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Departement de Medecine dentaire -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 1 Introduction a lInformatique Médicale Présenté par : D r Nabil KESKES.

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1 Departement de Medecine dentaire -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 1 Introduction a lInformatique Médicale Présenté par : D r Nabil KESKES

2 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 2 Informatique Médicale Introduction Logiciel Algortithme

3 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 3 1- Introduction Informatique: En un mot, Informatique est la science qui permet le traitement automatique de linformation. Ordinateur: est une machine dotée d'une unité de traitement lui permettant d'exécuter des programmes enregistrés. Cette machine permet de traiter automatiquement les données, ou informations, selon des séquences d'instructions prédéfinies appelées aussi programmes.informationsprogrammes

4 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 4 Informatique médicaleInformatique médicale : l'informatique médicale basée sur des méthodes, des techniques et des outils permettant d'améliorer la formalisation des données et des connaissances dans les systèmes d'information en santé.

5 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 5 les équipements informatique ont Besoin a des programmes pour leurs fonctionnement. Le programme est un ensemble d'instructions. Le logiciel est un terme général pour tout programme Unique ou un ensemble de programmes et de données et les informations stockées 2 - Logiciel

6 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 6 Il existe deux types de logiciels: - Software Systems - Software Applications Software Systems : En informatique les logiciels système sont tous les logiciels qui s'occupent des opérations basiques que peuvent effectuer sur les appareils informatiques. Il existe trois types :les langages de programmation,les compilateurs et les systèmes d'exploitationinformatiquelogiciels

7 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 7 Représentent des programmes qui exécutent des taches utiles spécifiques telles que les traitements de texte,des tableaux électroniques,….etc. Cette catégorie comprend: Traitement de texte: pour produire des documents, écrire des rapport,…… Software Applications : tableaux électroniques : sont utilisés pour préparer les salaires et les opérations budgétaires les logiciels les plus célèbre Excel et Lotus 123. programmes de base de données: sont utilisés pour stocker et extraire les données et réalisation des tables qui les relient, les logiciels les plus utilises,MS-Access et Oracle

8 (1)phase danalyse élaboration de la solution. (2) phase de traduction de lalgorithme en utilisant un langage L. 3.1 Analyse de problème Programme Problème poséAlgorithme (1) (2) Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 8 3. Algortithme

9 On ne peut résoudre à laide dun calculateur un Problème qui ne serait pas complètement défini. Il faudra donc définir très clairement les objectifs que lon souhaite atteindre, cette étape consiste à : rassembler le maximum dinformations sur le Problème. Savoir précisément ce qui est donné et ce qui est demandé. Choisir une méthode de résolution. Décrire cette méthode sous forme détapes ordonnées et finies Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 9

10 Un algorithme se présente généralement comme suit: 3.2 Définition 3.3 Structure dun algorithme Un algorithme est une description précise dune suite finie et ordonnée détapes de calculs (traitement) nécessaire à la résolution dun Problème. Début Fin Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 10

11 - Les mots « début » et « fin » indiquent les limites de lalgorithme et font partie du langage algorithmique. - La partie « déclaration » contient des expressions utilisées pour décrire lensemble des données, leur type et leurs structures. - La partie « action » contient des expressions dactions qui déterminent les traitements qu'il faut faire subir aux données. Une action est une opération qui produit, en un temps fini, un effet. Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 11

12 Déclarations 1.Variable Syntaxe: :,,……. ; Ex: réel: i, j, som, note 1 Dans R il nest pas nécessaire de déclarer les objets explicitement. 2. Constante Ex: Const pi = 3.14; Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 12

13 5. 1 Les types simples Un type dont les valeurs sont indécomposable est dit simple a.Type numérique : Ensemble des entiers et des réels positifs et négatifs. les opérations arithmétique applicables sont (+, -, *, /, %, %/%, ^ ). NB: % et %/% ne sont applicables que pour les entiers. Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 13

14 c. Type caractère : désigne lensemble des caractères et comprend : Les lettres, les chiffres, le blanc ( ) et tout autre caractère ou symbole ([,{,),].} +,-,) Une valeur de type caractère sera écrite entre deux cotes : " " En R : > x="ahmed" > mode(x) [1] "character" Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 14

15 b. Type booléen : cest lensemble { TRUE, FALSE} Les opérations applicables sont les opérations logiques soit : ( !, ||, &&) > y= TRUE > mode(y) [1] "logical " Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 15

16 5. 2 Les types structure : type dont les valeurs sont composées de valeurs simples Le Type tableau: cette structure regroupe de valeurs de même type. Ex: Var T :Tab(1..5) de entier; T[4] T[1] T Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 16

17 3.3 Différents types dactions a) Action dassignation (affectation) : permet de changer l'état dune variable. En R : Id_var expression {arithmétique ou logique} Id_var = expression Id_var expression Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 17

18 2- Lecture: cette action permet la lecture dinformations ou données à partir de la console ou tout périphérique dentrée [1]. Sa forme est : Lire( liste des variables). Cette action a pour effet daffecter aux variables définies dans la liste les valeurs lues sur un périphérique. Les variables doivent être séparées entre elles par une virgule. Lire (x) Lire(z, t) 18 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes

19 3 - Ecriture: Cette action permet d afficher sur écran ou tout autre périphérique de sortie la (ou les) valeur(s) de la (ou des) Variable (s) [1]. Sa forme est : Ecrire( Résultats ) Où Résultats peut être soit un identificateur soit un message. Ecrire(x) Ecrire( la valeur ) 19 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes

20 Algorithme ex3; Var Numérique : nb, pht, ttva, pttc; Début Lire (pht) Lire (nb) Lire (ttva) pttc nb * pht * (1 + ttva) Ecrire (pttc) Fin. Exemple3: Ecrire un programme qui lit le prix HT dun médicament, le nombre des médicamaux et le taux de TVA, puis fournit le prix total TTC correspondant. 20 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes

21 Programme en R > pht =scan() 1: : Read 1 item > nb=scan() 1: 20 2: Read 1 item > ttva=scan() 1: : Read 1 item > pttc=nb*pht*(1+ttva) > print(pttc) [1] Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes

22 2 - Action Conditionnelle ou alternative 1 ere forme Exemple 2.1 Si wilaya = 22 alors ecrire(Sidi belabbes) sinon ecrire (wilaya autre que sidi belabbes) fsi

23 il existe une seconde forme de cette action conditionnelle: si alors fsi si la condition définie dans est vérifiée, laction ou le groupe dactions est exécutée puis les actions qui suivent le fsi. 3. Action Conditionnelle 2 eme forme

24 24 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes Ecrire un algorithme qui demande le taux de glucose sanguin à lutilisateur et linforme ensuite si le taux de glucose compris entre 0.70 et 1.10 il affiche ''glycémie normale'' sinon si le taux de glucose Inferieur de 0.70 il affiche ''hypoglycémie'' ou supérieur de 1.10 il affiche ''hyperglycémie''. Exemple3:

25 Programme en R 25 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes > t=scan() 1: : Read 1 item > if(t>=0.70 && t<=1.10){ print("glecemie normale") }else { if (t <0.70) print("hypo") else print("hyper") } [1] "glecemie normale"

26 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes Action répétitive tant que Sa forme est: tant que faire fait Cette action spécifie quune action (ou groupe dactions) doit être répétée tant que la condition reste vérifiée. - Remarque: Laction étant répétée jusquà ce que la condition devienne fausse; il faut donc que la partie action soit capable de modifier les paramètres intervenant dans les condition afin de sortir du tant que [1].

27 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes Action répétitive pour Sa forme est : pour = a pas faire fait Cette action permet de répéter une action (ou un groupe dactions représenté ici par ) un nombre de fois déterminé par les valeurs initiale et finale du paramètre [1].

28 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes EXEMPLES Exemple 2.4: Soit la suite de répartition et la fonction de répartition F(x) de la variable aléatoire x [2]. Ecrire un programme R qui calcule E(x). 3210x p

29 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 29 Programme en R > s=0 > for(i in 0:3){p=scan();s=s+p*i} 1: : Read 1 item 1: : Read 1 item 1: : Read 1 item 1: : Read 1 item > s [1] 1.2

30 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 30 EN R > x=c(5,6,8,10) > x [1] > x[1] [1] 5 > x[3] [1] 8 les tableaux

31 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes EXEMPLES Exemple 2.2: Ecrire un algorithme qui détermine le maximum dans un vecteur Algorithm ex2; Var numérique n, s, i Tableau [ 100 ] en Numerique : A Debut a [ 1 ] lire (n) ; Max = Pour i=2 a n faire Si a[ i ]>=max alors max=a[i] fsi Fait Ecrire (max) Fin

32 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 32 > x=c(14,6,9,8,22,3) > max=x[1] > for(i in 2:6){if (x[i]>=max)max=x[i]} > max [1] 22 Programme en R

33 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 33 2 Statistiques de base summary : un résumé très complet de toutes les statistiques de base dun tableau > x=c(1,4,9,65,90) > summary(x) Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max

34 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 34 > x <- c(1,2,3,3,3,4,7,8,9,NA) – lorsque les données contiennent des valeurs manquantes, les fonctions max(), min(), range(), mean(), et median() rendent NA, et les fonctions var(), cor(), et quantile() renvoient un message derreur ; > max(x, na.rm=T) [1] 9 – spécifiant na.rm=T dans la fonction max() force R denlever toute valeur manquante du vecteur x et de renvoyer la valeur maximale dans x ; > min(x, na.rm=T) [1] 1 > range(x, na.rm=T) [1] 1 9 > mean(x, na.rm=T) [1]

35 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 35 Si il ny a pas de valeurs manquantes dans le vecteur x, il nest pas nécessaire de spécifier na.rm=T - utiliser simplement min(x), max(x), etc. Ces fonctions peuvent être utilisées sur des matrices. Elles ne seront pas appliquées aux lignes ou colonnes individuellement, mais trouveront plutôt le min, max, etc. de la matrice entière. > var(x[!is.na(x)]) [1]

36 Departement de Medecine -Faculte de Medecine –Universite Djillali Liabes 36 – les valeurs manquantes sont enlevées du vecteur x utilisant le sous indice !is.na(x) – spécifiant deux arguments à la function var(x), var(x,y) renvoie la covariance entre les deux arguments – les arguments peuvent être des vecteurs ou des matrices > y <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10) > cor(x[!is.na(x)],y[!is.na(x)] [1] – vu que la fonction cor() requiert que x et y soient de la même longueur, il est nécessaire denlever la valeur de y qui correspond à la valeur manquante dans x ; ceci est obtenu par y[!is.na(x)]


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