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Evaluation Externe de la Qualité pour améliorer le Diagnostic Moléculaire des Tumeurs Solides Cancer du poumon et du côlon Réunion Biomarqueurs Grand Est.

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1 Evaluation Externe de la Qualité pour améliorer le Diagnostic Moléculaire des Tumeurs Solides Cancer du poumon et du côlon Réunion Biomarqueurs Grand Est Strasbourg, 3 et 4 mai 2013 Dr Etienne Rouleau Institut Curie, Paris - France

2 Critères de performances

3 Critères de performance Réponse clinique Objectif : identification des tumeurs sensibles au traitement –Identification des cancers colorectaux KRAS sauvages –Identification des cancers du poumon EGFR mutés                                   DIAG Anti-EGFR : <2% Anti-EGFR : 43% [28-57] Taux de réponse F Di Fiore et al British Journal of Cancer (2010) 103, 1765–1772. Anti-EGFR : 10% Taux de réponse

4 Critères de performance Réponse clinique Dahabreh et al Ann Intern Med. 2011;154: publications Se 0.49 (CI, 0.43 to 0.55) Sp 0.93 (CI, 0.87 to 0.97).

5 Critères de performance Un unique test ?

6 Critères de performance Linardou H et al The Lancet Oncology 9,2008 : Ex2 bi-ds : 34,4% (87/253) Se 0,47 [0,35-0,60] Sp 0,87 [0,62-0,96] AD : 37,6% (225/598) Se 0,48 [0,42-0,54] Sp 0,99 [0,89-1,00]

7 Critères de performance Hétérogénéité des méthodes (1) Taqman (2) HRM (3) Pyroséquençage (4) SNAP Shot (5) Séquençage direct Di Fiore F et al. British Journal of Cancer (2007) 96, 1166 – 1169 (5) (4) (3) (2) (1) Spathis A et al. Anticancer Res Jun;30(6):

8 Critères de performance Hétérogénéité des méthodes HRM/sequencing Pyrosequencing Sanger Sequencing Snap Shot Total Allele specific (Taqman…) % 37% 42% 38% 40% 65% 63% 58% 62% 60% 6% 4% 5% 10% 5% 3% Other methods %62%3% Data 2009 INCA – on declaration patients without any technique information KRAS+ : muted KRAS, KRASwt : wild-type KRAS, NC : non contributive Nomber of patientsKRAS+KRASwtNC

9 Critères de performance Hétérogénéité des méthodes – KRAS Tables : A) Méthodes utilisées pour les analyses KRAS, B) Sensibilité globale déclarée, C) Nombre de méthodes appliquées par analyse. A) B) C) 5 participants utilisent au moins un kit commercial Therascreen KRAS Pyro (Qiagen - CE-IVD) / COBAS KRAS Autres sociétés impliquées : 11 Life Tech, 6 Qiagen, 3 Roche

10 Critères de performance Méthodes maisons – KRAS Tableau : Distribution des amplicons en fonction des amorces déclarées dans le cadre du STIC MOKAECM. En majuscule, région avec une forte homologie sur la partie codante du gène KRAS.

11 Critères de performance Hétérogénéité des méthodes – KRAS Tableau : Evolution des techniques utilisées pour le génotypage KRAS en France entre le STIC MOKAECM en 2009 et l’EEQ 2012.

12 Critères de performance Hétérogénéité des méthodes – EGFR exon 21 A) B) C) Tables : A) Méthodes utilisées pour les analyses EGFR exon 21, B) Sensibilité globale déclarée, C) Nombre de méthodes appliquées par analyse.

13 Critères de performance Un laboratoire = une technique un protocole Plusieurs laboratoires = une technique un protocole Plusieurs laboratoires = plusieurs techniques plusieurs protocoles

14 Critères de performance Quelle est la performance réelle des analyses moléculaires KRAS and EGFR au niveau national ? Plusieurs facteurs : techniques (AS/DS), protocoles / SOP, organisation du laboratoire Critère principal : Réponse au traitement Critères indirectes – Statistique des mutations -Sans biais de sélection : ERBB2, KRAS -Avec un biais de sélection : EGFR -Validation de méthode : limite de détection -Contrôles internes de qualité -Contrôles externes de qualité GGT GGC (AS) (DS)

