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La sélection et son application – Produire des Holstein plus rentables (sélection des mâles) Une perspective nord-américaine Marjorie Faust et Katie Olson.

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1 La sélection et son application – Produire des Holstein plus rentables (sélection des mâles) Une perspective nord-américaine Marjorie Faust et Katie Olson États-Unis

2 Rendre les Holstein plus rentables avec la génomique Quel est létat actuel de la science? Comment applique-t-on et utilise-t-on la technique aux É.-U.? Quels sont les défis et opportunités pour que la génomique aille de lavant et que les Holstein puissent offrir, sur demande des producteurs, efficacité de la production et valeur pour leur argent?

3 Obtenir des Holstein plus rentables Un progrès considérable atteint aux É.-U. grâce à la coopération et la collaboration au sein de lindustrie, la pré-génomique et, maintenant, la génomique –Agences de contrôle laitier – DHI, labos de testage de lait, etc. –Unité dévaluation génétique – USDA-AIPL –Vulgarisation des coops –Associations de races –Éleveurs laitiers –Universités –Agences dIA Valeur délevage – Protéine, kg Taureaux Vaches Rend. prot. Rendement en protéine, kg Année de naissance

4 Évaluations génomiques en Amérique du Nord Rendues publiques en 2009 Adoption rapide ds programmes de sélection USDA-AIPL, 2012 > mâles > (2 sexes) ADN Paires de bases Squelette de sucres et phosphates Évaluation génomique – Mois-An Sujets génotypés – nombre cumulatif Total femelles Jeunes femelles Total mâles Jeunes mâles

5 Fiabilité des évaluations génomiques (É.-U.) Les jeunes taureaux de reproduction ont toujours été une bonne source de génétique. En 2012, la génomique offre des outils plus précis (mais encore imparfaits) pour en cerner les meilleurs dentre les meilleurs. Caractère TraditionnelleGénomique Génomique versus traditionnelle * Rendement en protéine Vie productive (mois) Compte des cellules somatiques Taux de gestation des filles (%) Score final pour le type Facilité de vêlage * Basé sur les résultats de jeunes taureaux Holstein.

6 Disponibilité des PTAG –Mis à jour à tous les mois –Si mâle et <2 ans dâge, les listes ne sont pas publiques –Listes pour les taureaux éprouvés 3x par année Comment les évaluations génomiques sont-elles utilisées? –Femelles % des génotypes sont de 50 k ou avec une plus grosse biopuce Utilisées pour la réforme et la gestion des femelles Utilisées en sélection, y compris pour le choix des mères de taureaux –Mâles ~90 % des génotypes sont de 50 k ou avec une plus grosse biopuce Usage accru pour la présélection Application des évaluations génomiques aux É.-U.

7 Jeunes taureaux (JT) en tant que pères de taureaux –Ère pré-génomique ~10 % ou moins –En 2012, ~40 % et en croissance –Pour les veaux mâles nés en 2011, les taureaux reproducteurs ont 23 mois de moins que pour les veaux mâles nés en 2006 Mères de taureaux –Ère pré-génomique : dominée par les vaches 2 ans et plus –Post-génomique : Bien plus de contrats de génisses Plus de propriété dans des femelles par les sociétés dIA Plus de contrats de génisses issues de jeunes taureaux Plus de récoltes dembryons de génisses, et de FIV chez des sujets prépubères En 2012, les estimations génomiques ajoutent une plus-value aux programmes élites de sélection – À lheure actuelle, la race est dans la course pour les gros chiffres! Génomique et décisions de sélection des taureaux

8 Lutilisation des jeunes taureaux augmente, tout comme le nombre de taureaux reproducteurs issus de ces jeunes taureaux candidats à lIA. Un vrai recours accru à certaines familles de taureaux? Hausse du risque ou croisements éloignés (dont le défi est den trouver de qualité)? Les ventes de semences refléteront-elles une augmentation de représentation de certaines familles de taureaux reproducteurs? Une tendance réelle qui se continuera? Plus de taureaux reproducteurs issus des jeunes taureaux candidats à lIA Nombre de taureaux reproducteurs issus des taureaux candidats Année de naissance des jeunes taureaux USDA-AIPL, 2012 Taureaux éprouvés Jeunes taureaux

