Evaluation de la présence de Gnomoniopsis smithogilvyi dans les châtaignes, porte-greffes et greffons de six variétés de châtaigniers au Tessin Matteo.

Présentation au sujet: "Evaluation de la présence de Gnomoniopsis smithogilvyi dans les châtaignes, porte-greffes et greffons de six variétés de châtaigniers au Tessin Matteo."— Transcription de la présentation:

1 Evaluation de la présence de Gnomoniopsis smithogilvyi dans les châtaignes, porte-greffes et greffons de six variétés de châtaigniers au Tessin Matteo Conti1, Julien Crovadore1, Bastien Cochard1, Romain Chablais1, Mauro Jermini2 & François Lefort1 1Groupe Plantes et pathogènes, Institut Terre Nature et Environnement, hepia, HES-SO//Genève 150 route de Presinge, 1254 Jussy, Suisse. 2Agroscope, Cadenazzo Research Centre, A Ramél 18, 6593 Cadenazzo, Switzerland Gnomoniopsis smithogilvyi est un champignon, récemment identifié en Europe et en Suisse, comme le principal agent de pourriture de la châtaigne mais également comme un agent de chancre du châtaignier (Castanea sativa). C’est un champignon endophyte pouvant devenir dans des conditions non encore décrites un champignon pathogène. Il semble également être associé à la forte mortalité survenant précocement dans les jeunes vergers fruitiers. Pour cette raison, la présence du champignon a été recherchée, au Tessin, dans les porte-greffes et greffons de six variétés de châtaigniers, de même que dans les châtaignes de semis pour porte-greffes et greffons. La présence de l’autre agent de chancre du châtaignier présent de longue date au Tessin, Cryphonectria parasitica, a également été recherchée. Variété Parties végétales analysées Tot. Parties végétales analysées, par variété Châtaignes germées, congelées le Porte-greffes, ramassés le Couples porte-greffes/greffons, ramassées le Nombre radicules Nombre pousses Nombre feuilles + pousses Nombre porte-greffes Nombre greffons Luina 10 6 3 39 Giacco 43 Torcione Nero 36 M. Michelangelo Marrone Selva 2 35 Bouche de Bétizac 34 Tot. Variétées Tot. Radicules analysées Tot. Pousses analysées Tot. Feuilles + pousses analysées Tot. Porte-greffes analysés Tot. Greffons analysées Tot. Parties analysées 60 41 17 56 230 Analyse présence Gnomoniopsis smithogilvyi Tot. Parties végétales contaminée, par variété Nombre radicules contaminées Nombre pousses contaminées Nombre feuilles + pousses contaminées Nombre porte-greffes contaminés Nombre greffons contaminés 1 5 7 8 12 9 Tot. Radicules contaminées Tot. Pousses contaminées Tot. Feuilles + pousses contaminées Tot. Porte-greffes contaminés Tot. Greffons contaminés Tot. Parties contaminées 52 Matériel et méthodes Tableau 1. Présence de G. smithogilvyi dans des feuilles et pousses de porte-greffes, dans des couples porte-greffes/greffons et dans des racines de châtaignes germées. C. parasitica n’a jamais été détecté. Le matériel végétal analysé a été obtenu de la Pépinière Cantonale du Tessin (Vivaio forestale, Lattecaldo, Morbio Superiore). Ce matériel végétal provenait de six variétés distinctes, utilisées au Tessin pour restaurer des vergers fruitiers: Torcione Nero, Lüina, Giacco, Marrone Lattecaldo, Marrone Michelangelo et Bouche de Bétizac. Il était constitué de 60 racines et 41 pousses issues de châtaignes germées de même que de 17 échantillons de feuilles de porte-greffes de châtaignier. Une deuxième série d’échantillons, constituée de 56 greffons et 56 portes-greffes des mêmes six variétés, à aussi été analysée. L’ADN extrait des divers échantillons a été utilisé pour