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La visualisation des arborescences. Version avec 3000 espèces (David Hillis, )

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1 La visualisation des arborescences

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5 Version avec 3000 espèces (David Hillis, )

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7 Dendrogramme: Montre le résultat dun clustering Nuage de points (scatterplot) Dendrogramme montrant 4 clusters principaux (Merci à Patrick Oesterling pour les images.)

8 Arbre noeud-lien modifié pour montrer le temps Venolia et Neustaedter, Understanding Sequence and Reply Relationships within Conversations: A Mixed-Model Visualization, ACM CHI 2003

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10 Une recette

11 Filelight

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14 Les arborescences Zhao, McGuffin, et Chignell 2005

15 Susanne Jürgensmann et Hans-Jörg Schulz, A Visual Survey of Tree Visualization, affiche à InfoVis 2010

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17 Rappel: les parcours darbre Parcours en profondeur preorder: ABDEFICGH Parcours en profondeur postorder: DEIFBGHCA Parcours en largeur: ABCDEFGHI A BC D I EGFH

18 Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner lintervalle de chaque parent. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages ) Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur preorder va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Classique/En couches (layered) En liste indentée

19 Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner lintervalle de chaque parent. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages ) Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur preorder va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Classique/En couches (layered) En liste indentée

20 Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner lintervalle de chaque parent. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages ) Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur preorder va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Classique/En couches (layered) En liste indentée

21 @article{wetherell1979, author = {Charles Wetherell and Alfred Shannon}, title = {Tidy Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1979, month = {September}, volume = {SE-5}, number = 5, pages = { } author = {Edward M. Reingold and John S. Tilford}, title = {Tidier Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1981, month = {March}, volume = {SE-7}, number = 2, pages = { } author = {{Walker II}, John Q.}, title = {A Node-Positioning Algorithm for General Trees}, journal = {Software---Practice and Experience}, year = 1990, month = {July}, volume = 20, number = 7, pages = { } author = {Christoph Buchheim and Michael J\"{u}nger and Sebastian Leipert}, title = {Improving {Walker's} Algorithm to Run in Linear Time}, booktitle = conf_gd, year = 2002, pages = { } }

22 SpaceTree (Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

23 SpaceTree (Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

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28 Treemaps (Ben Shneiderman et dautres) Martin Wattenberg, 1998 et Marc Smith et Andrew Fiore, 2001

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30 Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

31 Treemap dans Konqueror

32 Treemaps (Shneiderman 1992; ) Un Treemap « slice-and-dice » (algorithme original, produit beaucoup de rectangles longs et minces):

33 Algorithme de treemap slice-and-dice Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

34 Bruls, Huizing, van Wijk (2000) Algorithme de treemap slice-and-dice

35 Mosaic plots

36 Treemaps Un Treemap « squarified » (algorithme glouton, temps linéaire*, améliore la proportion (« aspect ratios ») des noeuds): * Sans compter le temps pour trier les enfants de chaque noeud

37 Algorithme de treemap squarified Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

38 Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

39 Algorithme de treemap squarified, avec marges et lissage Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

40 Les arborescences Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

41 Aire de chaque feuille proportionnelle à la superficie de lîle Aire de chaque feuille égale « Squarified Treemaps » « Icicle diagrams » (diagrammes à glaçons) Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

42 Asymptotic Analysis of the Space- Efficiency of Tree Representations Key ideas: Impose a 1×1 bounding square on all representations Evaluate size of smallest nodes, not just total area Evaluate size of labels as a function of their aspect ratio L Examine limits of these sizes as depth D Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

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45 Squarified treemap Rectified treemap Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

46 Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013

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