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UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: infections respiratoires communautaires ED n° 3.

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1 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise à jour le: infections respiratoires communautaires ED n° 3

2 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Rhinite Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite Pneumonie Bronchiolite Pré-requis 1-Définitions Bronchite aigüe: inflammation de la muqueuse bronchique sans atteinte parenchymateuse BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): inflammation chronique des bronches. Les exacerbations peuvent être dorigine bactérienne et aggraver la BPCO Bronchiolite: infection des bronchioles Pneumonie: infection du parenchyme pulmonaire dévolution aiguë

3 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Rhinite Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite Pneumonie Bronchiolite Pré-requis 2 – rappels anatomo-cliniques Voies aériennes supérieures: flore abondante variable selon lâge et le terrain. Bactéries commensales (potentiellement pathogènes) : strepto a, Neisseria spp., Corynebacterium spp., Haemophilus spp., Staphylococcus spp.… parfois Streptococcus pneumoniae (commensale des voies aériennes supérieures (5- 10% de portage chez ladulte, 20-40% chez lenfant), Haemophilus influenzae Voies aériennes inférieures: Bronches et alvéoles pulmonaires normalement stériles –Défenses mécaniques: toux, cils –Défense humorale : IgA, lysozyme –Défense cellulaire: macrophages, polynucléaires…

4 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Pré-requis 3 – épidémiologie/classification Bronchite aigüe: –10 millions de cas/ an –le plus souvent virale et contexte épidémique –Diagnostic uniquement clinique –Guérison spontanée –Pas dantibiotique Exacerbations de BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): –2 millions de cas par an –Diagnostic difficile –Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2 –Infection bactérienne probable si crachats purulents Bronchiolite: nourrisson, virale

5 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Pré-requis 3 – Epidémiologie/classification Pneumonie aigüe: – et cas par an –Le diagnostic repose sur des critères: cliniques: toux, dyspnée, douleur thoracique, expectorations, fièvre, râles crépitants radiologiques: image lobaire, infiltrat interstitiel… Microbiologiques –Critères de gravité à évaluer: âge, comorbidités, signes vitaux…

6 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Diagnostic microbiologique dune pneumonie Un homme de 70 ans, éthylo- tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C dapparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à lauscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire

7 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 1 - Quelles sont les principales étiologies des pneumonies communautaires ? pathogènes donnant souvent une pneumopathie franche lobaire aigüe souvent limitées à un seul lobe : –Streptococcus pneumoniae +++ (= pneumocoque) (50%) –Haemophilus influenzae –S. aureus pathogènes donnant souvent une pneumopathie interstitielle constituée dopacités diffuses : –Dans ce cas, les étiologies virales prédominent. –bactéries de culture difficile dont: Mycoplasma pneumoniae Tableau mixte: –Legionella pneumophila (10%)

8 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Aucun bilan microbiologique si faibles critères de gravité But de la culture bactérienne: Identifier la ou les bactéries en cause parmi la flore Étude de la sensibilité de la bactérie isolée aux antibiotiques Type de prélèvement: Variable selon limportance clinique, le contexte (ambulatoire, intubation, immunodépression) Transport rapide au laboratoire (germes fragiles et prolifération des bactéries commensales) Avant toute antibiothérapie

9 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? A- Prélèvements respiratoires: Examen Cytobactériologique des expectorations (ECBC): –Matin au réveil, rinçage bucco-dentaire, après effort de toux si besoin aide dun kiné Aspiration endo-trachéale (AT) (chez patient souvent intubé): –Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par sonde dintubation Prélèvement des sécrétions respiratoires basses –Prélèvement Distal Protégé (PDP) et Brossage (BDP) Brosse de nylon placée à lintérieur dun double cathéter (sous fibroscopie) –Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA) Injection et ré-aspiration de sérum physiologique (100 à 200 ml) sous fibroscopie contaminé par la flore oropharyngée

