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Quelques éléments de comparaison M. Dramaix

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Présentation au sujet: "Quelques éléments de comparaison M. Dramaix"— Transcription de la présentation:

1 Quelques éléments de comparaison M. Dramaix
Ateliers méthodologiques Département de Biostatistique et unité Epitraumac SPSS - STATA Quelques éléments de comparaison M. Dramaix 13 novembre 2007

2 Les fichiers – les fenêtres
SPSS : approche similaire de celle des autres logiciels WINDOWS (EXCEL) Données : éditables directement dans la fenêtre Exportation et importation de nombreux types de fichiers: EXCEl, DBF, STATA, SAS… STATA : plus proche d’EPIINFO Pas de sauvegarde possible de l’output à posteriori A l’écran, longueur de l’output lisible limitée Données: visibles avec DATA BROWSER Données: éditables avec DATA EDITOR Exportation – importation plus limité: fichiers ASCII, SAS XPORT 13 novembre 2007

3 Les fenêtres de SPSS 13 novembre 2007

4 13 novembre 2007 Les fenêtres de STATA

5 13 novembre 2007 SPSS DATA VIEW

6 13 novembre 2007 STATA DATA BROWSER

7 Les commandes (I) Dans SPSS Plus simple
La plupart directement accessibles par les menus Commandes facilement identifiables Commandes non accessibles: utilisation dans la programmation, par ex: DO REPEAT 13 novembre 2007

8 Les commandes (II) Dans STATA Plus complexe
Mais logique dans l’écriture pour options, sélection… Pas simple de retrouver toutes les commandes par les menus 13 novembre 2007

9 Les commandes (III) Dans STATA
Dans certains cas, plusieurs commandes nécessaires pour une commande SPSS Plus grande nécessité de connaître la théorie pour trouver les commandes adéquates moins de risque d’erreur dans le choix des méthodes Pas d’abréviations,  fautes « orthographe », ne confond pas majuscules et minuscules 13 novembre 2007

10 Exemple 1: test t - SPSS T-TEST GROUPS = PPN(0 1) /MISSING = ANALYSIS
/VARIABLES = PoidM /CRITERIA = CI(.95) . 13 novembre 2007

11 Exemple 1: test t - STATA robvar PoidM, by( PPN ) ttest PoidM, by(PPN)
ttest PoidM, by(PPN) unequal 13 novembre 2007

12 Exemple 2 – Régression (I)
13 novembre 2007

13 Exemple 2 – Régression STATA (suite)
13 novembre 2007

14 Exemple 2 – Régression (2)
REGRESSION /DESCRIPTIVES MEAN STDDEV CORR SIG N /MISSING LISTWISE /STATISTICS COEFF OUTS R ANOVA COLLIN TOL /CRITERIA=PIN(.05) POUT(.10) /NOORIGIN /DEPENDENT Pnaiss /METHOD=ENTER POIDMK AGEM Tabac Probur /SCATTERPLOT=(*ZRESID ,*ZPRED ) /RESIDUALS HIST(ZRESID) NORM(ZRESID) . Commande SPSS (paste) regress Pnaiss POIDMK AGEM Tabac Probur, beta predict fit predict sdres, rstandard qnorm sdres twoway (scatter sdres fit) estat vif Commandes STATA 13 novembre 2007

15 Exemple 3 – procédure pas à pas
REGRESSION /MISSING LISTWISE /STATISTICS COEFF OUTS R ANOVA /CRITERIA=PIN(.05) POUT(.10) /NOORIGIN /DEPENDENT POIENF /METHOD=STEPWISE AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI . Commande SPSS stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI Commande STATA Commande STATA xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite Commande STATA avec décomposition en indicateurs Commande STATA avec décomposition en indicateurs Commande STATA avec décomposition en indicateurs 13 novembre 2007

16 Les méthodes disponibles
Plus étendues dans STATA Plus de méthodes appliquées en épidémiologie Ex: analyse des tables, taille échantillon… Sorties différentes avec les deux logiciels: plus ou moins de statistiques avec l’un ou l’autre Ex: mesures association dans les tables, ANOVA, procédures pas à pas…plus détaillé dans SPSS Ex: test d’égalité des variances, mesures épidémiologiques dans les tables, courbes ROC…plus détaillé dans STATA 13 novembre 2007

17 Méthodes 13 novembre 2007

18 Sortie test t - SPSS 13 novembre 2007

19 Sortie test t – STATA (I)
. robvar PoidM, by( PPN ) | Summary of Poids mère avant | (pounds) PPN | Mean Std. Dev Freq. >= 2500g | < 2500g | Total | W0 = df(1, 187) Pr > F = W50 = df(1, 187) Pr > F = W10 = df(1, 187) Pr > F = 13 novembre 2007

20 Sortie test t – STATA (II)
. ttest PoidM, by(PPN) Two-sample t test with equal variances Group | Obs Mean Std. Err. Std. Dev. [95% Conf. Interval] >= 2500g | < 2500g | combined | diff | diff = mean(>= 2500g) - mean(< 2500g) t = Ho: diff = degrees of freedom = Ha: diff < Ha: diff != Ha: diff > 0 Pr(T < t) = Pr(|T| > |t|) = Pr(T > t) = 13 novembre 2007

21 Sorties Tables - SPSS 13 novembre 2007

22 Sorties Tables – STATA (I)
. tabulate Tabac PPN, chi2 column exact expected lrchi2 V | Key | | | | frequency | | expected frequency | | column percentage | Tabagisme | durant | PPN grossesse | >= 2500g < 2500g | Total Non | | | | | | Oui | | | | | | Total | | | | | | Pearson chi2(1) = Pr = 0.026 likelihood-ratio chi2(1) = Pr = 0.027 Cramér's V = Fisher's exact = 1-sided Fisher's exact = Sorties Tables – STATA (I) 13 novembre 2007

23 Sorties Tables – STATA (II) Tables pour “épidémiologistes”
. cc PPN Tabac Proportion | Exposed Unexposed | Total Exposed Cases | | Controls | | Total | | | | | Point estimate | [95% Conf. Interval] | Odds ratio | | (exact) Attr. frac. ex. | | (exact) Attr. frac. pop | | chi2(1) = Pr>chi2 = 13 novembre 2007

24 Sorties Analyse Stratifiée – SPSS (I)
13 novembre 2007

25 Sorties Analyse Stratifiée – SPSS (II)
13 novembre 2007

26 Sorties Analyses Stratifiée - STATA
. cc PPN Tabac, by(Ethnie) pool Ethnie | OR [95% Conf. Interval] M-H Weight Blanc | (exact) Noir | (exact) Autres | (exact) Crude | (exact) Pooled (direct) | M-H combined | Test of homogeneity (direct) chi2(2) = Pr>chi2 = Test of homogeneity (M-H) chi2(2) = Pr>chi2 = Test that combined OR = 1: Mantel-Haenszel chi2(1) = Pr>chi2 = 13 novembre 2007

27 Autres exemples ANOVA Logistique stepwise 13 novembre 2007

28 Graphiques Performants avec les deux logiciels: édition, exportation
Plus de possibilités avec STATA Exemples 13 novembre 2007

29 Graphiques SPSS 13 novembre 2007

30 Conclusion Recherche Enseignement STATA + SPSS +
STATA exige d’aller plus en profondeur dans la théorie éventuellement plus de détails mathématiques nécessaires 13 novembre 2007


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