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Prospectives du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Période 2007-2010 La structure du laboratoire Les grands axes de recherche Moyens pour la.

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1 Prospectives du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Période La structure du laboratoire Les grands axes de recherche Moyens pour la recherche Locaux et plateaux techniques Les personnels Lenseignement Conclusions

2 La structure du laboratoire Rattachements demandés dans le cadre du contrat Équipe « Epidémiologie et Santé Publique » P. Vanhems Equipe « Evaluation et Modélisation des Effets Thérapeutiques » F. Gueyffier D. Kahn (DR INRA en détachement sur un poste INRIA, UMR5558) H. Fritz (CR CNRS, CEBC) dans le cadre dune demande dATIPE

3 Modélisation Mathématique et Bio-statistique Biomaths- Santé Populations et Evolution Etude des mécanismes génétiques de lévolution en relation avec le niveau populationnel et lenvironnement Approche phénotypique des mécanismes responsables de la dynamique adaptative des populations et des communautés Approches biométriques des grands problèmes de santé publique Génomique comparative Génétique et génomique évolutives Ecologie évolutive L. Duret C. Bernstein JP. Flandrois Comité de direction Méthodologique J. Lobry Interactions durables F. Vavre

4 Les grands axes de recherche Méthodologies Génomique évolutive Ecologie évolutive Epidémiologie Méthodologies Génomique évolutive Ecologie évolutive Epidémiologie

5 1-Méthodologies Algorithmique Les grands axes de recherche

6 Réglis : MF Sagot REGuLarités : Inférence et Statistiques Identifier des régularités, au niveau génomique et au niveau des réseaux, structurales ou fonctionnelles, qui pourraient représenter des indices d'une organisation profonde du vivant ?

7 1-Méthodologies Algorithmique (Projet Réglis) Base de données (Génomique Santé) Les statistiques bayésiennes (Santé Génomique, Ecologie) Ecologie statistique (Ecologie Santé) Les systèmes dynamiques stochastiques Algorithmique (Projet Réglis) Base de données (Génomique Santé) Les statistiques bayésiennes (Santé Génomique, Ecologie) Ecologie statistique (Ecologie Santé) Les systèmes dynamiques stochastiques Les grands axes de recherche

8 2- Génomique évolutive Structure et évolution des génomes Les grands axes de recherche

9 Génomicro : L. Duret Elucider les processus évolutifs et révéler les contraintes fonctionnelles dans les génomes complets. Génomique micro-évolutive chimpanzé macaque Homme

10 2- Génomique évolutive Structure et évolution des génomes Processus évolutifs (Projet Génomicro) Rôle des Eléments Transposables Structure et évolution des génomes Processus évolutifs (Projet Génomicro) Rôle des Eléments Transposables Les grands axes de recherche

11 3. Ecologie évolutive Fonctionnement des populations et environnement Fonctionnement des populations et environnement Les grands axes de recherche

12 Mobilité : D. Allainé Hétérogénéité spatiale et mobilité de la grande faune. Applications à la conservation despaces et despèces menacées en Afrique et en Europe Un carnivore de montagne tempérée Deux mésoherbivores de savane africaine qui circulent sur de vastes espaces hétérogènes soumis à des pressions anthropiques

13 3. Ecologie évolutive Fonctionnement des populations et environnement (projet Mobilité) Gestion et conservation de la biodiversité Relations « hôte-parasite » Approche écologique et modélisation Approche fonctionnelle Fonctionnement des populations et environnement (projet Mobilité) Gestion et conservation de la biodiversité Relations « hôte-parasite » Approche écologique et modélisation Approche fonctionnelle Les grands axes de recherche

14 4. Epid é miologie Les grands axes de recherche Santé et Environnement

15 Pathocénoses et émergence des maladies transmissibles : un concept unificateur mis à lépreuve sur des pathologies exemplaires : D. Pontier Equipe UMR « Ecologie évolutive » ONCFS Institut Pasteur de Tunis Analyse de données et Modélisation Épidémiologistes, biologistes de populations, médecins, virologues, généticiens, gestionnaires de la faune, mathématiciens, statisticiens IRD « Conditions et territoires démergence des maladies » ENVT + Bordeaux Etudier la co-existence de plusieurs pathogènes sur leurs propriétés nosologiques et/ou la dynamique de la population dhôtes.