10 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Cytologie: bonne qualité du prélèvement (ECBC, AT) si : <10 Cellules épithéliales/ champ >25 Polynucléairesneutrophiles/champ nombre de cellules, formule, % de cellules infectées (LBA) Gram: présence de germes (description) Gélose au sang hémolysé (« gélose chocolat ») + vitamines dilutions appropriées dénombrement des bactéries Examen microscopique: prélèvement Mise en culture : Gélose au sang Incubation à 37°C

11 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Résultat des cultures (J1), significatif si pathogène: 10 7 UFC/ml (ECBC) 10 5 CFU/ml (Aspiration endo-trachéale) 10 3 CFU/ml (Prélèvement Distal Protégé) 10 4 CFU/ml (Lavage Broncho-Alvéolaire) Antibiogramme J2 techniques invasives non systématiques

12 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? B- Autres prélèvements Hémocultures si signes de gravité rarement positives ( Positives dans 30% des pneumopathies à pneumocoques) Recherche dAntigène solubles (urines): Méthode immuno- chomatographique, Facile à réaliser et rapide –Pneumocoque Détecte les Ag polyosidiques du Pneumocoque. Très spécifique Sensibilité variable (Ag +: portage des < 3 ans, BPCO, excrétion prolongée après infection) –Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas spécificité ++ PCR multiplex (dans certains laboratoires): virus + Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia. pneumoniae

13 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 4- Quelles sont les spécificités du pneumocoque ? Diplocoque à gram positif Genre Streptococcus, capsule polyosidique producteur de pneumolysine: colonies α-hémolytiques (halot vert) (autres streptocoques commensaux: optochine résistants) Résistance aux antibiotiques -Sensibilité naturelle à la pénicilline et aux céphalosporines. Depuis quelques années mutation des PLP : pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP), variable en fonction de lâge (60% chez lenfant) Détection par disque doxacilline et/ou CMI à la penicillineG, amoxicilline et cefotaxime. Traitement par Amoxicilline 3 g/j Très nombreux sérotypes différents (vaccination)

14 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Diagnostic bactériologique dune pneumopathie à Mycoplasme pneumoniae Mycoplasme pneumoniae (bactéries sans paroi) –Adhésion aux cellules respiratoires –Culture longue et difficile Diagnostic microbiologique: –Sérologie : IgG, IgM (séroconversion) –PCR à partir de prélèvement nasopharyngé ou respiratoire Résistance naturelles aux bétalactamines Antibiotiques actifs sont ceux avec bonne pénétration cellulaire : cyclines, macrolides, fluoroquinolones

15 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Diagnostic microbiologique dune legionellose (Legionella pneumophila) bacilles à Gram négatif, origine hydrotellurique Contamination par aérosols deau contaminée Diagnostic: –Recherche dantigène urinaire Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas –Culture de prélèvement respiratoire sur milieu spécialisé –Croissance lente (3 à 10 jours) Déclaration obligatoire (Enquête épidémiologique) Résistance naturelle aux bétalactamines Traitement: macrolides ou fluoroquinolones (bonne pénetration intracellulaire) Préciser sur la feuille de demande la recherche de Legionella +++ Aspect en verre fritté

16 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Démarche de prise en charge globale dune pneumonie Le diagnostic repose dabord sur la clinique et limagerie! Place du diagnostic microbiologique variable: –PAC sans hospitalisation: pas de prélèvement –Pneumonie avec hospitalisation: hémocultures + plts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella +/-Ag pneumo Traitement : Fonction de la sévérité, du terrain, de la bactérie… Principes de base: –Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement –Réévaluation à 48h –Adaptation de lantibiothérapie à la bactérie retrouvée et antibiogramme

17 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux La coqueluche Bactérie responsable : Bordetella pertussis ou accessoirement parapertussis Très contagieuse Infection bactérienne localisée à larbre bronchique –Incubation 2-3 semaines –toux persistante de plus de 7 jours par quinte (« champ du coq ») –peut être sévère chez nourrisson, femmes enceintes, sujets agés (surinfections pulmonaires)

18 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux La coqueluche: physiopathologie 1.Colonisation du tractus bronchique par des adhésines 2.Production de toxines éliminations des cellules ciliées accumulation de mucus et réaction inflammatoire

