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1 Thomas Mouilleseaux Cours IFT6291 : Projet de Recherche.

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1 1 Thomas Mouilleseaux Cours IFT6291 : Projet de Recherche

2 2 Introduction Le projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

3 3 Pourquoi ce sujet ? Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

4 4 BioJava, BioPython, BioPerl, BioXml… Vise à étendre le langage de script PHP pour l'utilisation en biologie Une collection d'outils pour aider les programmeurs PHP à réaliser des applications bioinformatiques Lie ensemble des applications et des bases de données bioinformatiques locales et distantes Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

5 5 Lire les données de Genbank, Swissprot, Fasta, et Clustal Effectuer des analyses simples (calculs poids moléculaires, calcul de charge, chaînes de consensus…) Rechercher des motifs dans des séquences (codons, miroirs, palindromes) Digérer une séquence nucléique en utilisant une ou plusieurs enzymes ou ribonucléases de restriction Communiquer avec des programmes externes tels que Clustal, pour aligner plusieurs séquences Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

6 6 Trouvaille Mirror / Palindrome dans un ordre Fragments de trouvaille de sommaire denzymes de restriction Mes applications Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

7 7 Recherches des miroirs génétiques et palindromes dans un ordre nucléique donné Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion Long Palindrome Long Subseq Ordre nucléique Choix Miroir/Palindrome

8 8 Digère complètement (des coupes) un ordre donné de nucléotide en utilisant une enzyme donnée de restriction Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

9 9 Exemples de scripts utilisants les classes Protéine Resten Seq SeqAlign SeqDB SeqMatch SubMatrix Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

10 10 Algorithme des 4 Russes Arbre des suffixes Algorithme de Boyer-Moore Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

11 11 Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

12 12 Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

13 13 A Venir… En cours de développement… Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

14 14 Que ma apporté ce projet ? Intro Le Projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion


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