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1 Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Chapitre 5: Les grands groupes bactériens.

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1 1 Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Chapitre 5: Les grands groupes bactériens Chapitre 5: Les grands groupes bactériens Cours de bactériologie 3ème candidature Cours de bactériologie 3ème candidature

2 2 Les grands groupes bactériens Plan général du chapitre  Taxonomie  Nomenclature  Systématique des bactéries d’intérêt médical  Taxonomie  Nomenclature  Systématique des bactéries d’intérêt médical

3 3 Les grands groupes bactériens Critères historiques de classification morphologie: protozoaires, bactéries coloration: Gram, Ziehl-Neelsen, Giemsa, Köster biochimie: biotypage (= galerie biochimique) moléculaires:- chaînes métaboliques - enzymes respiratoires - membrane externe - paroi - génétique: ADN et ARNr  Taxonomie

4 4 Les grands groupes bactériens espèce: ≥ 70 % d’homologie des chromosomes ΔTm entre les chromosomes homologues et hybrides ≤ 5°C ! critères phénotypiques simples ! (E.) coli et (S.) enterica genre, famille: membrane, paroi, enzymes,… Escherichia et Salmonella, Enterobacteriaceae ordre, classe: séquences des ARNr Enterobactériales, Gammaproteobactéries embranchement (= phylum), série, division, règne, domaine: critères supérieurs: morphologie, structure, … Protéobactéries, (série), Gracilicutes, (règne), (Eu)bactéries Critères actuels de classification  Taxonomie

5 5 Les grands groupes bactériens « Ce n’est pas le bactériologiste qui s’amuse à rendre le monde bactérien complexe mais ce dernier qui, petit à petit, révèle sa complexité au bactériologiste » « Ce n’est pas le bactériologiste qui s’amuse à rendre le monde bactérien complexe mais ce dernier qui, petit à petit, révèle sa complexité au bactériologiste » Ne tirez pas sur le professeur  Taxonomie

6 6 Les grands groupes bactériens Binomiale en LATIN (en italique OU souligné) Origine: - homme « célèbre » - morphologie - culture - biochimie - géographie - pathologie Principes  Nomenclature

7 7 Les grands groupes bactériens Famille M-aceae Enterobacteriaceae Genre M SalmonellaEscherichia Espèce m subterraneacoli bongorifergusonii entericahermanii vulneris Sous-espèce subsp mentericahoutenae arizonaeindica diarizonaesalamae Exemple  Nomenclature

8 Les grands groupes bactériens Pathotype (Pathovar) - Escherichia coli sérovar O101:K30:H- pathovar entérotoxinogène ou ETEC (STa+ F5+) des diarrhées du veau nouveau-né - Escherichia coli sérovar O141:K85:H- pathovar vérotoxinogène ou VTEC (Stx2e+ F18+) de la maladie de l’œdème du porcelet sevré Biotype (Biovar) - Brucella melitensis biovars Melitensis (3), Abortus (7), Suis (5), Ovis, Canis, Neotomae Sérotype (Sérovar) - Salmonella enterica sérovar Typhimurium - Leptospira interrogans sérovar Icterohaemorrhagiae - Escherichia coli sérovar O101: K30: H- - Streptococcus canis (séro)groupe G - Les biovars de Brucella melitensis sont subdivisées en sérovars A, M ou R Lysotype (Lysovar) - Brucella melitensis biovar Abortus sérovar A lysovar Tbilissi - Salmonella enterica sérovar Typhimurium lysovar DT104 Au-delà de l’espèce/sous-espèce  Nomenclature

9 9 Les grands groupes bactériens C. Importance médicale en denrées alimentaires d’origine animale (DAOA) - intoxications alimentaires chez l’homme A. Définition - forme/assemblage, coloration de Gram - rapport avec l’oxygène (aérobie, anaérobie, microaérobie, …) - catalase, oxydase, mobilité, sporulation - métabolisme (R et/ou F), test O/F (F, O, -, non applicable) - colorations de Ziehl-Neelsen, de Giemsa, de Köster B. Biologie - habitat, résistance dans le milieu extérieur - pouvoir pathogène: obligé, opportuniste, absent - espèces pathogènes, syndromes cliniques et hôtes D. Importance en technologie des DAOA - détérioration des denrées alimentaires - mauvaise fabrication  Systématique des bactéries d’intérêt medical

10 10 Les grands groupes bactériens Gram+ Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA

11 11 Coques Bâtonnets Staphylococcus aéroanaérobies O/F:F amas en grappes Micrococcus aérobies O/F:O ou nég., amas en grappes Streptococcus anaérobies facultatifs Enterococcus O/F:F Lactococcus chaînes (+ technologie DAOA) Peptococcusanaérobies stricts PeptostreptococcusO/F:NA chaînes Aerococcusaéro-(anaérobies) viridansO/F:F chaînes Gram + Catalase + Catalase - Catalase faible ou nég. Oxydase -

12 12 Les grands groupes bactériens GRAM+ Staphylococcus Streptococcus Enterococcus A. Définition Coques (0,5 – 1,5 µm) mobilité - spores - test O/F: F aéroanaérobiesanaérobies facultatifs catalase –catalase + métabolisme Fmétabolisme R&F Amas irréguliers (3 plans de division)Chaînettes (1 plan de division) Sérotypie: Groupes de Lancefield

13 Les grands groupes bactériens GRAM+ saprophytes: eau, air, sols, animaux peau, nasopharynx, génital, intestin (lait) + ou – résistant aux conditions extérieures pathogènes opportunistes Staphylococcus Streptococcus Enterococcus B. Biologie suppuration et abcès superficiels et profonds, mammites, rhinites, … troubles digestifs (genre Enterococcus)

14 14 Les grands groupes bactériens GRAM+ Staphylococcus Streptococcus Enterococcus  Staph. aureus BB, CV, HO  Stap. intermedius CN, CT, CV  Staph. hyicus PC  Staph. schleiferi CN troubles cutanés, otites, bactériémies, abcès, mammites, …  Str. agalactiae, dysgalactiae subsp. dysgalactiae, uberis BB mammites  Str. equi subsp zooepidemicus, equi subsp. equi, dysgalactiae subsp. equisimilisCV troubles respiratoires, génitaux & cutanés  Str. equisimilis, porcinus, suisPC troubles respiratoires, abcès, endocardite  Str. canis, groupe LCN troubles respiratoires, génitaux & cutanés  Str. iniae, melleri, difficilis,… Poissons troubles cutanés et internes (abcès, ulcères)  Ent. faecalis, faecium… Tous bactériémie, abcès  Aerococcus viridans Tous bactériémie, endocardite, méningite (rare)

15 15 Les grands groupes bactériens GRAM+ Staphylococcus Streptococcus Enterococcus C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Staphylococcus aureus, intermedius, hyicus, epidermidis intoxication alimentaire: vomissements, coliques, diarrhée évolution favorable en 24h (le + souvent) production d’une ou plusieurs entérotoxine(s)  Enterococcus sp. = indicateur de contamination fécale des aliments

16 16 Les grands groupes bactériens GRAM+ Staphylococcus Streptococcus Enterococcus Importance technologique dans la fabrication de certaines denrées Enterococcus faecalis maturation des fromages/flaveur prononcée des fromages mûrs Lactococcus lactis production d’acide dans le cadre des fermentations du lait  Enterococcus sp., Lactococcus sp., Leuconostoc sp., Pediococcus sp., Streptococcus sp.,… = « famille Streptococcaceae » D. Autres genres d’intérêt technologique

17 17 Les grands groupes bactériens Gram+ Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA

18 18 -Listeria aéroanaérobie, catalase +, O/:F - Erysipelothrix anaérobie facultative, catalase -, O/F:F - Renibacterium aéroanaérobie, catalase +, O/F:F - Lactobacillus, Carnobacterium (technologie DAOA) Gram + Coques Bâtonnets longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulés petits, réguliers petits, irréguliers

19 Les grands groupes bactériens GRAM+ A. Définition Listeria ErysipelothrixRenibacterium catalase - anaérobies facultatives métabolisme F amas intraleucocytaires filaments aéroanaérobies catalase + métabolisme R&F aéroanaérobies catalase + métabolisme R&F (mobilité + à 25°C) petits bâtonnets réguliers mobilité - spores - en paires = _ _ / (0,5 x 1,0-2,0 µm)(0,2 x 1,0-2,0 µm)(0,3-1,0 x 1,0-1,5 µm) test O/F: F

20 20 Les grands groupes bactériens GRAM+ ListeriaErysipelothrix B. Biologie Renibacterium saprophytes: sols, plantes, eaux, animaux tube digestiftube digestif (mammifères,organes internes (homme, ruminants)oiseaux, poissons) résistants dans le milieu extérieur pathogènes opportunistespathogène obligé

21 21 Les grands groupes bactériens GRAM+ ListeriaErysipelothrix  Listeria monocytogenes BB, OV, HO, rongeurs  Listeria ivanovii OV  Erysipelothrix rhusiopathiae PC, OV, HO Renibacterium  Renibacterium salmoninarum Salmonidés « Listériose »« Rouget »« Bacterial Kidney Disease » Troubles nerveux, Septicémie, arthrose, Néphrite avortementsdermatitegranulomateuse

22 22 Les grands groupes bactériens GRAM+ ListeriaErysipelothrix C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Listeria monocytogenes Sources: lait non ou mal pasteurisé, fromage, plats semi-préparés, … femme enceinte: avortement, naissance prématurée d’un nouveau-né infecté méningo-encéphalite ou septicémie chez l’adulte (surtout immunodéprimés) Renibacterium

23 23 Les grands groupes bactériens GRAM+ ListeriaErysipelothrix  Erysipelothrix rhusiopathiae contamination par voie digestive exceptionnelle forme cutanée suite à des blessures lors de manipulation de carcasses, de poissons, de crustacés, d’abats… septicémie et endocardite rares (immunodéprimés) C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Renibacterium

