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Pierre Fabrice Lopez 1985 Baccalauréat série D

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Présentation au sujet: "Pierre Fabrice Lopez 1985 Baccalauréat série D"— Transcription de la présentation:

1 Pierre Fabrice Lopez 1985 Baccalauréat série D
1990 Maîtrise de Biochimie - Options Immunologie et Biophysique Université de la Méditerranée 1992 DESS Informatique Double Compétence Université d’Avignon 2009 Doctorat Université de la Méditerranée De l’analyse de la régulation transcriptionnelle à la modélisation logique des réseaux géniques 1 / 8

2 Parcours professionnel
Ingénieur d’étude – CES Laboratoire de Chimie Bactérienne (LCB) Jacques Haiech – François Denizot CNRS – Marseille Mise au point d’un robot de PCR, robotique Programmation orientée objet en Pascal Ingénieur d’étude - CDD Information Génomique et Structurale (IGS) Jean-Michel Claverie CNRS - Marseille 2001 Ingénieur d’étude – CDI Société Projactor Aix-en-Provence Conception et développement en Java de la partie graphique d’un logiciel de gestion de projet Méthodologie de conception UML (Unified Modeling Language) Rédaction du dossier d’analyse et de conception /2009 Ingénieur de recherche – CDD Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique (TAGC) Catherine Nguyen INSERM - Marseille 2 / 8

3 Information Génomique et Structurale Jean-Michel Claverie
5 publications Etude de la polyadénylation alternative chez l’homme (ESTs) Optimisation des plans d’expériences en cristallogenèse des protéines (SAmBA) programmation algorithmique (backtracking et recuit simulé) application graphique Java 1.0 (applet) disponible sur le site Web du laboratoire IGS Etude des propriétés physico-chimiques (hydropathie, structure secondaire …) sur les alignements protéiques Environnement UNIX sur stations Silicon Graphics (IRIX) et PC (Linux) Programmation scripts en SHELL, AWK et PERL algorithmes en C et C++ interfaces en C++ (QT) et Java 1.0 Outils de comparaison de séquence (BLAST, FASTA …) Outils d’alignement multiple (ClustalW, TCoffee) Utilisation des bases de données couramment utilisées en bioinformatique (Ensembl, GenBank, SwissProt, dbEST …) 3 / 8

4 TAGC – Projet ASTD (2004 - 2006) Daniel Gautheret
6 publications Alternative Splicing and Transcript Diversity épissage polyadénylation initiation de la transcription Génomes ESTs 3’ ADNc Pipeline de traitement Ferme de calcul sites poly(A) Base de données ASTD Validation expérimentale Etudes bioinformatiques The disparate nature of “intergenic” polyadenylation sites. Lopez F, Granjeaud S, Ara T, Ghattas B, Gautheret D. RNA. (2006) Conservation of alternative polyadenylation patterns in mammals. Ara T, Lopez F, Ritchie W, Benech P, Gautheret D. BMC Genomics. 7:189. (2006) Rédaction d’une documentation technique pour l’EBI Présentation du travail lors de la réunion finale du projet ASTD Conception et programmation du pipeline (C++, C, AWK, SHELL) Achat / installation / gestion de la ferme de calcul (10 machines, Linux) Parallélisme de données avec SGE (Sun Grid Engine) et Ganglia Validation par RT-PCR 84 sites / 86 ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database Koscielny G, Le Texier V, Gopalakrishnan C, Kumanduri V, Riethoven JJ, Nardone F, Stanley E, Fallsehr C, Hofmann O, Kull M, Harrington E, Boué S, Eyras E, Plass M, Lopez F, Ritchie W, Moucadel V, Ara T, Pospisil H, Herrmann A, Reich J. G, Guigó R, Bork P, Doeberitz MK, Vilo J, Hide W, Apweiler R, Thanaraj TA, Gautheret D Genomics –220. (2009) Beyond the 3' end: experimental validation of extended transcript isoforms Moucadel V, Lopez F, Ara T, Benech P, Gautheret D Nucleic Acids Res. ;35(6): (2007) 4 / 8

5 TAGC – TranscriptomeBrowser (2007) Denis Puthier
1 publication Ré-analyse des données publiques de puces à ADN Gene Expression Omnibus Signatures transcriptionnelles DBF-MCL Base de données TBrowser DAVID Interface TBrowser Service Web Outil de visualisation et d’analyse des signatures transcriptionnelles modélisation UML / Patrons de conception / Java ajout de nouvelles fonctionnalités par modules optionnel (plugins) moteur de recherche booléen disponible par Java Web Start et téléchargement sur le site du TAGC mise à disposition de ces données via un service Web Extraction de signatures transcriptionnelles calcul de similarité de profil d’expression partitionnement de graphe mise en place d’un pipeline de traitement (C, PERL, SQL, R, SHELL) conception d’une base de données MySQL pour les signatures librairie RTools4TB disponible dans Bioconductor TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene expression Omnibus database Lopez F, Textoris J, Bergon A, Didier G, Remy E, Granjeaud S, Imbert J, Nguyen C, Puthier D PLoS ONE. (2008) 5 / 8

