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Description génétique de deux lignées de lapins sélectionnés Groupe 24: GOBIER Ludwig GOYAULT Mathieu GOYAULT Mathieu GRELLET Aurélien GRELLET Aurélien.

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1 Description génétique de deux lignées de lapins sélectionnés Groupe 24: GOBIER Ludwig GOYAULT Mathieu GOYAULT Mathieu GRELLET Aurélien GRELLET Aurélien

2 Introduction analyse de pedigree pour démontrer la complémentarité dindicateurs utiles à la description de la variabilité génétique –coefficients de consanguinité (inbreeding) –population efficace –probabilité dun gène dorigine schema de reproduction par accouplement aléatoire de groupes non-parents

3 Matériel et méthodes Animaux deux souches de lapins (souches 1077 et 2066) sélectionnées depuis 1974 pour une augmentation de la taille de portéedeux souches de lapins (souches 1077 et 2066) sélectionnées depuis 1974 pour une augmentation de la taille de portée générations discrètes et nombre danimaux constantgénérations discrètes et nombre danimaux constant schema de reproduction visant à limiter laugmentation de la consanguinitéschema de reproduction visant à limiter laugmentation de la consanguinité accouplement aléatoire des femelles pas de migration des mâles dun groupe à lautre informations connues depuis les grand-parents de la 1ère génération de sélection jusquà la 20ème générationinformations connues depuis les grand-parents de la 1ère génération de sélection jusquà la 20ème génération

4 Méthodes –coefficient de consanguinité (F) à long terme à court terme (sur 4 générations dancêtres) comparaison des variances (impact du long terme sur les générations) F(t) = 1 – (1 – F) t = 1 – (1 – 1/2Ne f ) t (1) avec F(t): coefficient de consanguinité à la génération t Ne f : estimation première du nombre efficace danimaux Ne f : estimation première du nombre efficace danimaux et F = [F(t) – F(t-1)] / [1- F(t-1)] et F = [F(t) – F(t-1)] / [1- F(t-1)]

5 –taille de la population efficace 1/Ne h = 1/16M [ 2 + ² mm + 2 (M/F) cov(mm,mf) + (M/F)² ² mf ] 1/Ne h = 1/16M [ 2 + ² mm + 2 (M/F) cov(mm,mf) + (M/F)² ² mf ] + 1/16F [ 2 + (F/M)² ² fm + 2 (F/M) cov(fm,ff) + ² ff ] + 1/16F [ 2 + (F/M)² ² fm + 2 (F/M) cov(fm,ff) + ² ff ] avec Ne h : seconde estimation du nombre efficace danimaux M (F): nombre de mâles (femelles) atteignant lâge adulte à chaque génération M (F): nombre de mâles (femelles) atteignant lâge adulte à chaque génération ² mm ( ² fm ): variance du nombre de descendants mâles dun individu mâle (femelles) ² mm ( ² fm ): variance du nombre de descendants mâles dun individu mâle (femelles) ² mf ( ² ff ): variance du nombre de descendants femelles dun individu mâle (femelles) ² mf ( ² ff ): variance du nombre de descendants femelles dun individu mâle (femelles)

6 –analyse de probabilité dun gène dorigine chez différents groupes à travers les générations cinq générations de sélection: 6, 9, 13, 16 et 20ème 1ère méthode: simulations de Monte-Carlo N g = 1 / (2f t ) avec N g : nombre efficace des génomes fondateurs N g = 1 / (2f t ) avec N g : nombre efficace des génomes fondateurs f t : moyenne de paires de gènes ancestraux dans la génération actuelle f t : moyenne de paires de gènes ancestraux dans la génération actuelle 2ème méthode: les ancêtres majeurs et le goulet détranglement (contribution génétique et nombre efficace des ancêtres)

7 Résultats Description générale de la structure familiale –subdivision des lignées lignée 1077: 14 groupes durant les 4 premières générations, puis 11 lignée 2066: 9 groupes –moyennes (déviations standards) calculées entre G11 et G19 (démographie stable)

8 –variance et covariance moyennes entre G11 et G19

9 –consanguinité à long terme en augmentation régulière chez les deux souches augmentation plus forte dans la souche 2066 –consanguinité à court terme stable à travers les générations déviation standard moyenne des coefficients de consanguinité individuels entre G1 et G20 déviation standard moyenne des coefficients de consanguinité individuels entre G1 et G20 Coefficient de consanguinité à long terme vs court terme Coefficient de consanguinité à long terme vs court terme

10 Taille de la population efficace

11 Probabilité dun gène dorigine Probabilité dun gène dorigine – certains fondateurs ont une plus grande influence – diminution régulière du nombre efficace des génomes fondateurs dans le pool génétique

12 Conclusion – comparaison des deux souches En résumé, souche 1077: variabilité génétique mieux préservée En résumé, souche 1077: variabilité génétique mieux préservée nombre efficace de génomes fondateurs plus grand taille de la population efficace plus grande coefficient de consanguinité à long terme moins grand nombre efficace des fondateurs majeurs stable moins de goulets détranglement Progrès génétique identique dans les 2 souches Progrès génétique identique dans les 2 souches Mais la diminution de la variabilité génétique dans la souche 2066 est néfaste à la lignée par augmentation de la consanguinité et détérioration de la fitness Mais la diminution de la variabilité génétique dans la souche 2066 est néfaste à la lignée par augmentation de la consanguinité et détérioration de la fitness

13 Conclusion indicateurs utiles à la description de la variabilité génétique indicateurs utiles à la description de la variabilité génétique à long terme –taille de population efficace –nombre efficace des fondateurs à court terme à court terme – coefficient de consanguinité à court terme – nombre efficace des fondateurs – nombre efficace des ancêtres majeurs


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