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Concepts de calcul des ÉPD et principes de fonctionnement Concepts de calcul des ÉPD et principes de fonctionnement Par : Roger Bergeron, agr., M.Sc. 2001.11.06.

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1 Concepts de calcul des ÉPD et principes de fonctionnement Concepts de calcul des ÉPD et principes de fonctionnement Par : Roger Bergeron, agr., M.Sc Direction des services technologiques - MAPAQ

2 Éléments couverts 1. Définition 2. Interrelation entre les données 3. Validation des données 4. Divergence avec les indices 5. Dimension du groupe contemporain 6. Concept de calcul 7. Structure et fonctionnement (PATBQ) DST - MAPAQ

3 Éléments couverts ( suite ) 8. Priorité dimpression au PAR12 9. Variation dans les ÉPD 10.Liens génétiques 11.Interrelations sujets / troupeaux 12.Évolution des évaluations 13.Orientations futures 14.Conclusion DST - MAPAQ

4 1. Définitions dun ÉPD P = G + E Phénotype = Génotype + Environnement EBV = Estimating breeding value (EVG) = (estimation de la valeur génétique) ÉPD = Écarts prévus chez les descendants DST - MAPAQ

5 1. Définitions dun ÉPD (suite) ÉPD = EBV 2 EBV = P ou G de l animal ? DST - MAPAQ

6 1. Définitions dun ÉPD ( suite) EBV = G de lanimal en théorie si le travail est bien fait le G = P car les EBV sont toujours par comparaison entre individus et on vise une uniformité du E ( annulation de leffet du E entre individus ) en pratique presque jamais on obtiendra en terme de performances la valeur de lEBV DST - MAPAQ

7 1. Définitions dun ÉPD ( suite) Pour vulgarisation un ÉPD : n est lestimation de la valeur génétique quun animal transmet à ses descendants, soit la moitié de sa propre valeur génétique n est exprimé dans lunité où le caractère est mesuré DST - MAPAQ

8 1. Définitions dun ÉPD ( suite) Pour vulgarisation un ÉPD : n indique de combien on peut sattendre à ce que les descendants dun sujet déterminé soient différents à ceux dun autre sujet quand ces descendants sont placés dans les même condition de milieu DST - MAPAQ

9 1. Définitions dun ÉPD ( suite) Ex pour l ÉPD du poids naissance : n Si taureau A est à +1 kg et taureau B à -0,5 kg les descendants du A seront en moyenne plus lourds de 1,5 kg que ceux du B lorsque utilisé sur des vaches de niveau génétique comparable n Ça nindique pas le poids naissance des veaux issus de ces 2 taureaux DST - MAPAQ

10 1. Définitions dun ÉPD ( suite) Ex pour l ÉPD du poids naissance : n Ça indique seulement que les descendants du A seront plus lourds que ceux du B sils sont élevés dans les mêmes conditions et sont issus de mères de niveau génétique comparable Référence : Jacques Chesnais Centre canadien du porc DST - MAPAQ

11 Calcul dÉPD sur ascendance + 2,5 kg+ 0,5 kg EBV = + 3,0 kg ÉPD = + 1,5 kg Père Mère Sujet

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13 Corrélation entre les caractères PN FV FV GainApt. Gain Dir. Mat. N-S lait. N-1a PN \ FVDir. \ - FVMat. \ G N-S \ Apt. lait \ - G N-1a \

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15 3. Validation des données - Tatouage du sujet et de ses parents - Date de naissance et date dentrée - Données de naissance : - sexe et facilité de vêlage - origine et type de naissance - mère allaitante et type d allaitement - poids réel à la naissance DST - MAPAQ

16 3. Validation des données (suite) - Composition génétique du sujet - Unité de mesure ( kg vs lb ) - Données des contrôles de croissance: - sexe - mère allaitante et type d allaitement - lot - date et le poids au contrôle DST - MAPAQ

17 3. Validation des données (suite) Ex. dune erreur dunité de mesure du poids à la naissance sur les ÉPD du sujet, le 4 ième dune vache dont le père a une évaluation partielle (*) et dans un groupe de 20 sujets au sevrage (unité kg saisie en lb) FVd PN Gn-s Gn-1an AL FVm - 5 3,1 7,1 11,0 -0, ,2 e 9,6 12,5 -1,5 - 4 DST - MAPAQ

