistance à la dessication (plusieurs mois) saprophytes, pathogènes opportunistes ou obligés plaies, surinfections, diarrhées, cystites, mammites,… septicémies, méningites,… subdivision en nombreux sérovars avec une relative spécificité d’hôte

Enterobacteriaceae coliformes: Gassner + lactose + (= fermentation du lactose) Escherichia coli***** Diverses tous (voir dia 12 aussi) Klebsiella pneumoniae** Diverses HO (animaux) Enterobacter sp.** Plaies HO, CV (autres) Pantoea (ex-Enterobacter) sp. Plaies, otites tous (rare) autres: Gassner + lactose – (pas de fermentation du lactose) Salmonella enterica***** Diverses tous (voir dias 11 & 12) Yersinia pseudotuberculosis*** Généralisée rongeurs, passereaux Y. enterocolitica*** Entérite HO (animaux) Y. pestis** Peste Y. ruckeri Généralisée poissons Edwardsiella tarda** Généralisée, entérite poissons, HO (autres) Ed. ictaluri Généralisées poissons Proteus sp.****, Morganella sp.* Surinfections tous Serratia sp.*, Providencia sp.* Shigella sp.* Entérite, dysenterie HO, primates

Enterobacteriaceae Le genre Salmonella: les espèces et sous-espèces actuelles Salmonella enterica subsp. enterica: animaux à sang chaud (mammifères et oiseaux) subsp. arizonae: animaux à sang froid (chaud) + environnement subsp. diarizonae: animaux à sang froid (chaud) + environnement subsp. houtenae: animaux à sang froid + environnement subsp. indica: animaux à sang froid + environnement subsp. salamae: animaux à sang froid + environnement Salmonella bongori : animaux à sang froid + environnement Salmonella subterranea : environnement Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures

Enterobacteriaceae Subdivisions en sérovars: quelques exemples Escherichia coli: sérovars O:K:H:F O78:K-:H-:F11: colibacillose généralisée de la volaille O101:K30:H-:F5: diarrhée du veau nouveau-né O103:K-:H-:F-: entérite du lapereau O141:K85:H-:F18: maladie de l’œdème du porcelet O157:K-:H7:F-: entérocolite hémorragique de l’homme Salmonella enterica: sérovars O:H Typhimurium (O1,4,5,12:H1,2): tous les mammifères Typhimurium variété Copenhagen (O1,4,12:H1,2): pigeon Dublin (O6,8:He,n,x): plutôt associé au bovin Hadar (O1,9,12:H-): diverses espèces, dont le cheval et la volaille Choleraesuis (O6,7:H1,5): plutôt associé au porc

Enterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Escherichia coli Souches entérotoxinogènes (ETEC): diarrhée du voyageur (une des composantes de la turista) Souches entérohémorragiques (EHEC O157:H7 et autres): - colite hémorragique - syndrome hémolytique et urémique (HUS) N.B: E. coli = indicateur de contamination fécale des aliments (cfr Enterococcus) Enterobacter sakazakii méningite néonatale, septicémie, entérocolite nécrosante (rare, surtout prématurés et bébés immunodéprimés)

Enterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Salmonella enterica subsp. enterica Sérovars Typhimurium, Enteritidis, … : gastro-entérites + ou - sévères selon la souche, la dose ingérée, … Sérovars Typhi et Paratyphi (spécifiques de l’homme) : fièvres typhoïde et paratyphoïde Shigella dysenteriae, Sh. sonnei, Sh. flexneri dysenterie bacillaire (diarrhée hémorragique)

Enterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Yersinia enterolitica (Y. pseudotuberculosis) principalement responsables de gastro-entérites fébriles forme septicémique (immunodéprimés, diabète, cirrhose,…) Edwardsiella tarda gastro-entérite aiguë (plus rare)

Enterobacteriaceae D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) Proteus sp. Erwinia sp. Serratia sp. Providencia sp. Morganella sp. Exemple: Morganella morganii prolifération dans produits laitiers, poissons décarboxylation histidine production d’histamine intoxication alimentaire

Vibrionaceae B. Biologie eaux douces et marines, égouts, animaux marins pas de résistance particulière pathogènes obligés ou opportunistes diarrhées, infections généralisées bactéries mésophiles et/ou psychrophiles

Vibrionaceae Vibrio cholerae** Entérite HO V. salmonicida*** Listonella anguillarum*** Généralisée poissons V. ordalii*** V. metschnikovii* Entérite, oiseaux, batraciens généralisée Aeromonas salmonicida*** Généralisée, Aer. caviae* dermo- poissons Aer. sobria* myonécrose Aer. hydrophila*** Généralisée, poissons, oiseaux entérite mammifères Plesiomonas shigelloides Entérite (PC, CN, CT)

Vibrionaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Vibrio sp. gastro-entérites (V. vulnificus, V. parahaemolyticus) entérite suraigüe, mort en quelques heures (V. cholerae = cholera) Aeromonas hydrophila pathologies digestives: - diarrhées aigües très aqueuses - gastro-entérites chroniques pathologies extra-digestives: septicémie parfois mortelle (surtout immunodéprimés) Plesiomonas shigelloides diarrhées variables sur la durée et les signes cliniques

Pseudomonaceae B. Biologie habitat = milieu extérieur saprophytes, pathogènes opportunistes plaies, abcès, surinfections, infections chroniques, … morve ! un pathogène obligé des solipèdes: Burkholderia mallei ! forte résistance dans le milieu extérieur (sauf Burkholderia mallei) résistance naturelle (constitutive) aux antibiotiques (surtout Pseudomonas aeruginosa)

Pseudomonaceae Pseudomonas aeruginosa***** Surinfections tous Ps. anguilliseptica** Généralisées, poissons Ps. fluorescens** dermomyonécrose Burkholderia mallei** Morve CV Burk. pseudomallei* Pseudomorve tous Pseudomonas sp. Comamonas sp. Surinfections HO (animaux) Stenotrophomonas sp.

