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QTLmap et les données ayant une distribution non gaussienne C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen.

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1 QTLmap et les données ayant une distribution non gaussienne C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen

2 Introduction Méthodes de détection de QTL peu sensible à la « non normalité » si la distribution pas trop asymétrique et pas trop de données censurées (Kadermindeen et al., 2000; Moreno et al., 2003) MAIS Chaque jeu de données a ces caractèristiques propres 2 modélisations sont disponibles dans QTLmap – Données discrètes 0/1 ou 1,2,3,4… – Données non normale et/ou censurées

3 Quels sont les Problèmes Posés par les Données de type non normales? infection mort Censure 1) distributions non normale/gaussienne 2)Existence de données censurées 3) Sensibilité de lappareil de mesure f(y) y Seuil de mesure0

4 x = p(hs i M ) p(hd ij hs i, M) p(t ijk hs i, hd ij, M) f(y ijk t ijk, M) i hs i k t ijk hd ij j Likelihood Parental phases probabilities Transmission probability at the x location Penetrance function 1) Petrance function= modèle à seuil distribution sous jacente gaussienne données non censurées (données censurées manquantes) 2) Penetrance function= Modèle de Cox distribution semi paramétrique Prise en compte des données censurées 1) Petrance function= Gaussiennne distribution gaussienne données non censurées (données censurées manquantes)

5 Modèle à seuil pour les données discrètes f(z i ) zizi T y i =0y i =1 Le modèle cherche à déterminer le seuil à utiliser pour obtenir la répartition observée des observation ( 0 et 1 dans lexemple ci-dessus). Les effets estimés dans QTLmap affecte la valeur de ce seuil. Temps de calcul plus long quun modèle gaussien

6 Forme de la fonction de pénétrance du modèle à seuil

7 Modèle non paramétrique de Cox APPROXIMATION mais proba de transmission et les proba de phase des parents apparaissent dans le dénominateur de la fonction de pénétrance PROBLEME AVEC lécriture de la vraisemblance de COX: Modèle de Cox trie des données par durée de vie Cartographie dintervalle trie des données par famille de père-mère Temps de calcul très long!!!! AVANTAGE = aucune hypothèse sur la distribution du caractère

8 Forme de la fonction de pénétrance du modèle de cox Risque de lindividu ijk Somme des risques des individus encore en vie à tijk

9 Puissance des 2 Méthodes Gaussienmodèle de Cox

10 Conclusion sur Cox PAS DE CENSURE Modèle Gaussien= Modèle de Cox Si transformation appropriée des données dans les cas testés CENSURE A AGE FIXE Modèle de Cox>> Modèle Gaussien

11 Comment utiliser QTLMAP lorsque la distribution est non normale et/ou les données sont censurées? Données avec une distribution non normale et/ou censurées Cox prend en compte le classement des individus les uns /autres Conseil dutilisation: 1)Transformation des données pour normaliser au maximum la distribution (prise en compte des données censurées potentiel surtout si censure à date fixe) 2)Analyse et calcul des seuils avec modèle gaussien sur tout le génome 3)Reanalyse et calcul des seuil des QTL significatifs avec modèle de Cox/à seuil 4)Comparaison des résultats avec les deux approches

12 Comment indiqué le modèle désiré à QTLMAP? Modèle à seuil pour données discrètes: Indiqué i après le nom du caractère dans le fichier modèle 3 ! Number of traits 1 1 ! Number of fixed effects and covariates sexe poids ! Names of the fixed effects and covariates malade i ! 1st trait, (nature : integer value) model malcor r ! 2nd trait,(nature : real value) model third r ! 3nd trait,(nature : real value) model Texte 6: Example 1 of a model file

13 Comment indiqué le modèle désiré à QTLMAP? Modèle de Cox: Il faut choisir --calcul=7 Si il y a de la censure: indiquer 0 pour les données censurées en 2° colonne après la colonne du caractère dans le fichier performance ,3 5, , Texte 4: Example of a quantitative trait values file ATTENTION le LD est pas encore disponible avec Cox.


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