La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Thierry de Meeûs Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165 Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Thierry de Meeûs Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165 Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les."— Transcription de la présentation:

1 Thierry de Meeûs Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165 Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les Systèmes Symbiotiques Centre IRD de Montpellier 911 Avenue d'Agropolis, B.P Montpellier Cedex 5, France. Tel (33) Secrétariat (33) Fax (33)

2 Organismes Clonaux

3

4 Reproduction asexuée chez les parasites Maladies infectieuses dans le vivant Clonalité chez les agents infectieux eukaryotes *Parasites à cycle de vie complexe -Clonalité instantanée -Plusieurs cycles de clonalité *Parasites à cycles simples Etudier les populations naturelles *Parasites à cycle de vie complexe -Clonalité instantanée -Plusieurs cycles de clonalité *Parasites à cycles simples Eukaryotes (environs sp, dont 1/3 de parasites)

5 Lignée verte (0.014) Eucaryotes (0.27) Opisthochontes (0.32) Lignée brune (Chromista) (0.042) Alvéobiontes (0.41) Parabasaliens (Trichomonadines) (1) Métamonadines (1) Mycétozoaires (Myxomycétes) (0) Actinopodes (0) Foraminifères (0.0001) Euglénobiontes (Euglenozoa) (0.37) Cryptophytes (0.005) Rhizopodes (0.044) Percolozoaires 20-3 (0.15) Chlorarachniophytes 7-4 (0.57) Testaceafilosea (0) Giardia Naegleria fowleri

6 Parasites trouvés chez lhomme Pratiquant la clonalité~130 spSans clonalité~25 sp

7 *Parasites à cycles complexes -Clonalité instantanée Quelques champignons Myxozoaires Trematoda Quelques cestodes Some Microsporidia Gyrodactylus (Monogenea) ~10000 sp? Clonalité chez les eukaryotes parasites

8 *Parasites à cycles complexes -Plusieurs cycles de clonalité Saprolegna Opalina Beaucoup de champignons Entomophthorales (Zygomycota) Cordyceps (Ascomycota) La pluspart des Sporozoaires ~20000 sp?

9 *Parasites à cycles simples: c lonalité non cyclique Parabasalia (Trichomonadina) Giardia lamblia Metamonadina Trichomonas vaginalis Entamoeba histolytica Rhizopoda Naegleria fowleri Percolozoa Ballantidium coli Haplosporidium sp Alveolata Ciliata Sporozoa Leishmania sp Trypanozoma sp Kinetoplastida Euglenozoa Quelques Microsporidies Candida albicans Deuteromycota (Ascomycota) Myceta ~30000 sp?

10 E.g. Parasites clonaux des humains~130 sp Clonalité instantanée ~ 15 sp Plusieurs cycles ~ 6 sp Non cyclique ~109 sp

11 Epidémiologie moléculaire des clones diploïdes => Génétiques des populations structurées clonales et diploïdes

12

13 Clonalité: c Sexualité: 1-c Taille des dèmes N 10, 50, 100, 1000 Nombre de dèmes n 10, 50, 100, 1000 m 0, 0.001, 0.01, 0.1 c 0, 0.5, 0.8, 0.9, 0.95, 0.99, 0.999, 1 Cycles simples

14 Les F-Statistics de Wright F is l F is F st F it

15 Clonality Standard error of F is N=50, n=50, m=0.1, u= % clonalPanmixie

16 r D = poly(SexRate, 2) + poly(Mig, 2) + poly(PopSize, 2) R² = 0.47 R GGD = poly(SexRate, 2) + poly(PopSize, 2) + poly(Mig, 2) R² = 0.46

17 F is 0 Loci C=[ ], Nm grand + R GGD, r D, G F is 0 Loci C=1, Nm petit F st 0.5 F is 0 Loci C=[ ], Nm petit F st >>0.5 F is 0 Loci C=1, Nm grand F st <<0.5 Effet Wahlund et allèles nuls à éviter!

