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Amélioration génétique de la viabilité des poules pondeuses à partir dune analyse de survie Faure Nina Fauriat Alexandre Kalogreas Elsa Benevent Marie.

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1 Amélioration génétique de la viabilité des poules pondeuses à partir dune analyse de survie Faure Nina Fauriat Alexandre Kalogreas Elsa Benevent Marie

2 Introduction La demande de filière avicole oriente la sélection vers de nouveaux caractères : -Qualité des produits -Résistances aux maladies -Réduction des rejets Espèce avicole : caractéristiques biologiques favorables à la sélection

3 Introduction Elevage aviaire : 2 périodes =>Période délevage (0 à 100 jours) =>Période de production (100 à 365 jours) Deux types deffets : Effets fixes (non génétiques) : lumière, alimentation, densité, habitat, climat… Effets génétiques : but de létude

4 Plan Objectifs de létude Matériel et méthodes Analyses statistiques et génétiques Résultats Discussions Conclusion

5 Objectifs de létude Mesurer la partie génétique de la viabilité des poules pondeuses. On mesure linfluence génétique de la durée de la période de production et délevage (LRL et LPL : paramètres génétiques). =>étude dans un environnement contrôlé pour ôter leffet non génétique.

6 Matériel et méthode Elevage : poules pondeuses en 17 troupeaux de 4 à 8 générations + 3 troupeaux de parents pour le pedigree En production : en cages individuelles Mesure de la viabilité sur deux périodes : Période délevage (PR) Période de production (PP)

7 Matériel et méthode On élimine des données (taux de censure), les poules vivantes à la fin de chaque période RP : 97,8% PP : 94,1% Raison : impossibilité de connaître leur durée de vie réelle ( car arrêt des observations)

8 Analyses statistiques 1) Modèle mixte complet = Modèle Cox stratifié Mesures des effets génétiques et non génétiques (effets maternels et paternels…) Pbs : modèle compliqué et difficile à utiliser (7heures 20)

9 Analyses statistiques 2)Modèle génétique pur = Modèle Weibull Mesures des effets génétiques (seulement les effets père et mère) =>Plus facile et rapide à utiliser (13 minutes) =>Vérifier si cette approximation est valable. Pour LPL, les analyses ont montré que le modèle Cox simplifié ne peut être utilisé

10 Analyses statistiques 3)Ajout suivant les générations des informations des frères et des sœurs =>augmente la précision => diminue la variance =>permet déliminer dautres effets non génétiques comptabilisés dans les effets génétiques du modèle pur Weibull

11 Résultats Taux de survie En élevage : 97,8% En production : 94,1% Les taux de survie sous environnement contrôlé sont élevés.

12 Résultats Linéarisation de la fonction de survie [log {- log S(t)}] en fonction de log(t) RP PP

13 Mesure de la survie en fonction du temps Constat : cassure au moment de la mise en cage individuelle =>confirme la différence des taux de viabilité dans les deux périodes =>On étudiera donc linfluence de la durée de ces deux périodes (LRL et LPL) sur la viabilité séparément

14 Sélection simulée S(t) en fonction de t pendant la RP

15 Sélection simulée RP Taux de viabilité diminue de 100 à 98% (97,7%)en 100 jours Il chute dans les premiers jours de vie Reste stable le reste du temps=>le moment de mise en cage influence peu le taux

16 Sélection simulée S(t) en fonction de t pendant la PP

17 Sélection simulée PP Taux de viabilité diminue de 100 à 97% (95,3%) en 300 jours La chute de plus en plus rapide peut permettre destimer une date de réforme économiquement rentable

18 Sélection simulée Comparaison des deux courbes

19 Sélection simulée Comparaison La différence de viabilité entre les deux groupes augmente au cours du temps dans la PP alors quelle reste stable dans la PR A la fin de la PR celle-ci reste faible (0,3%) alors quà 300 jours de la PP elle est de 1,7%. Intérêt de sélection (PP)

20 Sélection simulée Cette analyse a mis de côté quelques aspects importants : -Elle a été faite sur des animaux déjà sélectionnés (lignées pures) pour leur production -Les couples ont été formés artificiellement

21 Estimations des paramètres génétiques CaractèresLRLLPL ModèlesCoxWeibull+FSWeibull+FS Variance Mode Moyenne Déviation standard 0,260 0,261 0,026 0,261 0,262 0,026 0,216 0,218 0,024 0,088 0,089 0,010 0,077 0,078 0,010 Héritabilité0,482 0,3900,1940,167

22 Estimations des paramètres génétiques Pour LRL, confirmation de lutilisation de lapproximation de Cox par Weibull car les résultats sont identiques Pour LRL, lhéritabilité est forte, et pour LPL, lhéritabilité est moyenne. La sélection sera plus efficace si on leffectue sur LRL plutôt que sur LPL Lajout de leffet frère-soeur diminue bien la variance et donc lhéritabilité.

23 Estimations des paramètres génétiques En faisant varier un des paramètres de calcul, la variance frère-soeur atteint des valeurs quasi nulles. Deux interprétations sont possibles : 1) Aucun effet frère-soeur. Cela semble peu probable vu que lajout de cet effet fait chuter lhéritabilité. 2) La censure des données a été trop restrictive

24 Corrélations entre les différents modèles CaractèresLRLLPL ModèleCoxWeibull+FSWeibull LRL Weibull0,997 +FS0,9940,997 LPL Weibull0,0490,0390,042 +FS0,0220,0190,230,994 ?

25 Corrélations entre les différents modèles Les corrélations entre deux périodes différentes sont très proches de 0 =>démontre lindépendance de ces deux caractères. Donc la sélection sur un des deux périodes ninfluence pas lautre =>justification de létude séparée des deux périodes =>la production ninterfère pas avec la croissance pendant la RP =>Pas de compétition entre animaux dans les cages individuelles

26 Corrélations entre les différents modèles La corrélation est un peu plus haute quand on ajoute les effets frère-soeur. Inexplicable Pour un même caractère, les hautes corrélations (>0,994) confirment toujours la possibilité dutiliser les différents modèles.

27 Discussions Une mortalité importante Pendant la PP : tout cheptel => forte influence économique (rentes) Pendant la RP: influence uniquement les jeunes =>seulement sur les coûts de production Létude est plus intéressante pendant la PP pour nos poules pondeuses

28 Discussions Etude pendant la RP : modèle intéressant dans les élevages dengraissement (poulets et dindons) Poulets de chair : le taux de mortalité atteint 5%. Il devrait augmenter avec lincidence de certaines maladies (ascites, mort subite). Une sélection efficace devrait minimiser cet effet.

29 Discussions Pas détudes des effets environnementaux =>possible que leur influence soit bien plus importante que les effets génétiques testés =>Exemple : la durée déclairage, le confort (perchoir, nid...), lalimentation…

30 Discussions Environnements de sélection et délevage très différent =>Difficulté dutilisation des caractères sélectionnés en élevage =>Peu de possibilité dadaptation de cette étude en pratique

31 Discussions Contrairement aux effets génétiques, la gestion de lenvironnement pendant la RP est capitale car conditionne la PP Plus facile à mettre en pratique dans les élevages

32 Bibliographie Genetic improvement of laying hens viability using survival analysis INRA (V.Ducrocq, B.Besbes, M.Protais) Cours de premier doctorat, génétique quantitative (J.Detilleux) Cours de premier doctorat, clinique aviaire (D.Marlier) Cours de premier doctorat décologie (B.Nicks) /num241/beaumon/cb241.htmhttp://www.inra.fr/productions-animales/an2004 /num241/beaumon/cb241.htm


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