18 4. Divergence avec les indices... IndicesÉPD calcul individuelcalcul familial gain nais-sevragenaissance-sevrage gain sevrage- 1 an naissance-1an DST - MAPAQ

19 4. Divergence avec les indices... Indices: NaisSev 1 an !_________________!____________! 200 j165 j !___ I gain présev __! I gain postsev ! !______ 120 ______!______ 80 ___! DST - MAPAQ

20 4. Divergence avec les indices … ÉPD Nais Sev 1 an !_________________!____________! 200 j165 j !__ ÉPD naiss-sev __! !______ ÉPD naissance-1 an _______! DST - MAPAQ

21 4. Divergence avec les indices... Indices: NaisSev 1 an !_________________!____________! 200 j165 j !___ I gain présev __! I gain postsev ! !______ 120 ______!______ 80 ___! !_______________102 ___________! DST - MAPAQ

22 5. Dimension du groupe contemporain n Calcul par comparaison par rapport à la moyenne du groupe n Dimension minimal de 2 sujets par sexe n Écart de 90 jours maximum DST - MAPAQ

23 5. Dimension du groupe cont Ex. : SevrageÉcart Vs SevÉcart 1,40 kg+ 0,20 1,40 +0,10 1,35+ 0,15 1,35 +0,05 1,30+ 0,10 1,25+ 0,05 1,25 - 0,05 1,20 0,00 1,20 0,00 1,20 - 0,10 1,15 - 0,05 1,10 - 0,10 1,05 - 0,15 1,00 - 0,20 DST - MAPAQ

24 6. Concept de calcul d ÉPD Frère-Soeur Frère-Sœur Demi F - S Demi F - S Descen- Descen- Descen- dants dants dants Père Mère Sujet

25 Formule de calcul et précision max pour 1 caractère selon lévaluation Type Formule Précision (rép) évaluation EBV théorique max Individuelle h²P h ( 1 mesure ) si h²=0,1 h=0,32 Ascendance h²Ppère+h²Pmère h. 2 2 V 2 Descen- 2 h² nb progénitu x moy P prog dance 4+(nb prog-1) h² 1

26 Héritabilité (h2) et précision (rép) des carac- tères basés sur une évaluation individuelle (avec mesures sevrage - postsevrage) Carac-h²réprép en tèresmaxpratique FV d0,05 à 0, PN d0,25 à 0, GN-S0,25 à 0, G Post 0,45 à 0,50 69 n d GN-1an 42

27 Précision équivalente à lÉPD basé sur la performance ( 1 mesure ) pour un caractère ayant divers h² h² répª Nb pro-Frère Demi-F % génituresSoeur Demi-S 0, , impossible 0,6 779 impossible impossible ª précision maximum théorique Source : Principes d améliorations… F. Minvielle

28 Impact de ne pas avoir les performan- ces du sujet dans ses ÉPD pour un reproducteur - pour un taureau si 10 à 15 descendants cest supérieur à ses performances individuelles seules - pour une vache 5 à 6 veaux et plus correspond à autant de vêlages donc difficile à récupérer dans la vie de l animal DST - MAPAQ

29 Exemple dévolution de la Rép (en %) au PATBQ selon le nombre de descendants ( sans postsevrage ) NbrePN FVd Gn-sev AL FVm desc Perfor

30 Structure et fonctionnement au PATBQ DST - MAPAQ

31 Structure évaluation base de la descendance - BIO Données de station Données brutes ÉPD D. B. ÉPD Télécom. Papier BIO PATBQ central Sites PATBQ Autres pro- grammes

32 Structure évaluation base de la descendance - PATBQ Intermédiaire ÉPD-BIO (***,*) ou -Performances P.-Performances M. -Descendants -Descendants de 1990 à à 2001 Performances PèreMère Veaux 01

33 Ex. de contribution des générations pour un caractère direct tel ÉPD nais-sev Génération Ordre de grandeur Ascendants ( 2 parents ) % Sujet ( performance ) % Descendants % DST - MAPAQ

34 Résumé évaluation PATBQ n Fonctionnement uniforme entre races n Base mobile ( moyenne = 0 ) pour tous les caractères n Même méthodologie de calcul n Mêmes caractères publiés n Nombre minimum de sujets dans un groupe de contemporains

35 Priorité d impression sur PAR12 n Naissances naturelles : –ÉPD du troupeau F sinon –ÉPD de BIO F sinon –Raison de non calcul –À noter que les taureaux avec *** et * que leurs ÉPD de troupeau = BIO = référence

