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Epistasis is a fundamental component of genetic architecture of prolificacy in pigs. Lepistasie est une composante fondamentale de larchitecture génétique.

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Présentation au sujet: "Epistasis is a fundamental component of genetic architecture of prolificacy in pigs. Lepistasie est une composante fondamentale de larchitecture génétique."— Transcription de la présentation:

1 Epistasis is a fundamental component of genetic architecture of prolificacy in pigs. Lepistasie est une composante fondamentale de larchitecture génétique de la prolificité chez les porcs Garcia Diego Pellecuer Marie-Agnès Roucaute Camilla ULG 2006/2007

2 OBJECTIF DE LA RECHERCHE Démontrer que lepistasie contribue de façon majeure à la variabilité phénotypique de la prolificité chez les porcs.

3 Comment y parvenir… de quoi a-t-on besoin, quels outils statistiques va-t-on utiliser?

4 MATERIEL UTILISE 2 races de porcs: Différence significative au niveau de la prolificité meishan ibérique NBA: Nombre de porcelets nés vivants

5 Croisements réalisés: 3 verrats ibériques (QQ) x 18 truies meishan (qq) 8 verrats F1 x 97 truies F1 (Qq) 255 truies F2 (QQ) (Qq) (qq) 881 porcelets nés vivants

6 F0, F1, F2 génotypés pour 117 marqueurs. 109 microsatellites, 8 SNP (single nucleotid polymorphisms) QTL: Locus à effet quantitatif Modèles mathématiques pour analyses statistiques.

7 ANALYSES STATISTIQUES - Analyse 1: cartographie QTL à 1 dimension pour déterminer les QTL influençant le caractère NBA par un test-F comparant les modèles suivants; Y ijk = H i + u j + p j + c a a + c d d + e ijk (1) Y ijk = H i + u j + p j + e ijk

8 Y ijk = H i + u j + p j + c a a + c d d + e ijk Y ijk = observation ijk pour le NBA H i = i-ème effet année-saison u j = effet polygénique du j-ème individu p j = effet de lenvironnement permanent sur le j-ème individu c a = p(QQ)- p(qq) c d = p(Qq) e ijk = résidu a et d = effets dadditivité et de dominance du QTL Yijk = Hi + uj + pj + eijk

9 Tableau 1: simple QTL significatif pour le NBA ChromosomePosition (cM) FP-valeura (se)d (se) ,94<0,01-0,71 (0,18) 0,69 (0,25) ,92<0,010,73 (0,19) -0,82 (0,29) 12787,71<0,050,82 (0,22) 0,73 (0,39) G=A+D

10 - Analyse 2 : analyse à 2 QTL Modèle 1 : sans épistasie (pas dinteraction entre les 2 QTL) Y ijk = H i + u j + p j + c a1 a 1 + c d1 d 1 + c a2 a 2 + c d2 d 2 + e ijk (2) a 1, d 1: effets dadditivité et de dominance du QTL1 a 2, d 2 : effets dadditivité et de dominance du QTL2

11 Modèle 2 : avec épistasie (avec interaction entre les 2 QTL) Y ijk = H i + u j + p j + c a1 a 1 + c d1 d 1 + c a2 a 2 + c d2 d 2 + c axa I axa + c axd I axd + c dxa I dxa + c dxd I dxd + e ijk (3) I axa, I axd, I dxa, I dxd : effets d interactions épistatiques c axa, c axd, c dxa, c dxd : coeff. de régression

12 Chromo. 1 Position 1Chromo. 2 Position 2FP-valeurType dépistasieValeur génotypique <0,01axd dxd 1,43 (0,4) 2,67 (0,7) <0,01axd dxd 2,59 (0,6) 3,34 (0,9) <0,01axa dxa dxd -1,22(0,3) -1,68(0,5) -1,96 (0,7) <0,01dxa dxd -1,27 (0,4) -2,43 (0,6) <0,01axa dxd 0,66 (0,3) -2,66 (0,6) <0,01axa axd -0,96 (0,3) 1,85 (0,5) <0,05axa axd dxa 0,85 (0,3) 1,14 (0,4) -1,05 (0,4) <0,05axd dxd -1,45 (0,4) -2,57 (0,7) <0,05axa axd -1,08 (0,2) 0,74 (0,4) Tableau 2 :

13 CONCLUSION Effet significatif de lépistasie sur la prolificité. G=A+D+I Grande difficulté didentification des gènes influents la prolificité, et dapplication pratique dans la sélection des porcs.

14 DISCUSSION Croisements comme alternative à la sélection saturée. Sélection possible sur base des interactions épistatiques?

15 Diego Marie Camilla Vous remercient !!!!!


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