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Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed Dernière mise à jour : 24/10/2012.

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1 Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed Dernière mise à jour : 24/10/2012

2 Base de données spécialisée : PubMed 1.PubMed et Medline 2.Le thésaurus MeSH 3.Recherche MeSH à partir de linterface NLM 4.Exploitation des résultats 5.Recherche à partir de linterface Cismef 6.Recherche avancée 7.Le compte MyNCBI Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr

3 PubMed - NLM (National Library of Medecine) et NIH (National Institutes of Health) Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie, sciences chimiques, bio ingénierie, principalement Medline + autres référencesMedline + autres références (articles non encore indexés par la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed Central) Plus de 22 millions de notices Remonte à 1946 Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project, PubChem, etc. 1. PubMed et Medline

4 Jubil > Ressources en lignes > Les bases de donnéesLes bases de données

5 1. PubMed-UPMC PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur vous permet dafficher lePubMed-UPMC bouton SFX (résolveur de liens) de lUPMC

6 1. Liste de résultats PubMed-UPMC Le mode daffichage Abstract permet dafficher dès la liste de résultats le bouton SFX

7 1. Principales fonctionnalités de PubMed Interface de recherche Recherche depuis linterface PubMed ou MeSH Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc. Opérateurs : AND, OR, NOT Filters : affiner les résultats par type de publication, tranche dâge, humains/animaux, etc. Recherche avancée Search builder : construire une équation de recherche en combinant des champs Search history : historique des recherches Résultats Différentes options daffichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.) Clipboard : sélectionner jusquà 500 références pour les sauvegarder, imprimer, etc. - valide 8 heures Search details : détails sur la recherche en cours

8 2. Le thésaurus MESH Par Iguanasan Source : Flickr

9 2. Le thésaurus MESH Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSHMeSH MeSH pour Medical Subject HeadingsMedical Subject Headings Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism) permet de chercher sur le sujet seulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell) permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

10 15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals and drugs, etc. Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B pour organisms, C pour disease Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées par la lettre de la branche principale + 1 chiffre 2. Le thésaurus MESH

11 2. Exemple dun terme dans larborescence du MeSH On part du + général pour arriver au + précis

12 2. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences

13 Sans MeSH : Mapping PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché : dans le MeSH, puis dans lindex des titres de revue, puis dans lindex des auteurs. La recherche est lancée en + dans tous les champs (résumé, auteur, etc.). 2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH Sans utiliser le MeSH En utilisant le MeSH Avec MeSH PubMed cherche uniquement dans les mots-clé MeSH attribués par les documentalistes de la NLM.

14 Comment ça marche? Par zigazou76 Source Flickr

15 3. Recherche MeSH à partir de linterface NLM OU

16 3. Détail dun terme MeSH Terme et champ dapplication Qualificatifs possibles Explosion et pondération Synonymes Termes associés Hiérarchie Permettent de préciser la recherche

17 Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect microbiologique, Aspect radiographique). En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut lêtre par + de 45 termes. Appliquer des qualificatifs à partir du MeSH syntaxe descripteur/qualificatif ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh] code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non) ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh] 3. Détail dun terme MeSH : les qualificatifs

18 Par défaut, PubMed vous ramène lensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche Autrement dit, lexplosion permet davoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de larborescence Désactiver lexplosion à partir du MeSH en utilisant le utiliser le code [mh:noexp] 3. Détail dun terme MeSH : lexplosion

19 La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de larticle Appliquer la pondération à partir du MeSH en utilisant le code [majr] en combinaison avec la suppression de lexplosion - utiliser le code [majr:noexp] 3. Détail dun terme MeSH : la pondération

20 3. Recherche MeSH - interface NLM Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion, combiner des termes Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou avec pondération

21 3. Recherche MeSH - interface NLM

22 4. Exploitation des résultats Par DrJohnBullas Source Flickr

23 4. Changer daffichage Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau dindexation Abstract : résumé + bouton SFX

24 4. Affiner les résultats avec les filtres Seuls les filtres pertinents (i. e. sappliquant aux résultats de la liste) sont proposés. Les filtres sont actifs pour toutes les recherches tant quils nont pas été supprimés Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de lUPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe

25 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : RSS Créer un flux RSS sur une requête

26 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : export dun fichier de références

27 5. Recherche à partir de linterface CISMEF

28 5. Recherche CISMEF : pourquoi? Linterface du CISMEF permet dinterroger la traduction française du Mesh et de lancer directement une requête dans PubMed.

29 6. Recherche avancée

30 6. Recherche avancée : Search builder choix du critère de recherche choix de lopérateur booléen envoi automatique vers la fenêtre de recherche accès aux index Search = lancer la recherche Add to history = ajouter à lhistorique de recherche, pour combiner la requête avec une autre

31 Equation de recherche construite au moyen du Search builder 6. Recherche avancée : Search builder Combiner les termes recherchés Opérateurs booléens (en majuscules) AND / OR / NOT (AND) par défaut (en majuscule !) Troncature (transpl*) + guillemets (« kidney allograft ») + parenthèses

32 6. Recherche avancée : Search history Historique automatique, conservé 8 heures Modifier léquation de recherche créée dans le Search builder Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes

33 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés en MeSH, notamment les articles les plus récents en cours dindexation Pas encore paru en imprimé

34 [TIAB] = champs titre et résumé NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) = exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc indexé en MeSH, et les articles les + anciens, non indexés en MesH 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents Construire une équation de recherche, en utilisant tous les synonymes (Entry terms) du terme MeSH retenu

35 7. Compte My NCBI Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche Personnaliser linterface Définir des filtres sur les résultats de recherche Par Edwård Source Flickr

36 7. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées Alerte par courriel Nouveaux résultats correspondant à la requête

37 7. Compte My NCBI : filtrer les résultats LinkOut : liens à dautres bases, au texte intégral, etc. Properties : dates, limites PubMed, etc. Links : liens vers PubMed Central et ressources NCBI, etc. Create custom filter : créer un filtre à partir dune requête

38 ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via lAPHPlAPHP ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm biblioInserm 7. Compte My NCBI : filtres daccès

39 JUBIL : articles parus dans des revues accessibles via les abonnements de la BUPMC 7. Compte My NCBI : filtres daccès Revues en ligne signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Revues imprimées signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX : privilégiez ce dernier pour laccès au texte intégral (et aux autres services quil propose)

40 7. Compte My NCBI : filtres Properties Possibilité dutiliser simultanément 15 filtres maximum sur PubMed

41 7. Compte My NCBI : paramétrer linterface Affichage des résultats de recherche Auto- complétion

42 Interroger PubMed autrement? LigerCat - Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH


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