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PubMed Formation PubMed Formation Daniela Ziegler Bibliothécaire – Informationniste Centre de documentation du CHUM.

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1 PubMed Formation PubMed Formation Daniela Ziegler Bibliothécaire – Informationniste Centre de documentation du CHUM

2 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

3 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

4 PubMed Réputation Outil développé par la NLM (US National Library of Medicine) qui indexe la littérature biomédicale depuis 1879 afin de fournir aux professionnels de la santé l'accès aux informations nécessaires pour la recherche en soins de santé et pour l'éducation. l'Index Medicus regroupait les tables des matières des principales revues biomédicales et de médecine, américaines et internationales mais depuis 2004 il est devenu une base de données connue sous le nom de MEDLINE. La version MEDLINE disponible gratuitement sur Internet est offerte par le NCBI (National Center for Biotechnology Information) et elle peut être consultée à travers linterface proposée par PubMed. © Centre de documentation, 2012

5 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

6 PubMed Accès: les portes dentrées © Centre de documentation, 2012 Adresse URL de PubMed: Adresse URL de PubMed avec le profil spécifique de lUdeM: hare=umontreal&dr=citation hare=umontreal&dr=citation Adresse URL de PubMed avec le profil spécifique du CHUM Pourquoi utiliser les profils spécifiques?

7 © Centre de documentation, 2012 PubMed Accès: Le profil spécifique CHUM et UdeM Les filtres préétablis permettent de raffiner la recherche. Cette option nest pas disponible lorsquon fait une recherche avec inscription (My NCBI).

8 PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM © Centre de documentation, 2012 Des boutons daccès rapide pour obtenir : 1. les documents en format numérique (Collection électronique du CD CHUM) 2. les documents en format papier (Collection imprimée du CD CHUM)

9 © Centre de documentation, 2012 PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM Le bouton daccès rapide pour repérer les documents en format papier.

10 © Centre de documentation, 2012 Le bouton daccès rapide pour obtenir les documents en format électronique. PubMed Accès: le profil spécifique CHUM et UdeM

11 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

12 PubMed Recherche simple Hpv vaccine and cervical cancer

13 © Centre de documentation, 2012 On remarque que PubMed a fait une correspondance entre les termes de recherche et les descripteurs MeSH. PubMed Recherche simple

14 © Centre de documentation, 2012 PubMed Les caractéristiques de la recherche simple permet de retrouver les documents qui ne sont pas encore indexés ne permet pas linclusion des termes spécifiques (reliés à un MeSH générique) ou des expressions lorsque la troncature est utilisée (*) ex: cardiomyopath* pour cardiomyopathies, cardiomyopathy, etc. impose les guillemets pour chercher une expression exacte ex: "tuberculosis vaccines" [All Fields] Si les guillemets sont omis, lexpression sera interprétée: "tuberculosis vaccines"[MeSH Terms] OR ("tuberculosis"[All Fields] AND "vaccines"[All Fields]) OR "tuberculosis vaccines"[All Fields] 970 résultats résultats Recherche effectuée dans PubMed, le 9 mai 2012

15 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

16 PubMed Descripteurs MeSH MeSH est l'acronyme de «Medical Subject Headings» Les MeSH sont des descripteurs (termes décrivant les sujets dun article) employés par la NLM (National Library of Medicine – É.-U.) pour indexer les articles dans la base de données Medline Les MeSH sont une caractéristique distinctive de MEDLINE Les MeSH imposent l'uniformité et la cohérence dindexation de la littérature biomédicales

17 © Centre de documentation, 2012 Les MeSH peuvent englober une seule notion ou plusieurs à la fois: Un MeSH simple : Infarction Un MeSH composé:Myocardial Infarction Les termes MeSH sont organisés hiérarchiquement, classés dans MeSH Tree Structures et ils sont mis à jour annuellement Les MeSH sont exclusivement en anglais Pour la traduction en anglais des MeSH, on peut utiliser le Portail de terminologie de santé (CiSMeF): PubMed Descripteurs MeSH

18 © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple La recherche par MeSH à partir du menu déroulant principal est la plus usuelle.

19 © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple Laccès est possible également par longlet Resources Literature MeSH Database.

20 © Centre de documentation, 2012 Utilisation des MeSH dans la recherche simple H Pylori – agent causal des cancers gastriques On peut restreindre la recherche en choisissant un ou plusieurs qualificatifs ( Subheadings). Permet de repêcher les articles traitant le sujet de façon centrale. Permet dexclure les termes spécifiques qui sont inclus par défaut.

21 © Centre de documentation, 2012 MeSH Définition Qualificatifs Synonymes Indexation antérieure 1984 – 1990 Deuxième arborescence PubMed Descripteurs MeSH: la structure Première arborescence

22 © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple On ajoute le terme trouvé au PubMed search builder en cliquant sur Add to search builder et on fait la recherche du deuxième terme.

