Rapport de stage en entreprise effectué à l’INRA

Présentation au sujet: "Rapport de stage en entreprise effectué à l’INRA"— Transcription de la présentation:

1 Rapport de stage en entreprise effectué à l’INRA
CICUREL Caroline 3e3 Rapport de stage en entreprise effectué à l’INRA

2 Sommaire Présentation de l’entreprise Fonctionnement de l’entreprise
Observation et présentation d’une activité Compte-rendu hebdomadaire Description des tâches accomplies Conclusion

3 Présentation de l’entreprise
L’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), créé en 1946, est un organisme placé sous la double tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et du ministère de l’Agriculture et de la Pêche. Cet organisme mène des recherches finalisées pour une alimentation saine et de qualité, pour une agriculture compétitive et durable, pour un environnement préservé et valorisé. Les trois thématiques de recherches du centre de l’INRA de Dijon sont: Goût, alimentation et sensorialités : Unité Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA) Agroécologie de la parcelle cultivée Territoire et développement L’INRA de Dijon est composé de 200 chercheurs répartis dans 12 unités. L’ INRA de Dijon DIJON Le logo de l’entreprise Un des bâtiments de l’INRA.

4 Fonctionnement de l’entreprise
Direction Collège de direction Equipes de recherche Services communs Plates formes Interactions moléculaires, destruction en bouche et perception de la flaveur Animalerie _ Secrétariat _ Documentation _ Informatique, traitement signal _ Logistique Perception de la flaveur : évènements peri-récepteurs et interactions perceptives Mécanismes de perception et plasticité chimiosensorielle chez la Drosophile PFLA (Plate Forme Lipide-Arômes) Développement des neurones olfactifs PFSENSO (Plate Forme Sensorielle) Détection cérébrale des nutriments Œil, nutrition et signalisation cellulaire Ethologie développementale et psychologie cognitive Développement et dynamique des préférences et du comportement alimentaires Culture, expertise et perception

5 Observation et présentation d’une activité
Marquage par la Filipine du cholestérol estérifié sur une coupe d’œil de souris. 1) Extraction de l’œil J’ai accompagné Emilie, une chercheuse de l’INRA, à l’animalerie pour chercher deux souris à sacrifier. Après les avoir endormies et nous être assurées de leur mort, nous leur avons extrait les yeux en leur coupant la paupière à l’aide de ciseaux. Ensuite, nous avons sectionné le nerf optique des souris jusqu’à ce que l’œil ne soit plus du tout rattaché au corps de la souris. Nous avons ensuite mis l’œil dans du milieu et l’avons observé au microscope. A l’aide de celui-ci, nous avons enlevé la cornée en utilisant deux pinces. Nous avons ensuite mis les yeux dans de l’OCT. 2) Congélation de l’œil Nous avons placé l’œil, le nerf optique vers le haut, dans une petite capsule dans laquelle on a versé de l’OCT pour le conserver. Puis, on a placé la petite capsule dans un congélateur à -20 °C pour que l’OCT durcisse. 3) Réalisation d’une coupe d’œil à l’aide d’un cryostat. Nous avons pris dans le congélateur une petite capsule comportant un œil. Nous l’avons sorti de la petite capsule (avec l’OCT) et l’avons fixé sur un cryostat à l’aide d’un peu d’OCT qui a durci et l’a bien fixé. La température interne du cryostat est de -20°C environ. En appuyant sur une pédale, un mécanisme abaisse l’œil qui passe sur une lame tranchante immobile et réalise une coupe de 10 microns d’épaisseur. Nous avons effectué cette manipulation jusqu’à ce que l’œil soit entièrement découpé. On a placé les coupes d’œil sur des lames. Il faut environ 15 lames pour collecter toutes les coupes d’un seul œil. images

6 4) Elimination du cholestérol estérifié
Nous avons pris les lames sur lesquelles apparaissent le nerf optique et les avons placées dans un récipient contenant de l’éthanol à 70% qui élimine le cholestérol libre. Après environ cinq minutes, nous avons remplacé l’éthanol par du PBS (eau salée). Nous avons une nouvelle fois laissé incuber environ cinq minutes. Préparation de la Filipine. Pendant les incubations avec l’éthanol et le PBS, nous avons pesé la filipine avec une balance extrêmement précise (à la précision de 0,1mg). Avant la pesée, il a fallu s’assurer que la balance était conforme à l’aide de poids que l’on a pesés : les résultats sont vérifiés en les comparant avec les valeurs que l’on doit obtenir, inscrites sur une fiche. Cette vérification effectuée, nous avons mis la quantité voulue de filipine dans un petit tube dans lequel nous avons ensuite ajouté du PBS. Nous l’avons légèrement secoué pour dissoudre la poudre. Répartition de la solution de filipine sur les lames contenant les coupes d’oeil. Nous nous sommes rendues dans les salles de culture. Nous avons aligné les lames sur un support et nous avons dessiné un rectangle faisant le tour de chaque lame avec un stylo « Dako Pen ». A l’aide d’une pipette, nous avons déposé la solution de filipine, sans que celle-ci ne déborde. La filipine permet de visualiser le cholestérol estérifié sous un microscope car c’est une molécule fluorescente. images

