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Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé

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Présentation au sujet: "Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé"— Transcription de la présentation:

1 Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé
Initiation à Pubmed Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé Samuel Piret – 17 février 2010

2 Plan de l’exposé 1. La base de données Medline
1.1. Vue d’ensemble 1.2. Accès 2. Recherche dans PubMed 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients 2.3. Le MeSH 2.4. Construire une équation de recherche 2.5. Outils PubMed (détails, limites, historique, …) 3. Exploitation des résultats 3.1. Les formats de visualisation 3.2. Envoyer… 3.3. Open access / accès aux articles Veille (RSS)

3 1. La base de données Medline

4 1. Vue d’ensemble de Medline
MEDLINE = Medical Literature Analysis and Retrieval System)  Système de recherche et d’analyse de la littérature médicale Base de données bibliographique commencée en jusqu’à nos jours Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif Contient plus de 19,5 millions de fiches (màj. 08/02/2010) reprenant approximativement périodiques Couvre les sciences de la vie et l’information biomédicale Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U.S.

5 1.2. Accès à Medline Accès via interfaces payantes
Exemples : ERL WebSpirs, EBSCO, Dialog,… Relativement coûteux et langage de recherche pas toujours évident à maîtriser Politique commerciale douteuse pour certains Accès via interfaces gratuites Exemples : PubMed, Medsum, GoPubMed, eTBLAST, Medscape, Twease Disponible sur n’importe quel ordinateur relié à internet Facilité de recherche PubMed est le plus connu et le plus employé (il reprend d’autres bases de données également)

6 2. Recherches dans PubMed

7 2.1. Recherche simple dans PubMed
Avantages Rapidité Ne nécessite pas de connaissances particulières (intuitivité) Pratique si on sait précisément ce que l’on cherche (référence exacte d’un article) Inconvénients Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce qu’on cherche (bibliographie sur un sujet, d’un auteur, etc.) Risque d’erreur facile (mauvaise orthographe, etc.) Peut générer du bruit documentaire ou du silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)

8 Démonstration de recherche simple
Exemple : Je recherche l’article «  Tobacco Control and Free Speech -- An American Dilemma » de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicine du 13 janvier 2010. Se rendre sur la page d’accueil de PubMed (pubmed.com ou pubmed.org sont des raccourcis) Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ; - soit les noms des auteurs ; - soit un mélange des deux (mots du titre et noms d’un ou plusieurs auteurs)  recherche de type « Google »

9 2.2. Recherche avancée dans PubMed
Avantages Permet une recherche très fine, très précise Possibilités de recherche approfondies (bibliographie, etc.) Champs de recherche distincts, clarté des éléments Aide à la saisie (proposant les termes) Passage par le thésaurus MeSH (voir ci-après) Inconvénients Nécessité de connaître les possibilités Nécessité de savoir comment utiliser ces possibilités Est moins intuitive que la recherche simple

10 Démonstration simple de recherche avancée
Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis 2000 : Cliquer sur Advanced Search Dans le menu déroulant du Search Builder, choisir le champ Author Entrer le nom de l’auteur : Prignot J (il existe une aide à la saisie) Cliquer sur le bouton AND Les termes s’ajoutent dans le champ supérieur. Dans le Search Builder, choisir le champ Publication Date Entrer les années 2000 à (ou seulement 2000 ; ‘present’ est mis par défaut) Cliquer sur le bouton  6 résultats Tous les champs comportent un qui facilite la recherche (« autorités ») On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce aux opérateurs booléens

11 2.3. Le MeSH MeSH = Medical Subject Headings Thésaurus
Mises à jour et corrections régulières Structure hiérarchisée Recherche automatisée facilitée par l’emploi des synonymes Plus de descripteurs Plus de entrées Par ordre alphabétique / hiérarchique Traduction en français par l’Inserm : « MeSH bilingue » ( ) Rem. : Ne fonctionne pas au moment de rédiger ce document Ex : ‘vitamin C’ renvoie à ‘Ascorbic Acid’

12 2.3. Le MeSH (suite) ‘(Topical) Qualifiers’ / ‘(Topical) Subheadings’
qualificatifs pour préciser la recherche 83 subheadings Liste 2010 : Exemple : on recherche des informations sur la mortalité de la maladie d’Alzheimer en relation avec les effets des médicaments. Recherche dans le MeSH en langage naturel: ‘Alzheimer’  Alzheimer’s disease est le terme retenu Ajout des subheadings ‘mortality’ et ‘drug therapy’ 50 résultats

13 2.4. Construire une équation de recherche
Méthode « facile » Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT Méthode « expert » Utilisation de crochets pour les qualificatifs de champs Utilisation de guillemets pour les expressions Opérateurs booléens AND, OR et NOT AND = ET (restreint la recherche) OR = OU (élargit la recherche) NOT = SAUF (rejette des termes) Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est l’astérique *

14 2.5. Outils de PubMed 2.5.1. Le bouton Clear 2.5.2. Le bouton Preview
Permet d’effacer l’équation en cours pour recommencer une nouvelle recherche Le bouton Preview Affiche un aperçu des résultats, pour vérifier la pertinence de la recherche sans perdre le temps d’affichage. Les limites Permettent d’affiner la recherche sur les points suivants : date, type d’article, espèce (humains/animaux), langues, genre, âges, etc.