Pseudomonaceae D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) Pseudomonas spp Shewanella putrefaciens (ex-Pseudomonas putrefaciens) Exemple: Sh. putrefaciens altération organoleptique des produits de la mer odeur forte et désagréable

Alcaligenaceae B. Biologie eaux, sols: peu pathogènes, opportunistes genre Alcaligenes animaux: pathogènes, peu résistantes genre Bordetella Bordetella pertussis** Coqueluche HO B. parapertussis** B. bronchiseptica***** Infections mammifères respiratoires B. avium*** Infections oiseaux Alcaligenes sp. Surinfections tous

Coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-) bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-) coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies stricts métabolisme F, O/F: NA catalase –(+), oxydase - Gram - Gassner - coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies stricts métabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-) bâtonnets spiralés courts microaérobies métabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase + coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies stricts métabolisme R, O/F: catalase v, oxydase v

coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-) Pasteurellaceae Pasteurella coccobacilles Mannheimia aéro-anaérobies Avibacterium métabolisme R&F, O/F: F Gallibacterium catalase +, oxydase + Actinobacillus espèces auxotrophes Haemophilus bâtonnets, microaérobies métabolisme R&F, O/F: NA catalase +, oxydase auxotrophes Histophilus bâtonnets, anaérobies métabolisme F, O/F: NA catalse -, oxydase - Gram - Gassner -

Les grands groupes bactériens GRAM-
Pasteurellaceae A. Définition coccobacilles à bâtonnets fins (0,2 - 0,3 x 0,3 - 2,0 µm) ! pléiomorphisme ! aéroanaérobies (microaérobies, anaérobies, carbacidophiles) catalase + (- très rares) oxydase + (quelques exceptions -) mobilité - spores - métabolisme R et F (F: anaérobies) test O/F: F (ou NA: microaérobies, anaérobies) ! certaines espèces: exigence en facteurs V et/ou X !

Pasteurellaceae B. Biologie parasites des muqueuses respiratoires, digestives et génitales des animaux (mammifères, oiseaux, reptiles, poissons) pathogènes parfois primaires, souvent secondaires troubles respiratoires (autres) certaines espèces non pathogènes peu résistants dans le milieu extérieur

Pasteurellaceae P. multocida***** mammifères, oiseaux troubles respiratoires + oreille P. trehalosi** OV (agneaux) (ex-P. haemolytica biotype T) septicémies P. canis, dagmatis, stomatis** tous + HO gueule des carnivores, infections des plaies P. canis biotype 2* BB (veau) (troubles respiratoires) P. caballi* (catalase -) CV pathogénicité ? « P. pneumotropica »*** rongeurs troubles respiratoires Pasteurella***** coccobacilles aéroanaérobies catalase + oxydase + mobilité - métabolisme R et F test O/F: F

Pasteurellaceae Mannheimia***** (ex-Pasteurella) (cf Pasteurella) M. haemolytica biotype A***** pneumonies ruminants septicémie, mammites petits ruminants M. granulomatis*** pneumonies, métrites lagomorphes granulomes sous-cutanés bovins (Brésil) M. varigena* pneumonies, septicémie BB, PC mammite, abcès, … M. glucosida flore respiratoire normale OV (agneaux) (= M. haemolytica biotype A11) M. ruminalis non pathogène ruminants (rumen)

Pasteurellaceae Avibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Haemophilus) (cf Pasteurella) Av. gallinarum *** troubles respiratoires volaille (gallinacés) Av. paragallinarum*** (coryza infectieux) (= ex-Haemophilus gallinarum et paragallinarum) Av. avium, volantium, spA non pathogènes pigeons (= ex-Pasteurella avium, volantium et spA) exigence en facteur V Gallibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Actinobacillus) (cf Pasteurella) G. anatis**** infections respiratoires, salpingite, gallinacés, pigeons péricardite, hépatite, septicémie, … (= Past. haemolytica-like aviaire + Act. salpingitidis + Past. anatis) Gallibacterium genomospecies 1+2 = autres souches non baptisées

Pasteurellaceae Actinobacillus***** (cf Pasteurella) Act. lignieresii***** ruminants actinophytose des tissus mous (« langue de bois ») Act. equuli***** CV septicémie, néphrite (poulain) ; endocardite, méningite (adulte) Act. suis*** PC troubles digestifs et respiratoires Act. suis-like CV Act. pleuropneumoniae***** PC pleuropneumonie exigence en facteur V « Act. seminis »* OV (béliers) vésiculite, orchite « Act. capsulatus »* lapins arthrites

Pasteurellaceae Haemophilus*****: exigence en facteurs V et/ou X très petits bâtonnets microaérobies, carbacidophiles catalase + oxydase + mobilité - métabolisme R et F test O/F: NA croissance lente (2-4 jours) Haem. parasuis***** PC maladie de Glasser (polysérosite fibrineuse) Haem. haemoglobinophilus CN non pathogène Haem. paracuniculus* lapins, rongeurs pathogénicité ?

