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Projet Génie Logiciel & UML, Bases de Données & Interfaces CAMPAN Amandine DUMOUSSEAU Marine PIHAN Emilie GB5 Option BIMB 2008 - 2009.

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1 Projet Génie Logiciel & UML, Bases de Données & Interfaces CAMPAN Amandine DUMOUSSEAU Marine PIHAN Emilie GB5 Option BIMB

2 Création du système dinformation dun laboratoire de biologie : sujet, contexte et limites

3 Objectifs Créer une base de données : stocker les expériences, gérer les accès aux résultats Créer une interface web : requêtes sur la base de données, affichage des résultats Créer 3 interfaces pour 3 types dexpériences : visualiser les résultats spécifiques 3

4 Contexte et limitations Expérience : -Expérimentateurs = auteurs - Pas toujours publiée - Un seul type de système - Un antécédent (unique) ou aucun 4 Expérience A Expérience B Expérience C Expérience D Expérience E

5 Contexte et limitations Accès aux expériences et aux résultats : Expériences dans la base de données terminées => toujours un résultat (celles en cours ne sont pas dans la base de données) Personnel du laboratoire : pas de limites daccès si authentifié Public extérieur : accès limité aux expériences publiques 5

6 Contexte et limitations Autres : Interface permettant dajouter une expérience à la base de données non prise en charge Bibliographie : lien vers larticle disponible en ligne Création et suppression dun compte non gérées Membre du laboratoire : appartient à une seule équipe 6

7 Implémentation : base de données et interfaces

8 Schéma relationnel 8

9 Interfaces Mise en page : feuille CSS Programmation procédurale Programmation orientée objet : Classe Resultat : récupère et affiche la partie commune des résultats 9

10 Démonstration

11 Plan Introduction au site : accueil, personnel, contact Recherche rapide : ID = 3, utilisateur public Recherche rapide : ID = 2, utilisateur public et membre du laboratoire (connexion/déconnexion), liens Recherche avancée et consultation des résultats 11

12 Premier type de résultat : Spectrométrie de masse Marine Dumousseau

13 13 Représentation du résultat Différentes représentations : solution de l'image SpectreGraphiqueTableaux

14 14 Limites Données complémentaires Pouvoir combiner les données brutes avec des données extérieures (tableaux et graphiques)

15 Schéma de la base n 1

16 Interfaces 16 Programmation orientée objet : Classe Resultat_Marine : hérite de la classe Résultat. Récupère et affiche les résultats de type spectrométrie de masse Classe Technique_Marine : récupère et affiche les détails de la technique

17 Démonstration 17 Cas de consultation des détails des résultats de spectrométrie de masse Cas de consultation des détails concernant le type de spectrométrie de masse utilisée

18 Second type de résultat : Figure Emilie Pihan

19 BD 19

20 GL/UML Classe Resultat_Emilie: - héritage de la classe Resultat - nouveaux attributs : --> intitulé --> figure --> légende 20

21 Troisième type de résultat : Histogramme Amandine Campan

22 Choix Résultats quantitatifs : représentation en histogramme 22 exemples : tests de viabilité cellulaire, profils dexpression (sRNAs) par puces à ADN … Figure : Tests de viabilité cellulaire chez différentes souches de Staphylococcus aureus

23 Base de données 23 Création dune table : Histogramme (Id_Experience : int(11), Legende : varchar(20), Valeur : float) Stockage des données quantitatives (pas de limage) pour correspondre au mieux à la réalité

24 Interface POO, héritage Requête SQL => listes des valeurs et des légendes Utilisation de la librairie graphique « Artichow » (http://www.artichow.org/) : classe BarPlot (histogrammes)http://www.artichow.org/ 24 ResultatGraphique - Valeur - Légende - Id_Experience Resultat - Resume - Interpretation - Id_Experience - Type

25 Interface Création de limage du graphique par un fichier PHP « indépendant » ( ) Affichage de lhistogramme que si valeurs dans BD, sinon message derreur Mise en page : ajout de 2 divisions dans le fichier CSS (histogramme et légende) 25

26 Démonstration Résultats expérience 35 Résultats expérience 36 26

27 Merci de votre attention … 27


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