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Lutilisation des informations du pedigree pour gérer la variabilité génétique dune population en danger : Lélevage du mouton Xalda en Asturies en est un.

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1 Lutilisation des informations du pedigree pour gérer la variabilité génétique dune population en danger : Lélevage du mouton Xalda en Asturies en est un exemple. Travail de Génétique

2 Introduction Lélevage de Xalda: Lélevage de Xalda: - en danger de disparition - en danger de disparition - Coefficient de consanguinité élevé - Coefficient de consanguinité élevé Que faire pour la sauvegarde de lespèce? Que faire pour la sauvegarde de lespèce?

3 Introduction Le paramètre F: Le paramètre F: - mesure de lidentité entre allèles - mesure de lidentité entre allèles - probabilité dobtenir des gènes identiques (%) - probabilité dobtenir des gènes identiques (%) mesure le taux de pertes de variabilité génétique mesure le taux de pertes de variabilité génétique

4 Introduction Taille de la population: Taille de la population: Influence très fort la variabilité génétique (fixation des gènes) Influence très fort la variabilité génétique (fixation des gènes) Choix de reproducteur limités gènes ne sont plus tirés au sort dérive génétique dans un sens. Choix de reproducteur limités gènes ne sont plus tirés au sort dérive génétique dans un sens.

5 Introduction Pour maintenir la variabilité: il est nécessaire de monitorer en utilisant un ens. de paramètres caractérisant: Pour maintenir la variabilité: il est nécessaire de monitorer en utilisant un ens. de paramètres caractérisant: - structures de la population - structures de la population - pratique de gestion - pratique de gestion Les xaldas est un exemple représentatif au niveau des études pour la conservation de la génétique animale developpée en Europe Les xaldas est un exemple représentatif au niveau des études pour la conservation de la génétique animale developpée en Europe

6 Matériel - Analyse de linformation des pedigree de lassociation des éleveurs de moutons Xalda ( ACOXA) de 1992 à Analyse de linformation des pedigree de lassociation des éleveurs de moutons Xalda ( ACOXA) de 1992 à lignées - 9 lignées moutons enregistrés moutons enregistrés vivants dont 507 femelles vivants dont 507 femelles - Population très jeune - Population très jeune

7 Méthodes Différents paramètres utilisés: Différents paramètres utilisés: - Ne : Nombre efficace en fonction du nombre de mâles et de femelles utilisés. - Ne : Nombre efficace en fonction du nombre de mâles et de femelles utilisés. Ne= 4(NmNf)/(Nm+Nf) Ne= 4(NmNf)/(Nm+Nf)

8 Méthodes Différents paramètres utilisés: Différents paramètres utilisés: - Le paramètre F: - Le paramètre F: mesure de lidentité entre allèles mesure de lidentité entre allèles probabilité dobtenir des gènes identiques (%) probabilité dobtenir des gènes identiques (%) mesure le taux de pertes de variabilité génétique mesure le taux de pertes de variabilité génétique

9 Méthodes Différents paramètres utilisés: Différents paramètres utilisés: - Le paramètre F: - Le paramètre F: F= 1/(2Ne) F= 1/(2Ne)

10 Méthodes Différents paramètres utilisés: Différents paramètres utilisés: -AR: -AR: Coefficient moyen de non- relation Coefficient moyen de non- relation Indique la contribution génétique à la population Indique la contribution génétique à la population

11 Méthodes Différents paramètres utilisés: Différents paramètres utilisés: -AR: Utilisées comme: -AR: Utilisées comme: index pour maintenir le stock génétique initial index pour maintenir le stock génétique initial comparer la consanguinité au sein dune sous population comparer la consanguinité au sein dune sous population

12 Méthodes Différents paramètres utilisés: Différents paramètres utilisés: -AR: Calcul du coefficient pour un fondateur: -AR: Calcul du coefficient pour un fondateur: 1 Pour le fondateur (car il appartient à la population) 1 Pour le fondateur (car il appartient à la population) 1/2 Par fils du fondateur (dans la population) 1/2 Par fils du fondateur (dans la population) 1/4 Par petit fils du fondateur (dans la population) 1/4 Par petit fils du fondateur (dans la population)