Pasteurellaceae Histophilus***** Hist. somni***** BB, OV Infections multiples respiratoires méningo-encéphalites avortements ! Regroupe les noms suivants ! Haemophilus somnus Haemophilus agni Histophilus ovis petits bâtonnets anaérobies, carbacidophiles catalase - oxydase - mobilité - métabolisme F test O/F: NA croissance lente (2-4 jours)

Bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-) Gram - Gassner - Taylorella bâtonnets Capnocytophaga bâtonnets EF4a coccobacilles Streptobacillus filaments perlés

Taylorella Capnocytophaga A. Définition petits bâtonnets (pléiomorphisme) (0,3 - 0,6 x 1,0 - 2,0 µm) fins bâtonnets (0,5 x 1,0 – 3,0 mm) ! catalase + ! ! oxydase + ! ! catalase + ou - ! ! oxydase + ou - ! anaérobies facultatives (carbacidophiles) mobilité – spores – métabolisme F test O/F: F

Taylorella Capnocytophaga B. Biologie parasite des muqueuses génitales non pathogène pour l’étalon pathogène pour la jument peu résistant dans le milieu extérieur parasite des muqueuses buccales groupe DF-1 chez l’homme groupe DF-2 chez les carnivores peu résistant dans le milieu extérieur T. equigenitalis***** CV (jument) métrite contagieuse équine (CEM) C. canimorsus*** contamination de morsures, abcès, septicémie HO, animaux C. cynodegmi* gingivite, stomatite carnivores

Groups EF4a Streptobacillus Groupe EF4a cfr Pasteurella fermente le glucose MAIS ! inactif sur les autres sucres ! bouche des carnivores HO + animaux infection de plaies par morsure Streptobacillus moniliformis bâtonnets longs, filamenteux et « perlés » muqueuses respiratoire et buccale des rongeurs infections respiratoires rongeurs « rat-bite fever » HO « Haverhill fever » (contamination à partir de l’eau de boisson)

coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies stricts
métabolisme F, O/F: NA catalase -(+), oxydase - Gram - Gassner - Bacteroides Dichelobacter Bacteroidaceae Fusobacterium

Bacteroides Dichelobacter Fusobacterium A. Définition coccobacilles à bâtonnets (1 x 1,0 à 10 µm); filaments (jusqu’à 100 mm) renflements, vacuoles, formes en fuseaux (Fusobacterium) anaérobies stricts catalase - (+) oxydase - mobilité - spores - métabolisme F Test O/F: non applicable

Bacteroides Dichelobacter Fusobacterium B. Biologie nature: sols, air cavités des animaux (tractus digestif, génital) surface des animaux (peau, espace interdigité, onglons) saprophytes, pathogènes opportunistes, pathogènes obligés résistants dans le milieu extérieur certaines espèces très résistantes aux antibiotiques ! diarrhée, péritonite, abcès, … pododermatites (piétin)

Bacteroides Dichelobacter Fusobacterium Bacteroides fragilis** entérites, péritonites, abcès tous Dichelobacter nodosus***** piétin OV abcès, furoncles interdigités BB Fusobacterium necrophorum***** subsp. necrophorum (= ancien biotype A) subsp. fundiliforme (= ancien biotype B) abcès, furoncle interdigités, pododermatite PC, BV, OV abcès disséminés (= nécrobacillose) tous Fusobacterium nucleatum, russii CN, CT pathogénicité ?

coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies stricts
métabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-) Gram - Gassner - Francisella coccobacilles, catalase +, oxydase - Neisseria diplocoques, catalase +, oxydase + Flavobacterium Chryseobacterium bâtonnets, filaments, catalase +, oxydase + Tenacibaculum Acinetobacter coques + bâtonnets, catalase +, oxydase - EF4b coccobacilles, catalase +, oxydase +

Francisella Neisseria A. Définition diplocoques aplatis (en grains de café) (0,6 – 1,0 mm) petits coccobacilles (0,2 x 0,2 - 1,7 µm) aérobies strictes catalase + (faible) oxydase - test O/F: O (lentement) catalase + oxydase + test O/F: O mobilité – spores – métabolisme R

Francisella Neisseria B. Biologie parasites obligés: rongeurs et lagomorphes très sensibles dans le milieu extérieur (sauf eaux + humidité) pathogènes des animaux et de l’homme pathogènes intra-cellulaires facultatifs Genre Francisella Genre Neisseria commensaux des muqueuses de l’homme et des animaux pathogènes de l’homme non (ou peu) pathogènes chez l’animal

Francisella Neisseria Francisella tularensis tularémie = septicémie avec granulomes (pseudotubercules) subsp. tularensis biotype A lagomorphes hémisphère Nord (Amérique) subsp. holartica biotype B rongeurs (ex-paleartica) hémisphère Nord (Eurasie) Fr. novicida ? rongeurs (ex-Fr. tularensis subsp. novicida) pathogénicité ? Neisseria gonorrhoeae Gonorrhée HO Neisseria meningitidis Méningite Neisseria canis ? CN

Francisella Neisseria C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Francisella tularensis (tularémie) forme gastro-intestinale: via la nourriture ou l’eau contaminées forme oculaire: inoculation conjonctivale via les doigts souillés forme ulcéro-ganglionnaire: blessures lors de manipulation d’un animal mort ou malade (80% des cas); plus fréquemment parmi les chasseurs, les forestiers,…

Tenacibaculum Flavobacterium Chryseobacterium A. Définition Bâtonnets (0,5 x 1,0-3,0 mm; filaments jusqu’à 100 mm) aérobies strictes catalase + oxydase + mobilité + (par glissement) spores- métabolisme R test O/F: O

Tenacibaculum Flavobacterium Chryseobacterium B. Biologie habitants des eaux douces et salées, de l’environnement marin habitant des sols (Flavobacterium) beaucoup d’espèces non pathogènes quelques espèces très pathogènes (poissons) infections nosocomiales (HO) certaines espèces psychrophiles conditions particulières de croissance (Tenacibaculum)

Tenacibaculum Flavobacterium Chryseobacterium Flavobacterium psychrophilum septicémie poissons (ex- Cytophaga psychrophila) lésions cutanées d’eau froide (ex- Flexibacter psychrophilus) Fl. columnare maladie des alevins truites (ex-Flexibacter columnaris) Fl. branchiophilum Fl. hydatis maladie des branchies, poissons (ex-Cytophaga aquatilis) lésions cutanées Fl. johnsoniae (ex-Cytophaga johnsonae) (ex-Flexibacter aurantiacus) Tenacibaculum maritimum maladie des branchies poissons (ex-Flexibacter maritimus) lésions cutanées d’eaux salées Ten. ovolyticum maladie des œufs et alevins poissons (flétan)