9 30-50 % des inséminations des jeunes taureaux : test de progéniture traditionnel Utilisation des taureaux éprouvés : passée de ~70 à 50 % des inséminations Usage des taureaux de 1 re génération : diminution et remplacement par les jeunes taureaux Quest-ce que les producteurs vont demander? Où lusage des jeunes taureaux et des taureaux éprouvés se stabilisera-t-il? Sélection Holstein aux É.-U. : usage accru des jeunes taureaux Nombre total dinséminations Année dinsémination USDA-AIPL, 2012 Vieux, non génotypé Vieux, génotypé 1 re génération, non génotypé 1 re génération, génotypé Jeune, non génotypé Jeune, génotypé

10 Recours accru aux jeunes taureaux (JT) : les chiffres «Pourquoi payer 30 $ pour un vieux taureau quand je peux avoir un jeune taureau délite pour 15 $ la dose?» (Commentaire dun éleveur laitier, oct. 2012) – Prix semence: inférieur à celui de taureaux éprouvés et de mérite génét. égal – Loffre et la demande devraient régler cela, mais ça na pas été le cas en ~4 ans Agences IA élaborent encore des stratégies pour tirer plus de produit des JT – Les JT : un bien plus faible volume de semence que les taureaux éprouvés – Durée de vie est plus courte (pas d «image de marque»; rotation plus rapide) – Pour le même volume de semence produit, plus daires de production requises – Plus de taureaux nécessaires: vers une réduction de lintensité de sélection? Coût dachat/taureau: hausse de ~ % et hausse rapide – Plus de locations sur taureaux extrêmes (éleveur reste proprio) – Plus de potentiel de prime sur les taureaux extrêmes Coûts de production/dose: beaucoup plus élevés pour les jeunes taureaux

11 : presque toutes les principales agences dIA des É.-U. avaient freiné dune certaine façon leurs programmes de tests sur la progéniture –Plusieurs ont grandement réduit le nombre de taureaux échantillonnés –Dautres ont réduit le nombre de leurs taureaux et des doses de semence de test de progéniture distribuées par taureau –Le nombre de taureaux semble avoir remonté récemment, peut-être pour répondre à la demande du marché pour plus de doses de produit? Collecte des données linéaires par les associations de race sur la progéniture des JT a évolué avec la génomique (Holstein Pulse, étés 2011 et 2012) –Plus de 20 % de baisse dans le nombre de filles de JT évaluées –Moins de taureaux, mais progéniture bcp plus abondante pour certains Agences dIA testent encore la progéniture des taureaux. Changement en vue –Réduction potentielle de quantité de données phénotypiques (type) –Décision sera principalement dictée par la demande des éleveurs pour les taureaux éprouvés Impact de la génomique sur les tests de progéniture

12 4 ans de génomique: une valeur pour les données de progéniture? $ de MN pour les 100 meilleurs taureaux (jeunes et éprouvés) – Avril 2010 Pas de changement dans le calcul des $ de Mérite net au cours de la période Pour les JT délite, MP et MPG ont surestimé la performance de leurs filles Les données de progéniture et de performance continuent dapporter des renseignements nécessaires. Mérite net – MN ($) Avril 2010 Août 2012 Jeunes taureaux Taureaux éprouvés Évaluation génomique

13 Données de haute qualité nécessaires pour des évaluations précises et fiables. Méthodologie actuelle requiert des données non sélectionnées et non biaisées. Avec lévolution de lindustrie, comment les acteurs partageront-ils la responsabilité de sassurer que suffisamment de données de haute qualité seront recueillies? Le défi de la collecte des données à lère de la génomique... «Moins de taureaux représentés, mais une progéniture beaucoup plus abondante pour certains» (Holstein Pulse, étés 2011 et 2012) Nom TPI SM TPI SM Trou- peauxFilles PTAT PTAT Type des filles PINE-TREE MARTHA SHOLTEN - ET ,931,13103 MS ATLEES SHT AFTERSHOCK - ET ,953,32105 GILLETTE JOB ,141,40293 BADGER ONESHOT - ET ,351,44214 LANGS-TWIN-B JANUARY - ET ,921,72135 DE-SU GILLESPY - ET ,152,68176 LADYS-MANOR RUBY D SHOUT - ET ,422,06159 A-L-H ANTONIO - ET ,551,7577 MOUNTFIELD MELVILLE - ET ,461,7268 HILROSE FREELANCE TACOMA - ET ,141,7242

14 Défis et opportunités de la génomique pour la consanguinité Qui est apparenté à qui? Une histoire à succès pour la génomique! Qui devraient être les parents de la génération suivante – progrès génétique vs consanguinité? On sinterroge encore sur limpact de la génomique. Après la sélection, qui croiser avec qui? La génomique est prometteuse. Année de naissance % de consanguinité Consanguinité Consanguinité future prévue