15 Programme KRAS & EGFR EQA

16 Organisation Contexte Bonne pratique de laboratoire Preuve de la compétence Accréditation des laboratoires Nombreux tests « maisons » Suite de MOKAECM / ERMETIC Ne pas confondre EEQ et CQI EEQ et leurs recommandations Recommandation ESP ISO17043

17 Organisation Programme participatif Leuven Nijmegen AFAQAP Curie Partner Platforms Joint partners Reference Platforms

18 Organisation Programme participatif Plateformes partenaires EGFR –Ile de France Ouest - Hôpital de FOCH (Dr DENOUX – Plateforme HUVEGEN), –Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (Pr VIGNAUD), –Paris - Hôpitaux Paul Brousse-Bicêtre-Antoine Béclère (Pr LEMOINE), –Lille – Centre Hospitalier Régional et Universitaire de Lille (Dr ZERIMECH), –Clermont – Centre Jean Perrin (Pr PENAULT-LLORCA), –Centre Hospitalier de Brest (Dr DOUCET), –Marseille – Assistance-Publique des Hôpitaux de Marseilles (Pr OUAFIK) KRAS –Bordeaux - Institut Bergonier (Pr SOUBEYRAN), –Centre Hospitalier Universitaire de Nice (Dr PEDEUTOUR), –Centre Hospitalier de Brest (Dr DOUCET-Dr LE MARECHAL), –Paris - Hôpital Ambroise Paré (Pr EMILE), –Centre Hospitalier Régional et Universitaire de Lille (Dr ZERIMECH), –Centre Hospitalier Universitaire de Rouen (Pr SABOURIN), Lyon - Centre Léon Bérard (Dr WANG) Plateforme de référence : Nijmegen laboratory (H van Krieken, M M.Ligtenberg)

19 ANONYMISATION Expert moléculaire Expert pathologique Expert qualité

20

21 Organisation Pourquoi 10 échantillons ?

22

23 Organisation Matériel de référence Contrôle de tout le processus = spécimen biologique Prêt à l’emploi Reproductible Quantité disponible Stabilité dans le temps Tout Identique Lames A valider Limitée Consentement / éthiqueOui Eventail de situationLimité Partiel Oui A valider Limitée Oui Limité Partiel Non Oui Illimitée Oui Non Important Tout / partiel Proche Lames Oui / à valider Illimité Oui Non Important ADN Extrait Bloc artificiel ADN Plasmides CEQ CIQ Calibrateur

24 Organisation Périmètre et objectifs Bloc 3 lames 6µ HES Analyse histologique Analyse moléculaire Sélection du matériel Enrichissement Choix technologique Process analytique ADN

25 Organisation Participants Participation nationale 45 EGFR / 50 KRAS participants –EGFR : 4 –KRAS : 9 –EGFR & KRAS : EGFR et 500 KRAS cas (3 lames)

26 Résultats GENOTYPE

27 Génotype Bilan des erreurs 9 erreurs concernant 8 participants KRAS –4 erreurs –3 participants avec au moins 1 erreur (6%/50) –0 participant avec une erreur de génotype grave EGFR –5 erreurs –5 participants avec au moins 1 erreur (11%/45) –4 participants avec une erreur de génotype grave

28 Génotype Bilan des erreurs 4 erreurs avec des conséquences thérapeutiques –Un faux positif (1 EGFR « activating mutation ») : -2 points –Deux faux négatifs (2 EGFR) : -2 points –Un échec d’amplification (1 EGFR exon 21 mutation) : -2 points 5 erreurs sans conséquence thérapeutique –Erreurs de mutation (2 KRAS – 1 EGFR) : -2 points –Un échec pour un KRAS muté (1 KRAS muté) : -2 points –Une erreur d’échantillon sur le rapport (1 KRAS muté ) : -1 point

29 Génotype Sensibilité et spécificité nationale Tables : Résultats globaux des EEQ KRAS et EGFR. KRAS Sensibilité : 100% Spécificité : 100% 0% erreurs avec un impact thérapeutique EGFR Sensibilité : 98,7% Spécificité: 99,6% 0,89% erreurs avec un impact thérapeutique

30 Génotype Données de la littérature UK NEQAS EGFR –Deans ZC, et al. J Clin Pathol 2013;66:319–325. –3 rounds : Erreurs : 24% - 6,7% - 6,4% –49 participants dernier round UK NEQAS GIST KIT/PDGFRA –Wong et al. J Clin Pathol 2012;65:786–790. –13%, 33%, 19% et 4% ( ) –8 à 16 participants

