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Maciej ORKISZ Jean-Christophe RICHARD
Quantification de l'aération pulmonaire chez les patients avec le syndrome de détresse respiratoire aigüe, à partir d'images scanner. SDRA Maciej ORKISZ Jean-Christophe RICHARD Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Eduardo DAVILA - Creatis 2017
SDRA pathologie pulmonaire grave consécutive à une agression (liquide, gaz, bactéries…) 4-5% d’admissions aux urgences mortalité 30-50% ventilation mécanique à pression expiratoire positive maintien en vie pendant le traitement de la cause cause possible de surmortalité si PEP inadaptée nécessité de quantifier l’aération théoriquement quantifiable en imagerie CT absence de logiciels utilisables en routine Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Contexte Scientifique
Etude sur modèle animal (images déjà acquises) Inspiration/expiration, pressions et volumes d’air différents (jusqu’à 40 images par animal) 16 cochons -> total > 500 images 3D (DICOM) Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Etude sur patients (acquisitions commencent)
Contexte Scientifique Etude sur patients (acquisitions commencent) Jusqu’à 10 images par patient Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Besoins médicaux Partenariats Contexte Scientifique
Segmenter les poumons dans chaque image Quantifier l’aération dans chaque image Quantifier le recrutement (changement du niveau d’aération) d’une image à l’autre -> mise en correspondance des éléments anatomiques Partenariats Colombie (programme ECOS Nord) Pologne (PHC Polonium) Suède (Uppsala, informel) Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Approche méthodologique
Contexte Scientifique Approche méthodologique Segmentation de l’image la plus contrastée (à la pression la plus élevée) Construction du masque de mouvement dans cette image Segmentation de l’arbre bronchique dans chaque image (4 méthodes disponibles) Squelettisation de chaque arbre Construction du graphe correspondant Mise en correspondance de graphes Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Approche méthodologique
Contexte Scientifique Approche méthodologique Recalage des cages thoraciques et déformation du masque de mouvement initial vers toutes les autres images Recalage des images en utilisant les masques de mouvement Niveaux de gris seuls Hybride = niveaux de gris + correspondances des graphes Déformation des poumons initialement segmentés vers toutes les autres images Calcul du recrutement Global Régional Local Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Protocole d’acquisition modèle animal
Contexte Scientifique Protocole d’acquisition modèle animal Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Organigramme recalage 2 images
Contexte Scientifique Organigramme recalage 2 images Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Cascade de recalages pour chaque cochons
Contexte Scientifique Cascade de recalages pour chaque cochons Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Avant et après recalage niveaux de gris et hybride
Contexte Scientifique Avant et après recalage niveaux de gris et hybride Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Segmentation et squelette représentant un arbre bronchique
Contexte Scientifique Segmentation et squelette représentant un arbre bronchique Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Transformation et son jacobien
Contexte Scientifique Transformation et son jacobien Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Besoins informatiques
Contexte Informatique Besoins informatiques Gestion du code Gestion des données initiales et de toutes les métadonnées incluant les résultats de chaque étape pour chaque sujet Outils de visualisation des données et des résultats Outils d’interaction, e.g. : choix de germes Gestion d’accès des partenaires Avec compte CREATIS Sans compte CREATIS Compilation et exécution sur cluster Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Informatiques Calcule : Cluster de Creatis Statistiques Visualisation
Contexte Informatique Informatiques Calcule : Cluster de Creatis 2T de donnée (aujourd’hui) 13T de donnée prévu pour prochaine mois Statistiques Génération automatique des information qui permet de retrouver les information de résultat généré Visualisation Applications adapter pour comparer les résultats du system 16 cochons -> 40 images par cochon -> N traitement par image Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Stratégie Contexte Informatique SDRA-Cluster Cluster-Creatis
Système d’information Cluster-Creatis Calcule Server Web Statistiques BBTK Tools visualisation Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Contexte Informatique
1 Serveur Web (Machine virtuelle) 2 BBtk tools Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Structure de répertoires par utilisateur et algorithme
Contexte Informatique ARDS -> Experiments -> Users -> Algos -> Results -> Pigs Cluster-Creatis Calcule Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Contexte Informatique
Server Web Statistiques Documentation (Machine virtuelle) Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Contexte Informatique
Server Web Documentation Description de chaines de traitement Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Contexte Informatique
Server Web Statistiques Statistiques des fiches généré Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Contexte Informatique
Server Web Documentation Description des algorithmes Responsable - status – taille - description Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Visualisation Video – Demo Contexte Informatique BBTK Tools
Disque partagé avec les cluster BBTK Tools Visualisation Windows / Linux / Web Optimisation lecture par plan Video 01 Video 05 Video – Demo -> Screenshots – Videos - Video 01 - Video 05 Cluster-Creatis Calcule Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Merci.. l'image de l'année (2016) Alfredo MORALES Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Contexte Protocole d’étude sur modèle animal de SDRA induit Début d’étude sur patients Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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Segmentation, squelette et graphe représentant un arbre bronchique
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Mise en correspondance de graphes
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Masque de mouvement Eduardo DAVILA - Creatis 2017
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