Tenacibaculum Flavobacterium Chryseobacterium D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) genre Chryseobacterium Exemples: Chr. indologenes altération de produits laitiers Chr. gleum (beurre notamment) : Chr. indoltheticum modifications couleur, odeur, …

Acinetobacter Groupe EF4b A. Définition coques + bâtonnets (en code morse) (1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm) coccobacilles (cfr Pasteurella & groupe EF4a) aérobies strictes catalase + mobilité – spores - métabolisme R oxydase – test O/F: O (-) oxydase + test O/F: O

Acinetobacter Groupe EF4b B. Biologie habitants des eaux, sols, muqueuses très peu pathogènes (sur)infections nosocomiales (HO) bouche des carnivores infections de plaies par morsure (HO, animaux)

Acinetobacter Groupe EF4b D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) Genre Acinetobacter rôle discuté Exemple: Acinetobacter johnsonii flore des aliments frais ou altérés (lait, produits laitiers, carcasse de volailles, poissons) ! quelques souches capsulées (lévanes) aptes à donner une consistance visqueuse au lait, à la surface des fromages !

Gram - Gassner - coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies stricts
métabolisme R, O/F: catalase v, oxydase v Gram - Gassner - Brucella coccobacilles, catalase +, oxydase + Bartonella bâtonnets, catalase -, oxydase - Moraxella avec ex-Branhamella Riemerella coques à bâtonnets, catalase +, oxydase + Bergeyella Legionella coccobacilles, catalase -, oxydase - Afipia bâtonnets, catalase +, oxydase -

Brucella Bartonella A. Définition coccobacilles bâtonnets droits ou incurvés (0,5-0,7 x 0,5-1,5 µm) (0,3 - 0,5 x 1,0 - 1,7 µm) aérobies strictes (carbacidophiles parfois en primo-culture) catalase catalase - oxydase v oxydase - mobilité mobilité v spores – métabolisme R test O/F: - légèrement acido-résistants (Koester) se colore mieux au Giemsa Presque toutes les souches du genre Brucella possèdent DEUX chromosomes

Brucella Bartonella B. Biologie parasites obligés du tractus génital dans la nature après avortement (par exemple) résistantes à la dessication, à la putréfaction sensibles aux antiseptiques et aux agents physiques pathogènes intra-cellulaires facultatifs pathologies: avortements troubles génitaux bursites autres parasites du sang, des globules rouges et des cellules endothéliales hôtes intermédiaires: puces, poux, mouches (?) transmission: - par contact avec le sang - par griffures - par piqûres de l’arthropode pathologies: anémies endocardite lymphadénite éruption verruqueuse

Brucella Bartonella ! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes ! Br. melitensis (3 biotypes) OV, CP + homme, bovins, porcs Br. abortus (7 biotypes) BB + homme, chiens, ovins, porcs, chevaux Br. suis (5 biotypes) PC (sangliers) + chevaux, homme, chiens, ruminants sauvages, rongeurs Br. ovis OV (béliers) ? Br. canis CN ? (homme) Br. neotamae rongeurs (Utah, USA) - « Br. cetaceae » cétacés ? « Br. pinnipediae » pinnipèdes ? Genre Brucella ! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes ! Br. melitensis biovar Melitensis (3 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Abortus (7 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Suis (5 sous-biotypes) Br. melitensis biovar Ovis Br. melitensis biovar Canis Br. melitensis biovar Neotamae

Brucella Bartonella Genre Brucella ! Subdivision en sérotypes A (pour Abortus) et/ou M (pour Melitensis) ! Br. Melitensis Biotype 1 sérotype M périméditerranée Biotype 2 sérotype A asie centrale Biotype 3 sérotype A/M Amérique du sud Br. Abortus Biotype 1 sérotype A monde (+++) Biotype 2 sérotype A monde (+) Biotype 3 sérotype A Inde, Afrique de l’est Biotype 4 sérotype M rare Biotype 5 sérotype M Royaume-Uni, Allemagne Biotype 6 sérotype A rare Biotype 9 sérotype M rare Br. Suis Biotype 1 sérotype A monde (pas en Europe) Biotype 2 sérotype A (+ lièvres) Europe orientale et centrale Biotype 3 sérotype A Amériques, Chine Biotype 4 séroype A/M (rennes) régions arctiques Biotype 5 sérotype M (rongeurs) ancienne URSS Br. Ovis sérotype R monde Br. Canis sérotype R monde

Brucella Bartonella Genre Bartonella B. henselae maladie de la griffe du chat HO puces (abcès, lymphadénite, bactériémie, endocardite, …) (Ctenocephalides felis) B. clarridgeiae idem HO puces B. bovis ? BB ? (mouches) B. chomelii ? cervidés ? B. quintana fièvre des tranchées HO poux B. bacilliformis fièvre d’Oroya HO mouches (Amérique du Sud) (Phlebotomus)

Brucella Bartonella C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Brucella Abortus, Melitensis (Suis) Brucellose = syndrome grippal récurrent (fièvre ondulante) Séquelles possibles (endocardite) Infections sub-cliniques fréquentes Sources: lait et produits laitiers non pasteurisés maladie professionnelle des vétérinaires et éleveurs Sources: avortons et enveloppes fœtales Voie: transcutanée, conjonctivale, …

Moraxella Riemerella Bergeyella A. Définition coques (1,0 - 1,5 µm) à bâtonnets (1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm) aérobies strictes catalase + oxydase + mobilité – spores – métabolisme R test O/F: -

