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Pierre Fabrice Lopez 1985Baccalauréat série D 1990Maîtrise de Biochimie - Options Immunologie et Biophysique Université de la Méditerranée 1992DESS Informatique.

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1 Pierre Fabrice Lopez 1985Baccalauréat série D 1990Maîtrise de Biochimie - Options Immunologie et Biophysique Université de la Méditerranée 1992DESS Informatique Double Compétence Université dAvignon 2009Doctorat Université de la Méditerranée De lanalyse de la régulation transcriptionnelle à la modélisation logique des réseaux géniques 1 / 8

2 Parcours professionnel Ingénieur détude – CES Laboratoire de Chimie Bactérienne (LCB) Jacques Haiech – François Denizot CNRS – Marseille Mise au point dun robot de PCR, robotique Programmation orientée objet en Pascal Ingénieur détude - CDD Information Génomique et Structurale (IGS) Jean-Michel Claverie CNRS - Marseille 2001Ingénieur détude – CDI Société Projactor Aix-en-Provence Conception et développement en Java de la partie graphique dun logiciel de gestion de projet Méthodologie de conception UML (Unified Modeling Language) Rédaction du dossier danalyse et de conception /2009Ingénieur de recherche – CDD Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique (TAGC) Catherine Nguyen INSERM - Marseille 2 / 8

3 3 / 8 Information Génomique et Structurale Jean-Michel Claverie Etude de la polyadénylation alternative chez lhomme (ESTs) Optimisation des plans dexpériences en cristallogenèse des protéines (SAmBA) programmation algorithmique (backtracking et recuit simulé) application graphique Java 1.0 (applet) disponible sur le site Web du laboratoire IGS Etude des propriétés physico-chimiques (hydropathie, structure secondaire …) sur les alignements protéiques Environnement UNIX sur stations Silicon Graphics (IRIX) et PC (Linux) Programmation scripts en SHELL, AWK et PERL algorithmes en C et C++ interfaces en C++ (QT) et Java 1.0 Outils de comparaison de séquence (BLAST, FASTA …) Outils dalignement multiple (ClustalW, TCoffee) Utilisation des bases de données couramment utilisées en bioinformatique (Ensembl, GenBank, SwissProt, dbEST …) 5 publications

4 4 / 8 TAGC – Projet ASTD ( ) Daniel Gautheret Alternative Splicing and Transcript Diversity épissage polyadénylation initiation de la transcription Génomes ESTs 3 ADNc Pipeline de traitement Ferme de calcul sites poly(A) Base de données ASTD Validation expérimentale Etudes bioinformatiques Conception et programmation du pipeline (C++, C, AWK, SHELL) Achat / installation / gestion de la ferme de calcul (10 machines, Linux) Parallélisme de données avec SGE (Sun Grid Engine) et Ganglia Rédaction dune documentation technique pour lEBI Présentation du travail lors de la réunion finale du projet ASTD ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database Koscielny G, Le Texier V, Gopalakrishnan C, Kumanduri V, Riethoven JJ, Nardone F, Stanley E, Fallsehr C, Hofmann O, Kull M, Harrington E, Boué S, Eyras E, Plass M, Lopez F, Ritchie W, Moucadel V, Ara T, Pospisil H, Herrmann A, Reich J. G, Guigó R, Bork P, Doeberitz MK, Vilo J, Hide W, Apweiler R, Thanaraj TA, Gautheret D Genomics –220. (2009) The disparate nature of intergenic polyadenylation sites. Lopez F, Granjeaud S, Ara T, Ghattas B, Gautheret D. RNA. (2006) Conservation of alternative polyadenylation patterns in mammals. Ara T, Lopez F, Ritchie W, Benech P, Gautheret D. BMC Genomics. 7:189. (2006) Validation par RT-PCR 84 sites / 86 Beyond the 3' end: experimental validation of extended transcript isoforms Moucadel V, Lopez F, Ara T, Benech P, Gautheret D Nucleic Acids Res. ;35(6): (2007) 6 publications

5 5 / 8 TAGC – TranscriptomeBrowser (2007) Denis Puthier Gene Expression Omnibus Signatures transcriptionnelles DBF-MCL Base de données TBrowser DAVID Interface TBrowser Service Web TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene expression Omnibus database Lopez F, Textoris J, Bergon A, Didier G, Remy E, Granjeaud S, Imbert J, Nguyen C, Puthier D PLoS ONE. (2008) Ré-analyse des données publiques de puces à ADN Extraction de signatures transcriptionnelles calcul de similarité de profil dexpression partitionnement de graphe mise en place dun pipeline de traitement (C, PERL, SQL, R, SHELL) conception dune base de données MySQL pour les signatures librairie RTools4TB disponible dans Bioconductor Outil de visualisation et danalyse des signatures transcriptionnelles modélisation UML / Patrons de conception / Java ajout de nouvelles fonctionnalités par modules optionnel (plugins) moteur de recherche booléen disponible par Java Web Start et téléchargement sur le site du TAGC mise à disposition de ces données via un service Web 1 publication

