Souchothèque de Bretagne RCC : Roscoff Culture Collection

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1 Souchothèque de Bretagne RCC : Roscoff Culture Collection
Station Biologique de Roscoff Responsable scientifique D. Vaulot (DR1 CNRS) Curatrice Florence Le Gall (AI CNRS)

2 La souchothèque de Bretagne
Bactéries marines (hyperthermophiles) LMM (UBO) D. Prieur - coordinateur Champignons et Bactéries agro-alimentaires ESMISAB (UBO) Y. Tirilly Bactéries marines (hyperthermophiles) LMBE (IFREMER) G. Barbier Microalgues picoplanctoniques SBR (CNRS, UPMC) D. Vaulot 4000 à 5000 souches Consolidation de collections individuelles Actions de recherche Actions communes (formation en particulier) Harmonisation des catalogues Base de donnée unique avec accès web

3 Centres de Ressources Biologiques
Champignons et Bactéries agro-alimentaires ESMISAB (UBO) Y. Tirilly Bactéries marines (hyperthermophiles) LMM (UBO) D. Prieur - coordinateur Bactéries marines (hyperthermophiles) LMBE (IFREMER) G. Barbier Microalgues picoplanctoniques SBR (CNRS, UPMC) D. Vaulot Microalgues (Coccoilthophoridés..) Algobank (U Caen) C. Billard Diatomées ISOMER (U Nantes) J.M. Robert Microalgues ENS Paris J.Houmard Microalgues d’intéret économiques IFREMER (A. Muller-Feuga) Harmonisation et assurance qualité Utilisation du modèle de base de données développé par la Souchothèque

4 Equipement de la RCC Salle de culture à 20 °C Salle de culture à 15 °C
Armoire à 5 °C Salle d’expérimentation (cycles jour-nuit; UV) Salle de transfert Cytomètres en flux, microscopes, imagerie digitale…

5 Caractéristiques de la RCC
Collection spécialisée dans le picoplancton (< 3 mm) 505 souches (fin 2003) Souches côtières et océaniques

6 Intérêt du picoplancton
Ecologie Domine en milieu océanique oligotrophe Important en milieu côtier (hiver, été) Biodiversité. Nouvelles classes d’algues (Bolidophyceae) Modèles biologiques Génome compact (Prochlorococus, Ostreococcus) Biotechnologies Aquaculture Recherche de nouvelles molécules

7 Isolement de nouvelles souches
Eau de mer 2 filtrations sur 3µm Analyse par cytométrie en flux Enrichissements K/10, K/100, K/10+Si,f/20 Dilution sériée 10-6 Culture sur boite K medium (0,6%agar) Tri par cytométrie en flux

8 Méthodes de caractérisation
Microscopie optique Cytométrie en flux Microscopie électronique Analyse des pigments par HPLC Analyses moléculaires ARN 18S RFLP Séquence 500 bases ITS RCC 347

9 Base de données Developpée sous Access
Web:

10 Nombre de souches : 505 Backup cultures not taken into account

11 Prochlorococcus TATL1b Prochlorococcus TATL1a Prochlorococcus NATL2a
Souches remarquables Prochlorococcus Synechococcus Prochlorococcus TATL1b Prochlorococcus MIT9107 Prochlorococcus SB, TATL2 HLII Prochlorococcus MIT9302 Prochlorococcus MIT9312 Prochlorococcus Prochlorococcus GP2 Prochlorococcus TATL1a SAR 6 HLI Prochlorococcus NATL2 Prochlorococcus MED4 Prochlorococcus NATL2a Prochlorococcus PAC1 LL Prochlorococcus SS120 Synechococcus Prochlorococcus MIT9313 Prochlorococcus MIT9303 Synechococcus sp. WH8102 SAR 139 SAR 100 SAR 7 Synechococcus WH8101 Synechococcus WH7805 Génomes séquencés

12 Ostreococcus spp. Souches remarquables 21 souches : Etang de Thau
Le plus petit eucaryote: 0.8 um Génome séquencé à Montpellier 21 souches : Etang de Thau Mer Méditerranée Manche Atlantique tropical Mer Rouge

13 Souches remarquables Bolidomonas

14 Objectifs court et moyen terme
Intégration dans la Souchothèque de Bretagne Intégration au réseau international Micro*scope Développement de nouvelles techniques de culture Culture sur milieu solide Axénisation et clonage (cytométrie en flux) Mutagenèse et transformation Méthodes de sélection Caractérisation des souches Description de nouvelles espèces Isolement de nouvelles souches du picoplancton Campagnes océanographiques Zones côtières Eucaryotes hétérotrophes non-cultivés (Straménopiles, Alvéolés)

15 Programmes Souchothèque de Bretagne (CPER)
GénoMer et Génopole-Ouest (CPER) CRB (Ministère de la Recherche) PicoManche: PRIR Région Bretagne - terminé Programme CNRS Aventis - terminé PROMOLEC (Europe FP5) - terminé PICODIV (Europe FP5) - terminé

16 Partenaires Equipes utilisant la collection (environ 180 souches en accès libre) Equipes de la Station Biologique de Roscoff IFREMER, Brest SHOM, Brest SOMAIGE SANOFI Station de Dinard Institut PASTEUR, Paris Observatoire Océanologique de Banyuls sur Mer Observatoire Océanologique de Villefranche sur Mer University of Warwick, GB Humbolt University, Berlin Massachusetts Institute of Technology, Cambridge USA Scripps Institution of Oceanography, La Jolla USA Collections de microalgues ALGOBANK, Université de Caen Pasteur Culture Collection, Institut Pasteur, Paris Culture Collection of Marine Phytoplankton (CCMP), Bigelow Lab, Maine, USA Plymouth Marine Laboratory Culture Collection, GB