Moraxella Riemerella Bergeyella B. Biologie habitants des muqueuses peu pathogènes (! Exceptions !) résistants dans le milieu extérieur M. bovis**** kératoconjonctivite infectieuse BB M. ovis** OV (ex-Branhamella ovis) R. anatipestifer polysérosite et septicémie canard (= peste du canard) B. zoohelcum contaminations de plaies par morsure tous (ex-Weeksella) (présence dans la gueule des carnivores: cfr EF4a, EF4b, …)

Legionella Afipia A. Définition coccobacilles bâtonnets (0,3-0,7 x 2,0-3,0 µm) (0,5-1,0 x 1,5-3,0 mm) aérobies strictes catalase + (faible) oxydase v- mobilité + spores – métabolisme R test O/F: -

Legionella Afipia B. Biologie Genre Legionella habitants du milieu extérieur notamment dans l’eau douce (lac, rivière, fontaine, machine à glace,…) résistants dans le milieu extérieur non pathogène pour les individus en bonne santé importance très limitée en médecine vétérinaire Genre Afipia peu connue habitant des eaux (?) endosymbiotes d’amibes (?) dans les coussinets plantaires du chat (= vecteur mécanique) intracellulaires facultatives

Legionella Afipia Legionella pneumophila Maladie du légionnaire HO Legionella spp. (pneumonie et maladie systémique) Afipia felis Maladie de la griffe du chat HO (plus rare que Bartonella henselae) C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) fièvre de Pontiac (syndrome pseudogrippal) Source: eau de boisson (hôpitaux par exemple) Legionella pneumophila

Gram - Gassner - bâtonnets spiralés courts microaérobies
métabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase + Campylobacter Helicobacter Arcobacter

Campylobacter Helicobacter Arcobacter A. Définition bâtonnets courbes: virgules, S, spires, « mouette » (0,2-0,5 x 0,5-5 µm) microaérobies catalase + ou - oxydase + mobilité + (tire-bouchon) spores – métabolisme R test O/F: NA

Campylobacter Helicobacter Arcobacter B. Biologie parasites des muqueuses génitales, stomacales et intestinales pathogènes obligés, pathogènes opportunistes ou non pathogènes très sensibles dans le milieu extérieur et aux antiseptiques quelques résistances à des antibiotiques polymyxinesR triméthoprimeR sulfamidésR

Campylobacter Helicobacter Arcobacter Genre Campylobacter C. jejuni***** subsp. jejuni entérites tous subsp. doylei ? HO C. coli hépatite oiseaux non/peu pathogène mammifères C. fetus subsp. fetus*** avortements OV (BB) subsp. venerealis** avortements BB

Campylobacter Helicobacter Arcobacter Genre Helicobacter H. pylori ulcères gastriques, gastrites HO, CN, CT H. suis ulcères gastriques, gastrites PC (HO, singes) H. felis H. heilmannii H. salomonis gastrite, duodénite, hépatite CN, CT, HO H. pylori félidés sauvages H. canis H. spp. estomac, duodénum, foie animaux de laboratoire, animaux sauvages

Campylobacter Helicobacter Arcobacter C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) C. coli, C. lari, C. upsaliensis gastro-entérites, septicémies gastro-entérites, septicémies, méningites, avortements C. jejuni subsp. jejuni Genre Campylobacter

Campylobacter Helicobacter Arcobacter C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) H. pylori contamination aliments, eaux de surface par matières fécales gastrites chroniques, ulcères gastro-duodénaux Genre Helicobacter A. butzleri association fréquente avec des cas d’entérites Genre Arcobacter ! pouvoir pathogène incertain !

Gram - Gassner - Longs et minces filaments spiralés
Flagelles périplasmiques Spirochetaceae: Treponema, Brachyspira, Borrelia Leptospiraceae: Leptospira Autres: « Spirillum », Anaerobiospirillum Gram - Gassner -

Gram - Gassner - Longs et minces filaments spiralés
Flagelles périplasmiques Spirochetaceae Treponema spires étroites et régulières, non cultivables Brachyspira spires étroites et régulières, anaérobies strictes Borrelia spires larges et régulières, microaérobies ou non cultivables Leptospiraceae Leptospira spires étroites et irrégulières, aérobies strictes Autres « Spirillum » spires larges et régulières (microaérobies) Anaerobiospirillum spires régulières, bâtonnets longs et épais, anaérobie strictes Gram - Gassner -

Treponema Brachyspira Borrelia A. Définition bâtonnets spiralés fins et longs (0,1 - 0,5 x µm) (spires étroites, régulières, (idem) (spires larges, régulières, et peu séparées) et bien séparées) non cultivables anaérobies strictes microaérobies (ou non cultivables) coloration de Gram (peu colorable) (bien colorable) (peu colorable) (coloration de Giemsa) (coloration de Giemsa) catalase ?/- oxydase ?/- mobilité + (cils aux deux extrémités sous la membrane externe) spores – métabolisme ? métabolisme F métabolisme ? test O/F: ? test O/F: NA test O/F: NA

Treponema Brachyspira Borrelia B. Biologie dans les cavités orales, intestinales et/ou génitales très sensibles dans le milieu extérieur pouvoir pathogène variable genre Borrelia: cycle avec hôte intermédiaire obligatoire arthropodes piqueurs hématophages tiques des genres Ixodes, Rhipicephalus, Boophilus, Argos, …

Treponema Brachyspira Borrelia Treponema pallidum syphilis HO T. paraluiscuniculi** « syphilis » lapin (= lésions cutanées et lymphadénites) Brachyspira hyodysenteriae***** entérocolite et dysenterie PC Br. pilosicoli** diarrhée CN, PC, HO Br. innocens non pathogène PC (= ex-Treponema et ex-Serpulina) Borrelia burgdorferi***** « maladie de Lyme » HO, mammifères B. garinii***** (= fièvre, abattement, érythème, polyarthrites) B. afzeli***** (avortements, néphrites, …) (cultivables, microaérobies, régions tempérées) B. anserina syndrome d’abattement oiseaux (non cultivable, régions tropicales) B. theileri peu pathogène ruminants

