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Comment améliorer la génétique sachant quil existe une interaction entre le génotype et lenvironnement? Groupe 48 : Laurie GILLES Laurie GILLES Gabrielle.

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1 Comment améliorer la génétique sachant quil existe une interaction entre le génotype et lenvironnement? Groupe 48 : Laurie GILLES Laurie GILLES Gabrielle JACQUET Gabrielle JACQUET Elodie REINAUD Elodie REINAUD

2 Sujet : Les différentes façons de mesurer linteraction entre le génotype et lenvironnement, et les stratégies de sélection tenant compte de cette interaction.

3 Plan Introduction I. Stratification de linteraction génotype environnement (GE) A.Interaction race-environnement B.Interaction individu-environnement C.Interaction gene-environnement II. Mesures de linteraction GE A.Mesure conventionnelle de linteraction GE basé sur la corrélation génétique B.Corrélation / interaction comme nouvelle mesure de linteraction GE C.La standardisation des individus sélectionnés entre environnements. III. Stratégies pour tenir compte de linteraction GE A.Stratégies environnementales B.Stratégies de reproduction: a) Sélection dun génotype spécifique pour chaque environnement b) Sélection dans un environnement unique pour rechercher lamélioration du génotype à travers les environnements. c) Sélection dun index optimum quelque soit lenvironnement C.Stratégies par marqueurs assistés Conclusion : Optimisation globale en présence de linteraction GE

4 Introduction Le phénomène dinteraction GE est bien connu mais peu compris. Il fait référence au fait que différents génotypes répondent différemment à des environnements différents. Cette interaction: – rend impossible la détermination des effets réels du génotype et de lenvironnement. –Ne permet pas de prédire la performance des génotypes dans des environnements différents.

5 Sachant que les génotypes sont classés en performant et non performant, linteraction entre G et E peut prendre 2 chemins: 1.Certains génotypes vont changer de catégorie quand ils sont dans des environnements différents. 2.Certains génotypes restent dans la même catégorie quelque soit lenvironnement

6 Linteraction GE est un problème important car les réserves reproductrices (spermes et ovocytes des animaux les plus performants) sont produits par seulement quelques élevages mais utilisés à léchelle mondiale. Linteraction GE est un problème important car les réserves reproductrices (spermes et ovocytes des animaux les plus performants) sont produits par seulement quelques élevages mais utilisés à léchelle mondiale. Ainsi, quand les différences environnementales sont très grandes, comme entre un climat tempéré et un climat tropical, il est important de savoir si les performances se maintiendront dans les 2 milieux. Ainsi, quand les différences environnementales sont très grandes, comme entre un climat tempéré et un climat tropical, il est important de savoir si les performances se maintiendront dans les 2 milieux. Dickerson emploi le terme de « dérapage génétique » pour décrire la régression dun génotype lorsquil est introduit dans un nouvel environnement. Dickerson emploi le terme de « dérapage génétique » pour décrire la régression dun génotype lorsquil est introduit dans un nouvel environnement.

7 I.Stratification de linteraction génotype environnement (GE) En raison de la multitude des facteurs environnementaux ( éclairage, ration, température, âge…), on utilisera de façon plus générale les termes « environnement » ou « pays » pour faciliter la présentation. Les génotypes peuvent être classés en 3 niveaux par rapport à linteraction avec lenvironnement: –Interaction race-environnement –Interaction individu-environnement –Interaction gène-environnement

8 A.Interaction race-environnement Un exemple typique est la performance relative des races bovines européennes et zébu selon que lon se trouve en région tropicale ou tempérée. Un exemple typique est la performance relative des races bovines européennes et zébu selon que lon se trouve en région tropicale ou tempérée. Lhétérosis (variabilité génétique) pour beaucoup de caractères est meilleur dans un environnement sub optimal que dans une environnement optimal selon Barlow. Lhétérosis (variabilité génétique) pour beaucoup de caractères est meilleur dans un environnement sub optimal que dans une environnement optimal selon Barlow.

