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Plate-forme bioinformatique Toulouse-Midi-Pyrénées Génopole C. Gaspin Contexte toulousain en bioinformatique Moyens, missions, actions Présentation des.

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1 Plate-forme bioinformatique Toulouse-Midi-Pyrénées Génopole C. Gaspin Contexte toulousain en bioinformatique Moyens, missions, actions Présentation des travaux des CDD financés par le RNG - A. Lucas : Site Web pour l analyse des données du transcriptome - S. Carère & Y. Beausse : ProDom

2 Contexte bioinformatique local Deux pôles historiques - INRA : cartographie génétique & analyse de séquences Multalin, ProDom, RNAlign, Sapssarn, Essa, FrameD, EuGene, iANT Cartagene, MCQTL... - IPBS : biologie structurale (modélisation 3D, dynamique moléculaire,…) Des forces dissiminées et/ou émergentes - INSA : transcriptome, réseaux de régulation - UPS : cartographie génétique, analyse de séquences, analyse des données du transcriptome Plate-forme bioinformatique - Contexte

3 Plate-forme bioinformatique - Moyens... 1 DR2 INRA (30%) : responsabilité scientifique D. Kahn,C. Gaspin 1 IR INRA (100%) : responsabilité opérationnelle D. Allouche 1 IE CNRS (100%) : opérationnel janvier 2004 J.M. Larré 1 AI INRA unité de centre (X%): sécurité et administration ? Comité bioinformatique : relai entre la plate-forme et les utilisateurs... Personnels permanents affectés à la plate-forme

4 Plate-forme bioinformatique-Moyens... Infrastructure matérielle Services Web ( IBM X440) (ATG )Calculs intensifs Baie de stockage EMC 1,0To Extensible à 22To (Storage Array Network) Machines Projets ou plates-formes Quadri-processeur DELL (700Mhz, 4Go mémoire 350Go d espace stockage)

5 Plate-forme bioinformatique-...missions,actions Offrir une infrastructure adaptée et performante D. Allouche Maintien et évolution de linfrastructure matérielle Maintien des bases de données Maintien de l infrastructure logicielle « Vitrine » des développements locaux 2004 : Renforcement par un cluster de calcul pour accueillir les gros projets Ex: ProDom, SIGENA, biologie structurale,...

6 Former les utilisateurs Premier semestre Savoir utiliser l infrastructure de la plate forme - Analyse des données d expression du transcriptome Deuxième semestre Alignement de séquences D. Allouche, C. Gaspin Plate-forme bioinformatique-Moyens, missions, actions

7 Offrir un appui aux autres plate-formes D. Allouche Activité en croissance ? - Stockage/archivage des données - Développements : jusquoù ? Plate-formes identifiées - plate-forme séquençage/génotypage Réalisation d un LIMS Donnée disponibles via la plateforme bioinformatique Formations - plate-forme protéomique Plate-forme bionformatique-...missions, actions

8 Plate-forme bioinformatique-...missions,actions Appui aux programmes scientifiques prioritaires D. Allouche Activité en croissance Participation aux : - encadrement : plusieurs CDD et étudiants - développements : Base de données, LIMS - valorisation : - formation - expertise

9 Animation autour de la plate-forme D. Allouche, C. Gaspin Séminaires/rencontres mensuels - Décembre 2003 : Rencontre méthodologique autour du déséquilibre de liaison - Janvier 2004 : Séminaire de génomique comparative Séminaire annuel - Novembre 2004 : bilan des activités Plate-forme bioinformatique-...missions, actions

10 Répondre aux demandes d expertise C. Gaspin Plate-forme bioinformatique -...missions,actions Réunion Orientation vers des compétences locales/extérieures Réponse immédiate

11 Accès libre à des postes de travail Locaux : salle de formation INRA (8 postes de travail) Fréquence : 1j/mois puis selon disponibilité Mode d accès : planning/inscription Début de mise à disposition : premier semestre 2004 Encadrement : personnel plate-forme D. Allouche Plate-forme bioinformatique-...missions, actions

12 Relations avec les autres génopôles Programmes scientifiques : Séminaire janvier 2004 Ingéniérie de service Formation D. Allouche, C. Gaspin Plate-forme bioinformatique-...missions,actions

13 En résumé... Des missions prioritaires - Infrastructure - Formation - Communication - Animation Ouverture vers les programmes scientifiques Ouverture vers les autres plate-formes Plate-forme bioinformatique-...missions,actions

14 Développement d un site web pour l analyse des données d expression du transcriptome A. Lucas Encadrement : D. Allouche, C.Cierco, C. Gaspin, S. Jasson

15 Objectifs Développement d un site web pour l analyse... Mettre à disposition des outils statistiques et les documenter - Normalisation (centrer, réduire, log, combinaison) - Analyse de données (ACP, K-means, SOM, classification hiérarchique...) - Visualisation (Nuage de points, histogramme, boîte à moustaches, dendogramme) Evaluer les outils de classification - Logiciels : temps, mémoire - Méthodes : temps, mémoire, nombre de classes,… Développer des scripts pour l échange de données

16 Réalisation : site web Développement d un site web pour l analyse... Logiciels de classification - Vue synthétique de tous les logiciels - Fiches pour chaque logiciel - Développements spécifiques (AMAP, CTC) Documentation - Statistique : description des méthodes - Biologie : publications associées Application web - Classification - ACP

17 Développement d un site web pour l analyse... Vue synthétique des logiciels

18 Développement d un site web pour l analyse... Fiche logiciel

19 Développement d un site web pour l analyse... Fiche documentation

20 Développement d un site web pour l analyse... Développements spécifiques Développement d un site web pour l analyse... Paquetage Amap - - Amélioration de la classification hiérarchique (mémoire utilisée) - ACP robuste Paquetage CTC - - Interfacer Xcluster avec R - Permettre la visualisation des clusters avec des outils de type TreeView

21 Evaluation : classification hiérarchique Développement d un site web pour l analyse... Logiciel Temps Mémoire %bien classés Xcluster3mn11s4.8M90% R:Kmeans5.10s13.3M94.6% R:SOM2mn11s16M92.6% SAS:Fastclus1.6s36M93.8% R:amap/hcluster2mn23s394M90% R:Hclust2mn21s1.5G90% R:Kmeans(1000)+Hclust4s25M94.6% R:Kmeans(50)+Hclust2.1s13.7M91.3%

22 Développement d un site web pour l analyse... Conclusion Développement d un site web pour l analyse... Service utile - Outils bien documentés - Application web s appuyant sur R - Scripts disponibles pour passer d un logiciel à l autre - Utilisé dans le cadre de formations et par quelques biologistes - Développements intégrés dans une dynamique de projet (R, bioconductor) - Evolutivité : Base de données des logiciels et de leurs caractéristiques Accès restreint pour les gros jeux de données


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