19 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux La coqueluche Diagnostic clinique +++ Confirmation diagnostique: partir dune aspiration ou écouvillonage nasopharyngé –1 ère semaine de toux: culture (difficile, milieux spécifiques): cocco-BGN –dans les trois premières semaines de toux PCR –Sérologie : 3 semaines après la toux Traitement: macrolides Prévention: –Vaccination des enfants et adultes non vaccinés –Rappel tous les 10 ans

20 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Evaluez-vous Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C dapparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à lauscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire Quel diagnostic doit-on évoquer ? –Pneumopathie à Pneumocoque Comment prouver cette hypothèse ? –ECBC, Antigénurie pneumocoque Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? – Legionella pneumophila, Haemophilus influenzae Quel traitement mettez-vous en place si votre hypothèse diagnostique se confirme Amoxicilline 3g/j

21 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Diagnostic microbiologique dune pneumopathie Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde létat général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois Radio de thorax = présence dune opacité dans lapex gauche mal systématisée

22 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 1) Quel diagnostic évoquez-vous ? Votre suspicion de tuberculose est forte devant : Terrain : –homme jeune, étranger (pays à forte endémie) –conditions socio-économiques difficiles Clinique : –la fièvre prolongée –sueurs nocturnes –amaigrissement –symptomatologie pulmonaire toux +++ –résistance aux antibiotiques classiques Radiologie : opacité dans apex gauche

23 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Taux dincidence de la tuberculose dans le monde WHO2011

24 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Incidence, morbidité et mortalité liées à la tuberculose, France métropolitaine,

25 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mycobactéries atypiques (environnement): Mycobacterium complexe tuberculosis (Bacille de Koch) : Genre Mycobacterium M. tuberculosis M. africanum (patient africain) M. bovis (bovidés) homme (aliments, lait cru ou contact) M. bovis BCG (Bacille de Calmette et Guérin)= souche vaccinale atténuée non virulente Mycobacterium Leprae Bacille de Hansen Ordre : Actinomycétales 2) Quel est la bactérie responsable de la tuberculose ? – Mycobacterium avium (SIDA, hémopathies..) – Mycobacterium xenopi – Mycobacterium marinum (aquariophilie..)...

26 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux - Isolement respiratoire du patient - Chambre seule, porte fermée, pression négative - Port de masque FFP2 obligatoire pour toute personne entrant dans la chambre Transmission de la tuberculose est inter-humaine tuberculeux contact Lésion de tuberculose pulmonaire goutelettes 3) Comment le patient sest infecté ? Vous décidez de lhospitaliser quelles mesures prenez-vous ? tuberculose pulmonaire = seule forme contagieuse

27 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 4) Quel est la physiopathologie de la maladie et le pouvoir pathogène de la bactérie? Virulence = Capacité de résister à la phagocytose et se multiplier dans les macrophages Inhalation du bacille tuberculeux puis implantation dans l'alvéole pulmonaire phagocytose par macrophage transformation en cellule épithélioïde formation dun granulome à cellules épithélioïdes centré par de la nécrose caséeuse = lésion primaire à partir de la lésion primaire : soit guérit spontanément soit sétend avec nécrose tissulaire et formation dune caverne = riche en bacille+++ Très contagieux Parfois, dissémination par les vaisseaux lymphatiques ou sanguins vers dautres organes : rein, méninge, os (mal de pott) ganglion…

28 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Maladie = 10% Infection (virage IDR) Infection latente 5% (dans les 2 ans) 5% (réactivation) 95% Décès en labsence de traitement Sujet Contact dun tuberculeux Contamination aérienne Tuberculose infection et tuberculose-maladie

29 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? 1/ Diagnostic d une tuberculose pulmonaire ( 73% des formes cliniques en France) : JO Prélèvement classique : 3 crachats sensibilité +++ expectorations ! pas de salive le matin à jeun, après rinçage de la bouche après effort de toux +++ au moins 5 ml Attention si mal prélevé = faux négatif Autres : à faire si classique est négatif 3 tubages le matin, à jeun, dès le réveil si négatifs prélèvements invasifs : –prélèvement respiratoire sous fibroscopie (LBA et/ou AB) –Et 3 crachats post fibroscopie

