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Initiation à Pubmed Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé Samuel Piret – 17 février 2010.

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1 Initiation à Pubmed Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé Samuel Piret – 17 février 2010

2 Plan de lexposé 1. La base de données Medline 1.1. Vue densemble 1.2. Accès 2. Recherche dans PubMed 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients 2.3. Le MeSH 2.4. Construire une équation de recherche 2.5. Outils PubMed (détails, limites, historique, …) 3. Exploitation des résultats 3.1. Les formats de visualisation 3.2. Envoyer… 3.3. Open access / accès aux articles 3.4. Veille (RSS) 2

3 3 1. La base de données Medline

4 1. Vue densemble de Medline 4 MEDLINE = Medical Literature Analysis and Retrieval System) Système de recherche et d analyse de la littérature médicale Base de données bibliographique commencée en 1949 jusqu à nos jours Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif Contient plus de 19,5 millions de fiches (màj. 08/02/2010) reprenant approximativement périodiques Couvre les sciences de la vie et l information biomédicale Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U.S.

5 1.2. Accès à Medline 5 Accès via interfaces payantes Exemples : ERL WebSpirs, EBSCO, Dialog,… Relativement coûteux et langage de recherche pas toujours évident à maîtriser Politique commerciale douteuse pour certains Accès via interfaces gratuites Exemples : PubMed, Medsum, GoPubMed, eTBLAST, Medscape, Twease Disponible sur nimporte quel ordinateur relié à internet Facilité de recherche PubMed est le plus connu et le plus employé (il reprend dautres bases de données également)

6 6 2. Recherches dans PubMed

7 2.1. Recherche simple dans PubMed 7 Avantages Rapidité Ne nécessite pas de connaissances particulières (intuitivité) Pratique si on sait précisément ce que lon cherche (référence exacte dun article) Inconvénients Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce quon cherche (bibliographie sur un sujet, dun auteur, etc.) Risque derreur facile (mauvaise orthographe, etc.) Peut générer du bruit documentaire ou du silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)

8 Démonstration de recherche simple 8 Exemple : Je recherche larticle « Tobacco Control and Free Speech -- An American Dilemma » de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicine du 13 janvier a) Se rendre sur la page daccueil de PubMed (pubmed.com ou pubmed.org sont des raccourcis) b) Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ; - soit les noms des auteurs ; - soit un mélange des deux (mots du titre et noms dun ou plusieurs auteurs) recherche de type « Google »

9 2.2. Recherche avancée dans PubMed 9 Avantages Permet une recherche très fine, très précise Possibilités de recherche approfondies (bibliographie, etc.) Champs de recherche distincts, clarté des éléments Aide à la saisie (proposant les termes) Passage par le thésaurus MeSH (voir ci-après) Inconvénients Nécessité de connaître les possibilités Nécessité de savoir comment utiliser ces possibilités Est moins intuitive que la recherche simple

10 Démonstration simple de recherche avancée 10 Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis 2000 : Cliquer sur Advanced Search Dans le menu déroulant du Search Builder, choisir le champ Author Entrer le nom de lauteur : Prignot J (il existe une aide à la saisie) Cliquer sur le bouton AND Les termes sajoutent dans le champ supérieur. Dans le Search Builder, choisir le champ Publication Date Entrer les années 2000 à 2010 (ou seulement 2000 ; present est mis par défaut) Cliquer sur le bouton AND Cliquer sur le bouton 6 résultats Tous les champs comportent un qui facilite la recherche (« autorités ») On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce aux opérateurs booléens

11 2.3. Le MeSH 11 MeSH = Medical Subject Headings Thésaurus Mises à jour et corrections régulières Structure hiérarchisée Recherche automatisée facilitée par lemploi des synonymes Plus de descripteurs Plus de entrées Par ordre alphabétique / hiérarchique Traduction en français par lInserm : « MeSH bilingue » ( ) Rem. : Ne fonctionne pas au moment de rédiger ce document Ex : vitamin C renvoie à Ascorbic Acid

12 2.3. Le MeSH (suite) 12 (Topical) Qualifiers / (Topical) Subheadings qualificatifs pour préciser la recherche 83 subheadings Liste 2010 : Exemple : on recherche des informations sur la mortalité de la maladie dAlzheimer en relation avec les effets des médicaments. Recherche dans le MeSH en langage naturel: Alzheimer Alzheimer s disease est le terme retenu Ajout des subheadings mortality et drug therapy 50 résultats

13 2.4. Construire une équation de recherche 13 Méthode « facile » Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT Méthode « expert » Utilisation de crochets pour les qualificatifs de champs Utilisation de guillemets pour les expressions Opérateurs booléens AND, OR et NOT AND = ET (restreint la recherche) OR = OU (élargit la recherche) NOT = SAUF (rejette des termes) Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est lastérique *

14 2.5. Outils de PubMed Le bouton Clear Permet deffacer léquation en cours pour recommencer une nouvelle recherche Le bouton Preview Affiche un aperçu des résultats, pour vérifier la pertinence de la recherche sans perdre le temps daffichage Les limites Permettent daffiner la recherche sur les points suivants : date, type darticle, espèce (humains/animaux), langues, genre, âges, etc.