6 Logiciel de modélisation et de simulation des réseaux géniques
TAGC – Projet GINsim (2008) Denis Thieffry 2 publications Logiciel de modélisation et de simulation des réseaux géniques Support des fonctions booléennes pour la définition des règles logiques Moteur d’analyse booléen Editeur graphique contextuel Algorithmes de représentation des fonctions logiques Intégration de diverses sources de données pour la modélisation Transcriptome, ChIP-on-chip, ChIP-seq, littérature scientifique, « text mining », GO, interactions protéine-protéine … Graphe de régulation nœuds = gènes liens = interactions Niveau d’expression discret 0 : pas d’expression 1, : expression Définition d’un ensemble de règles logiques (paramètres) pour chaque nœud Simulation de l’évolution du système dans le temps TBrowser GINsim Logical modelling of regulatory networks with GINsim 2.3 A. Naldi, D. Berenguier, A. Faure, F. Lopez, D. Thieffry, C. Chaouiya BioSystems. (2009) Modular Logical Modelling of the Budding Yeast Cell Cycle A. Faure, A. Naldi, F. Lopez, C. Chaouiya, A. Ciliberto, D. Thieffry Molecular BioSystems (2009) 6 / 8

7 TAGC – Projet GINsim (2008) Denis Thieffry
Etablissement d’une communication entre GINsim et TranscriptomeBrowser fonctionnement de TBrowser en mode serveur (démon)‏ utilisation des sockets Java (adresse IP + port)‏ développement d’une API client dans TBrowser Documentation des modèles Analyse des interactions Présentations dans le cadre de l’ANR IntegraTCell 7 / 8

8 Conclusions et motivations
Bioinformatique travail dans de nombreux domaines (traitement du signal, transcriptomique, génomique, biologie des systèmes, cristallographie …) dans différentes structures Ingénierie logicielle méthodologie de conception UML et patrons de conception programmation orientée objet (C++ et Java) et procédurale (C) conception de bases de données (MySQL) travail en environnement hétérogène (Unix, Windows) Travail en étroite collaboration avec les chercheurs coordination et mise en œuvre des projets communication des résultats Dynamisme et diversité des projets menés au TAGC Très forte implication dans l’organisation et le développement des projets de recherche au laboratoire TAGC depuis 9 ans Activité NGS stage de formation à Darmstadt organisé par Applied Biosystems 8 / 8

9 Compétences Outils Publications ingénierie logicielle bioinformatique
conception et développement d’applications orientées objet (UML, Patrons) programmation algorithmique (C, C++) déploiement des logiciels (services Web, servlets, Java Web Start) bioinformatique analyse de séquences transcriptome analyse du signal réseaux d’interactions géniques NGS Outils SAmBA (plans d’expériences en cristallogenèse) BZScan (quantification d’images de puces à ADN) TranscriptomeBrowser (analyse des données publiques de puces à ADN) GINsim (modélisation et simulation des réseaux géniques) Publications 16 articles dont 3 en premier auteur

10 Logiciel de quantification des images de puces à ADN
TAGC – Projet BZScan (2002 – 2003) Samuel Granjeaud 2 publications Logiciel de quantification des images de puces à ADN Mise en place et gestion du projet étude du domaine d’application réunions d’information avec les futurs utilisateurs cahier des charges et validation définition de l’architecture du logiciel (UML, Patrons de conception) développement Java test (données d’entrainement, utilisation au laboratoire) rédaction de la documentation technique et utilisateur mise à disposition du logiciel par Java Web Start maintenance (correction des erreurs, ajout de fonctionnalités) Modélisation mathématique du signal (spots) correction des valeurs d’expression localisation des spots dans l’image quantification automatique des images Feature extraction and signal processing for nylon DNA microarrays. Lopez F, Rougemont J, Loriod B, Bourgeois A, Loi L, Bertucci F, Hingamp P, Houlgatte R, Granjeaud S. BMC Genomics. (2004) AGScan: a pluggable microarray image quantification software based on the ImageJ library R. Cathelin; F. Lopez; Ch. Klopp Bioinformatics ; doi: /bioinformatics/btl564. (2006) 4 / 9

11 Perspectives NGS TranscriptomeBrowser GINsim
mise en place de l’infrastructure matérielle automatisation des pipelines « génomique » et « ChIP-seq » conception et développement d’un outil de visualisation des alignements collaboration avec IGS / SIB TranscriptomeBrowser développement de nouveaux plugins PredigMo Text-mining InteractomeBrowser Interactions protéine-protéine mises à jour automatiques GINsim proposition de nouveaux interacteurs dans les modèles implémentation de la communication avec les plugins utilisation de TBCommonGenes et TBMap remplacement des paramètres logiques par les fonctions logiques intégration de TBrowser dans GINsim ? réorganisation de GINsim


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