30 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? Pour les tuberculoses Extra-pulmonaires (26% des cas de tuberculose en France): Recherche peut être effectuée selon localisation dans : -Liquides de ponction (LCR, liquide pleural, articulaire) -Biopsies : ganglion, osseuses, cutanés, -Moelle osseuse, Sang (immunodéprimé) - Urines (3 BK urines)

31 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0? Travail sous poste de sécurité microbiologique de niveau 3 pour la manipulation du bacille de la Tuberculose 1/ Examen microscopique - après coloration de Ziehl-Neelsen -ou coloration à lauramine (fluorescence) Les prélèvements non stériles sont décontaminés pour éliminer la flore commensale. non spécifique de la tuberculose et + si: - complexe M. tuberculosis, Mycobactéries non tuberculeuses - Nocardia, Rhodococcus, Actinomycetes Recherche de BAAR Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants peu sensible : positif seulement chez 50% des tuberculoses pulmonaires

32 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Paroi riche en acides mycoliques : non colorée par le GRAM Résiste aux agents chimiques 5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0?

33 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Présence de Bacilles Acido-Alcoolo Résistants (BAAR) dans une expectoration Coloration à lauramine Microscope à fluorescence x 100 Coloration de Ziehl-Neelsen Microscope optique X 100

34 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mise en culture des prélèvements croissance très très lente, aérobie, milieux spécifiques, 37° C Milieux solides en tube : Milieu de Löwenstein-Jensen et Milieu de Coletsos culture + dès 3 semaines à 1 mois négatif en 3 mois Surveillance de la culture est non automatisée Milieux liquides : -MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube) par exemple Surveillance de la culture est continue et automatisée - Les cultures sont rendues négatives au bout de 6 semaines -Les cultures peuvent être positives en 12 Jours en moyenne (cas des prélèvements positifs à lexamen direct)

35 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 7) Quels résultats attendez-vous pour confirmer votre diagnostic ? Culture positive - Milieu solide + en 3s à 1 mois : aspect rugueux des colonies : sèches, eugoniques - Milieu liquide + en 10 à 12 jours en moyenne Coloration de Ziehl Présence de BAAR Identification du M. tuberculosis complex par recherche dantigène MPT64 spécifique ou par PCR

36 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 8) Quels vont être les antibiotiques testés ? Antibiotiques différents des antibactériens classiques Une caverne contient environ 10 8 bacilles et environ 10 2 à 10 3 germes sont demblée résistants à un antibiotique il existe des mutants R naturels au sein de la population lantibiotique ne tuera pas toute la population, il faut donc au moins 2, 3 voire 4 ATB pour tuer tous les bacilles et éviter lapparition de résistance secondaire Un antibiotique sera considéré comme efficace lorsqu'il laisse le plus faibles taux de mutants préexistants demblée. 5 antituberculeux majeurs testés (*= utilisés en pratique clinique): isoniazide* Rifampicine* Ethambutol* Pyrazinamide* streptomycine InhSmRif Emb Control

37 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux D. Hilleman et al., J Clin Microbiol, PCR hybridation Détection de la résistance à 2 anti- tuberculeux majeurs: – Rifampicine (mutation dans le gène rpoB) – Isoniazide (mutation gènes katG et inhA) Détection moléculaire de la résistance aux anti- tuberculeux chez les mycobactéries du complexe tuberculosis

38 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 9) Quel sera le traitement et le suivi ? Déclaration obligatoire Isolement : malade contagieux Précautions : Masque FFP2 ( pour les soignants, visiteurs) Masque chirurgical anti-projection ( pour le patient lors de visites ou déplacements) - Traitement classique de la tuberculose maladie : isoniazide + rifampicine + éthambutol + pyrazinamide Quadrithérapie antituberculeuse 2 mois relais 4 mois bithérapie - Suivi : contrôle 3 BK crachats 3 semaines après la mise sous traitement antituberculeux si - levée de isolement.