9 Le classement des individus ou les différences relatives entre individus dune race peut changer avec lenvironnement. Le classement des individus ou les différences relatives entre individus dune race peut changer avec lenvironnement. La corrélation génétique du même caractère mesurée dans 2 environnements différents est souvent utilisée comme indicateur des linteraction GE. La corrélation génétique du même caractère mesurée dans 2 environnements différents est souvent utilisée comme indicateur des linteraction GE. B.Interaction individu-environnement

10 Plus la corrélation génétique est faible, plus linteraction GE est forte. Plus la corrélation génétique est faible, plus linteraction GE est forte. Si la corrélation génétique entre 2 pays est inférieure à 0,8, le classement des progéniteurs peut varier dun pays à lautre, ce qui indique limportance de linteraction GE. Si la corrélation génétique entre 2 pays est inférieure à 0,8, le classement des progéniteurs peut varier dun pays à lautre, ce qui indique limportance de linteraction GE. Par exemple: pour la production laitière de vaches Holstein au Mexique ou en Amérique du Nord, la corrélation génétique est comprise entre 0,6 et 0,71: il y a donc bien une interaction GE. Par exemple: pour la production laitière de vaches Holstein au Mexique ou en Amérique du Nord, la corrélation génétique est comprise entre 0,6 et 0,71: il y a donc bien une interaction GE.

11 C.Interaction gène-environnement Daprès lexpérience de Rutherford et Linquist sur la drosophile, certains gènes ne sexpriment pas à certaines températures (gènes silencieux). Daprès lexpérience de Rutherford et Linquist sur la drosophile, certains gènes ne sexpriment pas à certaines températures (gènes silencieux). Ainsi, la pénétrance du caractère dépend de la température. Ainsi, la pénétrance du caractère dépend de la température. Cette découverte renforce la croyance générale quun gène peut être allumé ou éteint selon lenvironnement (= interaction GE). Cette découverte renforce la croyance générale quun gène peut être allumé ou éteint selon lenvironnement (= interaction GE). Des gènes favorables dans un environnement peuvent devenir nuisibles dans un autre. Des gènes favorables dans un environnement peuvent devenir nuisibles dans un autre.

12 Pour dautres gènes, leur expression sera plus ou moins importante selon lenvironnement. Pour dautres gènes, leur expression sera plus ou moins importante selon lenvironnement. Exemple: Plasticité phénotypique du développement de Drosophila melanogaster (même génotype) en fonction de la température. L'individu élevé à 30° C (en bas) diffère de celui élevé à 17° C (en haut) par une taille plus petite, des ailes plus courtes et une pigmentation plus claire Exemple: Plasticité phénotypique du développement de Drosophila melanogaster (même génotype) en fonction de la température. L'individu élevé à 30° C (en bas) diffère de celui élevé à 17° C (en haut) par une taille plus petite, des ailes plus courtes et une pigmentation plus claire La multitude des gènes contrôlant les caractères quantitatifs fait quil est très difficile de détecter les gènes qui sont en interaction avec lenvironnement. La multitude des gènes contrôlant les caractères quantitatifs fait quil est très difficile de détecter les gènes qui sont en interaction avec lenvironnement.

13 II.Mesures de linteraction GE La valeur de linteraction GE repose sur 2 composantes: La valeur de linteraction GE repose sur 2 composantes: –Celle due à lhétérogénicité des variances génétiques (entre les environnements). –Celle due au manque de corrélation génétique parfaite pour le même caractère mesuré dans 2 environnements. On peut avoir une interaction GE significative par lune ou les 2 composantes. On peut avoir une interaction GE significative par lune ou les 2 composantes. Les variances génétiques hétérogènes causent un changement dans la graduation mais pas dans le classement des génotypes. Les variances génétiques hétérogènes causent un changement dans la graduation mais pas dans le classement des génotypes. Au contraire, une corrélation génétique imparfaite peut résulter en un reclassement des génotypes et donc être intéressante pour les éleveurs. Au contraire, une corrélation génétique imparfaite peut résulter en un reclassement des génotypes et donc être intéressante pour les éleveurs.

14 Définitions (Petit Larousse en couleur) INTERACTION: influence réciproque de 2 phénomènes. INTERACTION: influence réciproque de 2 phénomènes. CORRELATION: dépendance réciproque de 2 phénomènes qui varient simultanément, qui sont fonction lun de lautre, qui évoquent ou manifestent un lien de cause à effet. Stat: coefficient de corrélation = indice mesurant le degré de liaison entre 2 variables (= quotient de la covariance par le produit des écarts-types). CORRELATION: dépendance réciproque de 2 phénomènes qui varient simultanément, qui sont fonction lun de lautre, qui évoquent ou manifestent un lien de cause à effet. Stat: coefficient de corrélation = indice mesurant le degré de liaison entre 2 variables (= quotient de la covariance par le produit des écarts-types).

