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1 Caractérisation génétique des souches de MSM :Clusters de transmission.

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1 1 Caractérisation génétique des souches de MSM :Clusters de transmission

2 2 Sous-étude du projet ANRS 1297 étude des co- et super-infections VIH

3 3 Objectifs du projet ANRS.. Détection de co-infections avec sous-type/CRF différent –Détection des doubles infections avec différents variants du VIH-1 chez des patients dAfrique de lOuest et du Centre-Ouest –Développer une méthodologie simple et sensible pour détecter des doubles infections sur un grand nombre déchantillons

4 4 A B C D F G H J K CRF01-AE U CRF02-AG CRF06-cpx MHA * Hoelscher

5 5 A B C D F G H J K CRF01-AE U CRF02-AG CRF06-cpx MHA * Hoelscher

6 6 * * * A B C D F G H J K CRF01-AE U CRF02-AG CRF06-cpx Nos objectifs MHA Hoelscher

7 7 Zones étudiées en MHA Zone vpuZone gag Zone nef Hoelsher : 5 zones avec 3 sous-types A, C et D Notre étude : Discriminer 11 variants VIH-1 A, BD, C, F, G, H, A3, A-Cameroun, CRF02, CRF06

8 8 Résultats du Sénégal

9 9 Population générale (panel) N = 91 échantillons en gag et vpu, typés avec de bonnes sensibilité et spécificité 5 doubles infectés probables ==> 5,5% –2 pour gag –3 pour vpu –2 A-A3, 1 A-CRF02, 1 A-CFR06, 1 CRF02-C 15 discordants gag/vpu ==> 16,5% recombinants – 2 A/CRF02, 1 A3/CRF02, 4 CRF02/A3, 1 CRF09/CRF02 –1 A3/A, 1 A3/CRF06 – 3 A/U, 1 U/A, –1 C/CRF06

10 10 Performance de la MHA vpu N = 99 échantillons (20 PCD + 79 MSM) –PCD : 90% identifiés 12 CRF02 (60%) 2 A3, 3 CRF02, 1 G –MSM : 79% identifiés 28 C (35%) 18 CRF02 (23%) 1 H, 1 D, 3 B, 3 B/D, 4 G, 5 CRF06 1 cas de double-infection probable (B-CRF06)

11 11 Caractérisation génétique des souches de MSM

12 12 Problématique Sénégal –Prédominance de CRF02_AG Population générale (~80%) FSW (~ ) –Pas de données chez les MSM au Sénégal Epidémiologie moléculaire est souvent différente Clusters de transmission

13 13 Objectifs Caractérisation génétique des souches de MSM sur le gène Protéase-RT –Étudier lépidemiologie moléculaire –Rechercher eventuellement des clusters de transmission –Rechercher les mutations de résistance aux ARV

14 14 Méthodologie 70 MSM VIH-1 ou dual RT-PCR dun fragment de 1850pb –gene protease et 440 AA du gène RT Séquençage direct des produits de PCR purifiés sur ABI 3130 XL

15 15 Méthodologie Analyse phylogénétique –Identification des sous-types et CRF Alignement avec Clustal X et NJplot Simplot et bootscan pour rechercher les recombinants

16 16 Méthodologie Analyse phylogénétique –Analyse des clusters (Guindon S at al. 2003) Analyse phylogénétique en Maximum Likelihood (ML) avec PHYML v replicates Valeur de bootstrap >98% Distance génétique < ou = (longueur de branche)

17 17 Méthodologie Tests de résistance – Determination des mutations majeures et/ou mineures associées à la résistance aux ARV Soumission des séquences à la base de données de Stanford HIV-1 v6.4. Comparaison avec ANRS V et Rega v4.1.7

18 18 Résultats Caractéristiques socio-démographique –Cohorte MSM décrite par Wade AS et al (projet ANRS) –95 % de sénégalais –75% = ans –Célibataire = 90% –École = 80% –Partenaires = Sénégalais, Européens, Africains