39 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Evaluez vous (1) Quel diagnostic évoquez vous en priorité ? –Tuberculose pumonaire : origine africaine, conditions socio-économiques modestes, AEG Comment le confirmer ? –mise en évidence de BAAR à lexamen direct des expectorations en coloration de Ziehl-Nielsen ou Auramine, identifié comme étant Mycobacterium tuberculosis en culture –Ou uniquement culture positive à M. tuberculosis ( avec un examen direct négatif) : fréquent Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde létat général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois Radio de thorax = présence dune opacité dans lapex gauche mal systématisée

40 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Evaluez vous (2) Vous décidez dhospitaliser votre patient, quelles mesures prénez vous ? Quand pouvez-vous lever ces mesures? –Isolement en chambre seule, masque de type FFP2 pour toute personne entrant dans la pièce –Durée mal codifiée, classiquement 2/3 semaines de traitement efficace si patient bacillifère initialement (expectorations de contrôle). –Déclaration obligatoire Quel traitement débutez-vous? –INH+RIF+ ETH+ PZA 2 mois puis INH + RIF 4 mois suivants Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde létat général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois Radio de thorax = présence dune opacité dans lapex gauche mal systématisée

41 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre dapparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. Létat du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie. Quel diagnostic doit-on évoquer ? Comment prouver cette hypothèse ? Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?

42 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie. Quelle est létiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ? Comment prouver cette hypothèse ? Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?

43 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Infections virales respiratoires Virus influenza Virus respiratoire syncytial (VRS) Virus parainfluenza (PIV) Metapneumovirus (hMPV) Rhinovirus/Entérovirus/Paréchovirus Coronavirus Adénovirus Bocavirus humain Polyomavirus KI WU Mais aussi virus Herpesviridae (HSV1, CMV, HHV-6, VZV) - Rougeole Rhinite Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite Pneumonie

44 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Associations Virus-symptômes Rhinite Rhino, Corona Influenza, VRS, PIV, Adv, Entéro, hMPV Pharyngite Rhino, Adv, VRS, Influenza A et B Epstein-Barr virus Laryngite PIV Influenza, VRS, Adv, BronchiteRhino, VRS, PIV Influenza, VRS, Adv, hMPV, Corona Bronchiolite VRS, hMPV Influenza, Adv, Rhino, Corona, Entéro Pneumonie Influenza, Adv PIV, VRS, hMPV Syndrome grippalInfluenza Tous Diagnostic étiologique clinique difficile Etiologie et symptomatologie variables également en fonction de Epidémiologie (saison, région) Population (enfant, adulte) Co-morbidité (maladie respiratoire ( asthme, BPCO) – Immunodépression)

45 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Symptomatologie grippe Fièvre > 38°C Début brutal Asthénie Myalgies Frissons Céphalées Toux Rhinite Expectoration Pharyngite Otite Troubles digestifs > < 20 Syndrome grippal = grippe ou autres virus Grippe sans syndrme grippal possible %

46 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Surveillance épdidémiologique Réseau Sentinelles –Surveillance clinique Fièvre brutale > 39°C, myalgies, signes respiratoires –1300 médecins généralistes libéraux volontaires Réseau GROG – Groupes Régionaux dObservation de la Grippe –Surveillance virologique – Prélèvements (écouvillon nasopharyngé) et tests de détection unitaire (immunochromatographie) par des médecins généralistes et pédiatres

47 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Réseau Sentinelles Semaine Syndromes grippaux Nb de cas / habitants

48 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Semaine GROG – France Métropole Analyse régionale

49 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Indications diagnostiques Formes graves ou chez les personnes à risque Grippe (recommandations du COREB) Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologique Bronchiolite à VRS du nourrisson Pneumonies virales de limmunodéprimé Adapter le traitement anti-infectieux Mise en œuvre de mesures disolement Infection respiratoire communautaire bégnine = pas de diagnostic virologique

