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Développement de la carte génétique du chêne Directeur de thèse: C. Plomion Co-directrice: C. Bodénès Jérôme Durand Université de Bordeaux 1.

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1 Développement de la carte génétique du chêne Directeur de thèse: C. Plomion Co-directrice: C. Bodénès Jérôme Durand Université de Bordeaux 1

2 Sommaire Introduction –Le chêne –La cartographie génétique Matériel et méthodes –Les microsatellites –Ressources disponibles Résultats Conclusion perspectives

3 Importance économique Statut taxonomique: les Fagacées Pourquoi étudier le chêne?

4 Valeur écologique Espèce modèle pour étudier ladaptation

5 Question posée à la recherche Savoir si les arbres plantés aujourdhui seront adaptés aux conditions de demain Changements climatiques brutaux à léchelle dune ou plusieurs générations

6 Le chêne 12 chromosomes12 chromosomes DiploïdeDiploïde Temps de génération longTemps de génération long

7 Stratégie Sélectionner des caractères adaptatifs Etude pour ces caractères: –Physiologie –Variabilité –Héritabilité –Corrélations Développement dune carte génétique Support nécessaire à la compréhension du fonctionnement moléculaire de ces caractères

8 Quest ce que la cartographie génétique ? En géographie: –Des régions –Des villes –Des villages –Des routes En génétique: –Des espèces –Des chromosomes –Des marqueurs

9 Cartographie chez le chêne: un peu dhistoire Composé de marqueurs dominants: –Peu reproductibles –Pas de transfert vers des espèces génétiquement proches Première estimation de la taille du génome du chêne Développement de quelques microsatellites Transférabilité de marqueurs vers le châtaigner Bonne conservation dans lordonnancement de ces marqueurs

10 Sommaire Introduction –Le chêne –La cartographie génétique Matériel et méthodes –Les microsatellites –Ressources disponibles Résultats Conclusion perspectives

11 Pourquoi développer des microsatellites ? Succession de ces bases Séquence dADN Marqueurs développés a partir de séquence dADN

12 Quest quun microsatellite ? Individu AIndividu B PCR Révélation par électrophorèse AB = répétition de motifs (ex: TA) TA

13 Ressources disponibles séquences Q. petraea 42,000 séquences Q. robur 60,000 séquences Feuilles Bourgeons Racines Xylem 5 pédigrés 3PA4 x 304 descendants

14 Sommaire Introduction –Le chêne –La cartographie génétique Matériel et méthodes –Les microsatellites –Ressources disponibles Résultats Conclusion et perspectives

15 Recherche et développement des microsatellites 36% 37% 64% 63% Pas amplification Amplification Polymorphe Monomorphe 650 marqueurs testés 251 marqueurs génotypés Marqueur polymorphe Marqueur Monomorphe 3PA4 3PA4 Descendants

16 Utilisation de logiciel de cartographie Joinmap 4.0 –Ordonne les marqueurs en fonction des bandes observées dans la descendance 3PA4 Descendants lllm M3 M2 M1 Microsatellite

17 251 microsatellites génotypés sur 46 descendants Groupe 1Groupe 2Groupe 3Groupe 5Groupe 6Groupe Groupe 7Groupe 8Groupe Groupe 10Groupe Groupe En moyenne 15 SSR / chromosome

18 Screening en vue de la cartographie comparée Taux de polymorphisme observé avec les même marqueurs polymorphisme observé chez le châtaigner polymorphes 58% monomorphes 42% polymorphisme observé chez le hêtre polymorphes 34% monomorphes 66%

19 Sommaire Introduction –Le chêne –La cartographie génétique Matériel et méthodes –Les microsatellites –Ressources disponibles Résultats Conclusion et perspectives

20 Conclusion 250 marqueurs microsatellites développés et cartographiés chez le chêne pédonculé 15 marqueurs en moyenne par chromosome Taux de polymorphisme chez le hêtre et le châtaigner intéressants

21 Perspectives Cartographie comparée chez des espèces génétiquement proches du chêne hêtre châtaigner chêne Famille: les FagacéesGenre: Quercus Chêne pédonculé Chêne sessile

22 Remerciements E Chancerel C Bodénès C Plomion JM Frigerio C Cabané J Salse Partenaires Evoltree


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