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Intérêt des collections biologiques associées aux cohortes Marie-Aline CHARLES Centre dEpidémiologie et Santé des Populations Unité Mixte Inserm-Ined-EFS.

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1 Intérêt des collections biologiques associées aux cohortes Marie-Aline CHARLES Centre dEpidémiologie et Santé des Populations Unité Mixte Inserm-Ined-EFS Elfe Villejuif, Paris

2 Pour quoi faire? Identifier les facteurs/marqueurs de risque de lévénement de santé étudié: – Caractère longitudinal: argument en faveur de la causalité – Déterminants dexposition: objectif secondaire Identifier les facteurs de susceptibilité génétique – Participation aux études dassociations à grande échelle – Préciser leur rôle dans lhistoire naturelle de la maladie – Interactions avec lenvironnement Mesurer le « phénotype » dintérêt ou un phénotype intermédiaire La maladie repose en totalité ou en partie sur des mesures biologiques – Centralisation des dosages Marqueurs intermédiaires du processus physiopathologique: histoire naturelle de la maladie Validation dexposition collectées dune autre façon (questionnaire…) – Mesure non affectée par la subjectivité du sujet

3 Pour quoi faire? Conséquences: – Nécessité dattendre lapparition des cas au cours du suivi: Etudes cas/témoins nichées dans la cohorte Etudes cas/cohorte – Stockage à long terme sur plusieurs années Coût Sécurité Stabilité des substances Evolution des techniques de mesures Pérennité des structures et de leur gouvernance Opportunité de tester de nouvelles hypothèses

4 Que mesurer, dans quel prélèvements? Marqueurs dexposition – Contaminants de lenvironnement: Persistant dans lorganisme : – Serum, phanères, dents, meconium Polluants non persistants – Urines des 24 h ou du matin – Contact avec des micro-organismes – Sang, salive – Selles – Marqueurs nutritionnels – Sang, urines, lait maternel Marqueurs génétiques – Sang, salive, frottis jugaux Phénotypes et phénotypes intermédiaires entre exposition et maladies: – Sang, urines, tissu

5 Anticiper pour pouvoir mesurer ce qui fera lactualité de demain Prévoir la révolution des « omics » Du tissu pour lépigénétique Des prélèvements environnementaux (eau, poussière..) Ce que lon ne connait pas encore… MAIS Conditions de prélèvements, stockage adaptées ? Contaminants dans le matériel de prélèvements ? – Lot de matériel de prélèvement à conserver Coût du prélèvement-stockage vs potentiel scientifique

6 Examples EDEN: inclusion en Expositions – Contaminants de lenvironnement Prévus initialement – Métaux lourds sang maternel et foetal: plomb*,..; cheveux: mercure* – Cotinine urinaire – Benzéne urines – Bisphénol A *, phtalates* – Nutrition Prévus initialement – Acide gras colostrum Nouveaux projets de recherche – Dérivés métabolisme de lalcool dans le meconium – Isotopes du carbone et de lazote dans le cheveu* – Allergènes dans le lait maternel – Marqueurs des expositions intra utérines dorigine maternelle Prévus initialement – Ig E serum maternel – Glycémie*, lipides, Leptine, insuline * Ont fait lobjet de publications

7 Examples EDEN: inclusion en Phénotypes intermédiaires Prévus initialement – Facteurs de croissance * – ARN placenta et nutrition Nouveaux projets de recherche – Marqueurs osseux – Epigénétique sang du cordon – Epigénétique placentaire et pollution Génétique Prévue initialement – Génotypage de polymorphismes dans le domaine du diabète*, de lobésité * Ont fait lobjet de publications

8 Comment prélever? Consentement des personnes – Pour le prélèvement : indispensable – Objectifs de la recherche Protocole de prélèvement – Standardisation dautant plus difficile que les intervenants sont multiples Identification, traçabilité – Étiquettes, code barre et douchettes – Feuille de suivi permettant denregistrer toutes les conditions pré-analytiques Stockage sur le lieu de prélèvement: conservation à + 4°C

9 Acheminer, traiter, stocker Transport: durée, conditions de température à tracer Traitement et aliquotage – Combien déchantillons et de quel volume? Prévoir lutilisation de microméthodes – Cryotube 1 à 2 ml – Paillettes 0,5 ml Stockage avec alarme en vue dune conservation sur le long terme: Congélateur à – 80 °C Azote liquide – 196 °C Duplication des échantillons

10 Système dinformation associé à la collection biologique Nécessité dun développement spécifique Informations – sur le sujet – sur le prélèvement – sur les échantillons Gestion des entrées Gestion des sorties, des retours Déplacement déchantillons Réservation Bilans Importation, exportation de fichiers

11 Quand utiliser les échantillons? Réserver une partie des échantillons jusquà certaines étapes clés du suivi Privilégier les projets de recherche évalués, financés – Accord de principe avant soumission du projet à un AAP Privilégier les micro-méthodes pour les dosages Difficulté de la gestion des volumes déchantillons: décongélation-recongélation Recherche publique / recherche privée

12 Exemple de la collecte biologique en maternité pour la cohorte Elfe Page 12 TRAITEMENT, DOSAGE et STOCKAGE *OPTIONNEL STOCKAGE 4°C MECONIUM * SANG VEINEUX URINES SANG DU CORDON MORCEAUX DU CORDON* Sage-femme bloc TRANSPORT 4°C Sage-femme enquêtrice Mère CHEVEUX DE LA MERE LAIT MATERNEL ANALYSE par les chercheurs

13 Répartition géographique des maternités (cercles bleus) et des CRB EFS (rectangles rouges) en France métropolitaine 23/06/10

14 Collecte biologique Bilan des prélèvements en biothèque

15 Coût Collecte – Dans Elfe: 29 % du coût total de lenquête en maternité Stockage – Coût annuel par échantillon 0,41 c par cryotube 2 ml 0,15 c par paillettes – Pour 10 cryotubes de 2 ml pour individus =

16 Conclusion Collections biologiques – Investissement pour les cohortes en santé Potentiel de recherche Coût Gestion compliquée sur le long terme – Ressource limitée – Ne pas gaspiller/ ne pas sous-utiliser – Savoir détruire


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