15 A.Mesure conventionnelle de linteraction GE basé sur la corrélation génétique Les causes de linteraction GE restent une énigme. Les causes de linteraction GE restent une énigme. Linteraction GE peut être mesurée par la corrélation génétique (r G ) pour le même caractère mesuré dans 2 environnements différents: Linteraction GE peut être mesurée par la corrélation génétique (r G ) pour le même caractère mesuré dans 2 environnements différents: r G = G (C,D) ( G ²(C) G ²(D)) G (C,D) = covariance génétique entre environnements C et D. G (C,D) = covariance génétique entre environnements C et D. G ²(C), G ²(D)= variance génétique du même caractère dans les environnements C et D. G ²(C), G ²(D)= variance génétique du même caractère dans les environnements C et D.

16 Une corrélation génétique de 0,8 est considérée comme une valeur seuil pour déterminer limportance de linteraction génétique. Une corrélation génétique de 0,8 est considérée comme une valeur seuil pour déterminer limportance de linteraction génétique. Quand il y a plus de 2 environnements considérés, la corrélation génétique moyenne entre paires denvironnement fourni une mesure de la stabilité génétique. Quand il y a plus de 2 environnements considérés, la corrélation génétique moyenne entre paires denvironnement fourni une mesure de la stabilité génétique. Une race (souche ou lignée) avec la meilleur corrélation génétique moyenne indique la meilleure stabilité génétique. Une race (souche ou lignée) avec la meilleur corrélation génétique moyenne indique la meilleure stabilité génétique.

17 Laugmentation de la stabilité réduit la sensibilité du génotype aux influences environnementales. Laugmentation de la stabilité réduit la sensibilité du génotype aux influences environnementales. Génotype stable = peu influencé par lenvironnement. Génotype stable = peu influencé par lenvironnement. Cependant, un génotype stable na pas nécessairement la meilleure performance moyenne. Cependant, un génotype stable na pas nécessairement la meilleure performance moyenne.

18 Ainsi, une stratégie de sélection raisonnée doit considérer à la fois une stabilité élevée et une performance moyenne importante quelque soit lenvironnement. Ainsi, une stratégie de sélection raisonnée doit considérer à la fois une stabilité élevée et une performance moyenne importante quelque soit lenvironnement. Comme on la vu, lestimation de la corrélation génétique en tant que mesure de linteraction individu-environnement nécessite 1 race et 2 environnements. Comme on la vu, lestimation de la corrélation génétique en tant que mesure de linteraction individu-environnement nécessite 1 race et 2 environnements. Le chevauchement partiel des conditions climatiques de 2 pays frontaliers conduit à une corrélation génétique supérieure à celle dans un cas de non chevauchement et donc résulte en une sous estimation de linteraction GE. Le chevauchement partiel des conditions climatiques de 2 pays frontaliers conduit à une corrélation génétique supérieure à celle dans un cas de non chevauchement et donc résulte en une sous estimation de linteraction GE.

19 Un animal ne pouvant être enregistré dans plus dun environnement à la fois, on utilisera les performances des ½ frères, frères et descendants dans différents environnements pour estimer la corrélation génétique. Un animal ne pouvant être enregistré dans plus dun environnement à la fois, on utilisera les performances des ½ frères, frères et descendants dans différents environnements pour estimer la corrélation génétique. Les techniques actuelles de clonage permettent de produire une multitude de clones dun animal qui seront utilisés simultanément dans des environnements différents. Les techniques actuelles de clonage permettent de produire une multitude de clones dun animal qui seront utilisés simultanément dans des environnements différents. Cela permet davoir une évaluation plus précise de linteraction GE. Cela permet davoir une évaluation plus précise de linteraction GE. Les animaux fortement consanguins pourraient être utilisés mais ils sont plus sensibles aux changements environnementaux ce qui entraîne une confusion de linteraction GE avec les variations environnementales. Les animaux fortement consanguins pourraient être utilisés mais ils sont plus sensibles aux changements environnementaux ce qui entraîne une confusion de linteraction GE avec les variations environnementales.

