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Marilyne Summo Université Montpellier II Zahra Vafa Sébastien Harispe Pol Kennel Application to Blot Synteny Développement d'un visualisateur de synténies.

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Présentation au sujet: "Marilyne Summo Université Montpellier II Zahra Vafa Sébastien Harispe Pol Kennel Application to Blot Synteny Développement d'un visualisateur de synténies."— Transcription de la présentation:

1 Marilyne Summo Université Montpellier II Zahra Vafa Sébastien Harispe Pol Kennel Application to Blot Synteny Développement d'un visualisateur de synténies Master 1 Intégration de compétences option Bioinformatique Promotion

2 Introduction Synténie : Définie la conservation de lordre des gènes entre deux espèces apparentées. Alignement (orthologue, paralogue) Espèce 1 Espèce 2

3 Lexistant : Logiciel dalignement (ex : Mauve, Mummer, Pipmarker, Alfresco,etc.) Logiciel de visualisation dalignement Introduction

4 Présentation du projet Sujet : créer un visualisateur de synténies. Objectifs : Données dalignement modifiables Attribution de couleurs aux blocs Zoom jusquau niveau nucléotidique Multi- visualisation Définition dun format dentrée (XML)

5 Pré-requis : Environnement Eclipse Langage JAVA Bibliothèque graphique : SWT / JFREEGRAPH Parseur XML => JDOM Présentation du projet

6 Organisation du travail: Centralisation des données : SVN hebergé chez Google Code Document Google Mise à disposition de tutoriaux jdom, swt, ect.... Présentation du projet

7 Conception UML : diagramme de cas dutilisation

8 Fichiers dentrée : Format XML DTD (Document Type Definition) pour chaque type de fichier Script PERL de création des fichiers XML Conception

9 Patron Modèle Vue Contrôleur (MVC) Modèle : données manipulées par lapplication. Vue : représentation graphique des données, interface avec lutilisateur. Contrôleur : gestion des évènements. Conception

10

11 Résultats Démonstration ABSynt

12 Conclusion & Discussion Optimisations futures : Optimisation de la représentation graphique. Optimisation des statistiques. Génération automatique des fichiers dentrée XML intégrée à lapplication. Création dun exécutable

13 Conclusion & Discussion Découverte de la phase de conception dun projet informatique Mise en place de structures de communication cohérentes Adaptation aux besoins de lutilisateur Elargissement des compétences en programmation JAVA Découverte de linterfaçage graphique en JAVA Gestion dune équipe de travail

14 Remerciements Sèverine Bérard Annie Château Isabelle Mougenot Vincent Ranwez


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