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Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 1/15 SITRANS – Système dinformation Transcriptome pour la plate- forme de la Genopole.

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1 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 1/15 SITRANS – Système dinformation Transcriptome pour la plate- forme de la Genopole Rhône-Alpes Daniel CRISAN

2 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 2/15 Contexte Dessin de la puce Hybridation Analyse des données Préparation des cibles P. Marc – ENS

3 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 3/15 Besoins informatiques Saisie/Consultation des données Bibliothèques de techniques utilisées au cours dune expérience Sauvegarde/importation des fichiers externes (spotter report, images, données brutes, etc.…) Consultation dune banque de gènes/oligonucléotides

4 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 4/15 SITRANS - spécifications Objectif : Suivi des expériences « puces à ADN » –Saisie « Cahier de laboratoire » électronique –Publication Diffusion Web Compatibilité avec le format MIAME –Consultation Valorisation des informations Caractéristiques –Ergonomie –Importation des fichiers externes –Gestion des profils utilisateurs (chercheur, étudiant, visiteur, administrateur)

5 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 5/15 Architecture n-tiers

6 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 6/15 Schéma UML de la Base de Données

7 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 7/15 Les couches applicatives E E EE E E S S S S Servlet

8 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 8/15 La couche présentation

9 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 9/15 La couche présentation

10 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 10/15 La couche présentation

11 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 11/15 Etat davancement Fait –Choix de larchitecture de SITRANS –Conception de la Base de Données –Conception des couches applicatives « Saisie données » En cours –Développement des couches applicatives «Saisie données» (échéance nov. 2003) A faire –Conception et développement des couches applicatives «Consultation données» (échéance fév. 2004) –Tests de SITRANS (échéance mars 2004) –Formation des utilisateurs (échéance mars 2004) –Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004 )

12 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 12/15 Gestion du projet Réunions de projet –Bimensuelles avec léquipe « Informatique » –Mensuelles avec léquipe « Biologie » Site Web : –Documents en accès public : description du projet, description dune expérience « puces à ADN »… –Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de linterface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…

13 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 13/15 Conclusion et perspectives CDD –Finalisation du développement et mise en exploitation de SITRANS Poursuite –Une thèse débute visualisation de données de gros volumes –Un dépôt de projet à l ACI ImpBio :TransParNet schéma commun pour le partage de données du transcriptome et doutils de traitement spécification dune architecture de médiation

14 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 14/15 INSA-Lyon UCBL Pédagogie Ingénieurs Bioinformatique et Modélisation Recherche Bioinformatique du transcriptome SITRANS TransParNet ROSO Design de sondes oligo pour puces à ADN Data Mining données puce et SAGE

15 Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique Rhône-Alpes Genopole 15/15 Biologie des Systèmes et Modélisation Cellulaire BSMC (http://prisma.insa-lyon.fr/bsmc) Problématiques biologiques : - Symbiose et Evolution - Autorenouvellement Cellulaire UMR 203 INRA/INSA, BF2I Biologie Fonctionnelle UMR CNRS/UCBL 5534, CGMC Biologie Cellulaire et Moléculaire UMR CNRS/UCBL/INSA/ECL 5585, MAPLY Mathématiques Appliquées Laboratoire INSA/UCBL/ULL PRISMa Informatique Bioinspirée et Vie Artificielle FRE CNRS/INSA/UCBL/ULL/ECL 2672, LIRIS Systèmes dInformation et Data Mining Outils bioinformatiques et de modélisation : - Puce à ADN (6400 plots) dédiée à Buchnera (DTAMB/ECL) - Base de données SAGE - Identitag - Data mining des données dexpression - Etude qualitative des réseaux : Emergence de la complexité - Modèle RBF-Gene : Evolution structurelle des génomes bactériens - Modèle SMA : Emergence de structures multiprotéiques


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