20 B.Corrélation interaction = nouvelle mesure de linteraction GE La valeur génétique dun animal est une expression de tous les QTLs (Quantitative Trait Loci) = gènes codants pour des caractères quantitatifs. La valeur génétique dun animal est une expression de tous les QTLs (Quantitative Trait Loci) = gènes codants pour des caractères quantitatifs. Il est très improbable que tous ces gènes soient impliqués dans linteraction GE. Il est très improbable que tous ces gènes soient impliqués dans linteraction GE. Togashi & al classent tous les gènes en 2 groupes: Togashi & al classent tous les gènes en 2 groupes: –Un groupe de gènes constants dans son expression et pas affecté par lenvironnement (= « gènes constants ») –Un groupe de gènes variables dans son expression et spécifique à chaque environnement (= «gène dinteraction») Selon cette classification les gènes dinteraction sont directement responsables de linteraction GE alors que les gènes constants ny contribuent pas. Selon cette classification les gènes dinteraction sont directement responsables de linteraction GE alors que les gènes constants ny contribuent pas.

21 La valeur génétique constante dun animal donné ne varie pas quelque soit lenvironnement mais varie dun animal à lautre et génère donc une variance génétique « constante ». La valeur génétique constante dun animal donné ne varie pas quelque soit lenvironnement mais varie dun animal à lautre et génère donc une variance génétique « constante ». La principale différence entre corrélation génétique et corrélation interaction est que La principale différence entre corrélation génétique et corrélation interaction est que –la 1e est basée sur la variance génétique constante, la variance génétique-interaction et la covariance, malgré le fait que la variance génétique constante ne joue pas de rôle dans linteraction GE. –la 2e est seulement basée sur la variance génétique interaction et la covariance qui sont directement responsables de linteraction GE. Ainsi, la corrélation interaction est une mesure plus réelle de lintensité de linteraction GE pour les gènes soumis à linteraction GE. (en pratique corrélation G et interaction sont complémentaires). Ainsi, la corrélation interaction est une mesure plus réelle de lintensité de linteraction GE pour les gènes soumis à linteraction GE. (en pratique corrélation G et interaction sont complémentaires).

22 En fait, il existe un triple avantage à séparer la valeur G dun animal en valeur G constante et en valeur G interaction: En fait, il existe un triple avantage à séparer la valeur G dun animal en valeur G constante et en valeur G interaction: –Pouvoir considérer lestimation de la corrélation interaction comme une mesure véritable de linteraction GE. –Construire un index optimal pour optimiser la réponse densemble des pays (= optimisation globale). –Augmenter la stabilité génétique en attribuant un poids économique supérieur aux valeurs génétiques constantes. La réponse à la sélection pour une valeur G constante est la même quelque soit lenvironnement tandis que la réponse à la sélection pour une valeur G interaction varie avec les environnements. Cest pourquoi les valeurs G constantes nont pas le même poids (supérieur) dans une stratégie de reproduction sensée. La réponse à la sélection pour une valeur G constante est la même quelque soit lenvironnement tandis que la réponse à la sélection pour une valeur G interaction varie avec les environnements. Cest pourquoi les valeurs G constantes nont pas le même poids (supérieur) dans une stratégie de reproduction sensée.

23 C.La standardisation des individus sélectionnés entre environnements. Certains individus performants seront toujours sélectionnés quelque soit lenvironnement (individus indifférents à linteraction GE). Certains individus performants seront toujours sélectionnés quelque soit lenvironnement (individus indifférents à linteraction GE). Pour la standardisation des individus sélectionnés, le problème se pose quand des animaux sélectionnés dans un environnement sont éliminés dans un autre. Pour la standardisation des individus sélectionnés, le problème se pose quand des animaux sélectionnés dans un environnement sont éliminés dans un autre. Lorsque lon a un grand nombre dindividu génétiquement similaire (pour un caractère) qui sont sélectionnés dans 2 environnements différents, cela signifie que lon a une faible interaction GE. Lorsque lon a un grand nombre dindividu génétiquement similaire (pour un caractère) qui sont sélectionnés dans 2 environnements différents, cela signifie que lon a une faible interaction GE.

