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Microbial eukaryotes in the hypersaline anoxic LAtalante deep-sea basin Bazañez-Marquez Tania Accolla Chiara.

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1 Microbial eukaryotes in the hypersaline anoxic LAtalante deep-sea basin Bazañez-Marquez Tania Accolla Chiara

2 Intérêt croissant pour les environnements hyper salés Études précédentes : présence deucaryotes unicellulaires négligeable Découvertes récentes : diversité inattendue au sein de la communauté eucaryote Frontières de la vie des eucaryotes?

3 1: o 18.29N 21 o 23.33E LE BASSIN PROFOND DE LATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin)

4 Caractéristiques Couche entre 3499 m et 3501 m de profondeur caractérisée par un gradient de salinité très fort Surface à 3499 mSurface à 3501 m Salinité ()39365 Température (°C)14.03 Oxygène (μM)19.08n.d. Ammonium (μM) LE BASSIN PROFOND DE LATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin)

5 Système Modus-Scipack: une sonde CTD une série de bouteilles de Niskin un senseur de pression Daprès E. Malinverno et al. (2006). Annals of Geophysics,vol.49,N.2/3 1. Échantillonnage à 3499 et 3501 m

6 Filtration Destruction chimio-mécanique des cellules Enlèvement de lADN avec DNase I Isolement de lARN et inhibition de la RNase Détermination de la concentration de lARN (spectrophotométrie) et de son intégrité Méthode non liée à la culture traditionnelle suivie par lobservation au microscope ARN ribosomal 2. Extraction des acides nucléiques

7 transcriptase inverse ARN cDNA PCR amplification Clonage 3. Construction du cDNA

8 Séquences partielles regroupées en phylotypes (unités opérationnelles taxonomiques) 4. Séquençage et regroupement en phylotypes similarité de séquence: 99.0% (DOTUR)

9 Comparaison des séquences de cDNA avec celles de GenBank Alignement (programme plus alignement manuel) Construction dun premier arbre Analyse plus détaillée et construction de sous- arbre 1000 Bootstrap et analyse bayesienne Affiliation phylogénétique approximative 5. Analyse phylogénétique

10 Ciliés Uncult. Marine Alveolate Fungi Radiolaires Choanoflagellés Jakobida Métazoaires Chlorobiontes Cercomonads Haptobiontes Straménopiles Ciliés Uncult. Marine Alveolate Fungi Radiolaires Choanoflagellés Jakobida Métazoaires Dinobiontes Cryptobiontes UPPER HALOCLINE LOWER HALOCLINE

11 Oligohymenophorea Prostomatea Plagiopytea Phyllopharyngea Séquence non assignable à aucune classe connue Spirotrichea Armophorea Litostomatea Karyorelictea Heterotrichea 6 espèces lower halocline 1 espèces upper halocline 1 espèces lower halocline 1 espèces upper halocline 2 espèces lower halocline 1 espèces upper halocline 4 espèces lower halocline 4 espèces upper halocline 2 upper et lower halocline La mer des les Sargasses Lost City Vent lagunes Zones abyssales CILIÉS

12

13 Apicomplexes Gonyaulacales Blastodiniales Prorocentrales Peridiniales Gymnodiniales Non cultivable Alvéolés Groupe II Non cultivable Alvéolés Groupe I Ciliés La mer des Sargasses Côte Atlantique Zone Antarctique Zones abyssales Locéan pacifique Amoebophrya sp. DINOBIONTES

14 Bacillariophyta Hypochytriomycota Labyrinthulidae Oomycota Bicosoecida Blastocystis nominis Stramenopiles marins GroupeIII La mer des Sargasses Côte Atlantique Zone Antarctique Zones abyssales Locéan pacifique STRAMÉNOPILES La Méditerranée

15 CERCOBIONTES Cercomones 2 espèces La mer des Sargasses Lost City Vent Locéan Pacifique Acantharia Polycystinea

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17 Acanthoecidae Choanoflagelle Amoebidium parasiticum Ascomycota Bymenomycetes Urodinomycetes Ustilaginomycetes enivrement non assignable Basidiomycota

18 Haplosporidia Jakobia Mesodinium/ Myrionecta Euglenozoa Heterobosea Microsporidia Diplomonadida Parabasalida Antarctique Groenland Lagunes oligothrophiques La mer des Sargasses

19 cet article donne une possibilité de poursuivre la recherche dans ce domaine. Ils ont trouvé une grande diversité dorganismes Les auteurs ont conclu que la méthode dhybridation in situ est très efficace pour les organismes non cultivables.

20 Beaucoup de séquences sont proches des séquences trouvées dans dautres environnements Diversité entre les communautés des deux couches du gradient Pression sélective (salinité,ammonium)

21 Altsins M., Tese A. et Anderson O. (2000) A survey of flagellate diversity at four deep-sea hydrothermal vents in the Eastern Pacific Ocean using structural and molecular aproches. J Eukaryot Microbiol 47: text online Dicembre 2009 Cavalier-Smith T., Chao E. (2006) Phylogeny and Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts (Kindom Cromista) J of Molecular Evolution 62 : Stock R. (2009) Tecnicas de Hibridación in situ UNAM Mexico Instituto de Biotecnología Impresion UNAM p Aloisi G., Pierre C., Della Vedova B., Corselli C. (2001) Carbon isotope measurements in the Brines of URANIA and LAtalante anoxiic basins, Eastern Mediterranean. Instituto di Biologia del Mare, Venezia, Italia. Archo Oceano Limno 22 :87-90 Edgcomb V., Orsi W., Leslin C., Epstein S., Bunge J., Jeon S., Yakimov M., Behnke A., Stoeck T. (2009) Protistan community patterns within the brine and haloclineof deep hypersaline anoxic basins in the eastern Mediterranean Sea. Extremophiles 13 :151–167 Malinverno E., Gasparoni F., Gerber H.W. and Corselli C. (2006) The exploration of Eastern Mediterranean deep hypersaline anoxic basins with MODUS: a significant example of technology spin-off from the GEOSTAR program. Annals Of Geophysics, Vol. 49, N. 2/3 : MacGregor B.J., Moser D.P., Baker B.J., Alm E.W., Maurer M., Nealson K.H., Sthal D.A. (2001) Seasonal and Spatial Variability in Lake Michigan Sediment Small-Subunit rRNA Concentrations. Appl. Environ. Microbiol Vol 67, No 9 : 3908–3922 REFERENCES


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