16 4. Epid é miologie Santé et environnement Etude des facteurs écologiques et populationnels impliqués dans la dynamique des infections (Projet Pathocénose) Confrontation réciproque des modèles épidémiologiques des maladies transmissibles chez lhomme et lanimal (FIV HIV) Epidémiologie des maladies non transmissibles Modélisation de lincidence des maladies et de leur pronostic en conjuguant les approches cliniques et populationnelles Santé et environnement Etude des facteurs écologiques et populationnels impliqués dans la dynamique des infections (Projet Pathocénose) Confrontation réciproque des modèles épidémiologiques des maladies transmissibles chez lhomme et lanimal (FIV HIV) Epidémiologie des maladies non transmissibles Modélisation de lincidence des maladies et de leur pronostic en conjuguant les approches cliniques et populationnelles Les grands axes de recherche

17 Moyens pour la recherche Les Locaux Extension du PRABI Les Locaux Extension du PRABI

18 Moyens pour la recherche Les Locaux Les plateaux techniques Microscopie Biologie moléculaire Ecologie de terrain et écophysiologie Les Locaux Les plateaux techniques Microscopie Biologie moléculaire Ecologie de terrain et écophysiologie

19 Moyens pour la recherche Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Informatique PCR Relation avec le « DTAMB » Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Informatique PCR Relation avec le « DTAMB »

20 Moyens pour la recherche Les Locaux Les plateaux techniques Les Plate-formes locales et centres nationaux Les Locaux Les plateaux techniques Les Plate-formes locales et centres nationaux

21 Moyens pour la recherche Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Les Plate-formes locales et centres nationaux Les Personnels ITARF et ITA : maintenir le savoir faire et surtout augmenter laide technique. Les Locaux Les plateaux techniques Les services communs Les Plate-formes locales et centres nationaux Les Personnels ITARF et ITA : maintenir le savoir faire et surtout augmenter laide technique.

22 Lenseignement Interaction forte entre recherche et enseignement Disciplines enseignées Bioinformatique, Biostatistique, Biomathématique Génétique des populations, Evolution moléculaire, Ecologie évolutive Filières de formation BioInformatique et Biomathématique (INSA) Biologie Moléculaire et Cellulaire (UCBL/ENS) Mathématique et Informatique du Vivant (UCBL) Méthodes denseignement Technologie de lInformation et de la Communication pour lEnseignement Interaction forte entre recherche et enseignement Disciplines enseignées Bioinformatique, Biostatistique, Biomathématique Génétique des populations, Evolution moléculaire, Ecologie évolutive Filières de formation BioInformatique et Biomathématique (INSA) Biologie Moléculaire et Cellulaire (UCBL/ENS) Mathématique et Informatique du Vivant (UCBL) Méthodes denseignement Technologie de lInformation et de la Communication pour lEnseignement

23 L enseignement Master : mentionSpécialité recherche et professionalisante Responsable EEMEEcologie Evolution BiométrieD. Pontier EE aMIVMéthodes en Bioinformatique Moléculaire D. Mouchiroud GGE Modélisation en Epidémiologie et en recherche clinique P. Roy BMS Approche quantitative et Modélisation formelle pour lInnovation Thérapeutique F. Gueyffier BMS Outils Mathématiques et Informatique pour le Vivant AB Dufour EE Rentrée 2004

24 L enseignement Master : mentionSpécialité recherche et professionalisante. Responsable EEMEEcologie Evolution BiométrieD. Pontier EE aMIVBioinformatiqueD. Mouchiroud GGE BiostatistiqueP. Roy BMS Biomathématiques et pharmacologieF. Gueyffier BMS Biométrie appliquéeAB Dufour EE S3EpidémiologieP. Vanhems BMS Rentrée 2006 Projet 2007 Master europeen regroupant les spécialités recherches de lUMR 5558

25 Conclusions Maintenir léquilibre entre la biologie évolutive et la biométrie, Favoriser et développer les échanges intra et inter départements, Améliorer notre visibilité au niveau national et international. Maintenir léquilibre entre la biologie évolutive et la biométrie, Favoriser et développer les échanges intra et inter départements, Améliorer notre visibilité au niveau national et international.


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