24 24 Les grands groupes bactériens GRAM+ D. Autres genres d’intérêt technologique  Carnobacterium spp  Lactobacillus spp Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments, voire chez l’animal Petits bâtonnets réguliers

25 25 - Corynebacterium aéroanaérobie, catalase +, O/F:F - Rhodococcus aérobie strict, catalase +, O/F:O - Arcanobacterium anaérobie facultative, catalase -, O/F:F - Actinobaculum anaérobie stricte, catalase -, O/F:NA - Brevibacterium, Propionibacterium (technologie DAOA) Gram + Coques Bâtonnets longs (ramifiés)grands, réguliers, sporuléspetits, régulierspetits, irréguliers

26 26 Les grands groupes bactériens GRAM+ petits bâtonnets irréguliers à coques (0,5 x 0,5-3,5  m): CORYNEFORMES mobilité - spores - associations en paires = _ _ / A. Définition CorynebacteriumActinobaculumRhodococcusArcanobacterium aéroanaérobiesanaérobies facultatives aérobies stricts anaérobies strictes catalase +catalase -catalase +catalase - métabolisme R&Fmétabolisme Fmétabolisme Rmétabolisme F O/F: FO/F: NAO/F: OO/F: F

27 Les grands groupes bactériens GRAM+ B. Biologie résistance faible parasites: animaux peau, tractus urogénital résistances moyennes saprophytes: sols, plantes, animaux peau, tractus urogénital, tractus respiratoire supérieur, intestin pathogènes opportunistes CorynebacteriumActinobaculumRhodococcusArcanobacterium

28 28 Les grands groupes bactériens GRAM+  C. diphteriaeHO diphtérie (croupe)  C. pseudotuberculosis OV (ovis) CV lymphadénites (OV), lymphangites, abcès cutanés (CV)  C. renale C. pilosumBB, OV C. cystitidis cystite, pyélonéphrite, posthite  C. kutscherirongeurs troubles respiratoires, généraux  Rhodococus equi CV (PC) pneumonie, entérite (CV) lymphadénite (PC)  Arc. pyogenesBB, PC abcès cutanés et internes, mammites, troubles respiratoires  Act. suisPC (comprend les anciennes espèces Eubacterium suis et Actinomyces suis) cystite, pyélonéphrite, actinophytose de la mamelle CorynebacteriumActinobaculumRhodococcusArcanobacterium

29 29 Les grands groupes bactériens GRAM+ D. Autres genres d’intérêt technologique Petits bâtonnets irréguliers  Propionibacterium spp  Brevibacterium linens Exemples: P. freudenreichii formation des yeux dans les fromages (ex: emmental) via production de CO 2 à partir d’acide lactique

30 30 3 GENRES anaérobies stricts à facultatifs, catalase -, O/F:NA - Dermatophilus: bactéries coccoïdes - Actinomyces: bactéries corynéformes (une espèce aérobie stricte, catalase +, O/F:O) - Bifidobacterium (technologie DAOA) 2 GENRES aérobies stricts, catalase +, O/F: O ou nég. - Mycobacterium: coccobacilles à bâtonnets, acido-résistance totale, non ramifié - Nocardia: filaments, acido-résistance partielle, ramifié Gram + Coques Bâtonnets longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulés petits, réguliers petits, irréguliers

31 31 Les grands groupes bactériens GRAM+ DermatophilusActinomyces A. Définition spores - cocciforme streptoccociforme branchementsséparation bâtonnets filaments branchements septation - petits bâtonnets corynéformes - bactéries coccoïdes (1  m) - association en «streptocoques» branchés - longs filaments ramifiés (0,2 -1,0 x µm) (5 -20 µm de longueur) anaérobies strictes, facultatives (A. viscosus: aérobie stricte) (microaérophiles) (catalase +) (métabolisme R) (O/F: O) mobilité - mobilité + catalase - métabolisme F O/F: NA

32 32 Les grands groupes bactériens GRAM+ Dermatophilus Actinomyces B. Biologie pathogènes opportunistes résistance moyenne parasites des animaux muqueuses digestives (de la bouche à l’anus), peau résistance faible parasite obligé des animaux peau

33 33 Les grands groupes bactériens GRAM+ DermatophilusActinomyces  D. congolensisCV, OV, BB CN, CT, CP « Strawberry foot rot » « Lumpy wool »OV Dermatite mycotique StreptothricoseBB Dermatite mycotiqueCV problèmes cutanés (Dermatite proliférative contagieuse)  Act. bovisBB  Act. viscosusCN  Act. hordeovulneris  Act. israeliHO « actinophytoses » ou granulomes inflammatoires avec problèmes cutanés, buccaux, osseux, digestifs, respiratoires, mammaires

34 34 Les grands groupes bactériens GRAM+ MycobacteriumNocardia A. Définition aérobies catalase + mobilité - spores – métabolisme R (test O/F: O ou -) Bâtonnets (filaments) (0,2-0,6 x 1,0-10,0  m) filaments (0,5-1,5 x > 10,0  m) filaments non branchés sans fragmentation filaments branchés avec fragmentation acido-résistance totale (Ziehl-Neelsen) acido-résistance partielle (Ziehl-Neelsen modifié)

35 35 Les grands groupes bactériens GRAM+ MycobacteriumNocardia B. Biologie pathogènes opportunistes à obligés pathogènes opportunistes Saprophytes des sols, de l’air, des eaux,… Parasites des animaux peau, muqueuses Forte résistance Pathogènes intracellulaires facultatifs

36 36 Les grands groupes bactériens GRAM+ MycobacteriumNocardia  Myc.bovis BB (CN, CT, HO) tuberculosisHO (CN, CT, PC) capraeCP avium subsp. avium gallinacés avium subsp. sylvaticum pigeons (ramiers) avium subsp. hominisuis PC, HO genavensepsittacidés tuberculoses: troubles variables, lésions dans de multiples organes  Myc. avium subsp. paratuberculosis paratuberculose: diarrhéeBB, OV (CP)  Myc. lepraeHO (CT) lèpre humaine et féline  Mycobacterium sp.toutes tuberculoses atypiques  Myc. marinum, fortuitum, chelonae, abscessus tuberculosespoissons  Nocardia asteroides CN, BB, poissons nocardiose: troubles cutanés, respiratoires et mammaires

37 37 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycobacterium Nocardia C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Mycobacterium bovis Sources: lait cru, non ou mal pasteurisé fromages à base de lait cru peut évoluer vers une tuberculose pulmonaire ou extra-pulmonaire primo-infection passe inaperçue et guérison des lésions

38 38 Les grands groupes bactériens GRAM+ D. Autre genre d’intérêt technologique Bâtonnets ramifiés  Bifidobacterium spp Certaines espèces sont testées/utilisées comme probiotiques dans les aliments

39 39 - Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus aérobies, catalase +, O/F:O aéroanaérobies, catalase +, O/F:F - Clostridium anaérobies strictes, catalase -, O/F:NA - Alicyclobacillus (technologie des DAOA) Gram + Coques Bâtonnets longs (ramifiés) grands, réguliers, sporulants petits, réguliers petits, irréguliers

40 40 Les grands groupes bactériens GRAM+ isolés, en paires, en chaînes de longueur variable bactéries sporulantes Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus Clostridium A. Définition grands bâtonnets réguliers (0,5 – 1,0 x 2,5 – 20 µm) mobilité + ou – spores + aérobies strictes ou aéroanaérobies anaérobies strictes catalase + catalase - métabolisme R ou R&Fmétabolisme F test O/F: O ou F test O/F: NA

41 41 Les grands groupes bactériens GRAM+ Clostridium SPORES centrales, paracentrales, subterminales, terminales ellipsoïdes non déformantes ellipsoïdes déformantes sphériques déformantes ellipsoïdes déformantes sphériques déformantes O2 indispensable O2 inhibitrice chute en nutriments conditions hostiles (toxiques …) Coloration de Ziehl-Neelsen modifiée pour spores Résistances mécaniques, physiques, chimiques et biologiques Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus

42 42 Les grands groupes bactériens GRAM+ Clostridium B. Biologie saprophytes: air, eaux, sols, animaux peau, muqueuses, intestins résistance: faible de la forme végétative, forte de la spore très nombreuses espèces non pathogènes quelques espèces pathogènes obligés ou opportunistes Septicémie (= charbon bactéridien ou anthrax) Mammites Loques des abeilles (couvin) Entérites/entérotoxémies/abomasite Hépatites Gangrène (gazeuse) Myosites (= charbons bactérien et parabactérien) Tétanos, botulisme Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus

43 43 Les grands groupes bactériens GRAM+  Bacillus anthracisBB, HO, PC,charbon bactéridien CV, (autres)(septicémie hémorragique)  Bacillus cereusBBmammites  Paenibacillus larvaeAbeilles maladies du couvin = loque américaine = « Powdery scale »  Melissococcus plutoniusAbeilles maladie du couvin = loque européenne Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus

44 44 Les grands groupes bactériens GRAM+  Cl. chauvoei BBcharbon bactérien (myosite)  Cl. septicumTouscharbon parabactérien (myosite), gangrène gazeuse, abomasite (braxy), dermatite  Cl. perfringensTousentérites, entérotoxémies, gangrène  Cl. novyiOV (BB)hépatite nécrosante, gangrène  Cl. haemolyticumBBhépatite nécrosante  Cl. sordelliiRuminantsentérites, entérotoxémies  Cl. spiroformeLapinsentérites, entérotoxémies  Cl. piliformeCV, CN, CT,hépatite, entérite, myocardite rongeurs  Cl. difficileHO (animaux)entérites  Cl. colinumoiseauxentérites, hépatite  Cl. tetaniTousparalysie spastique (tétanos)  Cl. botulinumTousparalysie flasque (botulisme) Cl. argentinenseHO Clostridium