24 Cependant, aucun individu ou un petit nombre dindividus génétiquement similaires, sélectionnés dans 2 environnements différents, suggère une interaction GE forte. Cependant, aucun individu ou un petit nombre dindividus génétiquement similaires, sélectionnés dans 2 environnements différents, suggère une interaction GE forte. Ainsi, la standardisation des individus sélectionnés est inversement proportionnelle au degré de linteraction GE et pourrait être utilisée comme mesure de linteraction GE. Ainsi, la standardisation des individus sélectionnés est inversement proportionnelle au degré de linteraction GE et pourrait être utilisée comme mesure de linteraction GE. Il est important de souligner que la standardisation entre environnements augmente quand lintensité de la sélection diminue. Il est important de souligner que la standardisation entre environnements augmente quand lintensité de la sélection diminue. Ainsi, le problème de linteraction GE est plus importante quand lintensité de la sélection est élevée.

25 III.Stratégies pour tenir compte de linteraction GE Comme à la fois lenvironnement et le génotype interviennent dans linteraction GE, les stratégies pour contrer cette interaction vont viser chacun des ces 2 paramètres séparément ou conjointement.

26 A.Stratégies environnementales Lenvironnement peut être modifié pour permettre une expression optimale du génotype. Lenvironnement peut être modifié pour permettre une expression optimale du génotype. Ainsi quand le génotype est en interaction avec la ration ou le logement, il est facile de modifier ces paramètres pour maîtriser le problème de linteraction. Mais quand lenvironnement impliqué nest plus contrôlable par les éleveurs, il ny a pas dautre choix que de modifier le génotype pour ladapter à lenvironnement. Ainsi quand le génotype est en interaction avec la ration ou le logement, il est facile de modifier ces paramètres pour maîtriser le problème de linteraction. Mais quand lenvironnement impliqué nest plus contrôlable par les éleveurs, il ny a pas dautre choix que de modifier le génotype pour ladapter à lenvironnement. La modification du génotype passe par la sélection des génotypes présentant la meilleure performance au cours des années antérieures. La modification du génotype passe par la sélection des génotypes présentant la meilleure performance au cours des années antérieures.

27 B.Stratégies de reproduction Bien quil ne soit pas toujours possible déliminer les interactions GE par des moyens génétiques, les impacts de linteraction peuvent au moins être minimiser par une reproduction sélective. Bien quil ne soit pas toujours possible déliminer les interactions GE par des moyens génétiques, les impacts de linteraction peuvent au moins être minimiser par une reproduction sélective. Muir & al (1992) suggèrent: Muir & al (1992) suggèrent: –Que les éleveurs développent une lignée spécifique à chaque environnement quand les environnements sont considérés comme fixés. –Sélectionne une lignée avec la meilleure performance même quand les environnements sont fluctuants. Il nest cependant pas financièrement possible de développer un génotype spécifique pour chaque environnement.

28 a)Sélection dun génotype spécifique pour chaque environnement Cela correspond au développement dune souche spécifique à chaque environnement. Cela correspond au développement dune souche spécifique à chaque environnement. Cette stratégie permettrait dobtenir la réponse optimale à chaque environnement. Cependant il est trop coûteux et trop long de développer ces génotypes spécifiques. Cette stratégie permettrait dobtenir la réponse optimale à chaque environnement. Cependant il est trop coûteux et trop long de développer ces génotypes spécifiques. De plus, une base génétique restreinte dans un environnement donné peut conduire à une infertilité augmentée et à une réponse à la sélection ralentie. De plus, une base génétique restreinte dans un environnement donné peut conduire à une infertilité augmentée et à une réponse à la sélection ralentie. Mais dun point de vue plus général, cette stratégie de sélection permettrait le maintien dune diversité génétique à travers la planète et serait donc avantageuse si les conditions environnementales venaient à changer. Mais dun point de vue plus général, cette stratégie de sélection permettrait le maintien dune diversité génétique à travers la planète et serait donc avantageuse si les conditions environnementales venaient à changer.

29 b)Sélection dans un environnement unique pour rechercher lamélioration du génotype à travers les environnements Quel environnement doit on choisir de façon a obtenir la meilleure réponse densemble quelque soit lenvironnement dès lors que la sélection doit se faire dans un seul environnement ? Quel environnement doit on choisir de façon a obtenir la meilleure réponse densemble quelque soit lenvironnement dès lors que la sélection doit se faire dans un seul environnement ? En 1963, Van Vleck suggère que la différence significative dans lhéritabilité dun caractère entre 2 environnements indique la présence de linteraction GE. En 1963, Van Vleck suggère que la différence significative dans lhéritabilité dun caractère entre 2 environnements indique la présence de linteraction GE. Lhéritabilité tend à augmenter dans les environnements les plus extrêmes. Lhéritabilité tend à augmenter dans les environnements les plus extrêmes.

