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Évaluations génomiques fiables dune race et dun pays à lautre Sander de Roos CRV, Pays-Bas.

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1 Évaluations génomiques fiables dune race et dun pays à lautre Sander de Roos CRV, Pays-Bas

2 Valeurs délevage estimées génomiques (VÉEG) fiables Nous voulons tous des VÉEG plus fiables –Sélection plus précise –Usage des jeunes taureaux avec confiance (VÉEG) fiables ~ N * h 2 –N = taille du cheptel de référence –h 2 = héritabilité des phénotypes Daetwyler et al Goddard 2009

3 Goddard et Hayes 2009 Nombre dindividus dans la population de référence Exactitude des VÉEG – bêtes non phénotypées

4 Des VÉEG fiables Échanges internationaux –un plus grand cheptel N –mais une moins grande h 2 (r G < 1) P. ex. EuroGenomics (N = N = ) –profondeur du pis :+ 15 % en fiabilité –cellules somatiques :+ 11 % –fertilité :+ 7 % –rendement en protéines : + 6 % Lund et al. 2011

5 Que pouvons-nous faire dautre? Vaches Autres races Objectif = définir les possibilités et les défis

6 Pourquoi utiliser des vaches? Pour accroître la population de référence (réf.) – vaches de réf taureaux de réf. (h 2 = 0,2) Un nombre illimité Petites races De nouveaux pays ou environnements (G x E) De nouveaux caractères génétiques Sélection des femelles

7 Les coûts Coût du génotypage : 40 euros () – vaches x 40 (BovineLD) = Valeur commerciale pour le producteur : –Choisir les meilleurs veaux femelles –Bœuf / conventionnel / sexé / récolte dembryons –Meilleur rendement du capital investi (RCI) quand lintensité de la sélection est grande De Roos 2011 Pryce et Hayes 2012 Dassonneville 2012

8 Biais VÉEG = VÉE conventionnelle + info génomique –biais dû à un traitement préférentiel –biais dû au génotypage sélectif Stratégies –ajuster phénotypes des vaches (Wiggans et al. 2011; 2012) –omettre phénotypes des vaches –nemployer que des troupeaux complets

9 Troupeaux de référence du CRV Troupeaux avec dexcellents résultats –production de lait, conformation, fertilité… –santé de la pince, composition du lait (soins de santé) Génotypage de toutes les femelles –Le producteur paie 15 par veau, 0 par vache Aujourdhui : 20 troupeaux, femelles Objectif : 600 troupeaux, femelles

10 Pourquoi utiliser dautres races? Prédire les VÉEG des races métissées (croisées) –Les métis affichent davantage de variation génétique –p. ex. production des Holstein + fertilité des Jersey Utiliser sujets métissés dans le cheptel de réf. Utiliser race A pour améliorer VÉEG de la race B –Exploiter les mutations causales (les SNP en sont très proches)

11 Les animaux métissés Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités dancêtres pur sang –Les SNP retracent cet héritage au fil des générations F 0 F 1 F 2

12 Les animaux métissés Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités dancêtres pur sang –Les SNP retracent cet héritage au fil des générations Les phénotypes des sujets métissés sont utiles –Pour estimer leffet des segments de chromosomes ancestraux Les VÉEG des métis –La somme des effets des segments de chromosomes ancestraux

13 Utiliser la race A pour prédire la race B Les QTL doivent exister dans les deux races –Il faut toute la séquence du génome, ou –les BovineHD (777 k), afin que la phase des SNP-QTL persiste Les QTL individuels ont un très petit effet –Il faut un cheptel de réf. extrêmement grand et un modèle bayésien pour distinguer les QTL du « bruit de fond » Peut-être détecter des QTL de taille moyenne

14 Exemples Les Holstein et Jersey de Nouvelle-Zélande Harris et al –Des VÉEG précis pour les sujets métissés Les races rouges nordiques Brøndum et al –Hausse de 7 % de la fiabilité multirace versus race unique Les Holstein et Jersey australiennes Erbe et al –Hausse de 4 % de la fiabilité chez les Jersey en intégrant des taureaux de réf. Holstein –Hausse de 0 % de fiabilité chez les Holstein en intégrant des taureaux de réf. Jersey

15 Calculs Supposons bovins de réf., SNP –8 x plus danimaux, 15 x plus de SNP = 120 x plus –3 années de calculs Considérons aussi limputation des FD vers HD Considérons aussi toute la séquence du génome

16 Conclusions Vaches : intéressantes pour agrandir la population de réf. –Plus grande fiabilité, de nouveaux caractères, de nouvelles races, de nouveaux pays –Coût encore trop élevé pour ladoption à grande échelle –Nous devons nous occuper des biais potentiels Population de référence multirace –Simple dans les populations métissées –De nombreux animaux X SNP denses avec un modèle bayésien –Tout un défi sur le plan des calculs


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