45 45 Les grands groupes bactériens GRAM+ Clostridium C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Bac. cereus, subtilis (thurigiensis dans une moindre mesure) forme émétique et forme diarrhéique (souvent bénignes, parfois mortelle)  Cl. perfringens affection intestinale bénigne de courte durée (toxinotype A entérotoxinogène) entérite nécrosante (toxinotype C)  Cl. botulinum botulisme d’origine alimentaire (paralysie flasque) Sources: conserves,…. Bacillus, Paenibacillus, Melissococcus

46 46 Les grands groupes bactériens GRAM+ Clostridium D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur, …) Exemple #2: Cl. tyrobutyricumgonflement des fromages dû à la production de gaz (H2) + odeur et goût désagréables (acide butyrique)  Bacillus spp  Alicyclobacillus spp  Cl. tyrobutyricum  Cl. butyricum  Cl. estertheticum Exemple #1: Al. acidoterrestris dégradation des produits (jus de fruits) goût médicamenteux, odeur désagréable Bacillus, Alicyclobacillus

47 47 Les grands groupes bactériens Gram+ Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA

48 48 Les grands groupes bactériens GRAM+ Classe des Mollicutes: bactéries sans paroi (= les mycoplasmes) CLASSIFICATION 4 ordres: Mycoplasmatales, Entomoplasmatales, Acholeplasmatales, Anaeroplasmatales 5 familles: Mycoplasmataceae, Entomoplasmataceae, Spiroplasmataceae, Acholeplasmataceae, Anaeroplasmataceae 8 genres: Mycoplasma, Ureaplasma, Entomoplasma, Mesoplasma, Spiroplasma, Acholeplasma, Anaeroplasma, Asteroleplasma >200 espèces: certaines espèces des genres Mycoplasma (surtout), Ureaplasma et Acholeplasma peuvent être pathogènes pour les animaux ou l’homme

49 49 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma A. Définition coques, coccobacilles (très petits ~ 0,1 µm), filaments ramifiés Gram + (génétiquement) MAIS PAS de paroi coloration Gram - anaérobies facultatifs ou stricts (microaérobies) mobilité – métabolisme F O/F: F (ou -) coloration de Giemsa exigences nutritionnelles (par exemple cholestérol), paasent au travers des filtres (0,22  m) car petitesse et forme malléables

50 50 Les grands groupes bactériens GRAM+ Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma B. Biologie Parasites obligés des organismes supérieurs (animaux, plantes) La plupart des espèces sont saprophytes Quelques espèces sont pathogènes opportunistes ou primaires Résistance faible à moyenne dans le milieu extérieur  -lactames R, bacitracine R

51 51 Les grands groupes bactériens GRAM+ MycoplasmaBB  mycoides subsp. mycoides SC***pleuropneumonie contagieuse  sp. bovine group 7pneumonies, arthrites, mammites  bovis*****  dispar*** pneumonies  californicum, canadensemammites  alkalescensarthrites  bovigenitaliumtroubles génitaux, mammites  bovoculiconjonctivites Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma

52 52 Les grands groupes bactériens GRAM+ MycoplasmaOV, CP  capricolum subsp. capripneumoniae*** pleuropneumonie contagieuse (CP)  capricolum subsp. capricolummammites, arthrites,  mycoides subsp. capripneumonies, kératoconjonctivites,  mycoides subsp. mycoides LCsepticémies (CP)  ovipneumoniae***pneumonie (Agneau)  conjonctivae***kératoconjonctivite infectieuse (OV)  agalactiae***mammites, arthrites Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma

53 53 Les grands groupes bactériens GRAM+ MycoplasmaPC  hyopneumoniae*****pneumonie enzootique  hyorhinis***pneumonies, polysérosites  hyosynoviae***arthrites  (haemo)suis*anémie (ex-Eperythrozoon suis) (troubles de la reproduction) Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma

54 54 Les grands groupes bactériens GRAM+ MycoplasmaCN, CT, CV  cynos/canis***troubles respiratoires (CN)  haemocanisanémie (CN) (ex-Haemobartonella canis)  felis** troubles respiratoires, conjonctivite (CT) pleurésie (CV)  haemofelis****anémie infectieuse féline (CT) (ex-Haemobartonella felis) Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma

55 55 Les grands groupes bactériens GRAM+  gallisepticum***troubles respiratoires (poulet) sinusite, aérosacculite (dindon)  meleagridis***aérosacculite, sinusite, arthrites (dindon)  synoviae***aérosacculite, arthrites, ténosynovites  iowaelégère aérosacculite  anseristroubles respiratoires (oie) Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma MycoplasmaVolaille

56 56 Les grands groupes bactériens GRAM+  arthritidis***Arthrites (rats)  pulmonis***Troubles respiratoires et génitaux (rats et souris) Ureaplasma*  diversum BBAvortements, troubles génitaux Acholeplasma*  oculiTousConjonctivites  equifetaleCVAvortements (?)  axanthumOieAérosacculite Mycoplasma - Ureaplasma - Acholeplasma MycoplasmaRongeurs

57 57 Les grands groupes bactériens Gram- Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA

58 58 Gram - Gassner + coccobacilles ou bâtonnets, catalase + Gassner - E coli Klebsiella Enterobacter Salmonella Proteus Yersinia Pseudomonas Pseudomonaceae Burkholderia aérobies strictes Stenotrophomonas oxydase +, O/F:O VibrioVibrionaceae Listonellaaéro-anaéobies Aeromonasoxydase +, O/F:F Plesiomonas Bordetella Alcaligenaceae Alcaligenes aérobies strictes oxydase +, O/F:- Enterobacteriaceae aéro-anaérobies, oxydase -, O/F:F lactose + lactose -

59 59 A. Définition Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae VibrionaceaePseudomonaceae Alcaligenaceae catalase + mobilité +/- spores - aéroanaérobies aérobies strictes oxydase - oxydase + test O/F: F test O/F: O test O/F: - métabolisme R&Fmétabolisme R coccobacilles bâtonnets droits bâtonnets droits coccobacilles ou incurvés à bacilles (0,3-1,0 x 1,0-6,0  m) (0,5-1,0 x 1,5-3,5  m) (0,5-1,0 x 1,5-5,0  m) (0,2-0,8 x 0,5-2,5  m)

60 Les grands groupes bactériens Gram- B. Biologie Enterobacteriaceae saprophytes: air, sols, eaux, végétaux, animaux intestin, peau résistance à la dessication (plusieurs mois) saprophytes, pathogènes opportunistes ou obligés plaies, surinfections,diarrhées, cystites, mammites,…septicémies, méningites,… subdivision en nombreux sérovars avec une relative spécificité d’hôte

61 61 Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae coliformes: Gassner + lactose + (= fermentation du lactose)  Escherichia coli*****Diversestous (voir dia 12 aussi)  Klebsiella pneumoniae**DiversesHO (animaux)  Enterobacter sp.**Plaies HO, CV (autres)  Pantoea (ex-Enterobacter) sp.Plaies, otitestous (rare) autres: Gassner + lactose – (pas de fermentation du lactose)  Salmonella enterica*****Diversestous (voir dias 11 & 12)  Yersinia pseudotuberculosis*** Généraliséerongeurs, passereaux  Y. enterocolitica***EntériteHO (animaux)  Y. pestis**Peste  Y. ruckeriGénéraliséepoissons  Edwardsiella tarda**Généralisée, entéritepoissons, HO (autres)  Ed. ictaluriGénéraliséespoissons  Proteus sp.****, Morganella sp.* Surinfectionstous  Serratia sp.*, Providencia sp.*  Shigella sp.*Entérite, dysenterieHO, primates

62 62 Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae  Salmonella enterica  subsp. enterica:animaux à sang chaud (mammifères et oiseaux)  subsp. arizonae:animaux à sang froid (chaud) + environnement  subsp. diarizonae: animaux à sang froid (chaud) + environnement  subsp. houtenae:animaux à sang froid + environnement  subsp. indica:animaux à sang froid + environnement  subsp. salamae:animaux à sang froid + environnement  Salmonella bongori :animaux à sang froid + environnement  Salmonella subterranea : environnement Le genre Salmonella: les espèces et sous-espèces actuelles Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures

63 63 Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae  Escherichia coli: sérovars O:K:H:F  O78:K-:H-:F11: colibacillose généralisée de la volaille  O101:K30:H-:F5: diarrhée du veau nouveau-né  O103:K-:H-:F-: entérite du lapereau  O141:K85:H-:F18: maladie de l’œdème du porcelet  O157:K-:H7:F-: entérocolite hémorragique de l’homme  Salmonella enterica: sérovars O:H  Typhimurium (O1,4,5,12:H1,2): tous les mammifères  Typhimurium variété Copenhagen (O1,4,12:H1,2): pigeon  Dublin (O6,8:He,n,x): plutôt associé au bovin  Hadar (O1,9,12:H-): diverses espèces, dont le cheval et la volaille  Choleraesuis (O6,7:H1,5): plutôt associé au porc Subdivisions en sérovars: quelques exemples

64 64 Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Escherichia coli Souches entérotoxinogènes (ETEC): diarrhée du voyageur (une des composantes de la turista) Souches entérohémorragiques (EHEC O157:H7 et autres): - colite hémorragique - syndrome hémolytique et urémique (HUS) N.B: E. coli = indicateur de contamination fécale des aliments (cfr Enterococcus)  Enterobacter sakazakii méningite néonatale, septicémie, entérocolite nécrosante (rare, surtout prématurés et bébés immunodéprimés)

65 65 Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Salmonella enterica subsp. enterica Sérovars Typhimurium, Enteritidis, … : gastro-entérites + ou - sévères selon la souche, la dose ingérée, … Sérovars Typhi et Paratyphi (spécifiques de l’homme) : fièvres typhoïde et paratyphoïde  Shigella dysenteriae, Sh. sonnei, Sh. flexneri dysenterie bacillaire (diarrhée hémorragique)

