BIO-INFORMATIQUE Analyse de séquences nucléotidiques - séance n°1 Illustration:

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1 BIO-INFORMATIQUE Analyse de séquences nucléotidiques - séance n°1 Illustration: http://www.arradx-almac.com/diagnostics/bioinformatics-consultancy.aspx

2 Plan du TP Objectifs Mise en situation Présentation des outils Pratique Evaluation

3 Objectifs Format Fasta Logiciel BioEdit BLAST Prediction de gènes Design primers … Analyse critique des résultats

4 Mise en situation Création banque cDNA Recherche de gènes candidats Impliqués dans la résistance à la sécheresse Arabidopsis thaliana

5 VecScreen http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecSc reen.html

6 BioEdit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

7 Le format FASTA (rappel) FASTA = format de séquence (ARN, ADN, Prot) utilisable par de nombreux outils bioinformatiques Bloc Note > Header AATTCCGGAATAA (séquence) ATGGCAA Enregistrer «.fasta »

8 Traduire ADN en protéine, trouver la phase de lecture codante http://www.expasy.ch/tools/dna.html

9 Mise en évidence d’ORF http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/

10 Trouver les sites de restriction http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

11 Trouver les sites de restriction http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/

12 Analyse taux de GC http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl

13 BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

14 « Basic Local Alignment Search Tool » « Regions of local similarity between sequences. Nucleotide or protein sequences VS sequence databases Calculates the statistical significance of matches. »

15 « Basic Local Alignment Search Tool »

16 Choix du BLAST BLASTP: Search protein database using a protein query  Identifier une protéine, trouver des régions similaires: Blastp  Trouver des protéines apparentées éloignées (ou de nouveaux membres d’une famille protéique): (PSI)-BLAST (très sensible!)  Trouver un motif protéique dans sa séquence et une similarité autour du motif: (PHI)-BLAST.  Blastx : Search protein database using a translated nucleotide query (compares the six-frame conceptual translation products of a nucleotide query sequence (both strands) against a protein sequence database)  plus sensible que nucléotide BLAST quand on a une séquence nucléotidique codante  première analyse quand on a une nouvelle séquence nucléotidique!

17 Choix du BLAST TBLASTN: Search translated nucleotide database using a protein query – (compares a protein query sequence against a nucleotide sequence database dynamically translated in all six reading frames (both strands)).  Efficace pour trouver d’une séquence EST des protéines probables TBLASTX: Search translated nucleotide database using a translated nucleotide query – (compares the six-frame translations of a nucleotide query sequence against the six-frame translations of a nucleotide sequence database).  Efficace pour trouver d’une séquence EST des protéines probables  Analyse intensif BlastN: Nucleotide database vs nucleotide query.  Pratique pour trouver des homologies entre espèces proches.

18 Functional analyse http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/

19 Functional analyse http://pfam.sanger.ac.uk/

20 Primer design http://frodo.wi.mit.edu/primer3/

21 Introns Exons http://www.ncbi.nlm.nih.gov/spidey/ Si vous disposer De la séquence cDNA et gDNA

22 Genes prediction Localisation des gènes et positions introns exons