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Cours 6. VII. Exemples réels publiés 1. Génétique des populations d'Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse B. burgdorferi Borrelia valaisiana.

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1 Cours 6

2 VII. Exemples réels publiés

3 1. Génétique des populations d'Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse B. burgdorferi Borrelia valaisiana B. garinii B. afzelii B. Spielmanii

4 IR8IR25IR27IR32IR39All f ( F is estimator) Déficits en hétérozygotes

5 Distribution sexe spécifique du polymorphisme B. burgdorferi B. valaisiana B. garinii B. afzelii Biais de dispersion sexe spécifique des tiques

6 Détection des Borrelia dans les tiques Pour Borrelia burgdorferi P= FM Sex of the tick Prévalence of B. burgdorferi ss

7 Pour Borrelia afzelii SainesInfectées Détection des borrélies dans les tiques SainesInfectées

8 2. Candida albicans à Abidjan (Côte d'Ivoire) 42 Patients SIDA 19 femmes 23 hommes F Patient 0.5 (P<0.001) F Sex 0.08 (P<0.02) 14 loci enzymatiques F is =-0.66 F is =-0.97

9 Clones structurés en de nombreux dèmes

10 Structuration de Candida albicans chez des patients HIV + de Côte d'Ivoire Nm=0.09Nm=0.01

11 Conclusions

12 Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé -Echantillonner des individus de la même cohorte -Equilibrer le mieux possible les tailles des sous-échantillons -Au moins 20 individus par échantillons est souhaitable, et pas moins de 5 - Au moins 5 sous-échantillons mais plutôt 10 -Tenir compte de tous les facteurs susceptibles d'avoir un rôle (autant que faire se peut) et noter les coordonnées GPS

13 t1t1+x Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé -Echantillonnages des mêmes sites espacés dans le temps en tenant compte du temps de génération (au moins une génération entre deux échantillons temporels)

14 Le choix des marqueurs est capital - Diploïde - Codominants - Autosomiques - Pas moins de 5, c'est mieux - Microsatellites dinucléotidiques (non codants) représentent en principe le meilleur rapport qualité/prix - SNPs beaucoup plus chers, deux allèles, pas forcément non-codant, méthode d'isolement biaisante - RFLP chers et gourmands en ADN - MLST chers et matériel codant - Pas d'allèles nuls - Pas de dropout d'allèles - Pas de stuttering - Pas de dominance d'allèles courts - Ne jamais laisser un F IS >0 inexpliqué - Vérifier la constance d'un signal d'un locus à l'autre - Ne jamais hésiter à laisser de côté quelques loci outliers Les marqueurs (ou organismes) haploïdes ne donnent pas accès à la structure locale (pas d'hétérozygotie)

15 Le cas des haploïdes Bactériophage Dengue Grippe HIV Mosaïque du tabac Ebola Virus Escherichia coli Borrelia Salmonella Vibrio cholerae Helicobacter pilori Bactéries Plasmodium Dinophysis Gregarina Eucaryotes haploïdes (Alvéolaires) Taenia solium Diploïdes homozygotes

16 Le cas des haploïdes Virus Séquence complète Peu ou pas de zones non codantes Bactéries Séquence complète, séquences, microsatellites Peu ou pas de zones non codantes Eucaryotes haploïdes ou ultra consanguins (homozygotes) AAAF ST Structure, BAPS, AFC, ACP...

17 Le choix des analyses - Privilégier les analyses multi-locus plus puissantes et plus faciles à interpréter (une seule valeur, une seule P-value) - Se débarrasser des déséquilibres de liaison en 1 er - Analyser la structure locale ensuite mais après s'être assuré à quel niveau se situe la plus petite unité démographique (ppud) - Analyser la différenciation aux différents niveau possibles - N'utiliser les tests de différentiation par paire que s'il n'existe pas d'autre solution mais le faire alors de façon planifiée (ne comparer que les paires de ppud pertinentes) pour éviter la perte de puissance liée aux corrections de seuil (Bonferroni) - Ne pas pooler des ppud hétérogènes: il existe des méthodes qui utilisent les individus (isolement par la distance entre individus) - Bien se demander quel est le risque le plus grave dans la décision statistique prise au final: H 0 ou H 1 - Bien se demander ce que signifient biologiquement H 0 et H 1 Ne jamais hésiter à demander conseil aux personnes compétentes dans un domaine ou l'autre: Ils sont payés pour ça

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