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BIOS – – 2009.11.26 Un environnement de développement et de production de web-services BioMOBY Sébastien Carrere.

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1 BIOS – – Un environnement de développement et de production de web-services BioMOBY Sébastien Carrere

2 BIOS – – BioMOBY ? But: fournir des ressources bioinformatiques (données, programmes) via le web Comment: Des spécifications pour la description des services, la gestion des erreurs, limplémentation de services asynchrones Une API multi-langages (Perl / JAVA / Python) Un annuaire pour faciliter la découverte Un protocole de communication basé sur une ontologie Types de services DataTypes (typage métier des entrées / sorties)

3 BIOS – – DataType BioMOBY Spécification des entrées spécialisation du service Un service pouvant manipuler un fichier FASTA (ex: squizz), peut manipuler un fichier FASTA proteique Un service analysant une proteine (ex: blastp) ne peut pas traiter une sequence nucleique Spécification des sorties limitation des chaînages

4 BIOS – – Architecture BioMOBY PublierChercher Invoquer Annuaire Fournisseur Service Descriptions (RDF) Service Description (RDF) Service (fonction) WDSL, UDDI WSDL, UDDI Client

5 BIOS – – Un LIPM on peut toujours utiliser ces programmes en ligne de commande on peut les encapsuler via d'autres technologies (CGI, Mobyle) Un web-service est l'encapsulation d'un programme déjà existant Ce programme manipule des fichiers Pourquoi PlayMOBY ? Déployer de nouveaux web-services Automatiquement pour des programmes existants (et maintenus !) pour les futurs programmes Pourquoi Mobyle Utiliser un format pivot pour la description Experience.acd EMBOSS Profiter des programmes déjà décrits

6 BIOS – – PlayMOBY : les 3 étapes 1. Génération d'un fichier de description Mobyle XML Appli.pm: un module pour générer ces fichiers XML 2. Génération du web-service à partir de la description XML 3. Enregistrement et tests

7 BIOS – – PlayMOBY :Appli.pm PlayMOBY : Appli.pm Pourquoi ? Avoir une description du programme embarquée Restituer la description sous différents formats Mobyle Usage ? ACD ? Comment ? Structures Perl de description embarquées Dictionnaire BioMOBY Mobyle

8 BIOS – – Interopérabilité

9 BIOS – – BIOS: Service Oriented Architecture in Bioinformatics dedicated to RNA-Seq External tools: tools developped by other teams (almost EMBOSS) iANT: tools for sequence annotation HeliaGene: a bioinformatics portal for Helianthus sp. genomics LEGOO: a bioinformatics gateway towards integrative legume biology Narcisse: a mirror view of conserved syntenies collaboration with Thomas Faraut - Laboratoire de Génétique Cellulaire Transparence Réseau de confiance & QoS (i)

10 BIOS – – Réseau de confiance & QoS (ii) Test fonctionnels par défaut.... ou plus sophistiqués Rapport compatible QBios F. Moreews, C. Caron et al. (définit dans Projet RENABI BioWorkFlow)http://gforge.inria.fr/projects/qbios/

11 BIOS – – Réseau de confiance & QoS (iv) Surveillance des ressources hardware NAGIOS Redondance des services (redirection « intelligente »)


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