MEDECINE TROPICALE 2007/08 LITTERATURE BIOMEDICALE STRATEGIES DE RECHERCHE Bibliothèque IMT, septembre 2007.

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1 MEDECINE TROPICALE 2007/08 LITTERATURE BIOMEDICALE STRATEGIES DE RECHERCHE Bibliothèque IMT, septembre 2007

2 Sujets principaux Obtenir des informations véridiques La littérature biomédicale Bases de données bibliographiques Revues électroniques (texte intégral) Liens entre bases de données (notices) et le texte intégral (articles) Exercises

3 But de la recherche Obtenir des informations pertinentes de façon efficiente Tout lessentiel - sans linutile

4 Ressources dinformation Se rappeler de son éducation Utiliser sa documentation personnelle Consulter un collègue (expert?) Visiter une bibliothèque (disponible?) Chercher linternet / W W W: Moteurs de recherche automatisés, répertoires hiérarchiques, portails par sujet, sites web dorganisations pertinentes, …

5 Indexes dinternet (e.g. Google) Quelques désavantages: Pertinence? Genres dinformations: trop générales ou fragmentaires – mais ne pas: les résultats propres de recherche publiés Véracité? Peer reviewed Complet? Toujours une partie substantielle manque, mais on ne sait pas laquelle Modalités de recherche limitées (raffinement?) Relevance ranking (manipulation?) Conclusion: inapte pour lanalyse systématique

6 Sites web dorganisations & agences internationales Organsation Mondiale de la Santé: [www.who.int/] Centers for Disease Control and Prevention: [www.cdc.gov/] ONUSIDA: [www.unaids.org/] PNUD: [www.undp.org/] Banque Mondiale: [www.worldbank.org/] … Voir: http://lib.itg.be/biblinks.htmhttp://lib.itg.be/biblinks.htm

7 Partie 1: la littérature biomédicale

8 Littérature biomédicale Résultat de la recherche biomédicale (publication + archive) Source de la recherche biomédicale future

9 Littérature primaire Articles (revues) Etudes spécifiques Plus à jour Repertoriés dans des bases de données Distribution dans les bibliothèques ou sur internet Livres (et autres) Portée plus large Moins à jour Repertoriés de façon plutôt limitée Plus difficiles à localiser dans les bibliothèques ou sur internet

10 Revues biomédicales > 20.000 revues dintérêt biomédical? Essentiel: périodicité; abonnement Filtre de qualité: peer review Status: inclusion dans les bases de données principales (p.ex. Medline, Embase, Biosis, Science Citation Index, …) Status: hiérarchie, souvent sur base de citations (p.ex. impact factors)

11 Revues médicales générales Annals of Internal Medicine BMJ – British Medical Journal JAMA – Journal of the American Medical Association Lancet [tiers monde!] NEJM – New England Journal of Medicine Presse Médicale

12 Revues spécialisées AIDS Journal of Infectious diseases Lancet Infectious Diseases Médecine et Maladies Infectieuses Médecine Tropicale Tropical Medicine & International Health [IMT!]

13 Autres publications Livres Monographies [généralement un sujet assez spécifique] Textbooks [portée plus large] Dissertations [maîtrise vs PhD] Littérature grise [non-publié ?] Compte rendus de conférence, rapports, … Documents de distribution limitée [OMS!]

14 Littérature secondaire Indexes bibliographiques: listes des sommaires de revues => Bases de données bibliographiques Abstract journals : incl. analyses critiques => Bases de données bibliographiques Review journals : analyses systematiques => synthèses => Knowledge databases: evidence-based medicine (p.ex. Cochrane Library, Clinical Evidence, [Gideon], [Kabisa], …)

15 Partie 2: les bases de données

16 Bases de données bibliographiques Contenu: couvrent des domaines et des resources nettement définis (p.ex. maladies endémiques; une collection locale ou (inter)nationale de livres ou revues) Notices bibliographiques bien structurées qui représentent des publications / champs: auteur, titre, revue, année de publication, … Souvent: un thésaurus (mots-clés controllés, organisation hiérarchique) ou des index(es) alphabétiques

17 Quelques exemples ITG Book and Document Holdings ITG Student Dissertations Tropical Endemic Diseases Control Health Care in Developing Countries Voir: http://lib.itg.be/datab.htm