23 © Centre de documentation, 2012 PubMed Utilisation des MeSH dans la recherche simple Stomach Neoplasms

24 © Centre de documentation, 2012 PubMed Caractéristiques de la recherche avec les MeSH permet de retrouver seulement les documents qui sont indexés dans la base de données Medline permet de préciser la recherche en utilisant les termes qui sont liés à un descripteur MeSH (les termes spécifiques et les termes génériques

25 © Centre de documentation, 2012 PubMed Faire une recherche par MeSH à partir dun document précis 1.Faire la recherche à partir dun document connu, considéré pertinent 2.Chercher la description complète du document: résumé, descripteurs MeSH, etc. 3.Cliquer sur le MeSH désiré 4.Choisir Add to Search 5.Refaire lopération avec le deuxième terme 6.Cliquer sur Search

26 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

27 PubMed Recherche avancée Ce type de recherche permet dutiliser les MeSH sans passer par la MeSH Database. Dans ce cas il ny a pas daccès à la définition, ni à larborescence des MeSH. Démonstration Show index List affiche en ordre alphabétique les termes disponibles dans la catégorie choisie

28 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

29 PubMed Éléments de référence bibliographique Single Citation Matcher Single Citation Matcher Cest un outil qui permet de retrouver la référence bibliographique dun article précis.

30 © Centre de documentation, 2012 Aucun champ nest obligatoire mais en ajoutant plus dinformations on a plus des chances à retrouver larticle qui nous intéresse. PubMed Éléments de référence bibliographique Single Citation Matcher

31 © Centre de documentation, 2012 Citation Sensor est une fonctionnalité de recherche de PubMed. Elle associe une requête avec une référence bibliographique précise. Le système suggère les références qui répondent mieux à notre recherche et il les place dans un rectangle bleu avant les autres résultats. PubMed Éléments de référence bibliographique Citation Sensor

32 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

33 PubMed Limites de recherche

34 © Centre de documentation, 2012 PubMed Limites de recherche Tous les filtres ajoutés peuvent être annulés en cliquant sur Clear all.

35 © Centre de documentation, 2012 PubMed Limites de recherche Les recherches peuvent être raffinées en appliquant les limites de recherche On peut choisir plus quune limite dans la même catégorie Les limites seront conservées pour les recherches ultérieures. Elles doivent être ajustées en fonction des besoins

36 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

37 PubMed Recherche dinformations cliniques Clinical Queries est un outil qui propose trois filtres afin de repérer les publications pertinentes de haute qualité

38 © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche dinformations cliniques

39 © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche dinformations cliniques Les études cliniques,Clinical Study Category, comprennent les catégories suivantes: étiologie diagnostique thérapie pronostic guide de prédiction clinique Le niveau de précision peut être choisi aussi : spécifique ou sensitif Les revues systématiques, Systematic Reviews, contiennent: des articles de revues systématiques des méta-analyses, des revues dessais cliniques des données probantes des consensus des guides de pratique clinique Les filtres Medical Genetics Searches sont développés en collaboration avec léquipe GeneReviews: Genetic Disease Online Reviews at GeneTests, University of Washington, Seattle.

40 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

41 PubMed Recherche avec linscription - My NCBI Linscription se fait à partir de la page principale. Il ny a pas de coûts reliés à cette option.

42 © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avec linscription - My NCBI

43 © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avec linscription - My NCBI

44 © Centre de documentation, 2012 PubMed Recherche avec linscription - My NCBI Sauvegarder des résultats dans My Collections et les partager (Démonstration) Sauvegarder la stratégie de recherche et créer une alerte sur un sujet précis (Démonstration) Sabonner au fil RSS de la stratégie de recherche (via un agrégateur de RSS ou à un navigateur Web tel que Firefox ou Safari) (Démonstration) Ajouter et créer jusquà 15 filtres (Démonstration)

45 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

46 PubMed Exercices Trouvez le terme anglais correspondant pour encéphalopathies métaboliques congénitales. Solution proposée: Cherchez dans le Portail terminologique de santé du CHU de Rouen afin de trouver le terme accepté par PubMed.

47 © Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Trouvez le terme anglais correspondant pour encéphalopathies métaboliques congénitales. Résultat PubMed: références

48 © Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Peaufinez la recherche en choisissant les documents publiés en 2011 et en 2012, en anglais et en français et seulement ceux qui sont en accès libre et gratuit. Résultat PubMed:

49 © Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Quelle est la date de publication du dernier article écrit par Dr Fernand Turgeon (Turgeon F) ? Résultat PubMed:

50 © Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Combien darticles a écrit Dr Jean-Claude Tardif (le cardiologue) dans le Journal canadien de cardiologie? Résultat PubMed:

51 © Centre de documentation, 2012 PubMed Exercices Trouvez les articles qui portent sur la fièvre jaune en excluant ceux qui portent sur le vaccin contre la fièvre jaune. Résultat PubMed:

52 PLAN DE PRÉSENTATION Réputation Accès Recherche simple Descripteurs MeSH Recherche avancée Éléments de référence bibliographiques Limites de recherche Recherche dinformations cliniques Option My NCBI Exercices Période de questions © Centre de documentation, 2012

53 PubMed Des questions?

54 © Centre de documentation, 2012 Merci de votre attention!

55 © Centre de documentation, 2012 PubMed Bibliographie Creative commons. [Site Web]. consulté le 12 mai 2012http://creativecommons.org/licenses/ Guide de la base de données PubMed. Bibliothèques des sciences de la santé de lUniversité de Montréal [En Ligne]. consulté le 13 mai NLM Training: PubMed. National Library of Medicine of USA [En Ligne]. consulté le 13 mai 2012http://www.nlm.nih.gov/pubs/manuals/pm_workbook.pdf Portail Terminologique de Santé. CHU de Rouen. France. [Site Web]. consulté le 12 mai 2012


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