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SWEAVE – R MARKDOWN Diane Beldame - Margot Brard - Alexia Cariou - Thomas Cloatre – Camille Lautret - Marie Le Lay - Cécile Natchez Exposé projet R octobre.

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1 SWEAVE – R MARKDOWN Diane Beldame - Margot Brard - Alexia Cariou - Thomas Cloatre – Camille Lautret - Marie Le Lay - Cécile Natchez Exposé projet R octobre 2013

2 Objectif : créer des rapports dynamiques qui peuvent être mis à jour automatiquement si les données ou l'analyse changent Au lieu d'insérer un graphique préfabriqué ou une table dans le rapport, le document maître contient le code R nécessaire pour l'obtenir Lorsqu'il est exécuté par R, toutes les sorties de l'analyse des données (tableaux, graphiques, etc) sont insérées dans un document final Document final = PDF Sweave Document final = Page HTML R Markdown 2 Introduction

3 Sommaire Partie 1 : Sweave I. Présentation de Latex II. Présentation de R Sweave III. Utilisation de R Sweave IV. Discussion et limites Partie 2 : R Markdown I. Présentation de R Markdown II. Installation de R Markdown III. Utilisation de R Markdown IV. Exemple dutilisation V. Présentation de la fonction Pandoc VI. Critique & points forts 3

4 PARTIE I : SWEAVE

5 1. Présentation de Latex 5

6 Methode privilégiée décriture de documents scientifiques et techniques Intérêt : mise en forme automatique selon des paramètres prédéfini ou configurés utilisateurs Passer du temps sur le fond plutôt que sur la forme Langage et format largement reconnu et utilisé dans les sciences 6 Utilisation de R Sweave Présentation de R Sweave Présentation de Latex Discussion et limites 1. Intérêts de Latex

7 Proche du HTML dans le sens quil fonctionne avec des balises Personnalisable à souhait avec des packages Libre donc possibilité de créer et distribuer son propre package Exemple : \documentclass{article} \begin{document} Je lis actuellement un script en LaTeX et je me demande bien comment ce charabia peut produire des documents PDF digne de ce nom \end{document} 7 Utilisation de R Sweave Présentation de R Sweave Présentation de Latex Discussion et limites 2. Comment sécrit Latex ?

8 \documentclass[a4paper]{article} \usepackage{Sweave} \begin{document} \title{Exemple d'utilisation de Sweave} \maketitle \section{Exemple} Voici un exemple simple: bonjour \end{document} 8 Utilisation de R Sweave Présentation de R Sweave Présentation de Latex Discussion et limites 2. Comment sécrit Latex ?

9 un éditeur : bloc-note peut faire laffaire, Sinon Notepad++ (éditeur multi-langage dont R et Latex) par exemple une distribution Latex (Miktex, TeXLive, proTex...en fonction de lOS) un lecteur de postscripts et pdf (Ghostscript, Ghostview, Adobe Reader…) Comment ces outils sarticulent ? la compilation : cest létape qui transforme le code en résultat escompté les sorties sont de 3 natures (expliciter) 9 Utilisation de R Sweave Présentation de R Sweave Présentation de Latex Discussion et limites 3. Installation classique Latex

10 2. Présentation de Sweave dans R 10

11 Créer un rapport Latex (extension.tex) Changer lextension.tex en.Rnw exemple : monrapport.tex => monrapport.Rnw Ecrire la structure du rapport ou de larticle Lorsquon a besoin de faire appel à R (lignes de codes, sorties graphiques etc..), on utilise les balises (=chunks) suivantes : >= (début du (fin du chunk) Dans R, on exécute Sweave(monrapport.Rnw) (le fichier doit être dans le répertoire courant) Cette instruction rend un fichier intitulé monrapport.tex dans le répertoire courant Compiler le fichier monrapport.tex pour obtenir le.pdf (ou.ps ou.dvi) 11 Utilisation de R Sweave Présentation de R Sweave Présentation de Latex Discussion et limites 1. Mode opératoire