6 TBrowser GINsim Intégration de diverses sources de données pour la modélisation Transcriptome, ChIP-on-chip, ChIP-seq, littérature scientifique, « text mining », GO, interactions protéine-protéine … 6 / 8 TAGC – Projet GINsim (2008) Denis Thieffry Logiciel de modélisation et de simulation des réseaux géniques Support des fonctions booléennes pour la définition des règles logiques Moteur danalyse booléen Editeur graphique contextuel Algorithmes de représentation des fonctions logiques Logical modelling of regulatory networks with GINsim 2.3 A. Naldi, D. Berenguier, A. Faure, F. Lopez, D. Thieffry, C. Chaouiya BioSystems. (2009) Modular Logical Modelling of the Budding Yeast Cell Cycle A. Faure, A. Naldi, F. Lopez, C. Chaouiya, A. Ciliberto, D. Thieffry Molecular BioSystems (2009) Graphe de régulation nœuds = gènes liens = interactions Niveau dexpression discret 0 : pas dexpression 1, 2... : expression Définition dun ensemble de règles logiques (paramètres) pour chaque nœud Simulation de lévolution du système dans le temps 2 publications

7 7 / 8 TAGC – Projet GINsim (2008) Denis Thieffry Etablissement dune communication entre GINsim et TranscriptomeBrowser fonctionnement de TBrowser en mode serveur (démon) utilisation des sockets Java (adresse IP + port) développement dune API client dans TBrowser Documentation des modèles Analyse des interactions Présentations dans le cadre de lANR IntegraTCell

8 8 / 8 Conclusions et motivations Bioinformatique travail dans de nombreux domaines (traitement du signal, transcriptomique, génomique, biologie des systèmes, cristallographie …) dans différentes structures Ingénierie logicielle méthodologie de conception UML et patrons de conception programmation orientée objet (C++ et Java) et procédurale (C) conception de bases de données (MySQL) travail en environnement hétérogène (Unix, Windows) Travail en étroite collaboration avec les chercheurs coordination et mise en œuvre des projets communication des résultats Dynamisme et diversité des projets menés au TAGC Très forte implication dans lorganisation et le développement des projets de recherche au laboratoire TAGC depuis 9 ans Activité NGS stage de formation à Darmstadt organisé par Applied Biosystems

9 Compétences ingénierie logicielle conception et développement dapplications orientées objet (UML, Patrons) programmation algorithmique (C, C++) déploiement des logiciels (services Web, servlets, Java Web Start) bioinformatique analyse de séquences transcriptome analyse du signal réseaux dinteractions géniques NGS Outils SAmBA (plans dexpériences en cristallogenèse) BZScan (quantification dimages de puces à ADN) TranscriptomeBrowser (analyse des données publiques de puces à ADN) GINsim (modélisation et simulation des réseaux géniques) Publications 16 articles dont 3 en premier auteur

10 TAGC – Projet BZScan (2002 – 2003) Samuel Granjeaud 4 / 9 Logiciel de quantification des images de puces à ADN Modélisation mathématique du signal (spots) correction des valeurs dexpression localisation des spots dans limage quantification automatique des images Feature extraction and signal processing for nylon DNA microarrays. Lopez F, Rougemont J, Loriod B, Bourgeois A, Loi L, Bertucci F, Hingamp P, Houlgatte R, Granjeaud S. BMC Genomics. (2004) AGScan: a pluggable microarray image quantification software based on the ImageJ library R. Cathelin; F. Lopez; Ch. Klopp Bioinformatics ; doi: /bioinformatics/btl564. (2006) Mise en place et gestion du projet étude du domaine dapplication réunions dinformation avec les futurs utilisateurs cahier des charges et validation définition de larchitecture du logiciel (UML, Patrons de conception) développement Java test (données dentrainement, utilisation au laboratoire) rédaction de la documentation technique et utilisateur mise à disposition du logiciel par Java Web Start maintenance (correction des erreurs, ajout de fonctionnalités) 2 publications

11 Perspectives NGS mise en place de linfrastructure matérielle automatisation des pipelines « génomique » et « ChIP-seq » conception et développement dun outil de visualisation des alignements collaboration avec IGS / SIB TranscriptomeBrowser développement de nouveaux plugins PredigMoText-mining InteractomeBrowserInteractions protéine-protéine mises à jour automatiques GINsim proposition de nouveaux interacteurs dans les modèles implémentation de la communication avec les plugins utilisation de TBCommonGenes et TBMap remplacement des paramètres logiques par les fonctions logiques intégration de TBrowser dans GINsim ? réorganisation de GINsim


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