66 66 Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Yersinia enterolitica (Y. pseudotuberculosis) principalement responsables de gastro-entérites fébriles forme septicémique (immunodéprimés, diabète, cirrhose,…)  Edwardsiella tarda gastro-entérite aiguë (plus rare)

67 67 Les grands groupes bactériens Gram- Enterobacteriaceae D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…)  Proteus sp.  Erwinia sp.  Serratia sp.  Providencia sp.  Morganella sp. Exemple: Morganella morganii prolifération dans produits laitiers, poissons décarboxylation histidine production d’histamine intoxication alimentaire

68 68 Les grands groupes bactériens Gram- Vibrionaceae B. Biologie eaux douces et marines, égouts, animaux marins pas de résistance particulière pathogènes obligés ou opportunistes diarrhées, infections généralisées bactéries mésophiles et/ou psychrophiles

69 69 Les grands groupes bactériens Gram- Vibrionaceae  Vibrio cholerae**EntériteHO  V. salmonicida***  Listonella anguillarum***Généraliséepoissons  V. ordalii***  V. metschnikovii*Entérite,oiseaux, batraciens généralisée  Aeromonas salmonicida***Généralisée,  Aer. caviae*dermo-poissons  Aer. sobria*myonécrose  Aer. hydrophila***Généralisée,poissons, oiseaux entéritemammifères  Plesiomonas shigelloidesEntérite(PC, CN, CT)

70 70 Les grands groupes bactériens Gram- Vibrionaceae C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Vibrio sp. gastro-entérites (V. vulnificus, V. parahaemolyticus) entérite suraigüe, mort en quelques heures (V. cholerae = cholera)  Plesiomonas shigelloides diarrhées variables sur la durée et les signes cliniques  Aeromonas hydrophila pathologies digestives: - diarrhées aigües très aqueuses - gastro-entérites chroniques pathologies extra-digestives: septicémie parfois mortelle (surtout immunodéprimés)

71 71 Les grands groupes bactériens Gram- Pseudomonaceae B. Biologie habitat = milieu extérieur saprophytes, pathogènes opportunistes plaies, abcès, surinfections, infections chroniques, …morve ! un pathogène obligé des solipèdes: Burkholderia mallei ! forte résistance dans le milieu extérieur (sauf Burkholderia mallei) résistance naturelle (constitutive) aux antibiotiques (surtout Pseudomonas aeruginosa)

72 72 Les grands groupes bactériens Gram- Pseudomonaceae  Pseudomonas aeruginosa*****Surinfectionstous  Ps. anguilliseptica**Généralisées,poissons  Ps. fluorescens**dermomyonécrose  Burkholderia mallei**MorveCV  Burk. pseudomallei*Pseudomorvetous  Pseudomonas sp.  Comamonas sp.SurinfectionsHO (animaux)  Stenotrophomonas sp.

73 73 Les grands groupes bactériens Gram- Pseudomonaceae D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…)  Pseudomonas spp  Shewanella putrefaciens (ex-Pseudomonas putrefaciens) Exemple: Sh. putrefaciens altération organoleptique des produits de la mer odeur forte et désagréable

74 74 Les grands groupes bactériens Gram- Alcaligenaceae B. Biologie eaux, sols: peu pathogènes, opportunistes genre Alcaligenes animaux: pathogènes, peu résistantes genre Bordetella  Bordetella pertussis**CoquelucheHO  B. parapertussis**  B. bronchiseptica*****Infectionsmammifères respiratoires  B. avium***Infectionsoiseaux respiratoires  Alcaligenes sp.Surinfectionstous

75 75 Les grands groupes bactériens Gram- Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA

76 76 Gram - Gassner - Coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-) bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-) coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies stricts métabolisme F, O/F: NA catalase –(+), oxydase - coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies stricts métabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-) coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies stricts métabolisme R, O/F: - catalase v, oxydase v bâtonnets spiralés courts microaérobies métabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase +

77 77 Gram - Gassner - Pasteurellacoccobacilles Mannheimiaaéro-anaérobies Avibacteriummétabolisme R&F, O/F: F Gallibacteriumcatalase +, oxydase + Actinobacillusespèces auxotrophes Haemophilusbâtonnets, microaérobies métabolisme R&F, O/F: NA catalase +, oxydase + auxotrophes Histophilusbâtonnets, anaérobies métabolisme F, O/F: NA catalse -, oxydase - Pasteurellaceae coccobacilles, bâtonnets aéro-anaérobies, microaérobies, anaérobies métabolisme R&F ou F, O/F: F ou NA catalase +(-), oxydase +(-)

78 78 Les grands groupes bactériens GRAM- Pasteurellaceae A. Définition coccobacilles à bâtonnets fins (0,2 - 0,3 x 0,3 - 2,0 µm) ! pléiomorphisme ! aéroanaérobies (microaérobies, anaérobies, carbacidophiles) catalase + (- très rares) oxydase + (quelques exceptions -) mobilité - spores - métabolisme R et F (F: anaérobies) test O/F: F (ou NA: microaérobies, anaérobies) ! certaines espèces: exigence en facteurs V et/ou X !

79 79 Les grands groupes bactériens Gram- parasites des muqueuses respiratoires, digestives et génitales des animaux (mammifères, oiseaux, reptiles, poissons) pathogènes parfois primaires, souvent secondaires troubles respiratoires (autres) certaines espèces non pathogènes peu résistants dans le milieu extérieur Pasteurellaceae B. Biologie

80 80 Les grands groupes bactériens Gram- Pasteurella***** coccobacilles aéroanaérobies catalase + oxydase + mobilité - métabolisme R et F test O/F: F Pasteurellaceae  P. multocida*****mammifères, oiseaux troubles respiratoires + oreille  P. trehalosi**OV (agneaux) (ex-P. haemolytica biotype T)septicémies  P. canis, dagmatis, stomatis**tous + HO gueule des carnivores, infections des plaies  P. canis biotype 2*BB (veau) (troubles respiratoires)  P. caballi* (catalase -)CV pathogénicité ?  « P. pneumotropica »***rongeurs troubles respiratoires

81 81 Les grands groupes bactériens Gram- Mannheimia***** (ex-Pasteurella) (cf Pasteurella)  M. haemolytica biotype A*****pneumoniesruminants septicémie, mammitespetits ruminants  M. granulomatis***pneumonies, métriteslagomorphes granulomes sous-cutanésbovins (Brésil)  M. varigena*pneumonies, septicémieBB, PC mammite, abcès, …  M. glucosidaflore respiratoire normaleOV (agneaux) (= M. haemolytica biotype A11)  M. ruminalisnon pathogèneruminants (rumen) Pasteurellaceae

82 82 Les grands groupes bactériens Gram- Gallibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Actinobacillus) (cf Pasteurella)  G. anatis****infections respiratoires, salpingite,gallinacés, pigeons péricardite, hépatite, septicémie, … (= Past. haemolytica-like aviaire + Act. salpingitidis + Past. anatis)  Gallibacterium genomospecies 1+2 = autres souches non baptisées Pasteurellaceae Avibacterium*** (ex-Pasteurella ou ex-Haemophilus) (cf Pasteurella)  Av. gallinarum***troubles respiratoiresvolaille (gallinacés)  Av. paragallinarum***(coryza infectieux) (= ex-Haemophilus gallinarum et paragallinarum)  Av. avium, volantium, spAnon pathogènespigeons (= ex-Pasteurella avium, volantium et spA) exigence en facteur V

83 83 Les grands groupes bactériens Gram- Actinobacillus***** (cf Pasteurella) Pasteurellaceae  Act. lignieresii*****ruminantsactinophytose des tissus mous (« langue de bois »)  Act. equuli*****CV septicémie, néphrite (poulain) ; endocardite, méningite (adulte)  Act. suis***PCtroubles digestifs et respiratoires  Act. suis-likeCV  Act. pleuropneumoniae*****PCpleuropneumonie exigence en facteur V  « Act. seminis »*OV (béliers)vésiculite, orchite  « Act. capsulatus »*lapinsarthrites

84 84 Les grands groupes bactériens Gram- Haemophilus*****: exigence en facteurs V et/ou X très petits bâtonnets microaérobies, carbacidophiles catalase + oxydase + mobilité - métabolisme R et F test O/F: NA croissance lente (2-4 jours) Pasteurellaceae  Haem. parasuis*****PC maladie de Glasser (polysérosite fibrineuse)  Haem. haemoglobinophilusCN non pathogène  Haem. paracuniculus*lapins, rongeurs pathogénicité ?

