La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

La présentation est en train de télécharger. S'il vous plaît, attendez

Julie Chabalier Post-doctorante Laboratoire dInformatique Médicale Université Rennes 1.

Présentations similaires


Présentation au sujet: "Julie Chabalier Post-doctorante Laboratoire dInformatique Médicale Université Rennes 1."— Transcription de la présentation:

1 Julie Chabalier Post-doctorante Laboratoire dInformatique Médicale Université Rennes 1

2 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Rennes Marseille Parcours Maîtrise de Biologie Cellulaire (1999) DESS Compétences Complémentaires en Informatique (2000) Doctorat en Informatique (2004) Soutenu le 6 avril 2004 – mention très honorable « Acquisition incrémentale et représentation des systèmes intégrés bactériens par une approche orientée objet » 1/2 ATER ( ) Qualifications sections 64, 65, 27 (2005) Post-doctorante Université de Rennes 1 (2005 – 2008)

3 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Enseignements (278h eq. TD) Initiation à la bioinformatique (licence) Grandes banques/bases de données Concepts majeurs de la bioinformatique Représentation des connaissances biomédicales (master2) Ontologies biologiques et médicales Web Sémantique Conception, implémentation, interrogation de bases de données (master) Modélisation MERISE- UML Langage SQL – MySQL Initiation à linformatique (licence) Bureautique - Algorithmique

4 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Besoins Structuration et description, non ambigüe, des connaissances disponibles dans un domaine Partage des connaissances Exploitation automatique de ces connaissances pour interpréter les données Thématique de recherche Contexte Projets de séquençage / nouvelles technologies à haut debit (transcriptome) Explosion de la quantité de données biologiques Interprétation des données : apporter du sens à ces données (les annoter) une tâche très difficile Terminologies différentes en fonction du domaine même mot : significations différentes d'un domaine à un autre Rôle croissant des bases de données en biologie Difficile davoir une vision globale des informations disponibles

5 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Les ontologies Définition des concepts dun domaine et des relations entre ces concepts (conceptualisation) Représentation dans un langage informatique rendant les connaissances compréhensibles par un ordinateur (formalisation) Exemples ­ Génomique : Gene Ontology Annotation des produits de gènes ­ Médecine : SNOMED CT Description des maladies Thématique de recherche

6 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 molecular fonction binding transcription regulator activity transcription factor activity DNA binding nucleic acid binding cellular component organelle Intracellular organelle nucleus intracellular membrane- bound organelle membrane- bound organelle intracellular cell part_of is_a biological process developmental process multicellular organismal development nervous system development system development anatomical structure development Transcription factor AP-2 beta (AP2B) Produit de gène Annotation des produits de gènes Gene Ontology

7 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Utilisation de Gene Ontology pour interpréter les résultats de puces à ADN Puparial adhesion Molting cycle hemocyanin Defense response Immune response Response to stimulus Toll regulated genes JAK-STAT regulated genes Immune response Toll regulated genes Amino acid catabolism Lipid metobolism Peptidase activity Protein catabloism Immune response infectéecontrole temps

8 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 organic mental disorder Alzheimer's disease dementia disorder of brain SNOMED CT Systematized Nomenclature of Medicine -- Clinical Terms Echanger des informations cliniques entre les différents professionnels de la santé (médecin, pharmacien, chercheur…) cerebral degeneration Degenerative brain disorder Description des maladies suivant des critères cliniques (étiologie, localisation, morphologie…)

9 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Trois axes complémentaires : 1. Représentation des connaissances biologiques 2. Interprétation des données dexpression 3. Intégration des connaissances biologiques et médicales Travaux de recherche

10 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Projet « ISYMOD » (thèse octobre 2000 – avril 2004) Représentation des systèmes intégrés biologiques 1. Représentation des connaissances biologiques Un système intégré est un ensemble de protéines nécessaires à la réalisation dune fonction biologique SystemeIntegre type nbPartenaires est_composé TransporteurABC OPUBA Proteine Entités biologiques : classes/sous-classes Relations entre entités : associations/sous- associations Propriétés : variables de classes/dassociations Systeme2composants

11 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai Classes – 21 associations 100 génomes procaryotes partenaires protéiques 5328 transporteurs ABC Chabalier et al., 2005 Bioinformatics

