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Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 1 Phylogenetik Conception, développement et tests dun logiciel en java pour la construction darbres phylogénétiques.

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1 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 1 Phylogenetik Conception, développement et tests dun logiciel en java pour la construction darbres phylogénétiques avec une interface graphique Gabriel CHANDESRIS Projet Tutoré Janvier-Février 2007 Licence professionnelle biotechnologie Option bio-informatique

2 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 2 Conception du programme Java et bibliothèque Swing Éléments graphiques (JFrame, JPanel, JTextArea, JButton, JTree) Évènements (ActionListen) Algorithmes de bio- informatique Alignement (Smith et Waterman, Neddelman et Wunsch) Construction darbres (UPGMA, NJ)

3 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 3 Implémentation (1) Classe LifeSequence –Mise en mémoire de séquences Classes Alignment, AlignNW, AlignSW –Calcul des alignements –Reconnaissance de type des séquences –Matrice de substitution

4 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 4 Implémentation (2) Classe PhyloTools –Lien vers les autres classes LifeSequence et Alignment –Calcul de la matrice de scores –Méthodes de construction des arbres

5 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 5 Implémentation(3)

6 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 6 Interface graphique (1)

7 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 7 Interface Graphique (2)

8 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 8 Interface graphique (3)

9 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 9 Avenir (?) Améliorations possibles du programme : –Représenter de façon plus classique –Enlever une séquence –Enregistrer un test complet –Implémenter dautres algorithmes –Choisir lalignement, le gap, larbre, la matrice de substitution… –…

10 Phylogenetik - Février 2007 Gabriel Chandesris 10 Conclusion Conception, tests et déploiement dun projet, Application de concepts de la bio- informatique (outils et algorithmes), Programmation de méthode, dobjets et dune interface graphique.


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