18 Caractéristiques Produites par la bibliothèque IMT Plutôt limitées; p.ex. 5,000-20,000 notices Sujets et collections pertinents Orientation tiers monde Toutes sortes de publications Mots-clés libres; thésaurus manque Disponibilité garanti: texte intégral à la bibliothèque IMT + si disponible, des liens vers les éditions électroniques

19 Stratégies de recherche: 1. Ou commencer ? Choisissez la base de données appropriée Critères: - couverture: années + sujets - disponibilité du texte intégral - genre de documents inclus

20 Stratégies de recherche: 2. Combien? Référence ou location dun document spécifique (a) ou Information plus ou moins étendue concernant un sujet (b)

21 (a): Document(s) spécifique(s) But: limiter rapidement les options Déterminez les éléments les plus spécifiques Cherchez dans les champs pertinents Utilisez les indexes alphabétiques pour vérifier lépellation

22 Comment trouver les livres suivants dans la bibliothèque Beaglehole R, Bonita R. Public health at the crossroads; achievements and prospects; 2nd ed. Cambridge: Cambridge University Press, 2004. Peters W, Pasvol G. Médecine tropicale et parasitologie. Paris: Médecine-Sciences Flammarion, 2004. Choisissez la base de données appropriée Les éléments spécifiques qui distinguent cette référence? Limiter à des champs appropriés si nécessaire (p.ex. crossroads in TI) Notez les coordonnées nécessaires (p.ex. code de sujet)

23 Trouvez les références suivantes … larticle de Marleen Boelaert sur la leishmaniose au Somalie … [PY=2003] … larticle sur les médicaments VIH génériques publié dans le New England Journal of Medicine … [PY=2005] … le livre sur la maladie de sommeil publié par CABI … [PY=2004] …le CD-ROM du Schistosomiasis Control Initiative … [PY=2004]

24 Dissertations 1. Trouvez la dissertation de Pascal Lutumba (IMT-MCM 2000-2001) Ouvrez la base de données appropriée (ITG Student Dissertations) Thèse de maîtrise vs. PhD

25 (b): Recherche dun sujet - Choisissez une base de données appropriée - Décrivez votre sujet; soulignez les mots essentiels - Identifiez des mots-clés ou des descripteurs anglais correspondants à laide du thésaurus ou lindex - Determinez la relation logique entre les différents mots-clés; combinez les avec les opérateurs booléens: AND, OR, NOT - Evaluez les résultats + optimalisez les mots-clés - Limitez si nécessaire (p.ex. langue, année de publication, type de publication, disponibilité)

26 Exercises Cherchez de la littérature récente (2004-2007) pour les sujets suivants: Contrôle vecteur de dengue Contrôle du paludisme en Afrique utilisant des moustiquaires impregnées Léradication du ver de Guinée Mortalité maternelle en Asie

27 Liste des thèses IMT des 10 dernières années concernant le Vietnam Ouvrez la base de données appropriée (ITG Student Dissertations) Vietnam #1 PY>1997 #2 #1 and #2 #3

28 Remarques pratiques Commencez avec lessentiel, continuez en étapes logiques; évitez les phrases et mots-clés très complexes Pensez aux synonymes, faites attention à lorthographe Troncature (*) peut augmenter les résultats Nutilisez que langlais, même si vous ne cherchez que des documents en français Attention: utilisation de not, peut jeter le pertinent ensemble avec linutile

29 Notices bibliographiques Affichage: sélection limitée de champs vs. complete record Liens vers le texte intégral (?) Marquer Imprimer: sélection de notices et de champs Sauvegarder: idem + location

30 Bases de données internationales Avantages Couverture large Volume Système de mots- clés bien structuré Mises-à-jour rapides Désavantages Uniquement des articles Biais EU/RU/anglais Sous-representation dautres continents Aucune relation avec la collection de lIMT

31 Exemples Medline / PubMed (NLM) Global Health (CABI) Popline Lilacs [Amérique latine!] Voir: http://lib.itg.be/datab.htm

32 Medline / PubMed Base de de données bibliographique la principale des sciences biomédicales 1950 - présent (>17.000.000 notices) Thésaurus: 20.000 mots-clés MeSH (Medical Subject Headings) Articles (livres et chapitres non-inclus!) Biais fort anglophone Sous-représentation des revues locales + tiers-monde Aucune relation avec la collection de lIMT

