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DIVERSITY and ABUNDANCE of GRAM POSITIVE BACTERIA in a TIDAL FLAT ECOSYSTEM H STEVENS T BRINKHOFF B RINK J VOLLMERS 2007 Présenté par : DIAGNE Ahmed Master.

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1 DIVERSITY and ABUNDANCE of GRAM POSITIVE BACTERIA in a TIDAL FLAT ECOSYSTEM H STEVENS T BRINKHOFF B RINK J VOLLMERS 2007 Présenté par : DIAGNE Ahmed Master 1 Biologie et Ecologie marine

2 Objectif de létude Montrer labondance et la diversité des bactéries gram+ dans un écosystème sous influence de marée. Différence entre les bactéries gram+ à affinité marine et celles à affinité deau douce par analyse DGGE. Montrer que les bactéries gram+ sont indigènes et non introduites à ce milieu.

3 Techniques utilisées Isolement des bactéries par dilution avec différents substrats supplémentaires au milieu de culture. Lhybridation Fluorescente in situ(Fish) utilise des sondes fluorescentes qui reconnaissent des taxons précis (classe,genre ou espèce). Electrophorèse sur gel en gradient dénaturant (DGGE) afin de séparer les molécules dacides nucléiques par leur migration sous laction du dénaturant.

4 Isolement des bactéries par dilution avec différents substrats supplémentaires dans le milieu de culture( eau de mer) En mai : 63 isolats dont 17 sont gram+ Actinobactéria (gram+) 27% Proteobactéria (alpha et gamma) 65% Ce résultat chiffré met en évidence labondance des bactéries gram+ dans cet environnement côtier.

5 Affiliation phylogénétique de lActinobacteria basée sur les séquences des gènes codant pour lARNr 16S

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7 Analyse de larbre phylogénétique Les séquences sont principalement groupées dans six familles de bactéries gram+. Microbacteriaceae : groupe I,II Micrococcaceae :groupe III IV V VI Nocardiaceae :groupe VII VIII Pseudonocardiaceae : groupe IX Nocardiodacae : groupe X Baccili : groupe XI XII XIII XIV XV La diversité des bactéries gram+ est prouvée par les différents groupes de famille représentés dans larbre phylogénétique

8 Lanalyse du DGGE des modèles de bandes dactinobacteria- spécifique de la libre vie(LF) et des communautés associées au particules (PA) collectés aux stations 1-5 à proximité de la station B de la mer de Wadden Les échantillons marins sont semblables par la Bande DG3 et différents de ceux de leau douce par la bande DG1.

9 Croissance des bactéries gram+ dans divers gamme de salinité (1 – 45 ) La majorité des groupes de bactéries gram+ semble bien croître différemment dans les gammes de salinité qui avoisinent ce milieu côtier.

10 Mise en évidence du statut indigène des bactéries gram+ dans lenvironnement marin La communauté bactérienne gram+ semble être indigène à cet environnement marin par : lAdaptation des bactéries gram+ aux conditions de salinité ambiante de la mer de Wadden. Leur milieu de vie est caractérisé par une forte entrée de nutrients, dynamique de salinité, lumière, oxygène et température (habitat exceptionnel). Différence entre les bactéries gram+ marines et celles deau douce.

11 Remarques La diversité bactérienne gram+ que reflète larbre phylogénétique est peu fiable car non vérifiée par la méthode de Bootstrap. Cette diversité est plus importante que celle observée par les études antérieures dautres auteurs ( Suzuki et al,1997). Le statut dindigène devrait tenir compte de lapport des marées qui pourrait influencer le milieu. Faire une étude se rapportant à leffet des marées sur la composition spécifique de ce milieu côtier.

12 Merci pour votre attention

13 Localisation de la mer de Wadden N

14 Les endroits(A et B) de collecte des échantillons station1 conduite deau douce station2-5 sont marines

15 Procédures expérimentales de certaines techniques utilisées Lieu de collecte des échantillons : –Réalisée le 27 mai et le 25 octobre 1999 dans la mer de wadden Est Frisian,Allemagne –Endroits de collecte A ( 53°37N ; 07°08E ) B (53°42N ; 07°43 E ) Isolement des bactéries : linoculum est 1ml deau une série de 10 dilutions est effectuée rajout de substrat supplémentaire :Agar,alginate, caséine, cellulose, chitine, laminarin, (Difco,Allemagne) croissance par turbidité vérifiée au microscope diverses bactéries ont été isolées la pureté des isolats est examinée par analyse du DGGE

16 Amplification des gènes ribosomiaux 16S par la méthode du PCR Utilisation des amorces : S-C-Act-235-a-S-20 et S-C-Act- 878-a-A-19(stach et al,2003) La chromatographie a été rajoutée à lanalyse du DGGE (Muyzer et al, 1998) Dénaturation prolongée de 40 à 60 secondes entre 67°C et 72°C. Avec le PCR (Polymérase Chain Réaction) les produits étaient bien amplifiés et épurés (Sambrook et al, 1989)

17 Analyse séquentielle de larbre phylogénétique Lidentification des séquences est réalisée par la comparaison avec les séquences déjà connues. lanalyse phylogénétique par le logiciel ARB(Ludwig et al,2001) Le calcul des arbres na considéré que les ordres à point débullition de Les ordres les plus courts ont été rajoutés à larbre final


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