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Cladogramme. Construction dun cladogramme Matrice taxons/caractères ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

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Présentation au sujet: "Cladogramme. Construction dun cladogramme Matrice taxons/caractères ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)"— Transcription de la présentation:

1 Cladogramme

2 Construction dun cladogramme Matrice taxons/caractères ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

3 La truite est lextra groupe: larbre est enraciné ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

4 Homologie primaire réfutée Laile est apparue 2 fois dans lhistoire phylogénétique de léchantillon de taxons : cest une homoplasie. ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

5 3 arbres possibles : on retient larbre le plus parcimonieux en événements évolutifs ET où les nœuds sont porteurs dinnovations génétiques ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

6 Larbre suivant est le plus parcimonieux en événements évolutifs NB : la parcimonie caractérise larbre et non lévolution ! ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

7 4 cladogrammes identiques: de forme en « V » ou en « U » et avec rotation au niveau des nœuds

8 Dans un cladogramme chaque nœud peut-être renseigné (Gilles Escarguel)

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11 La place des fossiles (Gilles Escarguel)

12 La place des fossiles (manuel TS Belin )

13 Phénogramme

14 Matrice de distances : Les valeurs correspondent au nombre dAA ( ou de bases ) différents entre les séquences étudiées divisé par le nombre de sites examinés. ( % de différence) Différentes méthodes permettent la construction de larbre. Elles sont rapides. La méthode UPGMA est la plus simple et peut être réalisée à la main. Construction dun phénogramme ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

15 1° étape : Recherche de la plus petite distance 2° étape : on recalcule les distances pour M le nouvel ensemble homme + roussette 3° étape : Recherche de la nouvelle plus petite distance 4° étape :on recalcule pour A = ensemble M+coq ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

16 Un phénogramme ( Guide critique de lévolution G Lecointre chez Belin)

17 Les données de séquences ne sont pas forcément analysées à laide de distances et peuvent faire lobjet dune approche cladistique !!! ( cette approche cladistique diffère de lapproche phénétique) ( cest une méthode lente car elle intègre de nombreux paramètres )

18 Quelle différence entre un cladogramme et un phénogramme ? L image peut être la même mais la méthode et linterprétation diffèrent En phénétique, il ny a pas de « pari » cest à dire de référence à un modèle dévolution. La phénétique ne se soucie pas du fait que la ressemblance globale résulte dune combinaison: dhomologies II ( phylogénétiquement parlant) dhomoplasies ( sans signification phylogénétique) de partage de caractère à létat primitif (sans signification phylogénétique)

19 Si dans le jeu de données étudié, il ny a pas dhomoplasies alors le degré de similitude globale reflète le degré de parenté et le phénogramme et le cladogramme sont identiques. Si les données contiennent beaucoup de caractères à létat primitif, le phénogramme fabrique des groupes dits paraphylétiques. Sil y a de lhomoplasie dans les données, le phénogramme fabrique des groupes dits polyphylétiques en cladistique.

20 Groupe monophylétique ( = clade) qui comprend un ancêtre commun exclusif et hypothétique et tous ses descendants

21 polyphylétique monophylétique paraphylétique GROUPES Pas dancêtre commun exclusif Ancêtre commun exclusif mais pas tous ses descendants (daprès svt.ac-dijon.fr)


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