31 Génotype Exactitude du génotype Description de la délétion –EGFR : délétion sans description (7 cases) –EGFR : erreurs de génotype (13 cases) Echantillon EGFR : B200 –Mutation : c.2239_2248delinsC, p.Leu747_Ala750delinsPro –c.2240_2254del, p.Leu747_Thr751del –c.2238_2249delinsP, p.Leu747_Ala750delinsPro –c.2239_2247del ; p.Leu747_Glu749del –c.2236_2248delinsGAAC, p.Leu747_Ala750delinsPro Echantillon EGFR : B484 –Mutation : c.2236_2250del, p.Glu746_Ala750del –c.2235_2249del, p.Glu746_Ala750del Echantillon EGFR : B009 –Mutation : c.2236_2250del, p.Glu746_Ala750del –c.2240_2254del, p.Leu747_Thr751del

32 Génotype Sur-interprétation ? Echantillon EGFR B110 –Non exclusion –4/23 soit 17% d’échec –Interprétation : échec ou sauvage –Laboratoire de référence : échec –Curie / Partenaire : sauvage NC Percentage of neoplastic cells B110 EGFR (NC : test failure) Nombre de participants

33 Génotype Sur-interprétation ? Importance d’avoir des seuils d’interprétation 

34 Résultats DELAI DE RENDU

35 Délai de réponse Approche analytique Le délai de réponse de chaque participant sera évalué entre l’arrivée des échantillons au laboratoire et la validation du rendu des résultats sur le site internet: celui-ci étant idéalement de 10 jours (en référence aux nécessités cliniques), l’analyse comparera le résultat du laboratoire par rapport à l’ensemble des laboratoires français. Délai : réception du colis – soumission sur le site –EGFR - moyenne 16,6 jours –KRAS - Moyenne 14,6 jours

36 Délai de réponse Programme KRAS Figure : Délais de rendu en jour pour le programme EEQ KRAS (classe 5). 32/50

37 Délai de réponse Programme EGFR Figure : Délais de rendu en jour pour le programme EEQ EGFR (classe 5). 27/45

38 Délai de réponse Corrélation KRAS et EGFR Figure : comparaison des délais de rendu pour les participants aux deux programmes EGFR et KRAS Délai EGFR

39 Résultats COMPTE-RENDU

40 Comptes-rendus Approche analytique Les comptes rendus fournis par les participants sont analysés systématiquement en vue de formuler des recommandations d’amélioration ; l’évaluation portera sur l’interprétation, les données saisies et la présence de plusieurs items selon les recommandations de l’INCa Grille des contrôles EQA Européens Anonymisation de tous les comptes- rendus Double lecture de tous les rapports

41 Comptes-rendus Interprétation Figure : Score des items correspondants à l’interprétation (évaluation sur trois dossiers). % des réponses correctes

42 Comptes-rendus Interprétation Figure : Score des items correspondants à l’interprétation (évaluation sur trois dossiers). % des réponses correctes

43 Comptes-rendus Score EQA ESP (/4.5)

44 Comptes-rendus Score EQA ESP - KRAS (/4.5) Figure : Score globale des items « interprétation EQA ESP » pour l’EEQ KRAS. 12/50

45 Comptes-rendus Score EQA ESP - EGFR (/4.5) Figure : Score globale des items « interprétation EQA ESP » pour l’EEQ EGFR. 9/45

46 Comptes-rendus Points à améliorer Moins de 50% de participants avec l’item –Sous numéro d'échantillon : numéro de coupe –Nombre de lames : 3 –Raison de la prescription : « mise sous traitement » –Limite de détection de la technique –Pagination –Date de prélèvement –NM séquence de référence

47 Cellularité

48 Estimation de la cellularité Cellularité KRAS Figure : Estimation de la cellularité en cellules néoplasiques pour l’EEQ EGFR 2013 (ligne verte : maximum, ligne rouge : minimum, ligne noire : moyenne)

49 Estimation de la cellularité Cellularité EGFR Figure : Estimation de la cellularité en cellules néoplasiques pour l’EEQ EGFR 2012 (ligne verte : maximum, ligne rouge : minimum, ligne noire : moyenne)