12 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Projet « Analyse transversale » (postdoc 2004 – 2006) Interprétation des données dexpression par lexploitation des concepts de Gene Ontology 2. Interprétation des données dexpression Analyse classique : associer un ou plusieurs termes à un cluster dexpression Analyse transversale : regrouper les gènes en fonction de leur annotation et associer lexpression à chaque gène au sein des groupes Limitation : au sein dun même processus biologique, les gènes peuvent sexprimer différentiellement (ex : régulation)

13 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 gène 1 gène 2 gène 3 gène 4 gène 5 gène 6 gène 7 gène 8 … gène n biological process process D process E process C process B process Gprocess F gène 1gène 5 Comparaison des annotations (modèle espace vectoriel) gène 1 (process B, process E, …) gène 5 (process E, process F, …) gène 1gène 2 0

14 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Activation dune voie de biosynthèse du précurseur de la créatine Répression de la biosynthèse de polyamine Rôle potentiel de détoxification de lentérocyte Chabalier et al., 2007 BMC Bioinformatic Application de lanalyse transversale Analyse des gènes impliqués dans la differentiation enterocytaire Métabolisme des amines

15 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Projet « Biomed » (postdoc 2006 – 2008) 3. Intégration des connaissances biomédicales Description des maladies dans les ontologies médicales Caractéristiques cliniques (Etiologie, Localisation, Morphologie…) Exemple : SNOMED CT Besoin des connaissances biologiques ­ Gènes La mutation dun gène peut conduire à une maladie ­ Voies métaboliques / Processus biologiques différents processus pourraient expliquer les différents grades dune maladie Intégrer des ontologies de maladies et de processus biologiques

16 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Ontologie des maladies Gene Ontology Processus biologiques Kegg Orthology Voies métaboliques Maladies SNOMED CT Maladies Méthodologie générale dintégration Chabalier et al., 2007 Stud Health Technol Inform. Méthode de mise en correspondance des termes

17 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Cancers Aspect invasif

18 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Projet enseignements DUT Génie Biologique Informatique (cours – TD – TP) ­ Bureautique (Office/Open office : word, excel, access) ­ Programmation (Perl, PHP, Java…) ­ Bases de données (Oracle-SQL, mySQL) Biologie (cours – TD) Licence Pro Biologie Analytique et Expérimentale Bioinformatique (cours – TD – TP) ­ Base de données biologiques ­ Méthodes bioinformatiques danalyse des données ­ Nouvelles technologies dans le domaine biomédical Ontologies biomédicales

19 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Projet recherche – UMR 1231 Comparaison fonctionnelle des génomes des insectes Contexte Étude comparative des génomes des lépidoptères Spodoptera – Helicoverpa - Bombyx mori Impact du centromère sur lexpression des gènes proches Méthodologie Etude du génome et génomique comparative (synténie) Etude du transcriptome Besoin Interprétation des données Structuration et description des connaissances disponibles chez les insectes (processus biologiques) Exploitation automatique de ces connaissances pour interpréter les données

20 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Méthode Utilisation de Gene Ontology - Drosophile (Adams et al. Science Mar 24;287(5461): ) Enrichissement de cette ontologie pour lensemble des insectes Extraction et intégration des connaissances de différentes sources trans-espèces : ­ KEGG (voies métaboliques : drosophile, bombyx, moustique…) ­ Reactome (processus biologiques et réactions : drosophile) ­ Base de données spécialisées Exploitation de lontologie des insectes Analyse données dexpression : analyse transversale Comparaison trans-espèces Intégration future de données écologiques ou comportementales Représentation des processus biologiques chez les insectes Etude comparée des différentes espèces Approche proposée

21 Audition Maître de Conférences - Université Montpellier II - Lundi 26 mai 2008 Résultats attendus Description non ambigüe du domaine Réponses aux questions : ­ Quels sont les processus biologiques communs à toutes les espèces dinsectes ? ­ Quels sont les processus biologiques spécifiques à une espèce ? (ex : puceron parthénogénèse) ­ Quels sont les réactions spécifiques aux génomes holocentriques ? Annotation des nouveaux génomes, relations entre les gènes dinsectes sans fonction connue mais présentant des domaines fonctionnels Prédiction de nouveaux processus biologiques par comparaison trans-espèce (relation avec la biologie de catégories dinsectes : vecteurs de virus, ravageurs, hématophages)


Télécharger ppt "Julie Chabalier Post-doctorante Laboratoire dInformatique Médicale Université Rennes 1."

Présentations similaires


Annonces Google