50 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Méthodes de prélèvement Sécrétions nasales Lieu de réplication initiale des virus respiratoires –Aspiration nasopharyngée (+/- lavage ) Plus difficile chez ladulte (moins de sécrétions – charges virales plus faibles) –Ecouvillonnage nasopharyngé + simple à réaliser que laspiration mais recueil dune quantité de cellules plus faible –Qualité du prélèvement +++ formation du personnel aux pvts Eventuellement Sécrétions trachéobronchqiues Lavage bronchoalvéolaire Prélèvements non recommandés – Expectorations – Crachats – Ecouvillonage buccal ou pharyngé Virus = parasite intra- cellulaire

51 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Méthodes de prélèvement Aspiration nasopharyngée Prélèvement riche en cellules Mise en œuvre +/- difficile Difficultés extraction des acides nucléiques Prétraitement / Protéinase délai Tractus respiratoire supérieur

52 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Ecouvillonnage nasopharyngé Qualité du pvt – Virus intracellulaire Mise en œuvre facile et rapide - possible au cabinet médical Extraction des acides nucléiques + facile Tractus respiratoire supérieur Sensibilité / aspiration nasopharyngée ? Qualité du pvt +++ Ecouvillon spécifique ++++ (nylon floqué) Méthodes de prélèvement

53 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Jérôme Le Goff

54 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Techniques rapides Biologie moléculaire Cultures cellulaires ? Sérologie Diagnostic virologique Examens

55 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Grippe A/B Résultats ~ 15 min Tests rapides unitaires Immunochromatographie VRS Sensibilité variable en fonction des tests Attention aux nouveaux variants Moins sensible que la biologie moléculaire Autres virus ?

56 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Ac monoclonaux virus respiratoires « usuels » Influenza A Influenza B Para-influenza 1-3 Adénovirus VRS Métapneumovirus ± Rougeole Tests rapides Immunofluorescence Résultats < 3H

57 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Biologie moléculaire PCR temps réel ciblée ou duplex - Influenza A/B, VRS, Parainfluenza, Adénovirus, hMPV, Rhinovirus/ Entérovirus, Coronavirus, Bocavirus - HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6 (LBA – Idpé) - Rougeole PCR multiplex 20 pathogènes en 1 ou 2 réactions –Délai technique 1H30 – 9H –Développement de systèmes totalement intégrés –(extraction, amplification, détection, interprétation) –Coût des techniques multiplex euros

58 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Diagnostic intégré Diagnostic intégré Genexpert – Diagnostic de la grippe Réactifs Echantillon Extraction + Amplification = 1H15

59 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux RT-PCR multiplex unitaire permettant la détection simultanée de 18 virus et de 3 bactéries Diagnostic intégré Diagnostic intégré Biofire FilmArray – Diagnostic tous virus respiratoires Résultats en 75 minutes

60 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Evaluez-vous Quels sont les examens virologiques utiles au diagnostic de la grippe humaine saisonnière? A.Sérologie B.Western-blot C.Test rapide par immunofluorescence, sur aspiration naso-pharyngée D.Test rapide sur bandelette, sur aspiration naso- pharyngée E.PCR ciblée sur le gène de la neuraminidase, sur aspiration naso-pharyngée

61 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Evaluez-vous Quel prélèvement permet le diagnostic virologique d'une bronchiolite du nourrisson ? A.Prélèvement nasopharyngé B.Prélèvement sanguin C.Prélèvement d'urine D.Prélèvement de selles E.Prélèvement de LCR

62 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre dapparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. Létat du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie. Quel diagnostic doit-on évoquer ? –Grippe (Influenza) Comment prouver cette hypothèse ? –Aspi Nasopharyngée – Ecouvillon endonasal – IF - PCR Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? –Autres virus respiratoires – infection bactérienne

63 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie. Quelle est létiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ? –VRS Comment prouver cette hypothèse ? –Aspi Nasopharyngée – IF - PCR Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? –Autres virus hMPV, Rhino


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