36 Priorité d impression sur PAR12 n Embryons : –ÉPD du troupeau ( sur descendance ) F sinon –ÉPD de BIO F sinon –la moitié des ÉPD du troupeau des parents F sinon –la moitié des ÉPD de BIO des parents F sinon –Raison de non calcul

37 Distribution normale % 1 Moyenne TOP

38 Distribution au PATBQ des caractères ÉPD des veaux CH des 3 dernières années (unité en kg) % PN FV FV GainApt. Gain sup. Dir Mat. N-S lait. N-1a 1 -2, ,5 5,4 14, , ,4 2,3 8,7 50 0, ,9 0,2 2,5 90 1, ,9 -1,3 -3,1 99 2, ,2 -3,1 -9,2

39 Variation possible des ÉPD selon la répétabilité (+ ou -) (unité en kg) % PN FV FV GainApt. Gain Rép. Dir Mat. N-S lait. N-1a 40 1,0 2,3 1,8 5,6 5,1 6,9 60 0,8 1,9 1,5 4,6 4,2 5,7 70 0,7 1,6 1,3 3,9 3,6 4,9 80 0,6 1,3 1,1 3,2 2,9 4,0 90 0,4 0,7 0,8 2,3 2,1 2,8 99 0,1 0,3 0,2 0,7 0,7 0,9

40 Exemple de variation dun sujet (unité en kg) PN FV FV GainApt. Gain Dir Mat. N-S lait. N-1a ÉPD -0,9 3,0 2,0 4,1 6,4 8,2 Rép Var. 0,4 1,9 1,8 4,0 5,1 5,7 Max. -1,3 4,9 3,8 8,1 11,5 13,9 Min. -0,5 1,1 0,2 0,1 1,3 2,5

41 Résumé pour sélectionner n Rang centile par race n Variation possible selon niveau de répétabilité n Corrélation entre les caractères DST - MAPAQ

42 9.Liens génétiques entre troupeaux Avec liens - comparaison des animaux entre troupeau ayant des liens - à la fin du test en station on fournit les ÉPD du taureau Sans liens - comparaison des animaux à lintérieur du troupeau seulement - à la fin du test en station les ÉPD du taureau ne sont pas fournis

43 9.Liens génétiques entre troupeaux Pour avoir des liens - un minimum de 15 veaux ou 25 % des veaux issus de taureau avec évaluation partielle (*) ou complète (***) sur lensemble des cycles de production Exigences pour évaluation Partielle Complète - rép du gain naiss-sev 40 % 60 % - nbre de troupeaux min nbre de descendants min 1 5

44 Ex de lévolution vers des liens An Nb veaux % Rap- Liens total issus * cumul port non oui non oui oui oui non oui oui

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46 Exemple dévolution des ÉPD de sujets avec anomalie = évolution non prévisible Éva- ÉPD Rép. Nb Nb Étoile luation (kg) (%)desc troup # , , * , * , *** # nombre de troupeaux impliqués

47 12. Évolution des ÉPD dans le temps pour un sujet Vêlage des descendants ÉPD Naissance des descendants Pur-sang Performance domestique Parents Fullblood Intra Inter (sans lien) (avec lien) Troupeaux

48 Exemple dévolution des ÉPD pour un nouveau participant Nouv. An- Nb Éval Rép ÉPD évalua- née de * ou veaux du tion père *** % père 1 1 ~ idem ~ ~ var. ~ 0 oui 2 1 * ~ var. Vari- tion

49 13. Orientations futures Dans le cadre de la refonte du PATBQ : n remplacement du module de calcul intérimaire par 3 ou 4 évaluations par année

50 13. Orientations futures Avantages de 3 ou 4 évaluation / année - simplicité de la façon de faire - facilité de vêlage en % - 1 seul ÉPD / sujet peu importe le troupeau - évolution des ÉPD plus graduelle - possibilité davoir de nouveaux caractères Inconvénients de 3 ou 4 évaluation / année - délai plus long pour que les données soient incluses dans les valeurs dÉPD

51 14. Conclusion La précision des ÉPD est fonction de : - la précision des données brutes - la dimension du groupe contemporain - le suivi au contrôle sur plusieurs années - lintégrité des données de tous les troupeaux contrôlés

52 Bon travail


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