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Samuel Ralambondrainy.

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Présentation au sujet: "Samuel Ralambondrainy."— Transcription de la présentation:

1 Samuel Ralambondrainy

2 Acquisition des données 4 VIEW - Signal Surface Reconstruction 3D Analyse Affichage Mesures

3 Camera CCD intensifiée Objet à imager Chambre noire

4 4 vues de lanimal: dorsale, ventrale et les 2 côtés. Compatible en bioluminescence et fluorescence Acquisition en temps réel du signal Enregistrement simultané des 4 vues Image de lensemble de lanimal 4 vues de lanimal: dorsale, ventrale et les 2 côtés. Compatible en bioluminescence et fluorescence Acquisition en temps réel du signal Enregistrement simultané des 4 vues Image de lensemble de lanimal Signal Reconstruction automatique par suivi dun point lumineux sur la surface Surface

5 Retrouver lemplacement en profondeur lorigine du signal de bioluminescence Objectif 4 vues du signal de bioluminescence: dorsale, ventrale et les 2 côtés. Maillage surfacique de lanimal Maillage tétraédrique de lanimal 4 vues du signal de bioluminescence: dorsale, ventrale et les 2 côtés. Maillage surfacique de lanimal Maillage tétraédrique de lanimal Données

6 Projection des 4 vues du signal sur le maillage surfacique. Reconstruction des sources grâce à léquation de diffusion de la lumière Projection des 4 vues du signal sur le maillage surfacique. Reconstruction des sources grâce à léquation de diffusion de la lumière Méthode

7 4 View Maillage Sources

8

9 Affichage superposé de 2 volumes. (Viewer.SetOverlay) 2 valeurs disosurfaces distinctes 2 valeurs de transparence différentes 2 contextes daffichages différents (LUT, min, max) Extraction automatique des 3 plans de références (Visilib.IpPlaneExtract) axial sagittal coronal Navigation au sein des piles de coupes Affichage superposé de 2 volumes. (Viewer.SetOverlay) 2 valeurs disosurfaces distinctes 2 valeurs de transparence différentes 2 contextes daffichages différents (LUT, min, max) Extraction automatique des 3 plans de références (Visilib.IpPlaneExtract) axial sagittal coronal Navigation au sein des piles de coupes Affichage

10 Affichage : coupe oblique

11 Mesure Méthode danalyse Utilisation dun volume supplémentaire de type LABEL pour les ROIs. Méthode danalyse Utilisation dun volume supplémentaire de type LABEL pour les ROIs.

12 Mesure Cas des ROI géométriques. ROI DESIGN Geometrical 2D ROI projection definition ROI EXTRUSION 3D ROI volumic representation ROI MEASUREMENT 3D ROI stack of projections

13 Mesure Cas des ROI « baguette magique ». ROI INITIALIZE Magic wand 2D threshold on a projection ROI PROPAGATION Threshold propagation 3D representation ROI MEASUREMENT 3D ROI stack of projections

14 Mesure Utilisation des 2 volumes Signal (type float) et ROI (type label). Extraction des plans des 2 volumes utilisation de la macro : I_analyze Récupération dun objet de type Analyse Affichage des mesures : Data.GetInfoField, Data.GetFieldArray Utilisation des 2 volumes Signal (type float) et ROI (type label). Extraction des plans des 2 volumes utilisation de la macro : I_analyze Récupération dun objet de type Analyse Affichage des mesures : Data.GetInfoField, Data.GetFieldArray

15 Mesure

16 Amélioration de la reconstrucion par lutilisation dun atlas de souris Fusion avec dautres modalitées du type CT ou IRM pour récuperer des informations anatomques based on DIGIMOUSE, a 3D mouse atlas B. Dogdas, D. Stout, A. Chatziioannou, and R. M. Leahy, "Digimouse: A 3D Whole Body Mouse Atlas from CT and Cryosection Data." Phys Med Biol Feb 7; 52 (3):

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19 Merci!


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