12 echo = TRUE/FALSE : on duplique la ligne de code utilisée dans R, cest comme si elle était executée dans le rapport, on a un écho de la commande (TRUE par défaut) fig = TRUE/FALSE : on trace les graphiques produits par la commande R (par défaut FALSE) label=... : on peut donner un nom à chaque chunk eval = TRUE/FALSE : on run le chunk (par défaut TRUE). FALSE équivaut à un copier/coller du code en quelque sorte pdf=TRUE/FALSE : on crée un pdf de la figure dans le répertoire courant. Son nom est celui du label sil existe (par défaut FALSE) 12 Utilisation de R Sweave Présentation de R Sweave Présentation de Latex Discussion et limites 2. Quelques options des chunks

13 3. Utilisation de Sweave dans R Studio 13

14 4. Discussion et limites 14

15 Apprentissage du langage Latex indispensable : investissement nécessaire Etape de compilation nest pas instantanée, on ne peut pas voir instantanément ce que lon code ( pas de WYSIWYG, what you see is what you get comme sur Word ou OOWriter) Difficulté dutiliser Sweave dans R ou dans R cmdr 15 Utilisation de R Sweave Présentation de Rsweave Présentation de Latex Discussion et limites

16 PARTIE II : R MARKDOWN

17 1. Présentation de R Markdown 17

18 Package de R qui permet de créer de manière simplifiée des pages web reproductibles à partir de R. Utilise un langage simple dans lequel sont insérées des parties de code R. Sur la page web, on peut mettre : Code R Résultat de lexécution Graphiques Images Formules … 18 Présentation de R Markdown Utilisation de R Markdown Installation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

19 Dans notre dossier on obtient : Un fichier.rmd : fichier où lon met en forme le contenu de la page web. Un fichier.md : fichier généré à lexécution du fichier.rmd qui permet de compiler le code R et de le traduire pour pouvoir ensuite générer la page html. Un fichier.html : page web créée. 19 Présentation de R Markdown Utilisation de R Markdown Installation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

20 2. Installation de R Markdown 20

21 Installer le package knitr (version 0.5 ou version postérieure). Charger le package knitr Via R Studio Présentation de R Markdown Utilisation de R Markdown Installation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

22 Avec la dernière version de R. Installer puis charger le package markdown. Charger le package Rcmdr. Charger le package knitr. La fenêtre Rmarkdown se trouve à côté de la fenêtre Rcmdr : Via Rcmdr Présentation de R Markdown Utilisation de R Markdown Installation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

23 3. Utilisation de R Markdown 23 Sommaire

24 Changer la taille selon le titre : utiliser le signe dièse # # Titre I ## Titre II ### Titre III Ecrire en italique : *astérisque simple accolé* Ecrire en gras : **double astérisque**. Créer une liste : utiliser "l'astérisque" - *( mettre un espace entre astérisque et le texte qui suit) Créer des liens hypertexte : utiliser le point d'exclamation, les crochets et les parenthèses dans l'ordre suivant : ![texte sur lequel faire porter le lien](adresse http du lien suivi éventuellement du "titre") 24 Utilisation de R Markdown 1. Ecriture dans R Markdown Installation de R Markdown Présentation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

25 25 Utilisation de R Markdown 1. Ecriture dans R Markdown Installation de R Markdown Présentation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts Mettre de la couleur dans le texte : utiliser les balises texte à colorer : (fb4141 est le code pour la couleur rouge) Mettre des équations : encadrer léquation par $$ équation $$ $$ y_i = \alpha + \beta x_i + e_i $$ Mettre des tableaux

26 Pour créer un nouveau fichier R Markdown :. Un nouveau fichier se crée avec le modèle par défaut pour guider lutilisateur. Enregistrement du fichier en appuyant sur Knit HTML car le fichier doit porter un nom pour être transformer en un format.html. 26 Utilisation de R Markdown 2. Via R Studio Installation de R Markdown Présentation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