15 2.5. Outils de PubMed (suite) Lhistorique Affiche toutes les recherches déjà effectuées et leurs résultats. On peut combiner des recherches (pour ne pas devoir recommencer…) ou relancer une recherche déjà effectuée Les détails Affichent un détail de léquation de recherche et les résultats que cette recherche génère. Le bouton « URL » permet denregistrer le lien hypertexte et de le placer dans les favoris, cela peut servir de veille manuelle, en quelque sorte.

16 2.5. Outils de PubMed (suite) Les ressources Mesh Database : consultation du MeSH Journals Database : informations sur les périodiques Single Citation Matcher : trouver les citations dun article Clinical Queries : recherche avancée pour cliniciens Topic-Specific Queries : recherches spécifiques pour cliniciens et chercheurs dans le domaine de la santé

17 17 3. Exploitation des résultats

18 3.1. Les formats de visualisation 18 En anglais « Display Settings ». Ce sont des options daffichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types doptions : oLoLe format oLoLe nombre de résultats par page oLoLe tri

19 3.1. Les formats de visualisation (suite) Les formats Summary : le format par défaut : références de larticle en HTML avec lien vers labstract. Summary (text) : idem que Summary mais au format texte uniquement, sans liens html. Assez rébarbatif… Abstract : idem que Summary, avec labstract et des liens supplémentaires. Abstract (text) : idem que Abstract mais au format texte uniquement, sans liens html. Même remarque… Rem : Les formats texte sont parfois utiles pour lexport vers certains logiciels.

20 3.1. Les formats de visualisation (suite) Les formats (suite) MEDLINE : le format le plus complet, similaire à une fiche au format MARC, avec les codes de champs spécifiques à PubMed. XML : format balisé XML PMID List : simple liste des numéros de référence des articles, au format texte. PMID = PubMed IDentification, qui équivaut au numéro dinventaire de chaque notice.

21 3.1. Les formats de visualisation (suite) Le nombre de résultats par page Vous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher par page : 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats Le tri Recently added : tri par derniers ajouts dans PubMed Pub Date : tri par date de publication First / Last author : tri par premier / dernier auteur Journal : tri par périodique Title : tri par titre

22 3.2. Envoyer les résultats File : en tant que fichier - Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles - Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles - MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet) - XML : fichier balisé en XML - PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (PubMed I.D.) Un tri est possible : chronologique, par date dajout, par auteur, par titre, par périodique.

23 3.2. Envoyer les résultats (suite) Collections Permet de se connecter à un compte MyNCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que lon veut conserver. Lenregistrement à MyNCBI est gratuit. MyNCBI permet aussi la veille (voir ci- après)

24 3.2. Envoyer les résultats (suite) Order Se connecte à la plate-forme LoansomeDoc, afin de commander des articles Clipboard Envoie les résultats vers le presse-papiers de PubMed. Ce Clipboard permet de contenir jusquà 500 items ; cest une sorte de « panier ». Il conserve les références pendant 8 heures maximum.

25 3.2. Envoyer les résultats (suite) Permet denvoyer les résultats par . Idem que pour envoyer par fichier, on peut en outre choisir le nombre de références à envoyer, à partir de laquelle commencer, et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple).

26 3.3. Open Access 26 La plupart des articles ne proposent quun abstract, et le full text est souvent payant. Il existe néanmoins des articles « gratuits » en « open access » ou en « free full text ». Pour ne filtrer que ceux-là : cliquer sur « Free Full Text » en haut à droite de la page de résultats. Si cette option napparaît pas, cest quil ny en a pas…!

27 3.3. Open Access (suite) 27 Un article en open access est TOUJOURS signalé dans la page de résultats par la mention « Free article ». Un clic sur ce lien amène à labstract. Ensuite dans le coin supérieur droit, à côté du « Send to », un lien vers larticle proprement dit est proposé. Un clic redirige vers le site de léditeur ou un site proposant larticle en entier. Il est à noter que ce lien existe aussi pour les articles payants (ou avec abonnement au périodique).

28 3.4. Veille 28 Deux types de veille existent : via inscription par MyNCBI – envoi par automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle. Pour cela, utiliser le lien « Save search » via RSS, par un fichier XML

29 Webographie / sources 29 Bibliographic Service Division : Data, News and Update Information / National Library of Medicine. - NLM, décembre URL : - Consulté le 25 janvier 2010.http://www.nlm.nih.gov/bsd/revup/revup_pub.html#med_update PubMed Tutorial / National Library of Medicine. - NLM, décembre URL : - Consulté le 25 janvier 2010.http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ A la découverte du MeSH Database de Pubmed / Dailland, Françoise ; Kaelblen, Laurent. - Médiathèque de lUniversité Paris Descartes, octobre – URL : - Consulté le 25 janvier 2010.http://mediatheque.parisdescartes.fr/article.php3?id_article=2105 MEDLINE / Wikipedia. – Wikimedia Fundation, Janvier URL : - Consulté le 25 janvier 2010.http://en.wikipedia.org/wiki/MEDLINE PubMed Help / National Library of Medicine. – NLM, février – URL : - Consulté le 16 février Souvenirs personnels du cours de M. Alain Somville (HENaC Malonne)

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