85 85 Les grands groupes bactériens Gram- Histophilus***** petits bâtonnets anaérobies, carbacidophiles catalase - oxydase - mobilité - métabolisme F test O/F: NA croissance lente (2-4 jours)  Hist. somni*****BB, OV Infections multiples  respiratoires  méningo-encéphalites  avortements ! Regroupe les noms suivants ! Haemophilus somnus Haemophilus agni Histophilus ovis Pasteurellaceae

86 86 Gram - Gassner - Taylorellabâtonnets Capnocytophagabâtonnets EF 4 acoccobacilles Streptobacillusfilaments perlés Bâtonnets, coccobacilles, filaments anaérobies facultatifs métabolisme F, O/F: F catalase +(-), oxydase +(-)

87 87 Les grands groupes bactériens Gram- A. Définition TaylorellaCapnocytophaga ! catalase + ! ! oxydase + ! ! catalase + ou - ! ! oxydase + ou - ! mobilité – spores – métabolisme F test O/F: F petits bâtonnets (pléiomorphisme) (0,3 - 0,6 x 1,0 - 2,0 µm) fins bâtonnets (0,5 x 1,0 – 3,0 mm) anaérobies facultatives(carbacidophiles)

88 88 Les grands groupes bactériens Gram- B. Biologie parasite des muqueuses génitales non pathogène pour l’étalon pathogène pour la jument peu résistant dans le milieu extérieur TaylorellaCapnocytophaga parasite des muqueuses buccales groupe DF-1 chez l’homme groupe DF-2 chez les carnivores peu résistant dans le milieu extérieur T. equigenitalis***** CV (jument) métrite contagieuse équine (CEM) C. canimorsus***contamination de morsures, abcès, septicémie HO, animaux C. cynodegmi*gingivite, stomatite carnivores

89 89 Les grands groupes bactériens Gram- Groupe EF 4a cfr Pasteurella fermente le glucose MAIS ! inactif sur les autres sucres ! bouche des carnivores HO + animaux infection de plaies par morsure bâtonnets longs, filamenteux et « perlés » muqueuses respiratoire et buccale des rongeurs infections respiratoiresrongeurs « rat-bite fever »HO « Haverhill fever » (contamination à partir de l’eau de boisson) Streptobacillus moniliformis Groups EF4aStreptobacillus

90 90 Gram - Gassner - Bacteroides DichelobacterBacteroidaceae Fusobacterium coccobacilles, bâtonnets, filaments anaérobies stricts métabolisme F, O/F: NA catalase -(+), oxydase -

91 91 Les grands groupes bactériens Gram-  coccobacilles à bâtonnets (1 x 1,0 à 10 µm); filaments (jusqu’à 100  m)  renflements, vacuoles, formes en fuseaux (Fusobacterium)  anaérobies stricts  catalase - (+)  oxydase -  mobilité -  spores -  métabolisme F  Test O/F: non applicable A. Définition BacteroidesFusobacteriumDichelobacter

92 92 Les grands groupes bactériens Gram- nature: sols, air cavités des animaux (tractus digestif, génital) surface des animaux (peau, espace interdigité, onglons) saprophytes, pathogènes opportunistes, pathogènes obligés résistants dans le milieu extérieur certaines espèces très résistantes aux antibiotiques ! B. Biologie diarrhée, péritonite, abcès, …pododermatites (piétin) BacteroidesFusobacteriumDichelobacter

93 93 Les grands groupes bactériens Gram-  Bacteroides fragilis**entérites, péritonites, abcès tous  Dichelobacter nodosus*****piétin OV abcès, furoncles interdigitésBB  Fusobacterium necrophorum***** subsp. necrophorum (= ancien biotype A) subsp. fundiliforme (= ancien biotype B) abcès, furoncle interdigités, pododermatitePC, BV, OV abcès disséminés (= nécrobacillose)tous  Fusobacterium nucleatum, russiiCN, CT pathogénicité ? BacteroidesFusobacteriumDichelobacter

94 94 Francisellacoccobacilles, catalase +, oxydase - Neisseriadiplocoques, catalase +, oxydase + Flavobacterium Chryseobacteriumbâtonnets, filaments, catalase +, oxydase + Tenacibaculum Acinetobactercoques + bâtonnets, catalase +, oxydase - EF4bcoccobacilles, catalase +, oxydase + Gram - Gassner - coques, coccobacilles, bâtonnets, filaments aérobies stricts métabolisme R, O/F: O catalase +, oxydase +(-)

95 95 Les grands groupes bactériens Gram- Francisella A. Définition Neisseria catalase + (faible) oxydase - test O/F: O (lentement) catalase + oxydase + test O/F: O aérobies strictes mobilité – spores – métabolisme R petits coccobacilles (0,2 x 0,2 - 1,7 µm) diplocoques aplatis (en grains de café) (0,6 – 1,0 mm)

96 96 Les grands groupes bactériens Gram- B. Biologie Neisseria Francisella parasites obligés: rongeurs et lagomorphes très sensibles dans le milieu extérieur (sauf eaux + humidité) pathogènes des animaux et de l’homme pathogènes intra-cellulaires facultatifs Genre Francisella commensaux des muqueuses de l’homme et des animaux pathogènes de l’homme non (ou peu) pathogènes chez l’animal Genre Neisseria

97 97 Les grands groupes bactériens Gram-  Francisella tularensis tularémie = septicémie avec granulomes (pseudotubercules) subsp. tularensisbiotype Alagomorphes hémisphère Nord (Amérique) subsp. holarticabiotype Brongeurs (ex-paleartica)hémisphère Nord (Eurasie)  Fr. novicida?rongeurs (ex-Fr. tularensis subsp. novicida) pathogénicité ? FrancisellaNeisseria  Neisseria gonorrhoeaeGonorrhéeHO  Neisseria meningitidisMéningite  Neisseria canis?CN

98 98 Les grands groupes bactériens Gram- C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Francisella tularensis (tularémie) forme gastro-intestinale: via la nourriture ou l’eau contaminées forme oculaire: inoculation conjonctivale via les doigts souillés forme ulcéro-ganglionnaire: blessures lors de manipulation d’un animal mort ou malade (80% des cas); plus fréquemment parmi les chasseurs, les forestiers,… NeisseriaFrancisella

99 99 Les grands groupes bactériens Gram- A. Définition Bâtonnets (0,5 x 1,0-3,0  m; filaments jusqu’à 100  m) aérobies strictes catalase + oxydase + mobilité + (par glissement) spores- métabolisme R test O/F: O TenacibaculumFlavobacteriumChryseobacterium

100 100 Les grands groupes bactériens Gram- B. Biologie habitants des eaux douces et salées, de l’environnement marin habitant des sols (Flavobacterium) beaucoup d’espèces non pathogènes quelques espèces très pathogènes (poissons) infections nosocomiales (HO) certaines espèces psychrophiles conditions particulières de croissance (Tenacibaculum) TenacibaculumFlavobacteriumChryseobacterium

101 101 Les grands groupes bactériens Gram-  Flavobacterium psychrophilumsepticémiepoissons (ex- Cytophaga psychrophila)lésions cutanéesd’eau froide (ex- Flexibacter psychrophilus)  Fl. columnaremaladie des alevinstruites (ex-Flexibacter columnaris)  Fl. branchiophilum  Fl. hydatis maladie des branchies,poissons (ex-Cytophaga aquatilis) lésions cutanées  Fl. johnsoniae (ex-Cytophaga johnsonae) (ex-Flexibacter aurantiacus)  Tenacibaculum maritimummaladie des branchiespoissons (ex-Flexibacter maritimus)lésions cutanéesd’eaux salées  Ten. ovolyticummaladie des œufs et alevinspoissons (flétan) TenacibaculumFlavobacteriumChryseobacterium

102 102 Les grands groupes bactériens Gram- D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) genre Chryseobacterium Exemples:Chr. indologenesaltération de produits laitiers Chr. gleum(beurre notamment) : Chr. indoltheticum modifications couleur, odeur, … TenacibaculumFlavobacteriumChryseobacterium

103 103 Les grands groupes bactériens Gram- A. Définition Groupe EF4bAcinetobacter oxydase – test O/F: O (-) oxydase + test O/F: O aérobies strictes catalase + mobilité – spores - métabolisme R coques + bâtonnets (en code morse) (1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm) coccobacilles (cfr Pasteurella & groupe EF4a)

104 104 Les grands groupes bactériens Gram- Groupe EF4bAcinetobacter bouche des carnivores infections de plaies par morsure (HO, animaux) habitants des eaux, sols, muqueuses très peu pathogènes (sur)infections nosocomiales(HO) B. Biologie

105 105 Les grands groupes bactériens Gram- D. Altération des denrées alimentaires (goût, couleur, odeur,…) Genre Acinetobacter rôle discuté Exemple:Acinetobacter johnsonii flore des aliments frais ou altérés (lait, produits laitiers, carcasse de volailles, poissons) ! quelques souches capsulées (lévanes) aptes à donner une consistance visqueuse au lait, à la surface des fromages ! AcinetobacterGroupe EF4b

106 106 Brucellacoccobacilles, catalase +, oxydase + Bartonellabâtonnets, catalase -, oxydase - Moraxella avec ex-Branhamella Riemerellacoques à bâtonnets, catalase +, oxydase + Bergeyella Legionellacoccobacilles, catalase -, oxydase - Afipiabâtonnets, catalase +, oxydase - Gram - Gassner - coques, coccobacilles, bâtonnets aérobies stricts métabolisme R, O/F: - catalase v, oxydase v

107 107 Les grands groupes bactériens Gram- BrucellaBartonella A. Définition coccobacilles bâtonnets droits ou incurvés (0,5-0,7 x 0,5-1,5 µm)(0,3 - 0,5 x 1,0 - 1,7 µm) aérobies strictes (carbacidophiles parfois en primo-culture) spores – métabolisme R test O/F: - catalase +catalase - oxydase v+oxydase - mobilité -mobilité v légèrement acido-résistants (Koester)se colore mieux au Giemsa Presque toutes les souches du genre Brucella possèdent DEUX chromosomes

108 Les grands groupes bactériens Gram-  parasites obligés du tractus génital  dans la nature après avortement (par exemple)  résistantes à la dessication, à la putréfaction  sensibles aux antiseptiques et aux agents physiques  pathogènes intra-cellulaires facultatifs  pathologies:avortements troubles génitaux bursites autres Brucella B. Biologie Bartonella  parasites du sang, des globules rouges et des cellules endothéliales  hôtes intermédiaires: puces, poux, mouches (?)  transmission: - par contact avec le sang - par griffures - par piqûres de l’arthropode  pathologies:anémies endocardite lymphadénite éruption verruqueuse