33 Notices PubMed Options daffichage Liens vers le texte intégral Marquer Thésaurus MeSH Journal database Single citation search Options pour imprimer ou sauvegarder une sélection de notices

34 Autres genres de bases de données Current awareness services: Current Contents [ISI => Thomson Scientific] Citation databases: ISI Web of Science + Journal Citation Reports Google Scholar Knowledgebase: Cochrane Library Clinical Evidence

35 Google Scholar Combine des charactéristiques dun moteur de recherche avec une base de données bibliographique Cherche la littérature scientifique, non des sites web Relevance ranking au lieu dordre chronologique Citation linking (dans un univers limité) Liens vers le texte intégral (à condition que vous avez le droit daccès) Mais: couverture fragmentaire, critères de sélection inconnus?

36 Partie 3: disponibilité des documents intégrals? Digital, sur linternet? Papier, à la bibliothèque IMT?

37 Revues électroniques La majorité des revues offrent une édition digitale intégrale à partir de leur site web, mais ceci nest pas le cas pour chaque revue! Couverture généralement limitée (p.ex. 5-10 dernières années) Politiques daccès différentes: Disponible pour tous (avec ou sans embargo) Disponible pour les abonnés Edition électronique à cout supplémentaire Electronic only

38 Listes de revues électroniques http://lib.itg.be/journals.htm (IMT)http://lib.itg.be/journals.htm Liste alternative: A to Z (IMT) Portails divers: p.ex. FreeMedicalJournals.com, HighWire Press Free Online Full-text Articles, FreeFullText.com, …

39 Initiatives Open access HINARI – Health Internetwork: conditions daccès spéciales pour le tiers monde. PubMed Central: accès gratuit après 6 mois. BMC - BioMed Central: série de nouvelles revues digitales gratuites (electronic-only + peer reviewed, paiement dauteurs). PLoS - Public Library of Science: idem, e.g. PLoS Biology, PLoS Medicine,..., PLoS Clinical Trials

40 … (suite) SPARC – Scholarly Publishing & Academic Resources Coalition: nouvelles alternatives pour certaines revues à prix élevé. SCIELO: revues de lAmérique latine (BIREME). OAI - Open Archives Initiative: self-archiving, using universal interconnectivity protocols. Voir p.ex. les répertoires DOAJ & DOAR (Lund University) Voir: http://lib.itg.be/journals.htm, parties 2 & 3http://lib.itg.be/journals.htm

41 Publications électroniques en texte intégral Bookshelf (NCBI) FreeBooks4Doctors (B. Kamp) WikiBooks Humanity Library Online (Human Info) World Development Report (World Bank) World Health Report (WHO) … Voir: http://lib.itg.be/ebooks.htm

42 Liens entre notices bibliographiques et articles Au niveau de la revue: Local holdings: lien vers la liste des revues électroniques Au niveau de larticle: Champ NT (clickable) PubMed links

43 Comment trouver des documents dans la bibliothèque IMT? 1. Articles de revues Vérifier si la revue est disponible à la bibliothèque (voir champ *LHM ou catalogue) Copier ou imprimer les notices Le champ source (SO) est essentiel ! Les revues sont rangées par ordre alphabétique Numéros récents: 4 e étage Numéros anciens (reliés): 3 e étage

44 2. Livres Copier ou imprimer les notices Les champs Code (CD) et Publication year (PY) sont essentiels! Les livres sont rangés par sujet 3. Dissertations IMT Consultez les listes imprimées ou la base de données ITM Student Dissertations (incl. URL) Voir le champ Series (SE) pour le numéro correcte A demander au comptoir en utilisant le régistre

45 4. Littérature grise Chercher dans la base de données ITG Books and Document Holdings Vérifier le champ Series (SE) pour identification correcte Voir le champ Message (ME) en haut des notices pour des directions spécifiques 5. Statistiques, etc. Consulter les rapports dans la section Reference, à côté des ordinateurs

46 Codes dutilisateur IMT Pour avoir accès à certaines bases de données ou revues électroniques: User Name: itguser Password: itguser

47 Exercices …