19 19 Sérologie VIH HIV-1 HIV-1/HIV Syphilis Positive Negative 7 (10%) 63 HSV-2 IgG Positive Negative 37 (53%) 33 AgHBs Positive Negative 20 (28,6%) 50 PCR N Gonorrhoea Positive Negative 4 (5,7%) 66 PCR C trahomatis Positive Negative 4 (5,7%) 66 Résultats IST majeures

20 20 Analyse phylogénétique 3 sous-types –B (18.6%) –C (40%) –and G (8.6%) 3 CRF –CRF02_AG (25.7%), CRF06_cpx (2.8%) and CRF09_cpx (4.3%).

21 Position des clusters Sous-type cluster 1 cluster 2 cluster 3 B cluster 4 G cluster 5 cluster 6 cluster 7 cluster 8 CRF02 cluster 9 CRF09 cluster 10 cluster 11 cluster 12 cluster 13 cluster 14 cluster 15 C

22 22 L10VK20IRM36IL71V82I Au niveau du gène protease - aucune mutation majeure - Mutations de polymorphisme ++++ Analyse des mutations

23 23 MutationsANRSHIVDBRega 115FY-ABC- 210W+215Dd4T AZT ABC AZT d4T DDI TDF AZT d4T Au niveau du gène RT, pas de mutation majeure - 210W+215D (n=1), résistance intermédiaire aux INRT pour les 3 algorithmes - 115FY (n=1) résistance intermediaire à ABC avec HIVdb Analyse des mutations

24 24 Commentaires MSM = groupe vulnérable avec forte prévalence des IST –53% HSV-2 vs 86% chez TS et 13% Femmes enceintes (enquête nationale 2006) –28% AgHBs vs 17% PvVIH et population générale (JMV, 2008) –5,7% CT/NG (urines) vs 7,1% NG et 4% CT chez les TS vs 0,6% chez leurs partenaires

25 25 Commentaires Grande diversité et apparition dun nouveau profile –Sous-type C est prédominant Transmission +++ (TME) Grace C et coll, 2005 ; Charge virale au niveau des muqueuses +++ Progression vers SIDA (???) Taylor BS et coll, 2008 –Population générale CRF02_AG ( Toure Kane et al 2000 ) –Travailleuses du sexe CRF02_AG et A3 ( Hamel et al 2007 )

26 26 Commentaires 15 différents clusters de transmission –Décrit en UK en 2005 (Pao et coll, 2005) –Identification des chaînes de transmission phylogénétique –Limites: établir les liens phylogénétique entre les individus

27 27 Commentaires Quasi absence de mutation majeure chez MSM non traités –Faible circulation de souches résistantes au Sénégal –ANRS 1257 ( ) et 12134(2007)

28 28 Conclusion Vulnérabilité des MSM Grande diversité génétique et prédominance du sous-type C et risque elevée de transmission Infection par 15 clusters distincts de transmission) souches (Facteurs associées à clusters de transmission ??? Absence de mutations majeures de résistance aux ARV Besoin de renforcer les interventions auprès des MSM

29 29 Equipes participantes Laboratoire Bactériologie-Virologie, CHU A le Dantec, Dakar, Sénégal Laboratoire Bactériologie-Virologie, CHU A le Dantec, Dakar, Sénégal Halimatou Diop-Ndiaye ) Coumba Toure-Kane, Halimatou Diop-Ndiaye, Oumy Diop Diongue, Sada Diallo, Ndeye Aminata Diaw, Papa Moussa Guindo, Souleymane Mboup, Papa Salif Sow (groupe clinique) UMR 145 IRD, Montpellier, France Martine Peeters, Nicole Vidal, Celine Montavon, Eric Delaporte PRESICA, Yaounde, Cameroon Eitel Mpoudi-Ngole Burkina Faso Serge Diabouga, Muraz, BoboBurundi Theodore Nyanboga, CHU, Bujumbura


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