109 109 Les grands groupes bactériens Gram- ! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes !  Br. melitensis (3 biotypes)OV, CP+ homme, bovins, porcs  Br. abortus (7 biotypes)BB + homme, chiens, ovins, porcs, chevaux  Br. suis (5 biotypes)PC (sangliers) + chevaux, homme, chiens, ruminants sauvages, rongeurs  Br. ovisOV (béliers)?  Br. canisCN? (homme)  Br. neotamaerongeurs (Utah, USA)-  « Br. cetaceae »cétacés?  « Br. pinnipediae »pinnipèdes? ! 8 différentes espèces ou 1 espèce avec différents biotypes !  Br. melitensis biovar Melitensis (3 sous-biotypes)  Br. melitensis biovar Abortus (7 sous-biotypes)  Br. melitensis biovar Suis (5 sous-biotypes)  Br. melitensis biovar Ovis  Br. melitensis biovar Canis  Br. melitensis biovar Neotamae Genre Brucella BrucellaBartonella

110 110 Les grands groupes bactériens Gram- ! Subdivision en sérotypes A (pour Abortus) et/ou M (pour Melitensis) !  Br. Melitensis  Biotype 1sérotype Mpériméditerranée  Biotype 2sérotype Aasie centrale  Biotype 3sérotype A/MAmérique du sud  Br. Abortus  Biotype 1sérotype Amonde (+++)  Biotype 2sérotype Amonde (+)  Biotype 3sérotype AInde, Afrique de l’est  Biotype 4sérotype Mrare  Biotype 5sérotype MRoyaume-Uni, Allemagne  Biotype 6sérotype Arare  Biotype 9sérotype Mrare  Br. Suis  Biotype 1sérotype Amonde (pas en Europe)  Biotype 2sérotype A (+ lièvres)Europe orientale et centrale  Biotype 3sérotype AAmériques, Chine  Biotype 4séroype A/M (rennes)régions arctiques  Biotype 5sérotype M (rongeurs)ancienne URSS  Br. Ovis sérotype Rmonde  Br. Canis sérotype Rmonde Genre Brucella BrucellaBartonella

111 111 Les grands groupes bactériens Gram-  B. henselaemaladie de la griffe du chatHOpuces (abcès, lymphadénite, bactériémie, endocardite, …) (Ctenocephalides felis)  B. clarridgeiaeidemHOpuces  B. bovis?BB? (mouches)  B. chomelii?cervidés?  B. quintanafièvre des tranchéesHO poux  B. bacilliformisfièvre d’OroyaHOmouches (Amérique du Sud) (Phlebotomus) Genre Bartonella BrucellaBartonella

112 112 Les grands groupes bactériens Gram- Brucella C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Brucella Abortus, Melitensis (Suis) Brucellose = syndrome grippal récurrent (fièvre ondulante) Séquelles possibles (endocardite) Infections sub-cliniques fréquentes Sources: lait et produits laitiers non pasteurisés maladie professionnelle des vétérinaires et éleveurs Sources: avortons et enveloppes fœtales Voie: transcutanée, conjonctivale, … Bartonella

113 113 Les grands groupes bactériens Gram-  coques (1,0 - 1,5 µm) à bâtonnets (1,0 - 1,5 x 1,5 - 2,5 µm)  aérobies strictes  catalase +  oxydase +  mobilité –  spores –  métabolisme R  test O/F: - MoraxellaRiemerellaBergeyella A. Définition

114 114 Les grands groupes bactériens Gram-  habitants des muqueuses  peu pathogènes ( ! Exceptions ! )  résistants dans le milieu extérieur B. Biologie  M. bovis****kératoconjonctivite infectieuseBB  M. ovis**OV (ex-Branhamella ovis)  R. anatipestiferpolysérosite et septicémiecanard (= peste du canard)  B. zoohelcumcontaminations de plaies par morsuretous (ex-Weeksella)(présence dans la gueule des carnivores: cfr EF4a, EF4b, …) MoraxellaRiemerellaBergeyella

115 115 Les grands groupes bactériens Gram- Legionella A. Définition coccobacilles bâtonnets (0,3-0,7 x 2,0-3,0 µm)(0,5-1,0 x 1,5-3,0  m) aérobies strictes catalase + (faible) oxydase v- mobilité + spores – métabolisme R test O/F: - Afipia

116 116 Les grands groupes bactériens Gram-  habitants du milieu extérieur  notamment dans l’eau douce (lac, rivière, fontaine, machine à glace,…)  résistants dans le milieu extérieur  non pathogène pour les individus en bonne santé  importance très limitée en médecine vétérinaire B. Biologie LegionellaAfipia Genre Legionella Genre Afipia  peu connue  habitant des eaux (?)  endosymbiotes d’amibes (?)  dans les coussinets plantaires du chat (= vecteur mécanique)  intracellulaires facultatives

117 117 Les grands groupes bactériens Gram- Legionella C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) fièvre de Pontiac (syndrome pseudogrippal) Source: eau de boisson (hôpitaux par exemple)  Legionella pneumophila  Legionella pneumophilaMaladie du légionnaireHO  Legionella spp.(pneumonie et maladie systémique) Afipia  Afipia felisMaladie de la griffe du chatHO (plus rare que Bartonella henselae)

118 118 Gram - Gassner - Campylobacter Helicobacter Arcobacter bâtonnets spiralés courts microaérobies métabolisme R, O/F: NA catalase + ou -, oxydase +

119 119 Les grands groupes bactériens Gram-  bâtonnets courbes: virgules, S, spires, « mouette » (0,2-0,5 x 0,5-5 µm)  microaérobies  catalase + ou -  oxydase +  mobilité + (tire-bouchon)  spores –  métabolisme R  test O/F: NA A. Définition CampylobacterHelicobacterArcobacter

120 120 Les grands groupes bactériens Gram- B. Biologie  parasites des muqueuses génitales, stomacales et intestinales  pathogènes obligés, pathogènes opportunistes ou non pathogènes  très sensibles dans le milieu extérieur et aux antiseptiques  quelques résistances à des antibiotiques polymyxines R triméthoprime R sulfamidés R CampylobacterHelicobacterArcobacter

121 121 Les grands groupes bactériens Gram-  C. jejuni***** subsp. jejunientéritestous subsp. doylei?HO  C. colihépatiteoiseaux non/peu pathogènemammifères  C. fetus subsp. fetus*** avortementsOV (BB) subsp. venerealis**avortementsBB CampylobacterHelicobacterArcobacter Genre Campylobacter

122 122 Les grands groupes bactériens Gram- Genre Helicobacter  H. pyloriulcères gastriques, gastritesHO, CN, CT  H. suisulcères gastriques, gastritesPC (HO, singes)  H. felis  H. heilmannii  H. salomonis gastrite, duodénite, hépatiteCN, CT, HO  H. pylorifélidés sauvages  H. canis  H. spp.estomac, duodénum, foieanimaux de laboratoire, animaux sauvages CampylobacterHelicobacterArcobacter

123 123 Les grands groupes bactériens Gram- C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  C. coli, C. lari, C. upsaliensis gastro-entérites, septicémies gastro-entérites, septicémies, méningites, avortements  C. jejuni subsp. jejuni Genre Campylobacter CampylobacterHelicobacterArcobacter

124 124 Les grands groupes bactériens Gram- C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) CampylobacterHelicobacterArcobacter  H. pylori contamination aliments, eaux de surface par matières fécales gastrites chroniques, ulcères gastro-duodénaux Genre Helicobacter  A. butzleri association fréquente avec des cas d’entérites Genre Arcobacter ! pouvoir pathogène incertain !

125 125 Les grands groupes bactériens Gram- Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA

126 126 Gram - Gassner - Longs et minces filaments spiralés Flagelles périplasmiques Spirochetaceae: Treponema, Brachyspira, Borrelia Leptospiraceae: Leptospira Autres: « Spirillum », Anaerobiospirillum

127 127 Gram - Gassner - Treponemaspires étroites et régulières, non cultivables Brachyspiraspires étroites et régulières, anaérobies strictes Borreliaspires larges et régulières, microaérobies ou non cultivables Longs et minces filaments spiralés Flagelles périplasmiques Spirochetaceae Leptospiraceae Leptospiraspires étroites et irrégulières, aérobies strictes Autres « Spirillum »spires larges et régulières (microaérobies) Anaerobiospirillumspires régulières, bâtonnets longs et épais, anaérobie strictes

128 128 Les grands groupes bactériens Gram- A. Définition  bâtonnets spiralés fins et longs (0,1 - 0,5 x µm) (spires étroites, régulières, (idem) (spires larges, régulières, et peu séparées) et bien séparées)  non cultivables anaérobies strictesmicroaérobies (ou non cultivables)  coloration de Gram (peu colorable)(bien colorable) (peu colorable) (coloration de Giemsa)  catalase ?/-  oxydase ?/-  mobilité + (cils aux deux extrémités sous la membrane externe)  spores –  métabolisme ?métabolisme Fmétabolisme ?  test O/F: ?test O/F: NAtest O/F: NA TreponemaBrachyspiraBorrelia

129 129 Les grands groupes bactériens Gram-  dans les cavités orales, intestinales et/ou génitales  très sensibles dans le milieu extérieur  pouvoir pathogène variable  genre Borrelia: cycle avec hôte intermédiaire obligatoire arthropodes piqueurs hématophages tiques des genres Ixodes, Rhipicephalus, Boophilus, Argos, … B. Biologie TreponemaBrachyspiraBorrelia

130 130 Les grands groupes bactériens Gram-  Treponema pallidumsyphilisHO  T. paraluiscuniculi**« syphilis »lapin (= lésions cutanées et lymphadénites)  Brachyspira hyodysenteriae***** entérocolite et dysenterie PC  Br. pilosicoli**diarrhéeCN, PC, HO  Br. innocensnon pathogènePC (= ex-Treponema et ex-Serpulina)  Borrelia burgdorferi*****« maladie de Lyme » HO, mammifères  B. garinii*****(= fièvre, abattement, érythème, polyarthrites)  B. afzeli*****(avortements, néphrites, …) (cultivables, microaérobies, régions tempérées)  B. anserinasyndrome d’abattementoiseaux (non cultivable, régions tropicales)  B. theileripeu pathogèneruminants (non cultivable, régions tropicales) TreponemaBrachyspiraBorrelia

