La visualisation des arborescences. Version avec 3000 espèces (David Hillis, )

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1 La visualisation des arborescences

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5 Version avec 3000 espèces (David Hillis, http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/DownloadfilesToL.html )

6 http://en.wikipedia.org/wiki/File:Tree_of_life_with_genome_size.svg

7 Dendrogramme: Montre le résultat dun clustering Nuage de points (scatterplot) Dendrogramme montrant 4 clusters principaux (Merci à Patrick Oesterling pour les images.)

8 Arbre noeud-lien modifié pour montrer le temps Venolia et Neustaedter, Understanding Sequence and Reply Relationships within Email Conversations: A Mixed-Model Visualization, ACM CHI 2003

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10 Une recette http://www.cookingforengineers.com/2004/09/recipe-file-basic-tiramisu.html

11 Filelight http://www.methylblue.com/filelight/

12 http://www.topicscape.com/

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14 Les arborescences Zhao, McGuffin, et Chignell 2005

15 Susanne Jürgensmann et Hans-Jörg Schulz, A Visual Survey of Tree Visualization, affiche à InfoVis 2010 http://treevis.shows.it/

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17 Rappel: les parcours darbre Parcours en profondeur preorder: ABDEFICGH Parcours en profondeur postorder: DEIFBGHCA Parcours en largeur: ABCDEFGHI A BC D I EGFH

18 Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner lintervalle de chaque parent. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.) Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur preorder va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Classique/En couches (layered) En liste indentée

19 Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner lintervalle de chaque parent. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.) Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur preorder va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Classique/En couches (layered) En liste indentée

20 Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner lintervalle de chaque parent. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.) Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur preorder va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Classique/En couches (layered) En liste indentée

21 @article{wetherell1979, author = {Charles Wetherell and Alfred Shannon}, title = {Tidy Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1979, month = {September}, volume = {SE-5}, number = 5, pages = {514--520} } @article{reingold1981, author = {Edward M. Reingold and John S. Tilford}, title = {Tidier Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1981, month = {March}, volume = {SE-7}, number = 2, pages = {223--228} } @article{walker1990, author = {{Walker II}, John Q.}, title = {A Node-Positioning Algorithm for General Trees}, journal = {Software---Practice and Experience}, year = 1990, month = {July}, volume = 20, number = 7, pages = {685--705} } @inproceedings{buchheim2002, author = {Christoph Buchheim and Michael J\"{u}nger and Sebastian Leipert}, title = {Improving {Walker's} Algorithm to Run in Linear Time}, booktitle = conf_gd, year = 2002, pages = {344--353} }

22 SpaceTree (Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002) http://www.cs.umd.edu/hcil/spacetree/

23 SpaceTree (Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

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28 Treemaps (Ben Shneiderman et dautres) Martin Wattenberg, 1998 et http://www.smartmoney.com/map-of-the-market/ Marc Smith et Andrew Fiore, 2001

29 http://iguide.travel/Philippines/Regions

30 Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

31 Treemap dans Konqueror http://www.dgp.toronto.edu/~mac/tmp/konqy_space_usage_disp.png

32 Treemaps (Shneiderman 1992; http://www.cs.umd.edu/hcil/treemap-history/ ) Un Treemap « slice-and-dice » (algorithme original, produit beaucoup de rectangles longs et minces):

33 Algorithme de treemap slice-and-dice Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

34 Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf Algorithme de treemap slice-and-dice

35 Mosaic plots http://www.statmethods.net/advgraphs/mosaic.html

36 Treemaps Un Treemap « squarified » (algorithme glouton, temps linéaire*, améliore la proportion (« aspect ratios ») des noeuds): * Sans compter le temps pour trier les enfants de chaque noeud

37 Algorithme de treemap squarified Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf 8 12 3 4 6

38 Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

39 Algorithme de treemap squarified, avec marges et lissage Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

40 Les arborescences Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

41 Aire de chaque feuille proportionnelle à la superficie de lîle Aire de chaque feuille égale « Squarified Treemaps » « Icicle diagrams » (diagrammes à glaçons) Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

42 Asymptotic Analysis of the Space- Efficiency of Tree Representations Key ideas: Impose a 1×1 bounding square on all representations Evaluate size of smallest nodes, not just total area Evaluate size of labels as a function of their aspect ratio L Examine limits of these sizes as depth D Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

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45 Squarified treemap Rectified treemap Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

46 Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013

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