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Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs Génomique comparative et fonctionnelle.

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1 Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs Génomique comparative et fonctionnelle

2 Equipe bioinformatique du LIRMM 6 Permanents V. Berry (MdC, UM2), L. Bréhelin (CR, CNRS), G. Caraux (Prof Agro Mpl), O. Gascuel (DR CNRS), O. Martin (CR, INRA), E. Rivals (CR, CNRS) 2 Associés A. Jean-Marie (DR, INRIA), G. Mélançon (Prof, UM3) 1 Ingénieur Génopole S. Pinloche, puis F. Le Thiec 8 Doctorants 1 Post-doctorant

3 Equipe bioinformatique du LIRMM Actions –régionales … Génopole Languedoc-Roussillon … –nationales Animation communauté nationale IMPG Lancement de JOBIM (conf. francophone) Responsable de lACI IMPBio –internationales Membre du bureau editorial de Systematic Biology Current Protocols in Bioinformatics Comite de Progr. conférences, revues (ECCB, WABI)

4 Equipe bioinformatique du LIRMM Collaborations –régionales MP Lefranc, J. Buard (IGH, Montpellier) N Galtier (GPIA, Montpellier) E. Douzery (ISEM, Montpellier) P. Jarne (CEFE, Montpellier) L. Journot (CCIPE, Montpellier) –nationales … –internationales M. Hendy (Massey Univ., NZ) G. Weiner (Australian National University, AU) R. Desper (NCBI, USA) F. Major (Univ. de Montreal, CA) S. Rahmann, M. Vingron (Max Planck Institute, GER)

5 Equipe bioinformatique du LIRMM Publications –Discrete Applied Mathematics –Combinatorics, Probability and Computing –Lecture Notes in Computer Science (2 articles) –Journal of Computational Biology (2 articles) –Bioinformatics –Systematic Biology –Proteomics –Molecular Biology and Evolution (3 articles)

6 Equipe bioinformatique du LIRMM Valorisation sur le portail web –DTscore recontruction darbres de duplication –FastME reconstruction phylogénétique –GAME inférence phylogénétique, estima° de gamma –MSAlign alignement de cartes de minisatellites –STAR recherche de répétitions de motifs –PermutMatrix visualisation de données dexpression –PHYML reconstruction phylogénétique

7 Equipe bioinformatique du LIRMM PermutMatrix –Analyse exploratoire d'un tableau de données dexpression qui incorpore la sériation –Seriation optimale avec ou sans structure arborée. –Reprend lapproche de Eisen mais avec réorganisation optimale des feuilles de larbre de classification. –Applications : série temporelle, cycle cellulaire

8 Equipe bioinformatique du LIRMM

9 PermutMatrix –article soumis à Bioinformatics –implication de S. Pinloche –www.lirmm.fr/~caraux/PermutMatrix/ –nombreux retours positifs Equipe bioinformatique du LIRMM

10 PHYML –Reconstruction phylogénétique avec maximum de vraisemblance (meilleures méthodes) –Modèles de substitution varies NucléotidesJC69,K2P,F81,F84, HKY, TN93, GTR Acides aminésDayhoff, JTT, mtREV –Aussi précis que fastDNAml, beaucoup + rapide Equipe bioinformatique du LIRMM

11 PHYML Précision topologique NJ DNAPARS FastME fastDNAml PHYML Equipe bioinformatique du LIRMM

12 PHYML Temps de calcul 40 taxa 500 bp 100 taxa 500 bp 218 taxa 4,182 bp 500 taxa 1,428 bp DNADIST+NJ0.3s2.3s50s2min15s DNAPARS0.5s6s4min13min15s MetaPIGA21s3min30s4h45min9h fastDNAml1min15s26min30s…… PHYML2.7s12s8min15s12min Equipe bioinformatique du LIRMM

13 PHYML –article paru dans Systematic Biology début Oct. –implication de F. Le Thiec –www.lirmm.fr/~guindon/phyml.html –1100 visites : France, Etats-Unis, Nouvelle-Zélande, Allemagne, Norvège, Canada, Autriche, Royaume- Uni, Suisse, Belgique, Chine…


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