131 131 Les grands groupes bactériens Gram-  bâtonnets spiralés (0,1 x µm) en S ou en C (spires étroites et irrégulières)  aérobies strictes (difficiles à cultiver)  Gram – mais peu colorables (coloration de Giemsa)  catalase +  oxydase +  mobilité +  spores –  métabolisme R  test O/F: croissance trop lente et difficile A. Définition Leptospira

132 132 Les grands groupes bactériens Gram- 2 groupes qui sont assimilés à 14 espèces subdivisées en sérotypes  Espèces/sérovars non pathogènes résistants dans le milieu extérieur  L. alexanderi, L. biflexa, L. parva, L. wolbachii  L. meyeri (certains sérovars)  habitat: eaux et des boues  Espèces/sérovars pathogènes peu résistants dans le milieu extérieur*****  L. alstoni, L. borgpetersnii, L. fainei, L. inadai, L. interrogans, L. kirschneri, L. noguchii, L. santarosai, L. weilii  L. meyeri (certains sérovars)  la plupart des souches pathogènes font partie de l’espèce L. interrogans  habitat: tubuli rénaux des espèces réservoirs et hôtes  les sérovars avec une relative spécificité d’hôte et de réservoir  dans le milieu extérieur seulement après contamination par des décharges contaminées (urines, lochies, …) B. Biologie Leptospira Voir aussi fascicule de notes partie 2 pour la comparaison entre nouvelle et ancienne nomenclatures

133 133 Les grands groupes bactériens Gram-  L. Pomona: bétail, ovins, porcins, équins (canins, félins, humains)  L. Canicola: canins, félins, humains, (bovins, porcins, équins)  L. Hardjo°: bovins, (ovins, humains, équins)  L. Icterohaemorrhagiae: canins, humains, (bovins, porcins, équins)  L. Autumnalis: (canins, humains)  L. Grippotyphosa: ovins, équins, (bovins, porcins, canins, humains, félins)  L. Sejroe: bovins  L. Tarrasovi°°: (porcins)  L. Australis: (bovins, canins, équins)  L. Bataviae: (humains, félins)  L. Bratislava: (porcins, équins) ° = L. meyeri°° = L. borgpetersenii Sérotypes et espèces animales domestiques hôtes primaires (et secondaires) Leptospira Leptospirosemammifères (= néphrite interstitielle, hépatite, avortements, …)

134 134 Les grands groupes bactériens Gram-  L. Pomona: bétail, porcs, animaux sauvages  L. Canicola: chien et canidés sauvages, bétail, porcs  L. Hardjo°: bétail, moutons  L. Icterohaemorrhagiae: rats, souris  L. Autumnalis, L. Grippotyphosa, L. Sejroe: faune sauvage  L. Tarrasovi°°: porc  L. Australis: hérisson  L. Bataviae: chien, rat, souris  L. Bratislava: bétail, porc, chevaux ° = L. meyeri°° = L. borgpetersenii Sérotypes et espèces animales domestiques réservoirs Leptospira

135 135 Les grands groupes bactériens Gram- C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme) Leptospira  Leptospires pathogènes sérovars Icterohaemorrhagiae, Bataviae et Copenhageni (= réputés les plus pathogènes) 2 formes: ictérique sévère et non ictérique (signes cliniques très variés) problème de profession (chevilleurs, bouchers, …) transmission par contact avec les organes internes

136 136 Les grands groupes bactériens Gram-  position taxonomique incertaine  bâtonnets hélicoïdaux (0,2 x µm)  mise en culture non prouvée  apparemment microaérobie A. Définition « Spirillum » B. Biologie  muqueuses buccale et respiratoire des rongeurs  très sensibles dans le milieu extérieur  pouvoir pathogène important  Spirillum minus« rat-bite fever »HO « sodoku »

137 137 Les grands groupes bactériens Gram-  gros bâtonnets spiralés  anaérobies strictes  habitat: intestin  Anaerobiospirillum succinoproducens DiarrhéeCN, CT Anaerobiospirillum

138 138 Les grands groupes bactériens Gram- Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets, filaments et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéro-anaérobies, métabolisme R&F, O/F:F; aérobies, métabolisme R, O/F: O ou nég; microaérobies, métabolisme R, O/F: NA; anaérobies facultatives, métabolisme F, O/F:F; anaérobies strictes, métabolisme F, O/F:NA

139 139 Gram - Gassner - Toutes les cellules Pas d’hôtes intermédiaires Chlamydiales Autres Lawsonia: entérocytes Clostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes Cellules endothéliales Erythrocytes Leucocytes Système réticulo-endothélial Hôtes intermédiaires Rickettsiales

140 140 Gram - Gassner - Intracellulaires obligées Toutes les cellules Pas d’hôtes intermédiaires Chlamydiapas de peptidoglycan Chlamydophilapas de chaîne de transport d’électrons Piscichlamydiacolorations de Köster et Giemsa Ordre des Chlamydiales Chlamydiaceae

141 141 Les grands groupes bactériens Gram-  transmission directe par aérosol  pas d’hôte intermédiaire  dépendant de la cellule hôte pour la production d’énergie  infecte de très nombreux types de cellules B. Biologie ChlamydiaChlamydophilaPiscichlamydia A. Définition  corps élémentaire: forme extracellulaire infectante et résistante (0,2 - 0,3 µm)  corps réticulé: forme intracellulaire à l’intérieur d’une vésicule/vacuole  bactérie dépourvue de PDG  peu colorable au Gram, colorable au Giemsa et Köster  entrée dans la celluledivisionsmorula

142 142 Les grands groupes bactériens Gram-  Chlamydia trachomatis**trachome, urogénital,HO pneumonie  Chlamydia suisnon pathogènePC  Chlamydia muridarum?souris  Chlamydophila pneumoniae pneumoniesHO  Chlamydophila psittaci*****psittacose - ornithoseoiseaux (HO)  Chlamydophila felis****conjonctivites, pneumoniesCT  Chlamydophila pecorum***polyarthrites, pneumonies,ruminants conjonctivites  Chlamydophila abortus*****avortements,OV (BB, HO) infections génitales  Chlamydia caviae?cobayes  Piscichlamydia salmonisépithéliocytose des branchiessalmonidés ChlamydiaChlamydophilaPiscichlamydia

143 143 Gram - Gassner - Cellules endothéliales Erythrocytes Leucocytes Système réticulo-endothélial Hôtes intermédiaires Anaplasmaérythrocytes, tiques Ixodes Ehrlichialeucocytes mononucléés, tiques Rhipicephalus Neorickettsialeucocytes mononucléés + intestin (tiques ?) Ordre des Rickettsiales: coloration de Giemsa Anaplasmataceae Rickettsiaceae Autres (Rickettsiapas en Europe, tiques diverses) Piscirickettsiasepticémie (?) du poisson, ? Coxiella cellules réticulo-endothéliales, pas d’hôte intermédiaire, colorations de Köster et Giemsa

144 144 Les grands groupes bactériens Gram- A. Définition  corps élémentaire (0,3 – 1,0  m) = - forme infectant « l’hôte intermédiaire » - forme libre (genre Coxiella)  corps réticulé = forme intracellulaire libre ou à l’intérieur d’une vacuole  bactéries pourvues d’un PDG  peu colorable au Gram, colorable au Giemsa (genre Coxiella colorable au Köster)  Nombreux remaniements taxonomiques (voir aussi le genre Mycoplasma) Haemobartonella felis*****voir Mycoplasma haemofelis Haemobartonella canisvoir Mycoplasma haemocanis Eperythrozoon suis***voir Mycoplasma (haemo)suis Aegyptianella pullorumvoir Mycoplasmatacea AnaplasmaNeorickettsiaCoxiellaEhrlichiaRickettsiaPiscirickettsia

145 145 Les grands groupes bactériens Gram- B. Biologie  transmission par arthropodes piqueurs hématophages (tiques) ! Biologiquement, le mammifère est souvent un hôte accidentel terminal !  le genre Coxiella ne présente pas d’hôte intermédiaire obligé et se transmet fréquemment par aérosol  dépendant de la cellule hôte pour certaines parties du métabolisme  infecte les érythrocytes: entrée dans la celluledivision(s)deux (ou quatre) bactéries  infecte les leucocytes poly- et mononucléés, les cellules du système réticulo-endothélial, les cellules endothéliales entrée dans la celluledivisions« morula » AnaplasmaNeorickettsiaCoxiellaEhrlichiaRickettsiaPiscirickettsia

146 Les grands groupes bactériens Gram-  Anaplasma phagocytophilum*** leucopénie, vasculitetiques ! Leucocytes (surtout polynucléés) (Ixodes ricinus) ex-Ehrlichia phagocytophilaOV (BB) (« Tick-borne fever ») ex-Ehrlichia equiCV?  Coxiella burnetii*****avortementsBB (CT)tiques syndrome grippalHOsouvent pas (« Fièvre Q ») d’hôte intermédiaire ! Cellules du système réticulo-endothélial  Ehrlichia canis***leucopénie,CNtiques thrombocytopénie(Rhipicephalus sanguineus) ! Leucocytes (surtout mononucléés)  Neorickettsia risticii** leucopénie, diarrhéeCV? (tiques) (ex-Ehrlichia risticii)(« Potomac horse fever ») ! Leucocytes (surtout mononucléés)  Piscirickettsia salmonis septicémiesalmonidésNON (?) En Europe AnaplasmaNeorickettsiaCoxiellaEhrlichiaRickettsiaPiscirickettsia

