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Organisation du génome

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Présentation au sujet: "Organisation du génome"— Transcription de la présentation:

1 Organisation du génome
chez les Brassicaceae

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3 K G O N A P H T M Q B U L J S F C D W X E Centromère
DA1 e i b c f ka jb a g h DB1 DC1 DA2 DB2 DC2 kb I p ja lb la lc ld le na m nc oa ob nb oc od q jc r s ta tb tc U1 U2 V1 V2 wa wb XA1 XA2 XB1 XB2 YA1 YB1 YA2 YB2 NOR R AQ Centromère Segment dupliqué sur le même chromosome Segment dupliqué sur un autre chromosome II III IV V A B C D E K G H J N M L F O P T U Q S W X

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5 Vue schématique de l’ancêtre des Brassicaceae
AK AK AK AK AK AK AK AK8 O P Q R D E a ka DA2 DB2 DC2 kb lc ld le c g m c f m na oa ob nb nc oc od p e q lb le U2 V2 wa wb kb ka p la lc ld na nc XA2 XB2 s nb wb wa b i K L M N tc S T U b a tb V W X c ta I J s U1 A B C r h DA1 F G H jc e V1 f jb c ja DB1 tb q DC1 YB2 ob YA2 oa od oc lc tc lb ta g la YB1 h XB1 YA1 XA1 i ja r jb Vue schématique de l’ancêtre des Brassicaceae jc

6 Brassicaceae ancestrale
position du centromère A K F O R B G L P Q C H M T S D I N U V E J W X Arabidopsis Brassicaceae ancestrale AK1 AK2 AK3 AK4 AK5 AK6 AK7 AK8 A D F I K O S V B E G J L P T W C H M Q U X N R Brassica rapa U R R N J C H C O A T W W T B A G T Q W F E J S C B B U D R V I I F X I B V K O J Q N A B L P L E N Q F K I X T V A U

7 1 2 3 4 5 Brassicaceae ancestrale Arabidopsis
AK1 AK2 AK3 AK4 AK5 AK6 AK7 AK8 A D F I K O S V B E G J L P T W C H M Q U X N R ce7 ce1 ce3 ce5 ce6 translocation réciproque translocation réciproque fusion F L M N K G H O P T U Q R S fusion fusion A B C D E K G H I J F L M N V W X R Q S O P T U ce 5 ce1 ce3 ce6-7 Arabidopsis  

8 Une comparison des blocs (A à X) de B. rapa avec les segments (a
à YB1) d’Arabidopsis thaliana montre chez B. rapa (AA, n-10): - 8 copies des segments g (blocs B et J) et c 7 copies de b, DC, h, ld, le, q 6 copies de e, f, DB, i, ja, jb, jc, m, r, s, ta, tb, tc, wa, wb, YA,YB - 5 copies de a, DA, na, U, XA, XB - 4 copies de la, lb, lc - 3 copies de kb, nc, oa, ob, oc, od, p, V - 2 copies de nb - 1 copie de ka Les segments dupliqués d’Arabidopsis résultent de la polyploidisation survenue au moment de l’origine des Brassicaceae. La présence d’un nombre moyen de 5.2 copies chez B. rapa, 8 au plus, comparées aux 2 chez A. thaliana (présentes chez l’ancêtre des Brassica), suggèrent que 2 événements d’allopolyploidisation se sont produits depuis la divergence de l’ancêtre Arabido-Brassica (ceci contredit l’hypothèse actuelle de 3 duplications chez Brassica).

9 Quelques points remarquables
1 - Les Brassicaceae ont évolué depuis un ancêtre polyploïde à la fois par des remaniements de modules de base (A,B,C par exemple), et par une accumulation de blocs élémentaires (A à X). 2 - Il est également clair que le contenu en gènes des blocs diffère selon les genres et espèces. Les pertes de gènes dans les segments dupliqués diffèrent selon les espèces. 3 - Le genre Brassica se caractérise en outre par des événements successifs de polyploidisation, probablement 2 chez les B. rapa, B. oleracea, B. nigra, mais une de plus (allopolyploidisation) chez B. napus, B. juncea et B.carinata.

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