30 En 1965, Searle étudia lefficacité de la sélection indirecte par rapport à la sélection directe. En 1965, Searle étudia lefficacité de la sélection indirecte par rapport à la sélection directe. La sélection pour un caractère dans lenvironnement i " avec pour but daméliorer le même caractère dans un environnement " j " peut être considéré comme une sélection indirecte. La sélection pour un caractère dans lenvironnement i " avec pour but daméliorer le même caractère dans un environnement " j " peut être considéré comme une sélection indirecte. Searle a démontré que lorsque parmi plusieurs environnements, il faut nen sélectionner quun, la sélection doit se faire dans lenvironnement avec le plus grand produit: r G (i,j) × hi, pour optimiser les r é ponses dans les autres environnements. Searle a démontré que lorsque parmi plusieurs environnements, il faut nen sélectionner quun, la sélection doit se faire dans lenvironnement avec le plus grand produit: r G (i,j) × hi, pour optimiser les r é ponses dans les autres environnements. hi = racine carr é e de h é ritabilit é du caract è re choisi dans l environnement.

31 En 2001, Togashi & al ont montr é que lorsqu une interaction GE existe, la s é lection de l environnement pr é sentant la plus grande variance g é n é tique est plus efficace pour augmenter le gain g é n é tique moyen. En 2001, Togashi & al ont montr é que lorsqu une interaction GE existe, la s é lection de l environnement pr é sentant la plus grande variance g é n é tique est plus efficace pour augmenter le gain g é n é tique moyen. Ceci est du au fait, que le choix d un environnement permettant l expression compl è te des g è nes, optimise les diff é rences g é n é tiques entre les individus et donc am é liore la pr é cision de la s é lection.

32 c)Sélection dun index optimum quelque soit lenvironnement: La stratégie de sélection lorsquon a une interaction GE ne doit pas considérer seulement les poids économiques relatifs des valeurs génétiques constantes et interaction, mais aussi les poids économiques relatifs des différents pays (nombre danimaux, coûts de production, revenus). La stratégie de sélection lorsquon a une interaction GE ne doit pas considérer seulement les poids économiques relatifs des valeurs génétiques constantes et interaction, mais aussi les poids économiques relatifs des différents pays (nombre danimaux, coûts de production, revenus). Lindex optimal tient compte de ces différents paramètres. Lindex optimal tient compte de ces différents paramètres. Daprès Togashi & al, lindex optimal est la plus efficace des méthodes de sélection et sa supériorité augmente quand lintensité de linteraction GE augmente. Daprès Togashi & al, lindex optimal est la plus efficace des méthodes de sélection et sa supériorité augmente quand lintensité de linteraction GE augmente. Toutefois, lutilisation dun index optimal global, à léchelle mondiale, améliorerait la réponse densemble plus que des index optimum locaux, mais augmenterait aussi linfertilité et réduirait la diversité génétique. Toutefois, lutilisation dun index optimal global, à léchelle mondiale, améliorerait la réponse densemble plus que des index optimum locaux, mais augmenterait aussi linfertilité et réduirait la diversité génétique.

33 C.Stratégies de marqueurs assistés En raison des progrès rapides des technologies basées sur lADN, des marqueurs génétiques deviennent disponibles pour la sélection assistée par marqueurs. En raison des progrès rapides des technologies basées sur lADN, des marqueurs génétiques deviennent disponibles pour la sélection assistée par marqueurs. Lindex de sélection combinant les estimations du BLUP et linformation des marqueurs est plus efficace que la sélection basée exclusivement sur les évaluations du BLUP. Lindex de sélection combinant les estimations du BLUP et linformation des marqueurs est plus efficace que la sélection basée exclusivement sur les évaluations du BLUP. BLUP: Les indices BLUP (Best Linear Unbiased Predictor = Bilan Linéaire Universel et Prévisionnel) représentent actuellement le meilleur estimateur du potentiel génétique d'un animal pour une utilisation donnée. Le BLUP est un indice génétique qui prend en compte l'ensemble des performances propres de lanimal, ainsi que les performances de tous ses apparentés (ascendants, descendants, collatéraux). C'est un indice cumulé, mis à jour annuellement.