13 Résultats et discussion Utilisation abusive de certains individus Utilisation abusive de certains individus => de la variabilité génétique => de la variabilité génétique Nombre très faible dancêtre race rencontre un d° de selection de la part des éleveurs qui utilisent massivement un nombre réduit de reproducteur (choisit sur la conformation) Nombre très faible dancêtre race rencontre un d° de selection de la part des éleveurs qui utilisent massivement un nombre réduit de reproducteur (choisit sur la conformation)

14 Résultats et discussion Intervalle de génération moyen réduit : 3 ans Intervalle de génération moyen réduit : 3 ans - voie père-fils : courte (relève) - voie père-fils : courte (relève) - voie mère-filles : longue (attente de voir ses résultats) - voie mère-filles : longue (attente de voir ses résultats) 13 ancêtres 50% de la variabilité génétique 13 ancêtres 50% de la variabilité génétique

15 Résultats et discussion La moyenne des F de la population: 1,762% (faible) La moyenne des F de la population: 1,762% (faible) Mauvaise estimation: il ny a que 7 générations, pedigree top court Mauvaise estimation: il ny a que 7 générations, pedigree top court Ne sera donc mal estimé de part la formule Ne sera donc mal estimé de part la formule F nest donc pas un bon indicateur de perte de gènes. F nest donc pas un bon indicateur de perte de gènes.

16 Résultats et discussion AR peut-être utilisé comme complément pour estimer la consanguinité dans une population: AR peut-être utilisé comme complément pour estimer la consanguinité dans une population: - évalue la contribution génétique des fondateurs - évalue la contribution génétique des fondateurs - évalue la représentation génétique de chaque individu qui nest pas fondateur - évalue la représentation génétique de chaque individu qui nest pas fondateur

17 Résultats et discussion AR est utilisé indirectement pour caractériser les troupeaux comme représentation de la population AR est utilisé indirectement pour caractériser les troupeaux comme représentation de la population

18 Résultats et discussion

19 Conclusions Manque dinfos sur la taille de la pop sous estimation nb dindividus consanguins mais hauts coef. dinbreeding pas possible dutiliser les paramètres habituels Manque dinfos sur la taille de la pop sous estimation nb dindividus consanguins mais hauts coef. dinbreeding pas possible dutiliser les paramètres habituels utilisation de nouveaux paramètres utilisation de nouveaux paramètres Usage abusif de certains individus aux dépends dautres Usage abusif de certains individus aux dépends dautres

20 Conclusions Utilisation de lAR Utilisation de lAR Infos sur la description de la pop. et du management Infos sur la description de la pop. et du management Plus facile à calculer et à comprendre par les éleveurs Plus facile à calculer et à comprendre par les éleveurs

21 Conclusions En pratique En pratique Calcul de lAR pour chaque individu après la saison des naissances Calcul de lAR pour chaque individu après la saison des naissances Favoriser certains accouplements Favoriser certains accouplements Égaliser la représentation génétique des différentes lignées et troupeaux Égaliser la représentation génétique des différentes lignées et troupeaux

22 Conclusions Sélection des béliers ayant lAR le plus bas possible Sélection des béliers ayant lAR le plus bas possible Sélection des mères à béliers sur leur conformation parmi les moins représentées génétiquement Sélection des mères à béliers sur leur conformation parmi les moins représentées génétiquement

23 Bibliographie GOYACHE F., GUTTIERREZ J.P., FERNANDEZ I., GOMEZ E., ALVAREZ I., DIEZ J., ROYO L.J., Using pedigree to monitor genetic variability of endangered populations : the Xalda sheep breed of Asturias as an example, J. Anim. Breed. Genet., 120 : (2002) GOYACHE F., GUTTIERREZ J.P., FERNANDEZ I., GOMEZ E., ALVAREZ I., DIEZ J., ROYO L.J., Using pedigree to monitor genetic variability of endangered populations : the Xalda sheep breed of Asturias as an example, J. Anim. Breed. Genet., 120 : (2002)

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