147 Les grands groupes bactériens Gram-  Anaplasma marginale**anémie, ictèreBBarthropodes ! Erythocytes (Afrique)(tiques)  An. centralenon pathogèneBBidem ! Erythocytes (Afrique)  An. ovispeu pathogèneOVidem ! Erythocytes(anémie, ictère) (Afrique)  Ehrlichia ruminantium oedèmes, péricarditeruminantstiques (ex-Cowdria ruminantium)(« Heart water ») (Afrique)(Amblyomma) ! Cellules endothéliales  Neorickettsia syndrome généralCN Douve du foie helminthoeca(« Salmon poisoning »)(Amérique N) du saumon ! Cellules du système réticulo-endothélial  Rickettsia rickettsiivasculite, hémorragies,HO (CN, OV)tiques (« Rocky Mountain spotted fever »)(Dermatocentor spp.) ! Cellules endothéliales  Rickettsia felistyphus murin (?)HO puces du chat « Pseudotyphus de Californie » (Ctenocephalides felis) ! Cellules endothéliales Quelques exemples hors Europe AnaplasmaNeorickettsiaCoxiellaEhrlichiaRickettsiaPiscirickettsia

148 148 Les grands groupes bactériens Gram- C. Importance au niveau des denrées alimentaires (pour l’homme)  Coxiella burnetii (fièvre Q) forme aiguë: signes cliniques évoquant une grippe forme chronique (la plus grave): - surtout immunodéprimés - femme enceinte (naissance prématurée, avortement ou mort in utéro) Sources: eaux et nourriture contaminées (surtout le lait cru et les produits laitiers à base de lait cru) AnaplasmaNeorickettsiaCoxiellaEhrlichiaRickettsiaPiscirickettsia

149 149 Gram - Gassner - Autres Lawsonia: entérocytes, pas d’hôte intermédiaire Clostridium piliforme: entérocytes, hépatocytes, cardiomyocytes (voir bactéries Gram +)

150 150 Les grands groupes bactériens Gram-  petits bâtonnets incurvés (0,2-0,5 x 0,5-1,5  m)  forme de campylobactère A. Définition Lawsonia Complexe adénomatose proliférative:PC - adénomatose bénigne - entérite nécrotique - iléite régionale - entéropathie hémorragique  Lawsonia intracellularis  intracellulaire obligé  symbiote des entérocytes B. Biologie

151 151 Les grands groupes bactériens Longs et minces filaments spiralés Gram- (Gracilicutes) - aérobies; microaérobies; anaérobies; non cultivables Coques Gram+ (Firmicutes) - catalase+; catalase- Bâtonnets Gram+ (Firmicutes) - petits réguliers; petits irréguliers; ramifiés; grands réguliers Bactéries Gram+ sans paroi (Mollicutes) - les « mycoplasmes » Coccobacilles et bâtonnets Gram- poussant sur Gassner (Gracilicutes) - oxydase- O/F:F; oxydase+ O/F:O; oxydase+ O/F:F; oxydase+ O/F:- Coccobacilles, bâtonnets et coques Gram- ne poussant pas sur Gassner (Gracilicutes) - aéroanaérobies métabolisme R & F; aérobies métabolisme R; microaérobies métabolisme R; anaérobies facultatives métabolisme F; anaérobies strictes métabolisme F Bactéries Gram- intracellulaires obligées (Gracilicutes) - avec ou sans hôtes intermédiaires

152 152 Service de Bactériologie Département des Maladies infectieuses et parasitaires Faculté de Médecine Vétérinaire Chapitre 6: Ecologie bactérienne Chapitre 6: Ecologie bactérienne Cours de bactériologie 3ème candidature Cours de bactériologie 3ème candidature

153 153 Où vivent les bactéries ?  dans la nature cycle de la matière. non pathogènes. certains pathogènes (maladies telluriques). origine fécale

154 154 Où vivent les bactéries ?  au contact des animaux digestion, flore de barrière, … peau, muqueuses digestives, respiratoires, génitales, conjonctivales (muqueuses urinaires). flore résidente:bactéries commensales bactéries pathogènes opportunistes. flore non résidente:bactéries non pathogènes bactéries pathogènes opportunistes bactéries pathogènes obligés

155 155  dans les animaux (sang, organes internes, …) Pas de flore commensale interne QUOIQUE … (sang: période postprandiale) (muscles: spores de Cl. chauvoei, Cl. septicum, …) (foie: spores de Cl. novyi, Cl. haemolyticum, …) (foie

156 156 Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes Flore résidente Gram positive surtout Flore non résidente (variée) ‹ extérieur (sols, litière) staphylocoques,streptocoques Arcanobacterium Actinomyces clostridies aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes essentiellement non pathogènes, pathogènes opportunistes

157 157 ! Circonstances adjuvantes ! plaies accidentelles, chirurgicales, naturelles glandes sébacées, follicules pileux pli « crasses » (dans l’oreille) Peau – Revêtement cutané - Oreilles externes

158 158 Œil - Conjonctive Idem, mais plus riche en Gram négatives ! Circonstances adjuvantes ! corps étranger vent froid Moraxella Branhamella non pathogènes pathogènes opportunistes

159 159 1) Bouche et pharynx Système digestif flore résidente nombreuse et variée flore non résidente variée biotopes variés: joues, palais, langue (dessus et dessous), gencives, larynx, amygdales

160 160 1) Bouche et pharynx (suite). coques Gram+ et Gram-. Actinomyces. pasteurelles, actinobacilles, hémophiles. coliformes, …. EF 4a, EF 4b, M5, Weeksella, Capnocytophaga … aérobies strictes, aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux ou respiratoires ou systémiques Système digestif

161 161 ! Circonstances adjuvantes ! blessure (< nourriture) tartre stress: voyage, froid,… 1) Bouche et pharynx (suite) Système digestif

162 162  rumen 2) Estomacs ! réservoir de certains pathogènes humains ! Escherichia coli O157: H7 Eubactéries10 10 – / ml200 espèces Archaebactéries10 7 – 10 9 / ml4 – 5 espèces Protozoaires ciliés10 4 – 10 6 / ml25 – 30 espèces Champignons10 3 – 10 4 / ml12 espèces Bactériophages10 7 / ml Système digestif

163 163  digérant 2) Estomacs (suite) flore résidente très limitée hélicobactéries: ulcères, gastrites, cancers,… Système digestif

164 164  grêle 3) Intestins de peu habité (10 2 / ml) à très habité (10 7 / ml) péristaltisme 90 % anaérobies strictes, anaérobies facultatives, microaérobies Gram+ et Gram- en proportions variables Bacteroides, Lactobacillus, clostridies, entérocoques, campylobactères non pathogènes ou pathogènes opportunistes Système digestif

165 % aéroanaérobies Gram + et Gram – (surtout) entérobactéries, Bacillus = non pathogènes, pathogènes (Salmonella, Escherichia coli) !. perturbation de la flore par des antibiotiques (dysbactériose). perturbation du péristaltisme 3) Intestins  grêle Système digestif

166 166  caecum, colon 3) Intestins très habité 10 9 – / ml peu de péristaltisme flore similaire: encore plus d’anaérobies strictes non pathogènes ou pathogènes opportunistes (clostridies, spirochètes) réservoirs d’autres pathogènes (Salmonella par exemple) ! origine de l’envahissement du grêle ! si perturbation du péristaltisme Système digestif

167 167 Flore résidente nombreuse et variée Flore non résidente variée Biotopes différents: naseaux, muqueuse, cornets, pharynx, amygdales, … 1) Nez et pharynx Système respiratoire

168 168 1) Nez et pharynx (suite) aérobies strictes aéroanaérobies, anaérobies facultatives, anaérobies strictes non pathogènes, pathogènes opportunistes locaux, respiratoires profonds (très nombreux) Système respiratoire staphylocoques, streptocoques, … Arcanobacterium pyogenes coques Gram - bordetelles, pasteurelles, hémophiles, … coliformes, … mycoplasmes Streptobacillus moniliformis

169 169  bronchopneumonies: mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, … 1) Nez et pharynx (suite)  rhinite atrophique: B. bronchiseptica + P. multocida  gourme: Strep. Equi  pyogènes classiques: streptocoques, staphylocoques, Arcanobacterium pyogenes, … ! blessures, stress, froid, ventilation, poussières, pollution ! Système respiratoire

170 170 aucune flore résidente flore de passage < pharynx 2) Larynx, trachée, bronches, alvéoles Système respiratoire  Trachéobonchites/bronchopneumonies/pleuropneumonies: mycoplasmes, pasteurelles, actinobacilles, bordetelles, hémophiles, streptocoques, … ! stress, froid, voyages, ventilation, poussières, pollution !

171 171 pas de flore résidente flore de passage chez femelle < vagin chez mâle (rare)

172 172 Flores résidentes commensales abondantes et variées Flores de passage variées < périnée + matières fécales < peau, milieu extérieur Biotopes différents:vulve, vagin, col prépuce, pénis Système génital 1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) - Fourreau

173 173 Système génital  femelle: - surtout anaérobies facultatives et strictes: Lactobacillus - 10 % autres: staphylocoques, streptocoques < périnée - flores de passage: entérobactéries < matières fécales vaginite, métrite, cystite avortements  mâle:de tout < peau, environnement peu de problèmes transfert vénérienavortements, métrites, cystites, … (Campylobacter fetus, Corynebacterium renale, Taylorella equigenitalis, Actinobaculum suis, …) 1) Vulve/Vagin (face vaginale du col) – Fourreau (suite)

174 174 pas de flore Système génital 2) Matrice pas de flore résidente flore de passage lors de l’ouverture du col Possibilité de métrite, de résorption embryonnaire, d’avortements, … ? Lien avec délai de retour en chaleurs ? 3) Urètre et glandes annexes (mâle)

175 175 pas de flore résidente trayon: flore de passage < peau, litière ! interférence avec la traite, le flux lacté ! ! infections d’origine hématogène ! 4) Mamelle


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