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13 novembre 2007 Ateliers méthodologiques Département de Biostatistique et unité Epitraumac SPSS - STATA Quelques éléments de comparaison M. Dramaix.

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1 13 novembre 2007 Ateliers méthodologiques Département de Biostatistique et unité Epitraumac SPSS - STATA Quelques éléments de comparaison M. Dramaix

2 13 novembre 2007 Les fichiers – les fenêtres SPSS : approche similaire de celle des autres logiciels WINDOWS (EXCEL) Données : éditables directement dans la fenêtre Exportation et importation de nombreux types de fichiers: EXCEl, DBF, STATA, SAS… STATA : plus proche dEPIINFO Pas de sauvegarde possible de loutput à posteriori A lécran, longueur de loutput lisible limitée Données: visibles avec DATA BROWSER Données: éditables avec DATA EDITOR Exportation – importation plus limité: fichiers ASCII, SAS XPORT

3 13 novembre 2007 Les fenêtres de SPSS

4 13 novembre 2007 Les fenêtres de STATA

5 13 novembre 2007 SPSS DATA VIEW

6 13 novembre 2007 STATA DATA BROWSER

7 13 novembre 2007 Les commandes (I) Dans SPSS Plus simple La plupart directement accessibles par les menus Commandes facilement identifiables Commandes non accessibles: utilisation dans la programmation, par ex: DO REPEAT

8 13 novembre 2007 Les commandes (II) Dans STATA Plus complexe Mais logique dans lécriture pour options, sélection… Pas simple de retrouver toutes les commandes par les menus

9 13 novembre 2007 Les commandes (III) Dans STATA Dans certains cas, plusieurs commandes nécessaires pour une commande SPSS Plus grande nécessité de connaître la théorie pour trouver les commandes adéquates moins de risque derreur dans le choix des méthodes Pas dabréviations, fautes « orthographe », ne confond pas majuscules et minuscules

10 13 novembre 2007 Exemple 1: test t - SPSS T-TEST GROUPS = PPN(0 1) /MISSING = ANALYSIS /VARIABLES = PoidM /CRITERIA = CI(.95).

11 13 novembre 2007 Exemple 1: test t - STATA robvar PoidM, by( PPN )ttest PoidM, by(PPN) ttest PoidM, by(PPN) unequal

12 13 novembre 2007 Exemple 2 – Régression (I)

13 13 novembre 2007 Exemple 2 – Régression STATA (suite)

14 13 novembre 2007 Exemple 2 – Régression (2) REGRESSION /DESCRIPTIVES MEAN STDDEV CORR SIG N /MISSING LISTWISE /STATISTICS COEFF OUTS R ANOVA COLLIN TOL /CRITERIA=PIN(.05) POUT(.10) /NOORIGIN /DEPENDENT Pnaiss /METHOD=ENTER POIDMK AGEM Tabac Probur /SCATTERPLOT=(*ZRESID,*ZPRED ) /RESIDUALS HIST(ZRESID) NORM(ZRESID). regress Pnaiss POIDMK AGEM Tabac Probur, beta predict fit predict sdres, rstandard qnorm sdres twoway (scatter sdres fit) estat vif Commande SPSS (paste) Commandes STATA

15 13 novembre 2007 Exemple 3 – procédure pas à pas stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite REGRESSION /MISSING LISTWISE /STATISTICS COEFF OUTS R ANOVA /CRITERIA=PIN(.05) POUT(.10) /NOORIGIN /DEPENDENT POIENF /METHOD=STEPWISE AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI. Commande SPSS Commande STATA Commande STATA avec décomposition en indicateurs stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI Commande STATA stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM ETCIV PERBG BAUDE BMI xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite Commande STATA avec décomposition en indicateurs xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite Commande STATA avec décomposition en indicateurs xi: stepwise, pe(0.05): regress POIENF AGEM i.ETUM ETCIV PERBG BAUDE BMI i.grparite

16 13 novembre 2007 Les méthodes disponibles Plus étendues dans STATA Plus de méthodes appliquées en épidémiologie Ex: analyse des tables, taille échantillon… Sorties différentes avec les deux logiciels: plus ou moins de statistiques avec lun ou lautre Ex: mesures association dans les tables, ANOVA, procédures pas à pas…plus détaillé dans SPSS Ex: test dégalité des variances, mesures épidémiologiques dans les tables, courbes ROC…plus détaillé dans STATA

17 13 novembre 2007 Méthodes

18 13 novembre 2007 Sortie test t - SPSS

19 13 novembre 2007 Sortie test t – STATA (I). robvar PoidM, by( PPN ) | Summary of Poids mère avant | (pounds) PPN | Mean Std. Dev. Freq >= 2500g | < 2500g | Total | W0 = df(1, 187) Pr > F = W50 = df(1, 187) Pr > F = W10 = df(1, 187) Pr > F =

20 13 novembre 2007 Sortie test t – STATA (II). ttest PoidM, by(PPN) Two-sample t test with equal variances Group | Obs Mean Std. Err. Std. Dev. [95% Conf. Interval] >= 2500g | < 2500g | combined | diff | diff = mean(>= 2500g) - mean(< 2500g) t = Ho: diff = 0 degrees of freedom = 187 Ha: diff 0 Pr(T |t|) = Pr(T > t) =

21 13 novembre 2007 Sorties Tables - SPSS

22 13 novembre 2007 Sorties Tables – STATA (I). tabulate Tabac PPN, chi2 column exact expected lrchi2 V | Key | | | | frequency | | expected frequency | | column percentage | Tabagisme | durant | PPN grossesse | >= 2500g < 2500g | Total Non | | 115 | | | | Oui | | 74 | | 74.0 | | Total | | 189 | | | | Pearson chi2(1) = Pr = likelihood-ratio chi2(1) = Pr = Cramér's V = Fisher's exact = sided Fisher's exact = 0.020

23 13 novembre cc PPN Tabac Proportion | Exposed Unexposed | Total Exposed Cases | | Controls | | Total | | | | | Point estimate | [95% Conf. Interval] | Odds ratio | | (exact) Attr. frac. ex. | | (exact) Attr. frac. pop | | chi2(1) = 4.92 Pr>chi2 = Sorties Tables – STATA (II) Tables pour épidémiologistes

24 13 novembre 2007 Sorties Analyse Stratifiée – SPSS (I)

25 13 novembre 2007 Sorties Analyse Stratifiée – SPSS (II)

26 13 novembre 2007 Sorties Analyses Stratifiée - STATA. cc PPN Tabac, by(Ethnie) pool Ethnie | OR [95% Conf. Interval] M-H Weight Blanc | (exact) Noir | (exact) Autres | (exact) Crude | (exact) Pooled (direct) | M-H combined | Test of homogeneity (direct) chi2(2) = 3.02 Pr>chi2 = Test of homogeneity (M-H) chi2(2) = 3.03 Pr>chi2 = Test that combined OR = 1: Mantel-Haenszel chi2(1) = 9.41 Pr>chi2 =

27 13 novembre 2007 Autres exemples ANOVA Logistique stepwise …

28 13 novembre 2007 Graphiques Performants avec les deux logiciels: édition, exportation Plus de possibilités avec STATA Exemples

29 13 novembre 2007 Graphiques SPSS

30 13 novembre 2007 Conclusion Recherche STATA + Enseignement SPSS + STATA exige daller plus en profondeur dans la théorie éventuellement plus de détails mathématiques nécessaires


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