Leptospira A. Définition bâtonnets spiralés (0,1 x µm) en S ou en C (spires étroites et irrégulières) aérobies strictes (difficiles à cultiver) Gram – mais peu colorables (coloration de Giemsa) catalase + oxydase + mobilité + spores – métabolisme R test O/F: croissance trop lente et difficile

Leptospira B. Biologie Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures 2 groupes qui sont assimilés à 14 espèces subdivisées en sérotypes Espèces/sérovars non pathogènes résistants dans le milieu extérieur L. alexanderi, L. biflexa, L. parva, L. wolbachii L. meyeri (certains sérovars) habitat: eaux et des boues Espèces/sérovars pathogènes peu résistants dans le milieu extérieur***** L. alstoni, L. borgpetersnii, L. fainei, L. inadai, L. interrogans, L. kirschneri, L. noguchii, L. santarosai, L. weilii la plupart des souches pathogènes font partie de l’espèce L. interrogans habitat: tubuli rénaux des espèces réservoirs et hôtes les sérovars avec une relative spécificité d’hôte et de réservoir dans le milieu extérieur seulement après contamination par des décharges contaminées (urines, lochies, …)

Leptospira Sérotypes et espèces animales domestiques hôtes primaires (et secondaires) Leptospirose mammifères (= néphrite interstitielle, hépatite, avortements, …) L. Pomona: bétail, ovins, porcins, équins (canins, félins, humains) L. Canicola: canins, félins, humains, (bovins, porcins, équins) L. Hardjo°: bovins, (ovins, humains, équins) L. Icterohaemorrhagiae: canins, humains, (bovins, porcins, équins) L. Autumnalis: (canins, humains) L. Grippotyphosa: ovins, équins, (bovins, porcins, canins, humains, félins) L. Sejroe: bovins L. Tarrasovi°°: (porcins) L. Australis: (bovins, canins, équins) L. Bataviae: (humains, félins) L. Bratislava: (porcins, équins) ° = L. meyeri °° = L. borgpetersenii

Leptospira Sérotypes et espèces animales domestiques réservoirs L. Pomona: bétail, porcs, animaux sauvages L. Canicola: chien et canidés sauvages, bétail, porcs L. Hardjo°: bétail, moutons L. Icterohaemorrhagiae: rats, souris L. Autumnalis, L. Grippotyphosa, L. Sejroe: faune sauvage L. Tarrasovi°°: porc L. Australis: hérisson L. Bataviae: chien, rat, souris L. Bratislava: bétail, porc, chevaux ° = L. meyeri °° = L. borgpetersenii

Leptospira C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Leptospires pathogènes sérovars Icterohaemorrhagiae, Bataviae et Copenhageni (= réputés les plus pathogènes) 2 formes: ictérique sévère et non ictérique (signes cliniques très variés) problème de profession (chevilleurs, bouchers, …) transmission par contact avec les organes internes

« Spirillum » A. Définition position taxonomique incertaine bâtonnets hélicoïdaux (0,2 x µm) mise en culture non prouvée apparemment microaérobie B. Biologie muqueuses buccale et respiratoire des rongeurs très sensibles dans le milieu extérieur pouvoir pathogène important Spirillum minus « rat-bite fever » HO « sodoku »

Anaerobiospirillum gros bâtonnets spiralés anaérobies strictes habitat: intestin Anaerobiospirillum succinoproducens Diarrhée CN, CT

Gram - Gassner - Toutes les cellules Pas d’hôtes intermédiaires
Chlamydiales Cellules endothéliales Erythrocytes Leucocytes Système réticulo-endothélial Hôtes intermédiaires Gram - Gassner - Rickettsiales Autres Lawsonia: entérocytes Clostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes

Gram - Gassner - Intracellulaires obligées Toutes les cellules
Pas d’hôtes intermédiaires Ordre des Chlamydiales Chlamydiaceae Chlamydia pas de peptidoglycan Chlamydophila pas de chaîne de transport d’électrons Piscichlamydia colorations de Köster et Giemsa Gram - Gassner -

Chlamydia Chlamydophila Piscichlamydia A. Définition corps élémentaire: forme extracellulaire infectante et résistante (0,2 - 0,3 µm) corps réticulé: forme intracellulaire à l’intérieur d’une vésicule/vacuole bactérie dépourvue de PDG peu colorable au Gram, colorable au Giemsa et Köster entrée dans la cellule divisions morula B. Biologie transmission directe par aérosol pas d’hôte intermédiaire dépendant de la cellule hôte pour la production d’énergie infecte de très nombreux types de cellules

Chlamydia Chlamydophila Piscichlamydia Chlamydia trachomatis** trachome, urogénital, HO pneumonie Chlamydia suis non pathogène PC Chlamydia muridarum ? souris Chlamydophila pneumoniae pneumonies HO Chlamydophila psittaci***** psittacose - ornithose oiseaux (HO) Chlamydophila felis**** conjonctivites, pneumonies CT Chlamydophila pecorum*** polyarthrites, pneumonies, ruminants conjonctivites Chlamydophila abortus*****avortements, OV (BB, HO) infections génitales Chlamydia caviae ? cobayes Piscichlamydia salmonis épithéliocytose des branchies salmonidés

Gram - Gassner - Cellules endothéliales Erythrocytes Leucocytes
Système réticulo-endothélial Hôtes intermédiaires Ordre des Rickettsiales: coloration de Giemsa Anaplasmataceae Anaplasma érythrocytes, tiques Ixodes Ehrlichia leucocytes mononucléés, tiques Rhipicephalus Neorickettsia leucocytes mononucléés + intestin (tiques ?) Rickettsiaceae (Rickettsia pas en Europe, tiques diverses) Piscirickettsia septicémie (?) du poisson, ? Gram - Gassner - Autres Coxiella cellules réticulo-endothéliales, pas d’hôte intermédiaire, colorations de Köster et Giemsa