détecter la présence des deux champignons, Gnomoniopsis smithogilvyi et Cryphonectria parasitica par un test d’amplification PCR spécifique de chaque espèce et permettant de les différencier. Figure  Electrophorégramme de test de détection de présence de G. smithogilvyi. Figures 2 (gauche) et 3 (droite). Electrophorégramme de test de détection de présence de C. parasitica. C. parasitica n’a jamais été détecté. . Résultats Il a été possible de détecter de G. smithogilvyi présent comme endophyte mais pas celle de C. parasitica. Sur les 60 racines analysées, issues de châtaignes de semis, 6 étaient contaminées par G. smithogilvyi et provenaient des échantillons des variétés Lüina (1 racine contaminée sur les 10 analysées), Torcione Nero (1 racine contaminé sur 10), Marrone Michelangelo (1 racine contaminée sur 10), Marrone Lattecaldo (1 racine contaminée sur 10) et Bouche de Bétizac (2 racines contaminées sur 10). Sur les 41 pousses analysées, également issues de châtaignes de semis, 2 se sont révélées contaminées (variétés Lüina et Bouche de Bétizac). Enfin, seulement 2 porte-greffes (variétés Lüina et Torcione Nero) étaient infectés par G. smithogilvyi, parmi 17 porte-greffes analysés (3 porte-greffes par variété, sauf pour Bouche de Bétizac, 2 porte-greffes utilisables). Par la suite, 112 échantillons provenant de 56 couples porte-greffe/greffon ont été analysés pour les six variétés, afin de déterminer si le pathogène est transmis par le porte-greffe ou le greffon. G. smithogilvyi a été retrouvé dans 8 porte greffes, soit 14% des porte-greffes (2 de la variété Lattecaldo, 2 Lüina, 2 Torcione Nero, 1 Giacco, 1 Michelangelo) et 34 greffons soit 60% des greffons (9 de Lattecaldo, 5 Lüina, 7 Giacco, 5 de Michelangelo, 8 de Torcione nero). Ces résultats, statistiquement significatifs avec une p-valeur de 0.027, sont prometteurs et ont contribué à valider les tests spécifiques. Ils montrent une faible présence de Gnomoniopsis smithogilvyi dans le matériel de propagation utilisé comme porte-greffes mais une forte présence dans le matériel utilisé comme greffon. Ces résultats confirment le caractère endophytique de Gnomoniopsis smithogilvyi et une contamination du matériel de propagation. Par contre, C. parasitica n’a été détecté dans aucune châtaigne, porte-greffe ni greffon dans cette expérience. Figure 4. Chancre probablement causé par Gnomoniopsis smithogilvyi (échantillon 4.2). Figure 6. Electrophorégramme du test confirmant la présence de G. smithogilyi dans les échantillons montrés en figures 4 et 5. Figure 5. Chancre probablement causé par Gnomoniopsis smithogilvyi (échantillon 1.2). Conclusion Cette analyse détaillée a permis de déterminer le taux de présence de ces deux champignons pathogènes dans le matériel de propagation utilisée à la Pépinière Cantonale du Tessin. Gnomoniopsis smithogilvyi s’est avéré être présent principalement dans les greffons, provenant donc d’arbres-mères potentiellement contaminés par l’endophyte. Cryphonectria parasitica était totalement absent dans ce matériel. La présence de Gnomoniopsis smithogilvyi dans des chancres de l’écorce a également été confirmée. Une solution immédiatement applicable pour tenter de limiter la dissémination de Gnomoniopsis smithogilvyi serait d’analyser préalablement, les arbres-mères, afin d’éviter de greffer du matériel contaminé sur un porte-greffe potentiellement sain. JOURNEE D'AUTOMNE SGP / SSP 2016 Interactions complexes entre plantes et organismes nuisibles Jeudi 27 octobre 2016, HAFL Zollikofen