18 Clones structurés en nombreux dèmes F st =-F is /(1-F is ); F it =0

19 Migrants m1 1-m1 N m1 1-m1 N m1 1-m1 N m1 1-m1 N m1 1-m1 N m1 1-m1 N m1 1-m1 N m1 1-m1 N m1 1-m1 N Migrants m2 1-m2 N m2 1-m2 N m2 1-m2 N m2 1-m2 N m2 1-m2 N m2 1-m2 N m2 1-m2 N m2 1-m2 N m2 1-m2 N Zygotes issus de croisements sexués Propagules asexués m2m2 m1m1 Cycles complexes Clonalité instantanée

20 Cycles complexes Plusieurs cycles de clonalité

21 Epidemiologie moléculaire des parasites clonaux * Cycles complexes - Clonalité instantanée Oeufs produits sexuellement Cercaires clonales Le trématode Schistosoma mansoni en Guadeloupe avec 7 microsatellites

22 F is mâle F st Le trématode Schistosoma mansoni en Guadeloupe

23 F is mâle F st

24 Plasmodium falciparum au Kenya 7 microsatellites 1 50µm 100µm 3 2 O Clones haploïdes Diploïdes Sexués Hermaphrodites - Plusieurs cycles de clonalité * Cycles complexes

25 L1L2L3L4L5L6L7All Loci F IT F IS F ST F IS F ST L1L2L3L4L5L6L7All Loci F IS L1L2L3L4L5L6L7All Loci F ST Plasmodium falciparum au Kenya N e_P. falciparum 2N infected mosquitoes s0.25

26 * Parasites à cycles simples Candida albicans à Abidjan (Côte dIvoire) 42 Patients HIV+, 41 SIDA 19 patientes 23 patients J0 Traitement anti-fungique J15 Rechute de 13 patients F Patient 0.5 (P<0.001) F Sex 0.08 (P<0.02) F J0-J (P<0.001) 14 loci enzymatiques F is =-0.66 F is =-0.97

27 Candida albicans à Abidjan (Côte dIvoire) Les 7 loci enzymatiques "sans" allèles nuls Clones structurés en nombreux dèmes F st =-F is /(1-F is ) Nm=0.09 Nm=0.01 The best case

28 Structuration de Candida albicans chez des patients HIV + de Côte d'Ivoire

29 Candida albicans à Abidjan (Côte dIvoire) Goudets technique of pooling samples

30 Parasites eukaryotes De Meeûs T. and Renaud F Trends in Parasitology 18: Schistosoma mansoni en Guadeloupe et génétique des populations des cycles complexes Prugnolle F. et al Molecular Ecology 11: Prugnolle F. et al Molecular Ecology 13: Prugnolle F. et al International Journal for Parasitology 35: Prugnolle F. et al Molecular Ecology 14: Plasmodium falciparum au Kenya Razakandranaibe F.G. et al Proceedings of the National Academy of Sciences USA 102: Candida albicans à Abidjan et génétique des populations à cycle simple Nebavi F. et al Proceedings of the National Academy of Sciences USA 103: Balloux F. et al Genetics 164: De Meeûs T. and Balloux F Infection, Genetics and Evolution 4: De Meeûs T. and Balloux F Molecular Ecology 14: De Meeûs T. et al Infection, Genetics and Evolution 6: Mark Welsh D. and Meselson M Science 288: Effet Meselson

31 Remerciements Francisco Ayala François Balloux Sébastien Bertout Patrick Durand Jacob Koella Laurent Lehmann Michèle Mallié François Nébavi Fabien Razakandranaibe Jean-Pierre Pointier Franck Prugnolle François Renaud François Rousset André Théron


Télécharger ppt "Thierry de Meeûs Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses (GEMI) UMR CNRS/IRD 2724, UR IRD 165 Equipe Structure Génétique et Adaptations dans les."

Présentations similaires


Annonces Google