34 Les marqueurs génétiques se lient aux gènes stables et aux gènes interaction. La détection de ces gènes est cruciale pour la sélection de génotypes spécifiques à chaque région. Les marqueurs génétiques se lient aux gènes stables et aux gènes interaction. La détection de ces gènes est cruciale pour la sélection de génotypes spécifiques à chaque région. Les nouvelles technologies telles que le clonage, le transfert de gènes, la sélection assistée par marqueurs sont très utiles pour améliorer la fréquence des allèles QTLs souhaités. Les nouvelles technologies telles que le clonage, le transfert de gènes, la sélection assistée par marqueurs sont très utiles pour améliorer la fréquence des allèles QTLs souhaités. Cependant, la sélection assistée par marqueurs ne peut se faire en pratique chez les animaux de rente car il faut un long intervalle de génération et le coût est élevé. Cependant, la sélection assistée par marqueurs ne peut se faire en pratique chez les animaux de rente car il faut un long intervalle de génération et le coût est élevé.

35 Conclusion: Optimisation globale en présence de linteraction GE. Avec les stratégies de sélection qui améliorent le gain global moyen, la réponse obtenue dans un environnement spécifique sera sub-optimale par rapport à la sélection de génotypes spécifiques à chaque environnement. Avec les stratégies de sélection qui améliorent le gain global moyen, la réponse obtenue dans un environnement spécifique sera sub-optimale par rapport à la sélection de génotypes spécifiques à chaque environnement. En pratique, les éleveurs ne sintéressent quaux performances optimales de leurs animaux dans leur environnement. En pratique, les éleveurs ne sintéressent quaux performances optimales de leurs animaux dans leur environnement. Pourtant, tant que les éleveurs nauront pas leur propre programme de sélection, ils devront acheter du matériel génétique (semences, embryons…) issu du marché mondial où les réserves génétiques ne sont pas spécifiquement développées pour tel ou tel environnement. Pourtant, tant que les éleveurs nauront pas leur propre programme de sélection, ils devront acheter du matériel génétique (semences, embryons…) issu du marché mondial où les réserves génétiques ne sont pas spécifiquement développées pour tel ou tel environnement.

36 Ainsi, les éleveurs nauront jamais un génotype optimal adapté à un environnement spécifique. Ainsi, les éleveurs nauront jamais un génotype optimal adapté à un environnement spécifique. Avec louverture du marché mondial, il est plus judicieux économiquement de développer un génotype optimum global plutôt quun génotype spécifique à chaque environnement. Avec louverture du marché mondial, il est plus judicieux économiquement de développer un génotype optimum global plutôt quun génotype spécifique à chaque environnement. Mais, loptimisation globale nécessite une estimation précise des effets génétiques constants et interactions et de prendre en compte le poids économique des pays. Mais, loptimisation globale nécessite une estimation précise des effets génétiques constants et interactions et de prendre en compte le poids économique des pays. Donc, la coopération internationale est cruciale pour lévaluation génétique globale et loptimisation du génotype. Donc, la coopération internationale est cruciale pour lévaluation génétique globale et loptimisation du génotype.

37 Bibliographie Ching Y. LIN and Kenji TOGASHI Genetic improvement in the presence of genotype by environment interaction. Animal Science Journal 73, Ching Y. LIN and Kenji TOGASHI Genetic improvement in the presence of genotype by environment interaction. Animal Science Journal 73, lon.inra.fr/~fred/presentations/bcam-theor- adeprina2003.pdf+marqueurs+assist%C3%A9s+s%C3 %A9lection&hl=fr lon.inra.fr/~fred/presentations/bcam-theor- adeprina2003.pdf+marqueurs+assist%C3%A9s+s%C3 %A9lection&hl=fr lon.inra.fr/~fred/presentations/bcam-theor- adeprina2003.pdf+marqueurs+assist%C3%A9s+s%C3 %A9lection&hl=fr lon.inra.fr/~fred/presentations/bcam-theor- adeprina2003.pdf+marqueurs+assist%C3%A9s+s%C3 %A9lection&hl=fr nationaux.fr/hn0700/cheval_france/HTML_fr/chev_indice s.htm#Ancre02 nationaux.fr/hn0700/cheval_france/HTML_fr/chev_indice s.htm#Ancre02 nationaux.fr/hn0700/cheval_france/HTML_fr/chev_indice s.htm#Ancre02 nationaux.fr/hn0700/cheval_france/HTML_fr/chev_indice s.htm#Ancre02


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