Anaplasma Neorickettsia Coxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia A. Définition corps élémentaire (0,3 – 1,0 mm) = - forme infectant « l’hôte intermédiaire » - forme libre (genre Coxiella) corps réticulé = forme intracellulaire libre ou à l’intérieur d’une vacuole bactéries pourvues d’un PDG peu colorable au Gram, colorable au Giemsa (genre Coxiella colorable au Köster) Nombreux remaniements taxonomiques (voir aussi le genre Mycoplasma) Haemobartonella felis***** voir Mycoplasma haemofelis Haemobartonella canis voir Mycoplasma haemocanis Eperythrozoon suis*** voir Mycoplasma (haemo)suis Aegyptianella pullorum voir Mycoplasmatacea

Anaplasma Neorickettsia Coxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia B. Biologie transmission par arthropodes piqueurs hématophages (tiques) ! Biologiquement, le mammifère est souvent un hôte accidentel terminal ! le genre Coxiella ne présente pas d’hôte intermédiaire obligé et se transmet fréquemment par aérosol dépendant de la cellule hôte pour certaines parties du métabolisme infecte les érythrocytes: entrée dans la cellule division(s) deux (ou quatre) bactéries infecte les leucocytes poly- et mononucléés, les cellules du système réticulo-endothélial, les cellules endothéliales entrée dans la cellule divisions « morula »

Anaplasma Neorickettsia Coxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia En Europe Anaplasma phagocytophilum*** leucopénie, vasculite tiques ! Leucocytes (surtout polynucléés) (Ixodes ricinus) ex-Ehrlichia phagocytophila OV (BB) (« Tick-borne fever ») ex-Ehrlichia equi CV ? Coxiella burnetii***** avortements BB (CT) tiques syndrome grippal HO souvent pas (« Fièvre Q ») d’hôte intermédiaire ! Cellules du système réticulo-endothélial Ehrlichia canis*** leucopénie, CN tiques thrombocytopénie (Rhipicephalus sanguineus) ! Leucocytes (surtout mononucléés) Neorickettsia risticii** leucopénie, diarrhée CV ? (tiques) (ex-Ehrlichia risticii) (« Potomac horse fever ») Piscirickettsia salmonis septicémie salmonidés NON (?)

Anaplasma Neorickettsia Coxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia Quelques exemples hors Europe Anaplasma marginale** anémie, ictère BB arthropodes ! Erythocytes (Afrique) (tiques) An. centrale non pathogène BB idem ! Erythocytes (Afrique) An. ovis peu pathogène OV idem ! Erythocytes (anémie, ictère) (Afrique) Ehrlichia ruminantium oedèmes, péricardite ruminants tiques (ex-Cowdria ruminantium) (« Heart water ») (Afrique) (Amblyomma) ! Cellules endothéliales Neorickettsia syndrome général CN Douve du foie helminthoeca (« Salmon poisoning ») (Amérique N) du saumon ! Cellules du système réticulo-endothélial Rickettsia rickettsii vasculite, hémorragies, HO (CN, OV) tiques (« Rocky Mountain spotted fever ») (Dermatocentor spp.) Rickettsia felis typhus murin (?) HO puces du chat « Pseudotyphus de Californie » (Ctenocephalides felis)

Anaplasma Neorickettsia Coxiella Ehrlichia Rickettsia Piscirickettsia C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Coxiella burnetii (fièvre Q) forme aiguë: signes cliniques évoquant une grippe forme chronique (la plus grave): - surtout immunodéprimés - femme enceinte (naissance prématurée, avortement ou mort in utéro) Sources: eaux et nourriture contaminées (surtout le lait cru et les produits laitiers à base de lait cru)

Gram - Gassner - Autres Lawsonia: entérocytes, pas d’hôte intermédiaire Clostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes (voir bactéries Gram +)

Lawsonia A. Définition B. Biologie petits bâtonnets incurvés (0,2-0,5 x 0,5-1,5 mm) forme de campylobactère intracellulaire obligé symbiote des entérocytes Complexe adénomatose proliférative: PC - adénomatose bénigne - entérite nécrotique - iléite régionale - entéropathie hémorragique Lawsonia intracellularis

Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéroanaérobies métabolisme R & F; aérobies métabolisme R; microaérobies métabolisme R; anaérobies facultatives métabolisme F; anaérobies strictes métabolisme F Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires

Chapitre 6: Ecologie bactérienne
Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Cours de bactériologie 3ème candidature Chapitre 6: Ecologie bactérienne

Où vivent les bactéries ?
dans la nature cycle de la matière . non pathogènes . certains pathogènes (maladies telluriques) . origine fécale

au contact des animaux digestion, flore de barrière, … peau, muqueuses digestives, respiratoires, génitales, conjonctivales (muqueuses urinaires) . flore résidente: bactéries commensales bactéries pathogènes opportunistes . flore non résidente: bactéries non pathogènes bactéries pathogènes obligés

dans les animaux (sang, organes internes, …) Pas de flore commensale interne QUOIQUE … (sang: période postprandiale) (muscles: spores de Cl. chauvoei, Cl. septicum, …) (foie: spores de Cl. novyi, Cl. haemolyticum, …) (foie <ombilic abcès, foyers de nécrose) ! et surtout le genre Bartonella dans et sur les érythrocytes !

Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes
Flore résidente Gram positive surtout Flore non résidente (variée) ‹ extérieur (sols, litière) staphylocoques,streptocoques Arcanobacterium Actinomyces clostridies aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes essentiellement non pathogènes, pathogènes opportunistes

Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes
! Circonstances adjuvantes ! plaies accidentelles, chirurgicales, naturelles glandes sébacées, follicules pileux pli « crasses » (dans l’oreille)

Idem, mais plus riche en Gram négatives
Œil - Conjonctive Idem, mais plus riche en Gram négatives non pathogènes pathogènes opportunistes Moraxella Branhamella ! Circonstances adjuvantes ! corps étranger vent froid

Système digestif 1) Bouche et pharynx
flore résidente nombreuse et variée flore non résidente variée biotopes variés: joues, palais, langue (dessus et dessous), gencives, larynx, amygdales

1) Bouche et pharynx (suite)
Système digestif 1) Bouche et pharynx (suite) . coques Gram+ et Gram- . Actinomyces . pasteurelles, actinobacilles, hémophiles . coliformes, … . EF4a, EF4b, M5, Weeksella, Capnocytophaga… aérobies strictes, aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux ou respiratoires ou systémiques

1) Bouche et pharynx (suite)
Système digestif 1) Bouche et pharynx (suite) ! Circonstances adjuvantes ! blessure (< nourriture) tartre stress: voyage, froid,…

! réservoir de certains pathogènes humains !
Système digestif 2) Estomacs rumen Eubactéries – 1011 / ml 200 espèces Archaebactéries 107 – 109 / ml 4 – 5 espèces Protozoaires ciliés 104 – 106 / ml 25 – 30 espèces Champignons 103 – 104 / ml 12 espèces Bactériophages 107 / ml ! réservoir de certains pathogènes humains ! Escherichia coli O157: H7

Système digestif 2) Estomacs (suite) digérant
flore résidente très limitée hélicobactéries: ulcères, gastrites, cancers,…

Système digestif 3) Intestins grêle
de peu habité (102 / ml) à très habité (107 / ml) péristaltisme 90 % anaérobies strictes, anaérobies facultatives, microaérobies Gram+ et Gram- en proportions variables Bacteroides, Lactobacillus, clostridies, entérocoques, campylobactères non pathogènes ou pathogènes opportunistes

! . perturbation de la flore par des antibiotiques (dysbactériose)
Système digestif 3) Intestins grêle 10 % aéroanaérobies Gram + et Gram – (surtout) entérobactéries, Bacillus = non pathogènes, pathogènes (Salmonella, Escherichia coli) ! . perturbation de la flore par des antibiotiques (dysbactériose) . perturbation du péristaltisme

! origine de l’envahissement du grêle !
Système digestif 3) Intestins caecum, colon très habité 109 – 1011 / ml peu de péristaltisme flore similaire: encore plus d’anaérobies strictes non pathogènes ou pathogènes opportunistes (clostridies, spirochètes) réservoirs d’autres pathogènes (Salmonella par exemple) ! origine de l’envahissement du grêle ! si perturbation du péristaltisme

Système respiratoire 1) Nez et pharynx
Flore résidente nombreuse et variée Flore non résidente variée Biotopes différents: naseaux, muqueuse, cornets, pharynx, amygdales, …

1) Nez et pharynx (suite)
Système respiratoire 1) Nez et pharynx (suite) aérobies strictes aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux, respiratoires profonds (très nombreux) staphylocoques, streptocoques, … Arcanobacterium pyogenes coques Gram - bordetelles, pasteurelles, hémophiles, … coliformes, … mycoplasmes Streptobacillus moniliformis

! blessures, stress, froid, ventilation, poussières, pollution !
Système respiratoire 1) Nez et pharynx (suite) rhinite atrophique: B. bronchiseptica + P. multocida gourme: Strep. Equi pyogènes classiques: streptocoques, staphylocoques, Arcanobacterium pyogenes, … bronchopneumonies: mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, … ! blessures, stress, froid, ventilation, poussières, pollution !

! stress, froid, voyages, ventilation, poussières, pollution !
Système respiratoire 2) Larynx, trachée, bronches, alvéoles aucune flore résidente flore de passage < pharynx ! stress, froid, voyages, ventilation, poussières, pollution ! Trachéobonchites/bronchopneumonies/pleuropneumonies: mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, …

! interférences avec le flux urinaire, la miction !
Système urinaire 1) Vessie pas de flore résidente flore de passage chez femelle < vagin chez mâle (rare) <fourreau Mécanismes de protection: miction, pH urine, longueur de l’urètre (mâle) 2) Cavité pyélique du rein pas de flore ! interférences avec le flux urinaire, la miction ! ! infections d’origine hématogène !

1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) - Fourreau
Système génital 1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) - Fourreau Flores résidentes commensales abondantes et variées Flores de passage variées < périnée + matières fécales < peau, milieu extérieur Biotopes différents: vulve, vagin, col prépuce, pénis

1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) – Fourreau (suite)
Système génital 1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) – Fourreau (suite) femelle: - surtout anaérobies facultatives et strictes: Lactobacillus - 10 % autres: staphylocoques, streptocoques < périnée - flores de passage: entérobactéries < matières fécales vaginite, métrite, cystite avortements mâle: de tout < peau, environnement peu de problèmes transfert vénérien avortements, métrites, cystites, … (Campylobacter fetus, Corynebacterium renale, Taylorella equigenitalis, Actinobaculum suis, …)

3) Urètre et glandes annexes (mâle)
Système génital 2) Matrice pas de flore résidente flore de passage lors de l’ouverture du col Possibilité de métrite, de résorption embryonnaire, d’avortements, … ? Lien avec délai de retour en chaleurs ? 3) Urètre et glandes annexes (mâle) pas de flore

! interférence avec la traite, le flux lacté !
4) Mamelle pas de flore résidente trayon: flore de passage < peau, litière ! interférence avec la traite, le flux lacté ! ! infections d’origine hématogène !

Chapitre 5: Les grands groupes bactériens

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