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Fabien Jourdan, FDC06 Fouille de données en appui des analyses métabonomiques Fabien Jourdan, F. Vinson, C. Canlet, N. Priymenko, G. Gottardi, J. Molina.

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1 Fabien Jourdan, FDC06 Fouille de données en appui des analyses métabonomiques Fabien Jourdan, F. Vinson, C. Canlet, N. Priymenko, G. Gottardi, J. Molina et A. Paris Laboratoire des xénobiotiques (Toulouse) UMR INRA/ENVT Equipe : Physiologie, Métabolisme et Signatures biologiques

2 Fabien Jourdan, FDC06 Objectif Identifier les réponses du métabolisme à une perturbation Exemples dapplications : –OGM –Cancer du colon –Toxicité –Dopage

3 Fabien Jourdan, FDC06 hippurate urée eau TMSP allantoïne lactate 2-oxoglutarate citrate succinate créatinine Variable detection & Quantification Biochemical analysis Variable filrtation AFD & Classification Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis Specific biological condition (e.g. external stress) Experimentation definition Identification and interpretation of bio-markers Structural and Biological analysis BF15 Safrane hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine

4 Fabien Jourdan, FDC06 Variable detection & Quantification Biochemical analysis Variable filrtation AFD & Classification Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis Specific biological condition (e.g. external stress) Experimentation definition Identification and interpretation of bio-markers Structural and Biological analysis BF15 Safrane hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine

5 Fabien Jourdan, FDC06 Variable detection & Quantification Biochemical analysis Variable filtration AFD & Classification Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis Specific biological condition (e.g. external stress) Experimentation definition Identification and interpretation of bio-markers Structural and Biological analysis BF15 Safrane hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine

6 Fabien Jourdan, FDC06 Hamster.plasma.01 LOG 2 individus supprimés variable Splus deplt chimiq composéCan1rangCan2rangCan3rangCan4rang V768 0,755-0,11200,639-0,0225 V800 -0,14210,682-0,23190,477 V688 -0,8120,18180,46150,2910 V627 -0,726-0,2315-0,60110,2412 V562 -0,8110,517-0,0225-0,0523 V812 0,39180,32120,11230,861 V717 0,58120,2216-0,677-0,1418 V469 0,31190,09210,46140,782 V804 -0,04250,7410,19220,565 V225 -0,61100,565-0,09240,564 V782 0,717-0,05230,7060,0224 V611 -0,1023-0,5360,56120,633 V507 -0,42170,3311-0,802-0,1219 V630 -0,1322-0,0225-0,8810,409

7 Fabien Jourdan, FDC06 Chimie analytique Pour les variables significatives, identifier les molécules : –par analyse de la bibliographies –par analyse des spectres C 4 H 7 OBr

8 Fabien Jourdan, FDC06 Variable detection & Quantification Biochemical analysis Variable filtration AFD & Classification Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis Specific biological condition (e.g. external stress) Experimentation definition Identification and interpretation of bio-markers Structural and Biological analysis BF15 Safrane hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine

9 Fabien Jourdan, FDC06 Analyse biologique

10 Fabien Jourdan, FDC06 Merci de votre attention

11 Fabien Jourdan, FDC06 Analyse statistique Par ACP les individus particuliers sont sélectionnés et supprimés –Les axes de lACP sont des combinaisons linéaires des variables dont lobjectif est de maximiser la variance entre les individus Par AFD on plonge les individus dans le plan –Les axes factoriels de lAFD sont des combinaisons linéaires des variables visant à maximiser la variance entre les groupes dindividus (resp. en minimisant la variance à intra-groupes)

12 Fabien Jourdan, FDC06 Résultats pour lurine

13 Fabien Jourdan, FDC06 ACP (44%) (18%) ACP 4 individus particuliers sont repérés

14 Fabien Jourdan, FDC06 (43%) (18%) ACP (4 individus particuliers supprimés) L1 L3 L4 L2 L5 L6

15 Fabien Jourdan, FDC06 AFD

16 Fabien Jourdan, FDC06 AFD

17 Fabien Jourdan, FDC06 Résultats pour le plasma

18 Fabien Jourdan, FDC06 ACP

19 Fabien Jourdan, FDC06 ACP (2 individus particuliers supprimés)

20 Fabien Jourdan, FDC06 Procédure de sélection dun ensemble restreint de variables : –ANOVA : variable significatives –Pas à pas : éliminer les redondances dans cet ensemble de variables

21 Fabien Jourdan, FDC06 AFD

22 Fabien Jourdan, FDC06 AFD

23 Fabien Jourdan, FDC06 Hamster.plasma.01 LOG 2 individus supprimés variable Splus deplt chimiq composéCan1rangCan2rangCan3rangCan4rang V768 0,755-0,11200,639-0,0225 V800 -0,14210,682-0,23190,477 V688 -0,8120,18180,46150,2910 V627 -0,726-0,2315-0,60110,2412 V562 -0,8110,517-0,0225-0,0523 V812 0,39180,32120,11230,861 V717 0,58120,2216-0,677-0,1418 V469 0,31190,09210,46140,782 V804 -0,04250,7410,19220,565 V225 -0,61100,565-0,09240,564 V782 0,717-0,05230,7060,0224 V611 -0,1023-0,5360,56120,633 V507 -0,42170,3311-0,802-0,1219 V630 -0,1322-0,0225-0,8810,409


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