7 Compte-rendu hebdomadaire
Lundi Mardi Mercredi Jeudi Vendredi Matin 9h30-12h30 Animalerie Salle chirurgicale Observation des yeux de rats endormis qui ont subi des impacts laser au niveau de la rétine afin de simuler une maladie de l’œil, avec les chercheurs. 9h00-12h30 Remise de documents par mon maître de stage. Découpe d’œil à 10 microns grâce à un cryostat avec une chercheuse du laboratoire. 9h00-10h00 Observation d’une maquette de l’animalerie. Découpe de la nourriture pour les rats. Malade (certificat médical) 9h00-11h30 Gavage des rats. Sacrifice de rats (autre salle). Découpe d’œil au cryostat. 11h30-12h30 Marquage du cholestérol estérifié par la Filipine. Salle de culture Observation au microscope d’yeux extraits lundi. 9h00-13h30 Dosage de la lutéine dans des prélèvements de sang de sept cochons différents. Après-midi 13h30-17h00 Nettoyage de la salle et retour des derniers rats dans leur cage et dans leurs salles appropriées. Sacrifice de deux souris. Extraction de leurs yeux, observation au microscope, explications et schéma par une chercheuse du laboratoire. Observation au microscope d’une cellule. 13h30-14h30 Poursuite de la coupe de l’œil. 14h30-16h15 Salle de réunion Présentation de son parcours par une personne qui intègre l’équipe devant ses futurs collègues. 16h15-17h30 Changement du milieu de l’œil extrait la veille. 13h00-18h00 Découpe d’œil au cryostat. Réunion au sujet de la salle de culture (améliorations à apporter …) Salle d’observation Observation au microscope du cholestérol sur des coupes d’yeux de souris. 14h30-16h30

8 Description des tâches accomplies
L’observation de la rétine d’une vingtaine de rats. Trois semaines auparavant, les chercheurs avaient simulé une maladie de l’œil en faisant des impacts au laser au niveau de la rétine des yeux des rats. Nous nous sommes rendus à l’animalerie et avons observé les dommages au niveau de la rétine. Pour cela, les chercheurs ont pris les rats un par un, les ont endormis à l’aide d’un mélange d’anesthésiques, ont appliqué de la tropicanide sur leurs yeux afin de dilater la pupille et ont placé les rats endormis devant un angiographe. Nous avons observé devant un écran d’ordinateur la rétine et les impacts laser. Le but de cette opération est de chercher à connaître les liens entre l’alimentation et les pathologies de l’œil, et donc grâce à l’alimentation, de prévenir les maladies de l’œil. Le changement d’un milieu. Pour changer un milieu, il faut d’abord stériliser un plan de travail en utilisant de l’alcool. Nous avons ensuite allumé une hotte stérile et y avons placé l’étui contenant le milieu et les cellules. J’ai ensuite pris une pipette qui aspire automatiquement le milieu. J’ai pris une seconde pipette, appuyé sur le bouton qui aspire, trempé celle-ci dans un nouveau milieu, puis j’ai expiré ce milieu dans l’étui de cellules. J’ai effectué cette manipulation deux fois, la première servant à rincer l’étui. Le gavage. Avant de gaver les rats, il faut d’abord les peser en les déposant dans un bac placé sur une balance. C’est le poids du rat qui va déterminer la dose de nourriture que l’on va lui administrer. Après l’avoir pesé, on a pris le rat et on lui a injecté la nourriture dans sa bouche. Une fois gavé, le rat est déposé dans sa cage sur laquelle des numéros sont inscrits. Les rats et les souris sont tous porteurs d’une puce que l’on lit à l’aide d’un lecteur de puce. C’est grâce à cela que l’on sait dans quelle cage reposer le rat. L’observation au microscope d’une lame de rétine de souris contenant du cholestérol. L’expérience vise à étudier les effets de l’exposition des souris sauvages aux facteurs de risque de la DMLA. Pour chaque souche de souris, les chercheurs ont constitué trois lots avec un traitement différent. Les deux premiers groupes ont subi une injection quotidienne d’un sérum physiologique: ce sont les souris contrôle. Les deux groupes suivants ont subi une injection puis ont été exposés à la lumière. Les deux derniers ont subi une injection qui affaiblit leur système immunitaire puis ont été exposés à la lumière. Nous avons observé au microscope la rétine de l’œil de l’un de ces rats. Schéma explicatif Le dosage de la lutéine. J’ai accompagné une chercheuse dans une salle sans fenêtre. Nous avons travaillé sous une lumière jaune. Nous avons pris des fioles dans lesquelles se trouvent des prélèvements faits sur trois cochons différents. Il y a neuf prélèvements par cochon et il y a environ quatre fioles par prélèvement. On prend ces quatre fioles dans une main, puis on pool. On jette ensuite les trois fioles vides devenues inutiles. Pour finir, on aspire le prélèvement de la dernière fiole pour l’expirer dans une plus grande fiole. On fait cette manipulation sur tous les prélèvements des autres cochons. vidéo images