50 Estimation de la cellularité

51 Facteurs de performance

52 Données statistiques Lien entre activité et délais de rendu Nombre d’analyse KRAS par an

53 Données statistiques Participation à des EEQ - KRAS Impact sur le score du compte-rendu EEQ en general pas d'impact 71% EEQ régionalNS négatif oui 67,5% vs non 72,38% EEQ EuropeenNS meilleur oui 74% vs 70% CQ EQA NS meilleur oui 75% vs 70% Tables : Participation à un autre EEQ pour l’analyse KRAS

54 Données statistiques Participation à des EEQ - EGFR Impact sur le score du compte-rendu EEQ en généralNS plutôt négatif 72% non et 70,17% oui EEQ régionalNS plutot neg 72% non et 69% oui EEQ européenNS oui 73,5% vs 71,4% non Tables : Participation à un autre EEQ pour l’analyse EGFR

55 Données statistiques Accréditation / certification 3 participants avec l’analyse dans la portée d’accréditation 2 participants avec l’analyse dans la portée d’accréditation Tables : Nombre de participants accrédités ou certifiés – portée d’accréditation

56 Conclusion

57 Performance nationale –KRAS 100% –EGFR <100% –Hétérogénéité des méthodes Spécificité du programme français –Programme participatif national –Matériel de référence : 3 validations –Animation d’un réseau Facteur de performance –Activité (pas sur le génotype) –Participation à des EEQ

58 Conclusion Performance n’est pas que l’EEQ Importance d’un travail commun d’amélioration et d’homogénéisation des pratiques Nécessité d’une intégration européenne Nécessité d’un matériel qualifié –Contrôle de qualité externe –Contrôle de qualité interne Nécessité de recommandation d’interprétation –Bases de données de mutations –Mise en place d’un réseau d’essai fonctionnel Vers une approche multiparamétrique BIOMARKER TESTING accreditation IQC SOP EEQ

59 Conclusion Approche multiparamétrique Harris TJ, McCormick F. Nat Rev Clin Oncol May;7(5): Epub 2010 Mar 30.

60 Breast cancer Amplification ERBB2 GIST Mutations c-KIT Mutations PDGFRα Colorectal cancer Mutations KRAS Mutations BRAF Thyroid cancer Mutations KRAS Mutations BRAF Lung Cancer Mutations EGFR Amplification EGFR Mutations KRAS Translocation EML4-ALK Melanoma Mutations BRAF … Conclusion Approche multiparamétrique

61 Tableaux : Réponses au questionnaire d’inscription pour les paramètres à ajouter à l’EEQ A) Cancer du colorectal, B) Cancer du poumon, C) EEQ d’extraction A) B) C)

62 Conclusion Approche multiparamétrique Fournisseur d’EEQ –Identification du matériel –Qualification du matériel Vérification de la qualité et du génotype Technique médiane Validation externe Validation NGS (PGM – AmpliSeq Côlon / Poumon) EQA 2013 –56 Participants : 46 EGFR – 50 KRAS –Approche multiparamétrique KRAS, BRAF, MSI EGFR, KRAS –Amélioration de la qualification 10 mutations validées 10 variants supplémentaires d’intérêt détectables

63 Programme KRAS & EGFR Jean-François Emile Yves Denoux Pierre Laurent-Puig & Hélène Blons Cédric Le Marechal & Laurent Doucet Jean-Marc Guinebretière – Xavier Sastres Antoinette Lemoine Karen Leroy L’houcine Ouafik Florence Pedeutour & Paul Hofman Frederique Penault-Llorca Jean-Christophe Sabourin Isabelle Soubeyrans Jean-Michel Vignaud Qing Wang Fahrid Zemerich AFAQAP Jean-Pierre Bellocq Caroline Egele Dominique Fetique Institut Curie Catherine Noguès Ivan Bièche Catherine Andrieu Chloé Derouet Frédéric Maraone Audrey Margogne Departement of Pathology of the Radboud University Nijmegen Medical Centre Han van Krieken Marjolijn Ligtenberg Institut National du Cancer Etienne Lonchamps Frédérique Nowak Biomedical Quality Assurance Research unit of the University of Leuven Els Dequeker Silke Sterck Lien Tembuyser Merci pour attention ! Plateforme NGS Thomas Rio Frio Virginie Bernard Quentin Leroy


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