15 2.5. Outils de PubMed (suite)
L’historique Affiche toutes les recherches déjà effectuées et leurs résultats. On peut combiner des recherches (pour ne pas devoir recommencer…) ou relancer une recherche déjà effectuée. Les détails Affichent un détail de l’équation de recherche et les résultats que cette recherche génère. Le bouton « URL » permet d’enregistrer le lien hypertexte et de le placer dans les favoris, cela peut servir de veille manuelle, en quelque sorte.

16 2.5. Outils de PubMed (suite)
Les ressources Mesh Database : consultation du MeSH Journals Database : informations sur les périodiques Single Citation Matcher : trouver les citations d’un article Clinical Queries : recherche avancée pour cliniciens Topic-Specific Queries : recherches spécifiques pour cliniciens et chercheurs dans le domaine de la santé

17 3. Exploitation des résultats

18 3.1. Les formats de visualisation
En anglais « Display Settings ». Ce sont des options d’affichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types d’options : Le format Le nombre de résultats par page Le tri

19 3.1. Les formats de visualisation (suite)
Les formats Summary : le format par défaut : références de l’article en HTML avec lien vers l’abstract. Summary (text) : idem que Summary mais au format texte uniquement, sans liens html. Assez rébarbatif… Abstract : idem que Summary, avec l’abstract et des liens supplémentaires. Abstract (text) : idem que Abstract mais au format texte uniquement, sans liens html. Même remarque… Rem : Les formats texte sont parfois utiles pour l’export vers certains logiciels.

20 3.1. Les formats de visualisation (suite)
Les formats (suite) MEDLINE : le format le plus complet, similaire à une fiche au format MARC, avec les codes de champs spécifiques à PubMed. XML : format balisé XML PMID List : simple liste des numéros de référence des articles , au format texte. PMID = PubMed IDentification, qui équivaut au numéro d’inventaire de chaque notice.

21 3.1. Les formats de visualisation (suite)
Le nombre de résultats par page Vous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher par page : 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats Le tri Recently added : tri par derniers ajouts dans PubMed Pub Date : tri par date de publication First / Last author : tri par premier / dernier auteur Journal : tri par périodique Title : tri par titre

22 3.2. Envoyer les résultats File : en tant que fichier - Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles - Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles - MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet) - XML : fichier balisé en XML - PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (PubMed I.D.) Un tri est possible : chronologique, par date d’ajout, par auteur, par titre, par périodique.

23 3.2. Envoyer les résultats (suite)
Collections Permet de se connecter à un compte MyNCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que l’on veut conserver. L’enregistrement à MyNCBI est gratuit. MyNCBI permet aussi la veille (voir ci- après)

24 3.2. Envoyer les résultats (suite)
Order Se connecte à la plate-forme LoansomeDoc, afin de commander des articles Clipboard Envoie les résultats vers le presse-papiers de PubMed. Ce Clipboard permet de contenir jusqu’à 500 items ; c’est une sorte de « panier ». Il conserve les références pendant 8 heures maximum.

25 3.2. Envoyer les résultats (suite)
Permet d’envoyer les résultats par . Idem que pour envoyer par fichier, on peut en outre choisir le nombre de références à envoyer, à partir de laquelle commencer, et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple).

26 3.3. Open Access La plupart des articles ne proposent quun abstract, et le full text est souvent payant. Il existe néanmoins des articles « gratuits » en « open access » ou en « free full text ». Pour ne filtrer que ceux-là : cliquer sur « Free Full Text » en haut à droite de la page de résultats. Si cette option n’apparaît pas, c’est qu’il n’y en a pas…!

27 3.3. Open Access (suite) Un article en open access est TOUJOURS signalé dans la page de résultats par la mention « Free article ». Un clic sur ce lien amène à l’abstract. Ensuite dans le coin supérieur droit, à côté du « Send to », un lien vers l’article proprement dit est proposé. Un clic redirige vers le site de l’éditeur ou un site proposant l’article en entier. Il est à noter que ce lien existe aussi pour les articles payants (ou avec abonnement au périodique).

28 3.4. Veille Deux types de veille existent :
via inscription par MyNCBI – envoi par automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle. Pour cela, utiliser le lien « Save search » via RSS, par un fichier XML

29 Webographie / sources Bibliographic Service Division : Data, News and Update Information / National Library of Medicine. - NLM, décembre URL : Consulté le 25 janvier 2010. PubMed Tutorial / National Library of Medicine. - NLM, décembre URL : Consulté le 25 janvier 2010. A la découverte du MeSH Database de Pubmed / Dailland, Françoise ; Kaelblen, Laurent . - Médiathèque de l’Université Paris Descartes, octobre – URL : - Consulté le 25 janvier 2010. MEDLINE / Wikipedia. – Wikimedia Fundation, Janvier URL : - Consulté le 25 janvier 2010. PubMed Help / National Library of Medicine. – NLM, février – URL : Consulté le 16 février 2010 Souvenirs personnels du cours de M. Alain Somville (HENaC Malonne)

30 Merci de votre attention !


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