9 Conclusion Ce stage m’a permis de découvrir un univers professionnel que je ne connaissais pas, celui de la recherche en laboratoire. J’ai constaté que l’on pouvait exercer des métiers passionnants et variés. J’ai apprécié l’accueil que j’ai reçu, l’ambiance de travail et les activités que j’ai pu observer. Je me suis rendue compte que les connaissances acquises dans le cadre scolaire pouvaient être très utiles. Ce stage m’a amenée à réfléchir sur l’orientation de mes futures études. Je trouve cette expérience très enrichissante et je conseillerais à d’autres élèves d’effectuer ce type de stage en prenant soin d’être très attentifs et de noter tous les soirs leurs activités de la journée. Je regrette toutefois que l’on n’ait pas pu me confier certaines tâches car les expérimentations animales nécessitent une habilitation donnée par le ministère, et les manipulations présentent des risques biologiques et chimiques. Enfin, j’ai trouvé que la durée de ce stage était très courte.

10 Annexe des diapositives 5 et 6
L’œil Microscope Yeux et milieu dans une capsule de verre Lame coupante Coupes Petites pinces Deux souris endormies L’œil dans l’OCT Le cryostat Quelques yeux dans du milieu Pour voir la VIDEO de la coupe d’œil avec un cryostat, cliquez ici. Dessin d’une cellule Verre de PBS contenant les lames Lames Etalage de la solution de filipine et du PBS sur les lames qui contiennent le nerf optique Feuille d’explications des étapes du marquage du cholestérol par la filipine Annexe des diapositives 7 et 8. Pour voir la VIDEO du dosage de la lutéine, cliquez ici. Microscope permettant d’observer les milieux Observation au microscope d’une rétine de souris Schéma explicatif de l’expérience qu’ont subi les rats Le plan de travail devant lequel on change un milieu

11 Lexique technique, commercial, spécialisé, relatif à l’activité de l’entreprise
Angiographe : machine permettant d’observer très précisément l’intérieur de l’œil jusqu’à la rétine. Cholestérol estérifié : le cholestérol estérifié est, contrairement au cholestérol libre, est rattaché à la cellule par la membrane plasmique. Dessin d’une cellule Cornée : membrane bombée située devant l’œil. Elle est transparente. Elle se trouve sous la membrane conjonctive, une fine membrane protectrice. La cornée permet aux rayons lumineux de pénétrer dans l’œil et les réfléchit ou les réfracte. L’iris est situé juste derrière la cornée. Cryostat : appareil qui permet de maintenir des températures très basses et constantes grâce à l’utilisation d’un gaz liquéfié. Cette température permet ensuite d’effectuer des coupes d’yeux très fines. Dako Pen : stylo qui nous a permis d’empêcher la filipine de déborder lorsqu’on l’a versée à l’aide d’une pipette sur la lame. DMLA : elle désigne la Dégénérescence Maculaire Liée à l’Age. La DMLA correspond à la mort des neurones de la macula, qui est une légère fossette située au centre de la rétine. Ethanol : liquide incolore, appelé aussi alcool éthylique, miscible à l’eau en toutes proportions. Filipine : poudre jaune qui permet de visualiser le cholestérol. Lutéine : la lutéine est un caroténoïde que l’on trouve par exemple dans le jaune d’œuf, le maïs ou les carottes. Elle est utilisée comme antioxydant pour protéger les organismes vivants. Milieu : liquide de couleur rose dans lequel on a placé les yeux disséqués afin de bien les conserver. Régulièrement, il faut changer le milieu pour éviter le développement de microbes. Nerf optique : nerf prenant naissance sur la rétine, qui est la membrane qui tapisse la face interne de l’œil et qui contient les cellules permettant aux rayons lumineux d’être captés, puis transformés en influx nerveux pour gagner le cerveau. OCT : l’Optical Cohérence Tomography est un liquide pâteux transparent qui, en se refroidissant, devient dur et blanc. Il a conservé les yeux que nous avons congelés. Pooler : regrouper dans la même fiole. Schéma de l’oeil Cryostat Dako Pen lames milieu yeux OCT œil Coupe réalisée, de 10 microns