15 Avec le temps, plus de caractères et une plus grande gamme de caractères ont été inclus. –Plusieurs nouveaux caractères: un plus grand défi pour réaliser un progrès génétique Rentabilité de la Holstein: élargissement de lobjectif de sélection TPI Années 1980 TPI Années 1990 TPI actuel Liés à la production Non liés à la production

16 Occasion offerte par les caractères à faible héritabilité Les caractères dotés dune faible héritabilité ont toujours présenté un défi pour rendre les Holstein plus rentables. Atteindre rapidement des gains mesurables est plus difficile pcq cest un défi de cerner les meilleurs parents sur le plan de la génétique Année de naissance Cote des cellules somatiques Valeur délevage - CS Taureaux Vaches CS

17 Un défi dobtenir un progrès génétique plus rapide Même les caractères de faible héritabilité répondent à une sélection intense des caractères corrélés. P. ex.: le déclin génétique des caractères physiques découlant de la sélection sur un seul caractère pour la production Est-ce que nous mesurons et suivons tous les caractères importants ou corrélés? Année de naissance Valeur délevage – DPR* (%) Vaches Taureaux DPR* * Daughter Pregnancy Rate (DPR) = Taux de gestation des filles Taux de gestation des filles (%)s

18 Défis et opportunités de la génomique pour les nouveaux caractères Quels caractères doit-on protéger quand on sélectionne pour un caractère comme lefficacité? La génomique, cest comme une auto de formule 1. En conduire une peut nous mener plus vite à destination. Mais un crash à 250 km/h est beaucoup plus douloureux (!) quune collision à 40 km/h. Efficacité Ingestion Production, fertilité, croissance, immunité, etc.

19 Comme industrie, comment partageons-nous la responsabilité dinvestir dans la collecte de données de haute qualité, non sélectionnées et non biaisées? –Nécessaire de recalibrer les effets de SNP (clé SNP) –Minimiser le laps de temps entre données réelles et candidats pour sélection –Inclure données les plus pertinentes des familles du groupe de candidats –Nécessaire pour caractères de sélection et caractères corrélés qui doivent être protégés Besoin de solutions méthodologiques pour les prochaines étapes de développement de la génomique –Comparabilité améliorée dans les groupes dâge des deux sexes Les classements au sein dun groupe dâge ne semblent pas biaisés, mais plus difficiles à comparer dun groupe dâge à un autre –Alléger ou minimiser limpact dun biais potentiel venant du côté femelle –Éviter le biais découlant de la présélection génomique –Besoin daide de la part des services dévaluation génétique et du milieu universitaire Défis et opportunités en cette ère de génomique

20 La génomique fournit des outils plus précis (mais encore imparfaits) pour cerner les meilleurs parmi les meilleurs à un plus jeune âge. Avec lamélioration des outils génomiques, plus daccent placé sur des parents et grands-parents (des deux sexes) de plus en plus jeunes –Vu: usage de JT précommercialisés en FIV faite avec génisses prépubères issues de JT (3 générations retirées des données de performance) –Programmes de sélection: moins dinquiétude quavant sur la fiabilité Pour la diversité génétique, on doit continuer à prêter attention aux 2 sexes –La génomique peut être bénéfique ou nuisible pour la diversité génétique –Se prémunir contre les risques réels daugmenter la consanguinité par lentremise de la génomique Besoin daméliorations et de développement continus en matière de méthodologie afin de sassurer que les technologies génomiques demeurent à la fois précises et utiles. Conclusions

21 Pour les agences dIA, beaucoup de frais encourus, qui ne se sont pas encore traduits par des revenus à la hausse –Prix semence: inférieur à celui de taureaux éprouvés et à mérite génétique égal –Choix actuel pour les agences dIA: sabrer dans les frais. Pas de tests sur la progéniture. Moins de données. Conduire la formule 1 de la génomique peut nous mener plus vite à destination. Mais un crash à 250 km/h est beaucoup plus douloureux (!) quune collision à 40 km/h. –Les données sur la progéniture et la performance continuent dapporter des renseignements nécessaires –Le besoin dinvestir dans des données phénotypiques: en expansion Les producteurs demandent une efficacité de la production et une valeur pour leur investissement. La responsabilité commune de lindustrie est de sassurer que les Holstein puissent leur apporter tout cela! Conclusions

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