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Fouille de données en appui des analyses métabonomiques

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Présentation au sujet: "Fouille de données en appui des analyses métabonomiques"— Transcription de la présentation:

1 Fouille de données en appui des analyses métabonomiques
Fabien Jourdan, F. Vinson, C. Canlet, N. Priymenko, G. Gottardi, J. Molina et A. Paris Laboratoire des xénobiotiques (Toulouse) UMR INRA/ENVT Equipe : Physiologie, Métabolisme et Signatures biologiques Fabien Jourdan, FDC06

2 Objectif Identifier les réponses du métabolisme à une perturbation
Exemples d’applications : OGM Cancer du colon Toxicité Dopage Fabien Jourdan, FDC06

3 Specific biological condition Bioinformatical analysis
(e.g. external stress) Experimentation definition 1 hippurate urée eau TMSP allantoïne lactate 2-oxoglutarate citrate succinate créatinine Variable detection & Quantification Biochemical analysis 2 Variable filrtation 3 BF15 Safrane Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis AFD & Classification 4 Identification and interpretation of bio-markers hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine Structural and Biological analysis Fabien Jourdan, FDC06 5

4 Specific biological condition Bioinformatical analysis
(e.g. external stress) Experimentation definition 1 Variable detection & Quantification Biochemical analysis 2 Variable filrtation 3 BF15 Safrane Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis AFD & Classification 4 Identification and interpretation of bio-markers hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine Structural and Biological analysis Fabien Jourdan, FDC06 5

5 Specific biological condition Bioinformatical analysis
(e.g. external stress) Experimentation definition 1 Variable detection & Quantification Biochemical analysis 2 Variable filtration 3 BF15 Safrane Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis AFD & Classification 4 Identification and interpretation of bio-markers hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine Structural and Biological analysis Fabien Jourdan, FDC06 5

6 Hamster.plasma.01 LOG 2 individus supprimés
variable Splus deplt chimiq composé Can1 rang Can2 Can3 Can4 V768 0,75 5 -0,11 20 0,63 9 -0,02 25 V800 -0,14 21 0,68 2 -0,23 19 0,47 7 V688 -0,81 0,18 18 0,46 15 0,29 10 V627 -0,72 6 -0,60 11 0,24 12 V562 1 0,51 -0,05 23 V812 0,39 0,32 0,11 0,86 V717 0,58 0,22 16 -0,67 V469 0,31 0,09 14 0,78 V804 -0,04 0,74 0,19 22 0,56 V225 -0,61 -0,09 24 4 V782 0,71 0,70 0,02 V611 -0,10 -0,53 3 V507 -0,42 17 0,33 -0,80 -0,12 V630 -0,13 -0,88 0,40 Fabien Jourdan, FDC06

7 Chimie analytique Pour les variables significatives, identifier les molécules : par analyse de la bibliographies par analyse des spectres C4H7OBr Fabien Jourdan, FDC06

8 Specific biological condition Bioinformatical analysis
(e.g. external stress) Experimentation definition 1 Variable detection & Quantification Biochemical analysis 2 Variable filtration 3 BF15 Safrane Statistical Chemiometrical Bioinformatical analysis AFD & Classification 4 Identification and interpretation of bio-markers hippurate/tryptophane valine lactate lysine cétoglutarate/succinate glucose TMAO/phénylalanine Structural and Biological analysis Fabien Jourdan, FDC06 5

9 Analyse biologique Fabien Jourdan, FDC06

10 Merci de votre attention
Fabien Jourdan, FDC06

11 Analyse statistique Par ACP les individus particuliers sont sélectionnés et supprimés Les axes de l’ACP sont des combinaisons linéaires des variables dont l’objectif est de maximiser la variance entre les individus Par AFD on plonge les individus dans le plan Les axes factoriels de l’AFD sont des combinaisons linéaires des variables visant à maximiser la variance entre les groupes d’individus (resp. en minimisant la variance à intra-groupes) Fabien Jourdan, FDC06

12 Résultats pour l’urine
Fabien Jourdan, FDC06

13 ACP ACP 4 individus particuliers sont repérés (18%)
(44%) (18%) ACP 4 individus particuliers sont repérés ACP Fabien Jourdan, FDC06

14 ACP (4 individus particuliers supprimés) L1 L4 L5 L2 L3 L6 (18%)
(43%) (18%) L4 L5 L2 L3 L6 Fabien Jourdan, FDC06

15 AFD Fabien Jourdan, FDC06

16 AFD Fabien Jourdan, FDC06

17 Résultats pour le plasma
Fabien Jourdan, FDC06

18 ACP Fabien Jourdan, FDC06

19 ACP (2 individus particuliers supprimés) ACP Fabien Jourdan, FDC06

20 Procédure de sélection d’un ensemble restreint de variables :
ANOVA : variable significatives Pas à pas : éliminer les redondances dans cet ensemble de variables Fabien Jourdan, FDC06

21 AFD Fabien Jourdan, FDC06

22 AFD Fabien Jourdan, FDC06

23 Hamster.plasma.01 LOG 2 individus supprimés
variable Splus deplt chimiq composé Can1 rang Can2 Can3 Can4 V768 0,75 5 -0,11 20 0,63 9 -0,02 25 V800 -0,14 21 0,68 2 -0,23 19 0,47 7 V688 -0,81 0,18 18 0,46 15 0,29 10 V627 -0,72 6 -0,60 11 0,24 12 V562 1 0,51 -0,05 23 V812 0,39 0,32 0,11 0,86 V717 0,58 0,22 16 -0,67 V469 0,31 0,09 14 0,78 V804 -0,04 0,74 0,19 22 0,56 V225 -0,61 -0,09 24 4 V782 0,71 0,70 0,02 V611 -0,10 -0,53 3 V507 -0,42 17 0,33 -0,80 -0,12 V630 -0,13 -0,88 0,40 Fabien Jourdan, FDC06


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