QTLmap et les données ayant une distribution non gaussienne

Présentation au sujet: "QTLmap et les données ayant une distribution non gaussienne"— Transcription de la présentation:

1 QTLmap et les données ayant une distribution non gaussienne
C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen

2 Introduction Méthodes de détection de QTL peu sensible à la « non normalité » si la distribution pas trop asymétrique et pas trop de données censurées (Kadermindeen et al., 2000; Moreno et al., 2003) MAIS Chaque jeu de données a ces caractèristiques propres  2 modélisations sont disponibles dans QTLmap Données discrètes 0/1 ou 1,2,3,4… Données non normale et/ou censurées

3 Quels sont les Problèmes Posés par les Données de type non normales?
1) distributions non normale/gaussienne 2)Existence de données censurées infection mort Censure f(y) y 3) Sensibilité de l’appareil de mesure Seuil de mesure

4 Transmission probability
Lx = P S p(hsi½M) P S p(hdij½hsi , M) P S p(tijk ½hsi, hdij, M) f(yijk½tijk, M) Likelihood Parental phases probabilities i hsi Transmission probability at the x location j Penetrance function hdij k tijk 1) Petrance function= Gaussiennne  distribution gaussienne  données non censurées (données censurées manquantes) 1) Petrance function= modèle à seuil  distribution sous jacente gaussienne  données non censurées (données censurées manquantes) 2) Penetrance function= Modèle de Cox distribution semi paramétrique  Prise en compte des données censurées

5 Modèle à seuil pour les données discrètes
f(zi) yi=0 yi=1 zi T Le modèle cherche à déterminer le seuil à utiliser pour obtenir la répartition observée des observation ( 0 et 1 dans l’exemple ci-dessus). Les effets estimés dans QTLmap affecte la valeur de ce seuil. Temps de calcul plus long qu’un modèle gaussien

6 Forme de la fonction de pénétrance du modèle à seuil

7 Modèle non paramétrique de Cox
AVANTAGE = aucune hypothèse sur la distribution du caractère PROBLEME AVEC l’écriture de la vraisemblance de COX: Modèle de Cox  trie des données par durée de vie Cartographie d’intervalle  trie des données par famille de père-mère APPROXIMATION mais proba de transmission et les proba de phase des parents apparaissent dans le dénominateur de la fonction de pénétrance Temps de calcul très long!!!!

8 Forme de la fonction de pénétrance du modèle de cox
Risque de l’individu ijk Somme des risques des individus encore en vie à tijk

9 Puissance des 2 Méthodes
Gaussien modèle de Cox

10 Conclusion sur Cox PAS DE CENSURE Modèle Gaussien= Modèle de Cox
Si transformation appropriée des données dans les cas testés CENSURE A AGE FIXE Modèle de Cox>> Modèle Gaussien

11 Comment utiliser QTLMAP lorsque la distribution est non normale et/ou les données sont censurées?
Données avec une distribution non normale et/ou censurées Cox prend en compte le classement des individus les uns /autres Conseil d’utilisation: Transformation des données pour normaliser au maximum la distribution (prise en compte des données censurées potentiel surtout si censure à date fixe) Analyse et calcul des seuils avec modèle gaussien sur tout le génome Reanalyse et calcul des seuil des QTL significatifs avec modèle de Cox/à seuil Comparaison des résultats avec les deux approches

12 Comment indiqué le modèle désiré à QTLMAP?
Modèle à seuil pour données discrètes: Indiqué i après le nom du caractère dans le fichier modèle 3 ! Number of traits 1 1 ! Number of  fixed effects and covariates    sexe poids ! Names of the fixed effects and covariates malade i ! 1st trait, (nature : integer value) model malcor r ! 2nd trait,(nature : real value) model third r ! 3nd trait,(nature : real value) model Texte 6: Example 1 of a model file

13 Comment indiqué le modèle désiré à QTLMAP?
Modèle de Cox: Il faut choisir --calcul=7 Si il y a de la censure: indiquer 0 pour les données censurées en 2° colonne après la colonne du caractère dans le fichier performance ,3 5, ,2 1 1 Texte 4: Example of a quantitative trait values file ATTENTION le LD est pas encore disponible avec Cox.