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Kahina RAMDANI Master I : Biologie et Ecologie Marine Quantitative Phylogénétique Assessment of Microbiol Communities in Diverse Environments.

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1 Kahina RAMDANI Master I : Biologie et Ecologie Marine Quantitative Phylogénétique Assessment of Microbiol Communities in Diverse Environments

2 2 Les microorganismes jouent un rôle essentiel dans le cycle des éléments nutritifs et interagissent intimement avec de nombreuses espèces. Le but de cette étude est de déterminer lhabitat préféré pour lensemble des clades microbiens. 2 INTRODUCTIONMETHODESRESULTATSCONCLUSIONS

3 3 Cette étude a été faite sur quatre grands ensembles de données hétérogéniques des communautés microbiennes, distinctes et qui sont dérivées denvironnements séparés géographiquement. - Les eaux de surface de locéan - Drainage minier acide - Os de baleine des grands fond - Les terres agricoles 3 INTRODUCTIONMETHODESRESULTATSCONCLUSIONS

4 4 Amplification gène ribosomique (16S et 18S) par PCR et séquençage Extraction PCR Clonage des Séquençage ADN fragments Comparaison séquences Le séquençage de Shotgun des communautés dADN métagénomique (donne un accès non biaisé des organismes non cultivés et aucune étape damplification des PCR nest impliqué. Larbre de référence utilisé est larbre de F D. Ciccarelli, 2006 daprès 31 gènes universels chez les organismes dont le génomes est complètement séquencé. 4 INTRODUCTIONMETHODESRESULTATSCONCLUSIONS

5 5 5 INTRODUCTIONMETHODESRESULTATSCONCLUSIONS Les gènes marqueurs montrent que certaines communautés évoluent plus vite que dautres Proteobacteries est le phylum le plus dominant dans la vie microbienne dans les deux environnements marin et terrestre.

6 6 INTRODUCTIONMETHODESRESULTATSCONCLUSIONS Les organismes qui évoluent relativement vite sont plus répondus dans le milieu marin (Prochlorococci). Dans une grande échelle de temps, observation de remarquables changements de lhabitat préféré. Les organismes qui évoluent plus lentement sont trouvés dans les échantillons des terres agricoles (Gloeobacter). Dans une courte échelle de temps, une stabilité remarquable de lhabitat.

7 7 Protéobactéries Cyanobactérie

8 8 En général, les résultats obtenus n ont pas beaucoup changé, en particulier, parce quil ny a pas eu de commentaires sur la diversité mais des discussions sur les clades entiers et non pas uniquement sur les espèces individuelles. Les taxons microbiens ont un environnement préféré et sélectif. INTRODUCTIONMETHODESRESULTATSCONCLUSIONS

9 9 Larbre obtenu a permis de tracer lhabitat préféré des organismes microbiens à travers le temps et aussi à quelle fréquence les lignées changent leurs environnements préférés.


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