27 Majorité des fonctions nécessaires pour travailler avec R Markdown barre doutil de R Studio : Quick Reference : cliquer sur le bouton MD pour ouvrir le guide Markdown. Knit HTML : cliquer sur knit pour enregistrer le document et voir en HTML la page HTML générée. Run : lancer la ligne de code sélectionnée dans la console R. Chunks : founit une aide pour insérer et lancer correctement des morceaux de code R dans le document HTML : 27 Utilisation de R Markdown 2. Via R Studio Installation de R Markdown Présentation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

28 Intégration de morceaux de code R : intégration de morceaux de code R en utilisant la syntaxe Markdown natif : Nécessaire dinsérer des chunks (avec des arguments) Ajouter echo=FALSE dans le chunk pour les affichages non souhaités dans la page HTML Ajouter eval=FALSE dans le chunk pour que le code R ne soit pas appliqué 28 Utilisation de R Markdown 2. Via R Studio Installation de R Markdown Présentation de R Markdown ````{r} chunkLabel # Code R ```` Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

29 Saisir le code dans la fenêtre « Script R » de Rcmdr. Le soumettre copie automatique du code R dans la fenêtre R Markdown en langage R Markdown (cest-à-dire avec les chunks). Ajouter echo=FALSE dans le chunk pour les affichages non souhaités dans la page HTML. Ajouter eval=FALSE dans le chunk pour que le code R ne soit pas appliqué. Cliquer sur « Générer un rapport HTML ». 29 Utilisation de R Markdown 3. Via Rcmdr Installation de R Markdown Présentation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

30 4. Exemple dutilisation 30

31 5. Présentation de la fonction Pandoc 31

32 Fonction pandoc() (package knitr) Convertir des documents Markdown en formats : Latex/pdf Html Word (odt, docx). Minimiser lappel en ligne de commande en enveloppant ces commandes dans un fichier de configuration ou des configurations intégrées. Utilisation : 1. Installation de Pandoc à partir du site : ou à partir de la fonction installr, puis de la ligne de commande install.pandoc() 2. Chargement de la librairie knitr 32 Utilisation de R Markdown Installation de R Markdown Présentation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

33 6. Critique & points forts 33

34 R Markdown : package très pratique pour la présentation de résultats Avantage : modification des pages html générées automatique R Studio plus complet que Rcmdr Mais mieux de commencer par Rcmdr car plus intuitif Difficulté dutilisation de la fonction pandoc : possibilité de télécharger la fonction mais pas de lutiliser. 34 Utilisation de R Markdown Installation de R Markdown Présentation de R Markdown Exemple dutilisation Présentation de Pandoc Critique & Points forts

35 Sweave et R Markdown permettent de créer des documents reproductibles Insertion de code R Mais paraissent difficiles à utiliser aux premiers abords Nombreuses aides disponibles sur internet 35 Conclusion

36 Références Partie R Markdown : Jean-Daniel Bonjour (2013), « Élaboration et conversion de documents avec Markdown et Pandoc », disponible sur le site internet consulté le 28/09/2013 Sophie Lamarre (juillet 2013), « Présentation R Markdown », disponible sur le site internet consulté le 30/09/2013 R Studio Inc (2013), « R Markdown », disponible sur le site internet consulté le 20/09/2013 R Studio Inc (2013), « Using R Markdown with R Studio », disponible sur le site internet consulté le 20/09/2013 Yihuie Xie (2013), « Knitr - Elegant, flexible and fast dynamic report generation with R », disponible sur le site internet consulté le 21/09/

37 Références Partie Sweave : Brigitte Schaeffer (2011), « Introduire du code et des sorties R dans un document LaTeX avec Sweave », disponible sur le site internet consulté le 02/10/2013 J.R. Lobry (2009), « Comment rédiger un rapport avec la commande Sweave() de R », disponible sur le site internet consulté le 03/10/2013 Nicola Sartori, « Sweave = R · LATEX² », disponible sur le site internet consulté le 30/09/2013 Openclassrooms (2013), « Tutoriel Latex », disponible sur le site internet avec-latex consulté le 28/09/


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